一系列的服从实验除了惊人的结果之外，也带来了各式各样的讨论与批评。虽然米尔格拉姆进行研究时已经考虑到道德的问题，但在结果发表之后仍然引起了强烈的争议。
随着服从实验在1961—1962学年中不断推进，部分实验结果也像长了翅膀一样传遍了耶鲁校园。不久之后，正如心理学系教师罗伯特·埃布尔森所说：“心理学系沉浸于其中，人们不停谈论着这件事情……我们时刻在聊它，主要聊这个实验多有意思。”但是就在1961年9月，米尔格拉姆却发现了一件不愉快的事情，使他不得不对实验严守秘密。事实上，实验进行期间，他对奥尔波特也没有坦诚相告，直到1962年1月12日才将实验的具体情况汇报给奥尔波特。
事情的引子就是上文提到的匹兹堡大学心理学家阿诺德·布斯。布斯出版了一本名为《攻击心理学》（The Psychology of Aggression）的书，其中有一个叫作“攻击器”的插图，这个图以及图解与米尔格拉姆的电击器和使用的程序很相似。米尔格拉姆看到这个图的第一反应就是：布斯抄袭了他的机器和实验程序。
菲利普·津巴多还记得，那时候他曾经去过米尔格拉姆的办公室。米尔格拉姆的表现让他很奇怪。他问米尔格拉姆实验进展情况，米尔格拉姆神神秘秘地关上办公室的门，还打开电扇防止外面的人听到他们的谈话。然后他悄声告诉津巴多，由于布斯盗用了他的电击器设计，他现在处境很艰难。米尔格拉姆解释道，这就是为什么他对实验三缄其口的原因。津巴多说，米尔格拉姆那天的表现“显得特别偏执”。
事实上，布斯和米尔格拉姆的实验方法中确实有一些类似的地方。布斯的机器上有10个标有刻度的电击按钮，对外宣称的实验目的也是进行学习研究，被试也会接受测试电击。在其中一个变体实验中，当电击强度增大到一定程度，学生也会假装做出痛苦的呻吟和喘息作为反馈。但是，两者之间也存在本质的不同。首先，实验的研究方向不同，布斯的研究目的是攻击性，而不是服从。布斯实验中的被试在“惩罚”学生的时候，可以选择10个按钮中的任何一个，而不是随着错误的出现逐级增加电击强度。还有其他的不同点，比如学习任务不同。布斯的实验是进行“概念学习”，学生要在不同类型的光线中判断正误。布斯实验中的电极连接在学生手指上，而米尔格拉姆的实验中，电极连接在学生的手腕上。
但是米尔格拉姆当时处于研究亢奋状态，对这种雷同可能有些反应过度。他和布斯通过几次电话，写过几封信。事实证明布斯的实验方法有其独立设计，而不是从“秘密渠道”了解到了服从实验的内情，并进行剽窃。但是米尔格拉姆的疑窦始终没有完全消退。每当人们把他的电击器称为“布斯攻击器”时，他就会分外恼火。他甚至曾经给布斯写了一封信，要求他提供一张“攻击器”的照片。
欺骗被试是否违反了实验伦理
服从研究的细节终于浮出水面，在心理系引发了一场热烈的讨论，讨论的核心就是服从实验令人震撼的结果：被试电击受害者的意愿超过了人们的想象。但大多数人都没有注意到服从实验中的伦理问题。鉴于当时整体的研究大背景，这也是很正常的。当时的心理学家普遍会在实验室中使用欺骗的方法，实验结束后也不会对被试进行“心理疏导”程序，将真正的实验信息告诉被试。“事后解说”这个术语是心理学历史学家本杰明·哈里斯（Benjamin Harris）在1964年的一篇文章里首次提出的，这是实验设计中的一个实验后程序，纠正实验过程中的知觉错误并安抚实验参与者。哈里斯在他的文章中对米尔格拉姆考虑被试福利的态度表示赞同。
但是，被试在服从实验中的经历肯定也激起了系里某些人的不满，因为有人向美国心理协会寄去了一封投诉信。美国心理协会为此将米尔格拉姆的会员申请受理推迟了一年，直到他们将这件事情调查清楚之后才恢复。1962年11月23日，会员委员会（Membership Committee）的一名委员在致米尔格拉姆的信中这样说：
委员会投票的结果是，您入会申请的最终推荐程序将推迟到下一年……理由是您在某些实验研究中出现了伦理责任方面的问题。受委员会指派，我与科学职业道德及行为委员会（Committee on Scientific and Professional Ethics and Conduct）秘书进行了非正式讨论，并从其他了解研究情况的人那里获得了更多信息。这些步骤已经完成。
这位成员在信中表示，她估计米尔格拉姆的申请最终会得到一个满意的回答，还希望他不要因为这件事情而“厌恶美国心理协会”。
这一切只是一个开始，在米尔格拉姆的整个职业生涯中，服从实验的伦理问题一直困扰着他，让他疲于应付。甚至在十多年之后的1977年，服从实验已经出版成书，他已开始进行其他研究，却还要为实验的伦理问题进行辩护。
服从系列实验结束后不久，米尔格拉姆又向美国国家科学基金会递交了两份申请，第一份的时间是1962年1月25日，请求美国国家科学基金会为他接下来的服从实验计划提供资助。他在申请中表示：这份申请的主要目的是为了进行更多的服从实验。之前研究中出现的高服从率令人吃惊，他希望能为之提供详尽的理论解释，并寻找产生这种结果的心理因素。在他计划的一系列新实验中，有一个会涉及“建设性服从”（constructive obedience）。他会要求被试做出一些符合社会道德观的事情，这与之前研究中的破坏性实验程序形成了鲜明对比。他当时还没有为这些实验制定出明确的实验程序，但他有信心能很快完成这个步骤。
申请于1962年5月24日获得批准，但美国国家科学基金会要求的资金使用方式却与他预期的完全不同。美国国家科学基金会官员认为，米尔格拉姆已经收集了大量的实验资料，应该将精力更多地放在分析这些材料上，而不是进行更多的实验。他们和米尔格拉姆达成共识，这笔款项将被用来分析手头的实验数据并撰写报告。
赫伯特·凯尔曼当时是这份申请的独立评委之一。他的意见对美国国家科学基金会的这个决定起到了至关重要的作用。他认为，米尔格拉姆设计了一个精巧的实验，并得出了出乎意料、令人震惊的结果，这是应该予以肯定的事实。但关于这份新申请，他却持有一些保留意见。首先，米尔格拉姆在申请中表示，未来研究的主要目的是为了完善理论，但凯尔曼认为米尔格拉姆可能无法实现这个目标。其次，凯尔曼提出了关于研究伦理的问题：“要求被试做这种事情，并且如此欺骗他们，是不是有点儿过分了？”
1963年4月，米尔格拉姆向美国国家科学基金会提交了第三份申请，申请第三笔资金用来完成实验数据的分析和汇报工作。这笔资金同样被批准，这也是服从实验的最后一笔经费资助。1962年5月，米尔格拉姆用一部分款项对实验过程中拍摄的影像资料进行编辑，制作了纪录片《服从》。
1963—1965年，米尔格拉姆在专业期刊上共发表了4篇论文，公布了服从实验的一部分结果，第一篇论文是《服从的行为研究》（Behavioral Study of Obedience），刊登于1963年10月号的《变态和社会心理学》中，这是当时社会心理学界中的重要刊物。但他刊登论文的过程并非一帆风顺。1961年12月27日，他第一次投稿到这本期刊，很快就被拒绝。1962年1月12日，他向《人格》（Journal of Personality）投稿，也被驳回。
《人格》的编辑爱德华·琼斯曾是一名临床医生，后来将研究方向转向社会心理学。他的研究范围是归因过程，即研究人们如何解释自己和他人的行为动机，在20世纪70年代和80年代产生了重要影响。他对服从研究持批评态度，在米尔格拉姆职业生涯的大多数时间中，这种批评态度都如影相随。琼斯挑剔米尔格拉姆的发现缺乏理论支持，并将其称为“一种社会工程的胜利”。1962年7月27日，《变态和社会心理学》的编辑丹尼尔·卡茨想起了这份稿件，最终在1963年将其发表。
虽然伦理方面的问题始终困扰着米尔格拉姆，但在他发表的文章和公开声明中，他对这个问题的态度一直都很坚决。他认为自己提出了一个具有重要社会意义的合理问题：如果一个权威人物要求人们伤害其他人，人们会走多远？他没有强迫被试必须持续不断地惩罚学生，这完全是被试自己的决定。此外，学生也并没有真正遭到电击。
但是在为实验辩护的同时，他有时候也会弱化被试在实验过程中承受的痛苦。他在一篇日记中这样写道：“我认为，对大多数被试而言，参与服从实验是一个正面的经历，这丰富了他们的阅历。我想我这么说并不过分。实验给了他们一个深入了解自我的机会，让他们对控制人类行为的社会力量有了个性化的第一手认识……大多数被试都认为，他们为一个重要的科学研究做出了贡献，而且很高兴有机会参与到具有社会价值的事业之中。”
在写给特拉华大学（University of Delaware）一位心理学家的信中，他表示，被试自尊心受到的伤害远比那些考试失利的学生要少得多。他曾经见过学生们在考试时一脸紧张的表情，还有他们考试不及格或者未能获得如愿的A时的沮丧。他认为这里面有个很讽刺的地方：“看起来，在测试一个人是否扎实地记住知识时，我们可以承受压力、紧张以及各种对自尊心的伤害，但是对于创造新知识的过程，我们却无法容忍这种伤害。”
在另一个场合中，他还做了一个可笑的比喻：“被试经历的紧张还不如那些咬着指甲看希区柯克恐怖电影的观众多。”
但是有两名被试却不同意他的看法。对他们而言，在实验中经历的痛苦很显然超过了日常生活压力。1961年，威廉姆·麦诺德（William Menold）参加了服从实验，当时他刚从美国陆军团级战斗队退役。他后来曾表示，“那里简直是地狱”。随着实验不断推进，学生的错误回答越来越多。麦诺德真的开始汗如雨下。学生不停地喊叫，这让他特别难过。他要求与学生交换角色。因为他觉得自己可能会学得快一些。“因为我觉得那个家伙可能有点儿傻。你知道，我的意思是说，他看起来好像……不是那种在智力测试中能赢的人。”
他的脑海中曾经闪现过一个转瞬即逝的想法：“这到底是真的还是假的……但是一切看起来都那么真实……我完全相信了。”学生彻底沉默的时候也是他感觉最痛苦的时候：“该死的，我不知道发生了什么。我想……呃，也许，我正在杀死那个家伙。”他告诉主试，他没有责任再做下去了，到此为止了。但是当主试告诉他由实验方承担全部责任时，他又继续进行了下去。
他最终完全服从了主试的命令。“我从头做到尾。在实验过程中，我会歇斯底里地大笑，但是那并不是觉得有趣的笑……太怪异了。我的意思是说，我几乎完全丧失了判断能力。”他形容自己在实验过程中“心情极其低落”“紧张到快要崩溃”。离开实验室后他才回过神来：“居然有人会让我做那种事情。”
另一名对欺骗感到强烈不满的被试名叫赫伯特·维纳（Herbert Winer），一个性格乐天、外貌平凡但又能言善辩的男人。几年前，他在耶鲁向一个团体讲述起这段经历时说：“令我沮丧的是，（学生）在这个游戏开始不久就频频犯错……很显然，电击的强度很快就要不断增加……事情不再好玩了。很难描述我那不断变化的感受以及随之产生的心理斗争和紧张情绪。”维纳接着说，当学生痛苦喊叫的声音越来越大，甚至是当学生开始抱怨心脏不舒服时，主试依旧在催促他继续：“我继续进行了几次电击，最终，我感到心脏承受了巨大的压力，陷入了痛苦的挣扎……我转向那个穿灰衣服的家伙说：‘对不起，但是我不能继续了……’”
维纳接着描述了在得知实验真相时的震惊：
我站在那里……对这样的欺骗感到愤怒。我憎恨这件事情，还有一点儿尴尬，因为我没能早一点停止，或者说早点儿看出这是个骗局。我有点儿担心自己的心脏。如果我也有心脏病怎么办？我强忍着怒火回到家……第二天早晨我就打电话给那个助教（米尔格拉姆），表达了我的愤怒和怀疑。我认为我们需要坐下来聊聊这件事情。他似乎有点不高兴，但还是同意了。从1961年到1962年间，我们见过几次面，我发现这些面谈还是很有效果的，我觉得这些见面对他似乎也很有用处。
当时他刚刚博士毕业，对我说的一些粗浅但是强硬的话似乎很感兴趣，我说起了伦理和欺骗，说起了实验中最让我震惊的事情，还有这种心理斗争带来的身体反应。我没有做过体检，将所有这些压力强加在我身上是不谨慎的……我感到特别沮丧……糟透了，以至于觉得心脏都开始不舒服了，这很有可能会让我出现严重的健康问题。
斯坦利·米尔格拉姆对此表示认可，但是……他说他的这份研究申请已经获得了院长的批准，很多人都知道这件事情，大家的意见是，无论会出现什么风险，这个实验的目标都是正当的。很显然，无论实验风险到底如何，他对这个问题的重视程度都不如我高。
米尔格拉姆是一个特别喜欢思考的人。有时候他会将这些思考写在备忘录或日记里，一般都不会超过两页，只供他自己翻阅。他之所以将思考的问题记录下来，是为了日后重新对其进行思考和判断。
这些文字是观察米尔格拉姆内心世界的窗口。有时候，我们能从中看出他在公开声明和文章中看不到的心理斗争。这些书面记录显示他并非一直都如此态度坚决，也曾对实验伦理问题进行过痛苦的思考，至少在早期如此。
有时候我认为，尽管实验理由正当，但是其中还是有一些伦理方面的问题。将人们引诱到实验室，诱使他们进入一个压力重重、令人厌恶的情境之中，这不是件好事儿。既然覆水难收，那么至少可以在此决定不再重蹈覆辙。我曾下定决心不再进行混杂着错觉和引诱的实验，不再在实验中强迫他们做出道德选择，不再利用强大的力量让他做出错误的行为。这纯粹是我个人的事情。做了这样的决定后我感觉好多了，但我开始疑惑：在科学事业中，勇气到底扮演着怎样的角色？勇气是一个如此稀缺的产品，失去勇气又是如此轻而易举。
但是米尔格拉姆的困惑并没有持续太长的时间。不久，日记中就再也找不到这种自我剖析的言辞了。离开耶鲁的时候，他在所有文章和声明中的态度都很坚决，充满自信地为实验伦理问题进行了强有力的辩护。
与此同时，他也意识到对这件事情持不同看法是很正常的，他会在课堂上心平气和地聆听学生们对他的批评。事实上，他还在编写教材的时候建议，教师可以模拟一个“伦理审查委员会”，学生们向委员会陈述他们对服从实验的看法，然后委员会对实验的伦理问题进行投票。这将会是一次对学生很有益处的课堂实践。
实验情境能代表真实的人性吗
20世纪60年代，各种社会心理学新理论如雨后春笋般涌现，复杂的量化方法得到广泛应用，促进了社会心理学在战后的蓬勃发展。《社会心理学手册》（Handbook of Social Psychology）1954年的版本只有2卷，但是14年之后，手册的第2版已经扩充到5卷，足以显示出这个学科的发展和扩张速度。米尔格拉姆也为这一版贡献了一个章节。
但是具有讽刺意味的是，尽管社会心理学出现了前所未有的繁荣景象，但有些社会心理学家却开始质疑本学科内的一些研究方法和研究成果，有一位心理学家称之为“社会心理学信心危机”。社会心理学实验的伦理问题引起了广泛的关注，也出现了一些经过改进的实验方法，比如角色扮演，但是这些方法是否可行也是众口不一。有一个问题引起了业内学者的普遍担忧：研究人员的预期是否会引导实验结果？很多人担心，一种游戏般不严肃的学术态度开始在业内流行，只注重巧妙的设计和表演，失去了学术与社会之间的关联。有的人甚至将这种社会心理学实验称之为“科学中的华丽摇滚”(8)。
在这场关于“危机”的讨论中，服从研究自然也成了焦点。有人对其严厉批评，也有人对其进行辩护。批评的人认为，服从研究的程序有伦理问题，是一个臭名远扬的典型。但是辩护的人认为，服从研究是社会心理学研究的典范，具有深刻的社会意义。当批评界指责主流社会心理学界变得轻浮并且与社会脱节时，服从实验就会无一例外被拿出来当靶子。
“信心危机”批判发起人之一就是宾夕法尼亚大学的精神病学家和心理学家马丁·奥恩（Martin Orne）。他对实验伦理问题提出了自己的观点，引起了众多关注。他认为，通常来说，一个自愿被试会带着高度合作的心态进入实验室，他希望能帮助科学家证实科学猜想，实现科学目标。这种强烈的动机会让被试格外留意实验室中的每个细节，奥恩将这些细节称为“要求特征”（demand characteristics），被试通过这些细节会了解到研究人员真正追求的目标，并尽其所能成为一名最好的实验参与者。一旦具有了这种“要求特征”，实验结果的准确性就会受到影响：被试的行为是对实际刺激，即自变量特性的真实反映吗？还是说，他的行为只是要求特征的产物？也就是说，实验室中的一些欺骗性细节或者主试的行为会给被试一些暗示，他们会主观地判断哪些行为对主试最有帮助并做出这种行为。
奥恩将要求特征概念套用在服从实验中，以此质疑实验结果的准确性。他认为，实验过程中的冲突可能会让被试感到很困惑。一方面，学生在喊叫，哀求着出去，而另一方面，主试似乎并不为之所动，反应冷淡，同时还不断给被试施加压力，要求他继续。奥恩相信，这种冲突会引领被试快速意识到，电击是假的，受害者只是装作痛苦。
米尔格拉姆对这种批评的回应是，他承认，在每个情境中都有一小部分被试不相信电击的真实性，但是他肯定大部分被试相信这一点。他还提供了一些实验证据，1962年夏天实验结束后，他发给所有被试一份调查问卷，其中有一项是关于实验真实性的问题。被试的回答显示，超过80%的被试相信学生在实验中受到了痛苦的电击，只有2.4%的人确定没有真正进行电击。
奥恩的推测引出了一个重要问题：既然被试猜出了真相，为什么不相信自己的判断？奥恩的回答是，被试之所以继续玩这个“猜谜游戏”，是因为他们不想毁了这个实验。米尔格拉姆在他的回应中，用辛辣的讽刺给出了致命一击：“奥恩的意思其实就是，那些被试假装大汗淋漓，假装全身发抖，假装结结巴巴，只是为了讨主试的喜欢，这完全是一种可悲的、不切实际的想法，就好比血友病人流血致死，只是为了让他们的医生有事可做。”
为揭露人性而伤害被试值得吗
一篇专业期刊论文在发表之后，通常要用几年的时间接受来自同行的评价。米尔格拉姆的服从论文也不例外。1961年12月，他将第一篇论文《服从的行为研究》投稿到《变态和社会心理学》遭拒，一直拖到1963年才得以发表。这篇论文对实验室程序进行了详细的描述，并且公布了远距离情境的结果：65%的被试完全服从了主试的指挥。这是他第一次描述这样一个事实：
当一名科学权威不断下命令，普通百姓中有相当高比例的人愿意向一位无辜的陌生人施加令人痛苦，甚至是危害生命的电击。这篇论文的面世是服从研究历史上的里程碑，在此之后，米尔格拉姆的惊人发现开始向更多的领域传播，在世界各地都引发了人们的热议。论文问世之前，只有寥寥数人知道服从研究，对之进行的讨论也只局限在小圈子中。一些大学的学生和教师通过学术圈内的小道消息听说了这个实验；在纽黑文、桥港以及周边的社区中，居民从被试的口中了解了一星半点。但这个研究从未被任何大众媒体所关注。
1963年10月26日，《纽约时报》对实验进行了详细报导，文章的标题十分醒目：《65%的被试盲目服从，加害他人》。越来越多的报纸争相效仿，到了12月中旬，关于实验的新闻已经跨过大西洋，出现在德国汉堡的《明镜周刊》（Der Spiegel）和伦敦的《泰晤士报》中。有两名学术论文集的编辑找到他，请求获得这篇论文的版权，最终，服从实验的身影出现在很多论文选集之中。
11月2日，就在《纽约时报》刊登服从实验两个星期之后，颇具先见之明的《圣路易斯邮报》（St. Louis Post-Dispatch）发表了一篇社论，就被试在实验中的经历拷问米尔格拉姆和耶鲁。社论开宗明义：“这个来自耶鲁大学的实验是一种人对人的野蛮行径，即使放在人类近代史中进行考量，都是令人震惊之举。”社论接下来对实验细节进行了栩栩如生的描述，包括被试承受的痛苦。社论的结尾这样说：“这一切向我们呈现的似乎并不是盲目的服从，而是公然的折磨，实验的负面结果不是65%，而是100%。让我们看看，一所名牌大学还有什么事情做不出来！”
罗伯特·巴克霍特（Robert Buckhout）是华盛顿大学的一名社会心理学家，他将这篇社论寄给了米尔格拉姆，米尔格拉姆据此写了一篇回应，以“致总编信”的形式刊登在1963年11月16日的报纸上：“服从研究探讨的是一个对人类而言意义重大的问题：如果权威命令一个好人去做违反自然法则的事情，这个好人会怎样做？……在实验室环境中，我们能确保不伤害任何人，只是试图寻找一些答案……”
米尔格拉姆曾要求《纽约时报》不要发表实验结果，但是未能如愿。文章发表前两天，米尔格拉姆向该报的科学编辑沃特·苏利文发了一封电报：“我不希望现在就将这个实验公之于众，这会妨碍未来的研究。实验只有在被试不知情的情况下才能顺利进行。”这是一个让人感到困惑的请求，因为他在1962年5月就已经结束了全部的服从实验，也从未和任何人说起要进行更多的研究。他可能担心会有其他科学家对服从研究进行模仿，或者，他当时确实有进行更多服从实验的考虑。
当然，专业的心理学读者们无须等待《纽约时报》公布的只言片语，他们早已在专业期刊上领教了米尔格拉姆的大作。这篇论文引人入胜、意义深刻、生动形象，完全不同于常规科学论文那种干巴巴、冷冰冰的被动呈现方式。他在论文开篇就这样写道：
服从是连接个人行为和政治目标之间的心理机制，是将人和权威体制黏连在一起的性格黏合剂。近代史实和日常生活观察证明，对于很多人而言，服从可能是人性中根深蒂固的行为趋势。的确，这种趋势是人性中的主导冲动，超越了我们在伦理、同情心和道德行为方面接受的教育。
在这份论文的实验结果部分，我们看到了他对被试行为的描述：
在实验过程中，很多被试都出现了紧张的表现，特别是在施加强烈电击的时候。很多被试的紧张程度达到了极致，这在社会心理学实验研究中是很少见的。被试有出汗、颤抖、口吃、咬嘴唇、呻吟以及用指甲抠身体的现象。这不是实验中的个别现象，而是一种普遍反应。
论文面世之后，请求转载论文的信件雪片般涌进米尔格拉姆的办公室。其中一封信来自社会心理学家埃利奥特·阿伦森（Elliot Aronson）(9)，他后来也成为业内的领军人物。他在信中希望能在他的研究方法课程上介绍这篇论文，不仅因为这篇文章具有重要的实验价值，还因为“这篇文章表明，即使在科学期刊论文中，也会有这种文字和文体都很优美的文章。您的作品可能是我见过的最具可读性的科学论文”。此外，精神病学家米尔顿·艾瑞克森（Milton Erickson）也在信中说：“您的研究给我留下了深刻的印象，我确信，您的研究中有很多值得探索的重要问题。”
但是批评之声也不绝于耳。心理学家布鲁诺·贝特尔海姆（Bruno Bettelheim）认为这个研究“邪恶低劣，根本没有显示出任何有价值的东西……就像纳粹的人类实验”。很多牧师也在信中对这个实验的伦理问题进行了批评和训诫。一位来自华盛顿的牧师措辞尤为强烈：“实验方式极度残酷无情、充满了欺骗。”米尔格拉姆的实验公布之后不久，曾经有人向他介绍一位女心理学家，但这位女士十分傲慢地转过头，说了一句：“你这个混蛋！”米尔格拉姆后来在采访中说：“对此我表示理解，那年她离婚了，可能是拿我撒气。”
发展心理学家戴安娜·鲍姆林德（Diana Baumrind）曾在1964年6月号的《美国心理学家》中发表了一篇言辞苛刻的文章，称服从实验的目的其实就是让被试承受意料之外的精神折磨。尽管米尔格拉姆称在实验后进行了心理疏导工作，确保被试以良好的状态离开实验室，但她认为这种安抚方法并不令人信服。她关注的不只是被试在实验过程中的身体不适或者实验使用的欺骗方法，还关注被试今后可能出现的永久性身心伤害，尽管这种可能性很微弱。“我真的认为，米尔格拉姆描述的那种情绪困扰可能具有潜在的危害性，很容易造成被试改变对自我的看法，或者对所有权力都失去信任。在实验过程中，如果被试做出一些自认为毫无价值的行为，尤其是被信任的人欺骗做出这种行为，这对他而言就是一种潜在的伤害。”
米尔格拉姆对这种批评感到“彻底的震惊”，此外，在这篇批评发表之前，编辑并没有通知他，因此他未能及时在同一期刊物中发表他的回应，这也让他感到愤怒。在米尔格拉姆的要求下，编辑后来给了他一个反驳的机会。他在寄给编辑的稿件中还附有一封信，信中说：“鲍姆林德文章中的一些想法是合理的，但其中的信息并不充分。如果可以，我想看看出版前的稿件，也许可以对其进行修正。难道一份科学期刊不应该更注重专业标准吗？”他还说：“事实上，服从实验的参与者没有受到伤害，大多数被试都认为这段经历是非常有价值的，具有教育意义。”
但是，实验中是否真的不存在任何负面影响，这是难以证实的问题。米尔格拉姆在1977年发表的文章中也勉强承认了这一点。他在《美国心理学家》中向鲍姆林德做出的反驳口气非常绝对，缺乏可靠的依据，很显然只是对攻击做出的过激反应而已。
米尔格拉姆在这篇文章中还指出，有些心理学实验的目标是为了减少压力，但他并不是其中的一分子。虽然在他的实验中出现了极端压力，但这种结果并非有意为之，完全是一种意外。那么，当他看到有些被试经历痛苦压力时为什么没有立刻停止实验呢？他这样反驳：他之所以决定继续实验，是因为实验没有对被试造成伤害。“瞬间的情绪激动”并不等于伤害。
鲍姆林德认为，实验可能会对被试产生永久的负面影响，米尔格拉姆在反驳中列出了一些实验后程序的信息。1962年7月12日，实验结束后6个星期，米尔格拉姆向所有参与者寄去了一份详细的实验报告，包括实验基本原理和一些主要结果。报告附有一份调查问卷，希望被试能再次回忆实验过程中的感受。问卷包括10道多项选择题，此外还鼓励被试给出更多的意见。米尔格拉姆可能并不想在这个时候公布调查问卷结果，而是希望以后可以出一本关于服从的书，在书中首次披露这些结果。但是鲍姆林德的指责逼着他现在就亮出了这张牌。报告和调查问卷共寄给了856名参与主要系列实验的被试。在等待被试回复的过程中，为了保证回收问卷的比例，还寄了两次催促函，最终有92%的调查对象寄回了调查问卷，就信件调查这种方式而言，这个比例已经特别高了，如表5-1、表5-2、表5-3所示(10)。
表5-1 阅读报告后的感觉
表5-2 实验过程中
表5-3 参加实验后
从这些表中可以找到一个与实验伦理问题关系最直接的结论，那就是被试对这段经历的感受到底如何，是正面还是负面。1958年春天，他在挪威结束了从众实验之后，第一次使用了这种问卷方法。表5-1中显示，大多数服从实验的参与者对实验的感受都是正面的。几乎84%的人说他们很高兴参与实验。只有1.3%的参与者表示参与实验令他们很难过。问卷中还有一个问题：你认为应该进行更多这种类型的研究吗？超过80%的人给予了肯定回答，只有3%多一点的人持否定态度，16%的人没有回答。74%的人说他们通过参加实验，学习了一些“个人认为很重要的事情”，10.5%的人表示没有学到。
表5-2和表5-3没有出现在米尔格拉姆的反驳文章之中。但这些结果却显示了“实验过程中感到沮丧”和“实验后感到困扰”之间的重要区别。大多数的被试（60.2%）在实验中感到沮丧，但到了填写调查问卷的时候，同等比例的人（63.6%）不再受实验困扰。根据被试参与实验情境时间的不同，这段恢复期大约为6～11个星期。
调查问卷中还有两点值得一提。首先，这种自我汇报的调查方式很容易受诸多因素的影响而出现差错。米尔格拉姆也意识到了这种方法的局限性。但是基本上可以排除一个可能产生结果严重失真的因素，即自我选择偏差。由于回信比例达到92%，因此这种偏差基本上可以排除。此外，米尔格拉姆对调查结果进行了分析，寻找寄回问卷和没有寄回问卷的被试之间是否存在重大差别。比如说，寄回问卷的被试中，是否以服从或反抗的被试居多。如果存在这种现象，那么这个结果的可靠性就有疑问了。但事实上，这两种类型的被试在回信比例上没有差别。回复和不回复的被试只有一个重要的不同点，那就是年龄。35岁以下的被试回信率略低于35岁及以上的被试。
第二个问题是，尽管有人认为米尔格拉姆对待被试的方式很残忍，但有一点是毋庸置疑的：在当时的学术环境中，这种对被试知觉和心理健康的后续评估是独一无二的。社会心理学界之所以对研究中的伦理尺度如此敏感，要归功于社会心理学家赫伯特·凯尔曼。曾经有人问凯尔曼，在米尔格拉姆之前，是否曾有研究人员做过实验后的随访调查，他的回答是：没有。
米尔格拉姆在反驳文章中还提供了问卷调查的另一个结果。他选择了40名最有可能因参与实验而受到心理创伤的被试，然后拜托耶鲁大学的精神病学助教保罗·艾尔纳（Paul Errera）与这些被试进行面谈，判断是否有人真正受到实验的伤害。结果显示，受访者中没有发现任何受到伤害的迹象。
这种面谈基本上以小组的形式进行，从1963年2月持续到5月。艾尔纳提交给米尔格拉姆的报告标题为：《声明：基于与米尔格拉姆实验中40名“最差个案”的面谈》。遗憾的是，他在报告中并没有表明“最差个案”的定义标准。在笔者对艾尔纳的采访中，他已经不记得当时采用的是什么标准，也没有找到任何与之相关的书面记录，毕竟那些面谈发生在40年前。但是从其他资料中，比如米尔格拉姆的经费申请书中，我们可以猜测，这40名“最差个案”可能是根据如下标准选择出来的：在实验末期变得特别焦虑的被试；在调查问卷中写下特别建议和评价的被试；曾向米尔格拉姆或其他人表示不满的被试。就我们所知，至少有一名被试曾经向耶鲁的校长抱怨过；还有一名食品批发商，他对参加实验感到特别沮丧，曾在事后向一位律师朋友咨询过此事。
鲍姆林德在她的批评文章中，指责米尔格拉姆诱骗被试去做那些应该受到谴责的事情。这句话招来了米尔格拉姆的强烈反对。他在反驳文章中说：
在实验开始之前，我就秉承一个重要的实验原则：每位来到实验室的人都能自由地选择服从或反抗权威的命令。确保每个人都有选择自己行为的权利，这符合目前的人类尊严概念。实验的结果中，的确有很多被试选择拒绝实验者的命令，这是对人类理想最有力的证明……我的感觉是，从实验的总体价值来看，实验基本上遵循了正确的程序……这位实验心理学家（米尔格拉姆）意识到他的研究将促进人类的自我提升，不仅因为启蒙远比无知高贵，也因为新知识总是会酝酿出重大的人文结果。
不论他喜欢与否，米尔格拉姆不得不在伦理问题上不断重复着自己的观点。在那些发表或未发表的文章中，他认为不应该用“欺骗”来形容伪装的实验目的和其他的虚假信息。他觉得“欺骗”是一个有价值负载的词语，在这场关于伦理问题的讨论中，这个词显得不客观，他觉得应该用“表演”或者“技术性错觉”（technical illusions）来取代“欺骗”。
米尔格拉姆对服从研究还有一个观点，但是这个观点的基础并不牢固，他认为，大多数经典社会心理学实验中都存在伦理问题，比如所罗门·阿希和库尔特·勒温的实验，只是这些问题很少被人提及。他的言外之意其实就是，应该将他的服从研究看作是那些经典实验的延续。他举了一个例子，勒温研究不同领导风格创造的群体气氛，最主要的发现之一就是：当独裁型领导离开房间时，被试的侵略性行为就会大幅增加。米尔格拉姆问道：勒温利用独裁型领导风格使年轻人出现侵略行为，这难道就是正确的吗？但是他的这种自我辩护并不充分。在勒温的实验中，那些少年只是玩闹般地打斗，而在服从实验中，被试要对学生施加电击，这种暴力行为与前者有着明显的区别。
1913年，美国心理协会发布了一份全面的《人类被试研究中的伦理准则》（Ethical Principles in the Conduct of Research with Human Participants）；1975年，美国卫生教育福利部（Department of Health, Education and Welfare，DHEW）颁布了一项规定，要求所有与人类被试有关的研究都需要通过机构审查委员会（Institutional Review Board，IRB）的审查，而不仅局限于美国卫生教育福利部资助的实验。该项研究隶属于哪家机构，就由哪家机构成立审查委员会，对可能出现伦理问题的实验进行筛选，确保被试的福利。米尔格拉姆在1977年指出：“很多人认为，在以人类为对象的实验中，被试的知情同意是实验的伦理实践基础。”这反映出当时的大环境是监管凌驾于研究之上。米尔格拉姆指出，在很多社会心理学实验中，如果事先完全告知被试具体细节，实验就无法进行下去。他为此提出了三条建议。
第一条建议是：无论在哪个行业中，如果某些违反伦理常规的特例能够为社会造福，就应该对这些特例进行豁免。比如，伦理常规中不允许随意触碰陌生女性的私密部位，但这个规则对妇产科就不适用。同理，他认为，如果社会科学家的研究要求使用错误信息，并且从长远的角度来看，他们的工作将有利于社会，就应该允许他们免受伦理常规的限制。但是这个观点比较含糊，因为它模糊了个人福利和社会福利之间的区别。
米尔格拉姆的第二条建议，他称之为“假定同意”：向一组人介绍实验细节，如果这组人认为可以接受，就选择另外一组被试进行实验。
第三条建议是：在实验之前，对一组被试进行“事前普遍同意”步骤（prior general consent），即在实验之前，研究人员告诉所有的潜在被试，在即将开始的实验中有一些欺骗的成分，可能会让他们受到压力和不适。无法接受这种类型实验的人就可以选择放弃，只有接受这种方式的人才能参与。但是这些建议都没有被心理学界采纳。
自从服从实验见诸各大报刊，米尔格拉姆常常会接到一些来信，询问一些文中未提及的实验细节，他也乐于告知。比如，有人写信询问服从实验中男女表现是否不同，他回答：没有发现不同。事实上，他的确曾对女性被试做过同样的实验，但多年之后才在自己的书中公布了实验结果。
有些人在来信中十分坦率地将米尔格拉姆实验和他们的个人生活联系在一起。比如，一位纽约北部的男性来信说，他已经拜读了服从实验，觉得这些实验很有意思，但是也有局限性。实验中的受害者只是演员，而不是真正受到伤害的人。但在这位读者的工作中却有真正的受害者。他是一家电力公司的雇员，如果客户拖欠电费，他负责切断用户的电源，即使在冰冷刺骨的天气里也必须如此。
1963—1965年，米尔格拉姆发表了4篇专业期刊论文，公布了服从实验中的若干结果。其中有一篇对四段距离系列进行了详细的描述，并对其他实验进行了简要介绍。这篇论文刊登在1964年的《人类关系》（Human Relations）专业期刊之中，为米尔格拉姆赢得了1964年美国科学促进会（American Associations for the Advancement of Science）颁发的社会心理学奖和1 000美元的奖金。至少在米尔格拉姆看来，这是他第一次在业内获得认可，是他获得成功的标志。