钱乙字仲阳，本是吴越王钱亻叔的亲属，祖辈时迁到北方，于是为郓州人。父亲钱颖善长医术，但却嗜酒而喜欢旅游，有一天早晨，往东到海上去没返回。钱乙才三岁，母亲早死，他姑姑嫁给吕氏，吕氏怜悯并收养了他，长大以后，就教导他学医，并告诉他的家世。钱乙哭泣后，请求去寻找父亲，共去寻找了八九趟，很多年后，终于找回父亲，此时他已三十岁了。同乡人对此很感慨，吟诗歌颂他。他侍奉吕氏如同父亲，吕氏死后没有后代，他就给吕氏收殓埋葬，穿孝衣守丧。
钱乙最初是因《颅艻方》著名，到京城去给长公主的女儿看病，授给他翰林医学的官职。皇子患惊风病，钱乙给他喝黄土汤而治好了他的病。神宗召见他询问黄土汤治病的情形，他回答：“因为土能克水，水平稳了，那么惊风自然就停止。”神宗高兴，提升他为太医丞，赐给他金紫。由此，公卿、宗室、外戚之家请他去诊病的无日不有。
广亲的长子患病，钱乙诊他的病说：“这种病可以不用吃药而痊愈。”广亲的小儿子在旁边，钱乙指着他说：“这孩子将突然患病，使人惊恐，过了三天的午后，可无忧。”广亲家的人恼怒，不答话。第二天，广亲的小儿子果然发羊角风，十分危急，请钱乙给他诊治，三天就病愈。问钱乙其中的原因，他回答说：“两眼直视有火色，心肝都受了邪。过中午病愈，是发病的周期正好过去。”王子患呕泄病，别的医生给他用峻猛的药剂，又增加了喘病，钱乙说：“这本是内热，脾已受热伤害，怎么使他服燥湿之药？他将大小便不通。”钱乙给病人服石膏汤，王不信，辞去不用。两晚上王子的病逐渐加重，终究印证了钱乙的话。
有个士人患咳病，脸色青黑而有光泽，呼吸不畅。钱乙说：“肝火犯肺，这是难治的病症。如果秋天得病，还可治好；现在是春天，不能治好。”病人乞求怜悯，钱乙勉强给他药。第二天，钱乙说：“我的药第二次降肝火，而病情不减退；三次补肺，而肺更虚；再加上唇色已白，按规律应该三日死。现在病人还能吃粥，应该过几天才死。”五天后，病人死。
孕妇患病，别的医生说是胎儿引起的，并要堕胎。钱乙说：“怀孕的胎儿由五脏保养，大概六十天才有动静。如果能等到这个月，再按五脏传养次序，偏重补养母体的某一脏，为什么一定要堕胎呢？”不久，母子都得到保全。又有一乳妇因心慌而患病，病已愈，但睁着眼不能合上。钱乙说：“煮郁李酒给她喝，让她醉，就能好。所以这样，是因为眼睛内连着肝胆，惊恐就会使气郁结，胆横着不下去。郁李酒能驱除气结，随着酒进入胆中，气结被除去，胆也落下，则眼睛能合上。”给产妇喝郁李酒，果然灵验。
钱乙本来瘦弱，每每自己用心治疗自己，后来病重，他叹道“：这就是浑身麻木疼痛的病。进入内脏者死，我大概要完了吧。”不久又说“：我能把病痛移到四肢。”于是，就自己制药，日夜喝它，左手、脚突然蜷曲不能活动，他高兴地说：“可以啦！”他的亲属登东山，得到一个比斗还大的茯苓。钱乙按照方法炮制好并吃完它，从此，他即使偏瘫，但风度、体格强劲坚毅如同健全的人。他因病辞职回家，不再出来为官。
钱乙治病、行医不称一家为师，有关医书无不阅读，不墨守古法。超过古人法则，大胆创新，最终跟古法相合。特别精通《本草》这本书，辨别纠正它错误的地方。有人得到罕见的药物，问他，他一定给你说出这药出生的来龙去脉、药物的颜色、不同的名称等详细情况，回去考核它全符合《本草》讲的。晚年时，他的病逐渐严重，他知道不能治疗，就召亲戚诀别，换上衣服等待死亡，于是去世，终年八十二岁。