吴昌裔，字季永，中江人。小的时候就失去父亲，他和哥哥吴泳下决心自立，不肯追逐当时的学术风气，得到程颐、张载、朱熹的书，就不知疲倦地研究。嘉定七年(1214)吴昌裔被推举参加进士考试，听说汉阳守臣黄干得到朱熹的传授，就去跟他学习。
吴昌裔调任为闽中尉。利路转运使曹彦约听说他贤德，就让他管理买粮的事。当时发生饥荒，决定到长江上游去买粮，吴昌裔请求先用本仓所储的数万石粮食赈济灾民，然后再慢慢地买粮补上缺额，被采纳。吴昌裔调任眉州教授。眉州的士大夫原来崇尚苏轼的学说，吴昌裔拿来各种经典给他们讲解，祭祀周敦颐及程颢、程颐、张载、朱熹，公布《白鹿洞学规》，效仿潭州对他们祭奠的礼仪，确定祭祀的器物，士风大大地改变了。制置使崔与之向朝廷推荐他，他改为华阳县知县。在华阳县他修建学校，招徕各地的读书人，废除羡钱二十万缗，买良田防备旱灾。吴昌裔担任眉州通判，写了《苦言》十篇，考虑蜀地的事十分全面。他主管眉州政事，用法纪治理军队。不久他为权汉州，按惯例相当于知州，领知州的俸禄，吴昌裔命令削去一半俸禄。吴昌裔核实兵籍，兴办社仓，汉州的政事颇有起色。兴元统帅赵彦呐决定东面接纳武仙投降，西面连结秦、巩二州，人们不敢反对，吴昌裔独自奋笔疾书，极力争辩，认为赵彦呐的决定不对。不久，武仙失败，秦、巩二州的人也反叛。
端平元年(1234)，吴昌裔入朝担任军器监簿，改为将作监簿，他又改任太常少卿。徐侨很少肯定别人，只认为吴昌裔贤德。吴昌裔兼皇后宅教授，他以祖宗时规定，不用担当实际职务的官员充当皇后宅教授为理由，极力推辞，朝廷就改任他为吴、益王府教授。百官轮次奏对时，他首先陈述六件事，它们的条目是“：天理的发扬没有纯大，天德的运行没有健旺，天命没有得到修正，天工没有得到辅助，天职没有得到治理，天讨还不公平。”凡是君臣的关系，兄弟的次序，天下人认为最大忌讳而不敢说的，吴昌裔都全面地加以陈述。至于边疆的守臣玩弄法令，提升和惩罚没有章法，吴昌裔讲的特别恳切。吴昌裔被任命为监察御史，他弹劾时没有什么回避，并且说“：现在朝廷的法度纪律果然没被什么所扰乱吗？弹劾到亲戚故旧时就把劾奏他们的奏章留在宫中，不批示，不交议，弹劾到自己宠幸的人时就替他们了结，事情有阻碍的，就公布出去，有疑点的情况则进行调解停止执行。今天提升一个人，说是对身边大臣的体恤，明天提升一个人，说是对京城以外的大臣的劝勉。委屈御史台的精神和风采，官员的罢斥和留用都曲从人情，士气消退，下面的情况被阻滞，这不能纠正官吏的过失，有助于国家的兴盛。”
按台臣的惯例，台谏官每季度到监狱中去视察和处理案件。这时有一个争夺常州一万四千亩土地的案子，平江也有数百亩土地的争诉案，株连了一百多人，看案卷材料，才知道是赵善湘的儿子赵汝木熏、赵汝梓是主犯，州、县都不敢裁决，吴昌裔连续上书弹劾罢免赵善湘。冬天打雷，春天下大雨雪，吴昌裔在皇帝斋祀的地方点着蜡烛起草奏疏，凡是皇上的过失，宫廷的宠幸，朝廷官员的任用，都写在上面。吴昌裔又说：“将帅违犯和抗拒命令，受宠的女子以私事谒见请托，又起用旧党，边疆的祸患，都是阴暗的方面。”他还说“：现在陛下在黎明时就在朝堂上处理政事，有时候不看事情的情况介绍；私人的拜见请托，有时候不告诉政府。上面逐渐沉溺于享乐、安逸，下面没有同心协力的风气。内有宠臣怀着私心，是君心的蛀虫；外有贵戚子弟缺乏谨慎，是朝政的祸害。流言杂沓，私宠和贿赂很明显，想让上下像乐器箫、勺那样和谐，能行吗？”
吴昌裔又惦念蜀地的事面临危险，列举了四件事进献给皇上：一是充实防御敌人的规模，二是慎重地奖赏有功的人，三是寻求武器、粮食等军用物资，四是储备具有统帅才能的人材。当时有果、阆二州的守臣在敌人进攻时逃走了却得到晋升，有遂宁知府李炜父子没去边疆而因此受到奖赏，使全军覆灭的赵楷、放弃城池逃跑的朱扬祖都不加以惩罚；还有统帅赵彦呐年老智衰，他的儿子践踏刑法、贪财，士卒不听从命令，安癸仲认为自己遭到抨击和弹劾是可耻的事，就想办法被重新起用，又想从被贬的地位上来代替统帅，吴昌裔对这些都上疏进行弹劾攻击。
吴昌裔又多次讲三边的事说“：如今朝廷之上，百官晏然，言论的事比施行的事多，多余的条文妨碍实际事务。皇后的亲族和王府的不必要的费用，各官署办公的常法，对职务清简官员的任命，各道不正常的申请，以至土木工程的修建，各个时节的宴饮游乐，在神霄宫的祭祀，国家举行大典礼时的赏赐，修饰姿容和置办饮食供张的器具，都和平时一样。至于练兵和使粮食丰裕的方法，修战车和准备战马的事，却废弃不讲。”吴昌裔还援引靖康时的衰败，痛哭着讲了这些。
吴昌裔被免去台谏官，担任大理少卿，他多次上疏辞官，皇上不允许。正赶上杜范再次担任台谏官，攻击参知政事李鸣复，有人认为吴昌裔与杜范友好，他们一定互相勾结，就多次诬陷吴昌裔，吴昌裔就以工部侍郎的身份出朝担任参赞四川宣抚司军事。有人说“：这是李纲救太原的事。太原不能救，只因为李纲主张与金人作战，所以才让他出朝而已。”吴昌裔说：“皇上的命令，不能不立即执行。”他就慷慨地用包袱包好被子出关，他突然得病，在中途病情更重，皇上听说后，授予他秘阁修撰的官职，改到嘉兴府去任职。吴昌裔说“：我因病不能回四川去救父母，在上辜负了皇上的恩德，在下辜负了我的这片心，如果舍弃远方到近处，舍弃危险到安全的地方，人们将怎样看待我？”他推辞了四、五次，而议论他的人说他逃避事情。
吴昌裔改到赣州任职，他推辞，朝廷就让他以右文殿修撰的身份主管鸿庆宫。吴昌裔升为浙东提刑，他推辞，改为婺州知州。婺州向朝廷报告旱灾，那里的老百姓日夜盼他去，他就不忍心推辞，他减去侍从和帷帐前去上任，派属官召来县令走遍田间巡视旱情，免去老百姓的粟米八万一千石、钱二十五万缗有零的赋税。吴昌裔被加官为集英殿修撰，他去世，以宝章阁待制的身份辞官。
吴昌裔刚正庄重，遇事敢于讲话，十分熟悉典章制度。曾辑录至和、绍兴年间各个官员的奏议原委，书名叫《储鉴》。又会粹从周、汉代直到宋代蜀地的得失，出兵作战和取得财物的地方，书名叫《蜀鉴》。他有奏议、《四书讲义》、《乡约口义》、《诸老记闻》、《容台议礼》、文集在世间流行。
当初，吴昌裔和徐清叟、杜范同一天担任台谏官，他们都是天下正直的人，人们都想听见他们为官的风采，有的人甚至和《三谏诗》来宣传他们。但才担任七个月的台谏，吴昌裔就被调走，所以没有不替他惋惜的。后来吴昌裔的谥号是“忠肃”。