康熙二十年（一六八一）二月辛卯（初七日），命展沿海边界。
总督姚启圣、巡抚吴兴祚先后具疏请开边界，俾沿海人民复业。上命议政王贝勒大臣集议。议政王等奏言：前经大将军康亲王等奏请，已令展界。嗣因海寇窃据海澄，复迁边界，移居民于内地。今金、厦虽复，贼渠未灭，事关重要，应令福建总督、巡抚、提督定议奏闻。上谕：金门、厦门诸处已设官兵防守，应如该督、抚所题，照旧展界。如有奸民借此通贼者，仍令严行察缉。
六月戊子（初七日），命总督姚启圣等规定彭湖、台湾。
启圣等奏：侦得逆贼郑锦已于正月二十七日身死，其长子为众所杀，伪侍卫冯锡范立锦次子克塽，锡范婿也。上谕：郑锦既伏冥诛，贼中必乘离扰乱，宜乘机规定彭湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等其与将军喇哈达、侍郎吴努春同心合志，分派绿旗舟师酌量前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。
七月己卯（二十八日），命原任右都督施琅为福建水师提督，帅舟师进取彭湖、台湾。
上谕议政王等曰：今诸路逆贼俱已歼除，应以见在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期领舟师进取彭湖、台湾。其万正色改为陆路提督，诺迈还京候补。
朱逖先先生曰：施琅之初任福建水师提督，由于海澄公黄梧之荐（见逆臣传中郑芝龙传）。此次复任福建水师提督，则由于姚启圣之荐。此事他书均未载，惟海上见闻录卷二云：『总督姚上疏请攻台湾，力荐内大臣施琅可任水师提督。万提督（正色）言台湾难攻，且不必攻。朝命召见施琅，仍以靖海将军充水师提督，改万正色为陆师提督』。见闻录所记，颇多确实可信。
姚启圣之荐施琅，其奏疏今存于姚氏忧畏轩奏疏卷三。第一奏疏略云：『题为特举能臣蚤靖海氛事：目下剿贼平海，全赖水师提督一官。今陆路既不能冲击矣，如水师战胜，贼自败走台湾；如水师不胜，贼仍盘踞厦门。是总督、巡抚、陆路提督不过相助为理，而决胜成功，实水师提督一人任也。前自昭武将军请辞水师提督之后，会推镇江将军王□，今改任四川提督，升授湖广总兵万（正色）为福建水师提督；是皇上求贤若渴之心，求一胜任水师提督者，亦可谓博览旁求、费尽苦心矣。提督与臣，均系封疆大臣，自应和衷共济，岂可滥置异同之词。臣思今日在外诸臣，且不必问其才干之有能与不能，要先看其遇事之肯任与不肯任；亦不必问其行事之克济与不克济，要先看其心力之肯尽与不肯尽，而大概定矣。臣任藩司时，闻知原任水师施琅威名，郑锦畏之如虎，所以郑锦将施琅之子齐舍与侄亥舍给以官爵以羁縻之。通省之乡绅、举贡生员、文武兵民、黄童白叟，万口同声，皆知其堪任水师提督也。臣任藩司时，统领韩大任标兵、并臣自缮兵救援漳州，即以为海贼异常猖獗，水师提督亟须得人，保举施琅，具启康亲王，并通详宁海将军喇、镇平将军耿、刑部尚书介、礼部侍郎吴、总督郎、巡抚杨在案。后闻施有子有侄在海，且当日撤回原自有因，臣亦不敢力保。臣同平南将军商议云：施琅即有一子在海，尚有六子在京，其京中家口数百，岂肯为一子而舍六个儿子与数百口家眷乎！今水师提督愈选愈难，北风将至，大举及期，若再所调船只不多，攻击不胜，转盼又是一年，糜费数百万钱粮，纵贼养廱，遗累百姓，臣罪竟无底止矣。此时断难缄默，伏乞皇上蚤赐定夺。谨具疏密题。康熙十八年六月』。
第二荐疏略云：『保举原任水师提督施琅，如蒙皇上俞允，祈即命施琅驰驿星赴江南，面验鸟船。江、浙之船，果否堪令闽省官兵统带至闽？并令兼程赴闽，酌议现在船只是否足用？彼以曾破厦门之官，轻车熟路，一言可决，实胜臣等揣摹忆度之词万万矣。如以水师提督已补万（正色），查调任水师提督王以定海将军管提督事，则施琅曾受国恩授靖海将军或命施琅以将军总统水师事务，则将军、提督可并收得人之效矣。至广东应否添立水师、万正色可否移调广东，仰祈皇上睿裁。臣会同巡抚臣吴（兴祚）、将军管提督事臣杨（捷）合疏密题，伏祈敕议施行。康熙十八年七月』。
据上二疏，则排除万正色为福建水师提督而力荐施琅为福建水师提督，全出于姚启圣之密奏。此书抑姚扬施，姚之荐施没而不载，似施琅受清圣祖特达之知，而下文施琅贪功揽权之劣迹，乃可以掩饰而不露矣。
八月戊子（初八日），调浙江平阳总兵官朱天贵赴福建。
总督姚启圣奏：臣军前所有舟师，乃平阳总兵官朱天贵旧部；若令他人统辖，恐一时未能驯习。且天贵声名素为海寇所惮，来归之时已与贼相攻成仇；今若令将原军，必能竭力图报。请敕下浙江总督，速发天贵并原带部下精兵三百人至福建，同臣等协力进剿。上报可。
十月丙午（二十七日），命总督姚启圣同提督施琅帅师进剿。
琅奏：督、抚均有封疆重寄。今姚启圣、吴兴祚俱决意进兵，臣职领水师，征剿事宜理当独任。但二臣词意恳切，非臣所能禁止，且未奉有督、抚同进之旨，相应奏闻，恭请睿裁。上谕：总督姚启圣统辖福建全省兵马，同提督施琅进取彭湖、台湾；巡抚吴兴祚有刑名钱榖诸务，不必进剿。
十二月辛巳（初二日），命加从征台湾各官秩。
先是，上允总督姚启圣奏，于部例外另立赏格罚例，以激劝将士。至是，启圣请加进剿官员级，兵部议不准行。上谕：见在荡平海寇，进取台湾官员可各加一级。
康熙二十一年（一六八二）四月甲午（十七日），命总督姚启圣等审度海寇情形，酌行剿抚。
先是，提督施琅奏：贼■〈舟宗〉久泊彭湖，悉力固守。当此冬春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣见在练习水师，又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。请俟明年三、四月间进兵，可获全胜。上允之。至是，琅又奏：夏至南风盛发，不可进兵，请至十月大举。上命议政王贝勒大臣集议。议政王等奏言：师期不便屡迁，应檄姚启圣、施琅克期于夏至后进取台湾。上谕：进剿海寇，关系重大，总督姚启圣、提督施琅身在地方，务将海上形势、贼中情状审察确实，如有必可破剿机宜，即协谋合虑，酌行剿抚，毋失事会。
五月戊辰（二十一日），命福建将帅诸臣防守陆路隘口。
上谕议政王等曰：据报，总督姚启圣、提督施琅于五月初四日帅师进取台湾。大兵启行之后，金门、厦门及陆路诸隘口所关甚要，速移文福建将军、巡抚、陆路提督、总兵官等，务期有裨地方，协志和衷，严加防御，以固守要隘。
乙亥（二十八日），命总督姚启圣等相机进剿。
安塘笔帖式报称：大兵进取台湾，以风大不得前，总督姚启圣尚驻铜山、提督施琅移泊云霄。闻海贼刘国轩等扼守彭湖诸隘，瞷我兵前进，即抄袭其后。于是议政王等会议，请檄总督姚启圣、提督施琅，若目前风大，未便进剿，即统官兵回汛，整饬舟师，相机再举。上报可。
八月壬寅（二十七日），命撤还福建满兵。
总督姚启圣奏：闽省有绿旗官兵，又有汉军甲兵，进取台湾、防守地方，业已足用，且机会难定，糜饷实多，大兵似宜撤回。上命将军喇哈达等尽率福建大兵还京师。十月己卯（初六日），命总督姚启圣等催办粮饷。
提督施琅奏：臣于水师营中简选精兵二万余人、战船三百艘，已足破灭海寇，请令督、抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼，无拘时日。臣整理舟师，时加操练，但遇风利，即可进兵。上谕：提督施琅既请以讨寇自任，总督姚启圣可停其进剿，同巡抚吴兴祚趣办粮饷，勿致稽误。前姚启圣具题功罪定例，付施琅遵行。
朱逖先先生曰：案施琅贪功揽权，冒险徼幸，于姚启圣忧畏轩奏疏卷四夹击台湾疏中披露无余。其疏云：『准水师提督臣施（琅）移到密题疏稿，内称台湾进剿方殷，督、抚二臣各有封疆之寄，内地责任匪轻；今二臣矢志决行，辞极意切，非臣所能中止，且未奉有督、抚同征之旨等语。臣阅之，不禁中心如焚如溺，而不能自已也。臣与抚臣吴（兴祚）均蒙皇上特拔隆恩，同心合力，誓以死报。今进剿台湾，何等重大，臣等焉肯舍生怕死，一听提臣自为决战，而不竭力相助有成乎！臣等见得欲取台湾，势必先取澎瑚。然止靠此一路进兵，风浪顺逆利钝，尚未可知。密探台湾幅■〈巾员〉，上至上淡水，离福州之定海仅四更天船；下至下淡水，离广东之南澳仅九更天船：此台湾之袤延长阔如此也。内多土番，半归海贼。但自上淡水至台湾，计程二十余日，崇山险恶，溪港七十余条。自正月至九月，雨水泛涨，势难进兵。惟此十月、十一月、十二月，天晴水涸，可以计进。臣等若攻克上淡水，则恩抚土番，结阵而进。如能直抵台湾，则澎湖进兵，易于取胜；即不能，而中途遥应，深入贼后，亦可以寒贼之胆而壮我兵之威。臣捐造修战舰七十只，捐募勇兵三千二百名，抚臣亦竭力捐造捐募。然上淡水一路，必须先进二十余日。臣欲同抚臣先进兵淡水，安布已定，而后飞棹围头，复与提臣进兵。此臣等四月闻郑经死时，即造船、募兵、措饷、置械，直至今日矣。今如提臣所请，不几置此兵于可惜乎！且水师提臣冀挑选四镇官兵，所用水兵止一万一千余名，所用陆兵实有二万余名，水兵自服提臣调度，若不出海，则陆兵无人总统，万一临期退缩，不大误此盛举乎？即提臣水陆官兵尽皆勇奋，船只战守悉已谙熟，臣身任总督犹不敢坐视；况提臣到任未几，水陆配船未定，臣安肯逍遥缓带，一听提臣之自为战乎？提臣所请为内地计者，常时之旧规，臣等请出兵夹击者，出奇之胜策。即臣等出师海上，自将内地安顿妥当而后行，亦不敢冒昧从事也。如过此冬月后，即不能再攻淡水，然二臣各统捐兵助战，或合攻以壮军声、或分途以乱贼心，亦未必于提臣无小补也』。
观姚氏此疏，其作战计划，主于夹击；苟不为独占功勋计，未有不赞成其双方并进之策而得其声援者。乃施琅进先入之言，谓『督臣姚启圣生长北方，汪洋巨浪之中恐非所长。抚臣吴兴祚见在升任，即有新抚臣，初到视事，恐未识闽疆情形』（见靖海纪事卷上施琅密陈航剿海务机宜疏）。又云：『督臣灭贼之念实切，惜乎生长北方，水性海务非其所长，登舟之际，混心吐呕，身体维艰；愿独任臣讨贼。所设水师，就中挑选精兵二万有奇、大小战船三百号，尽堪破贼，可以无用陆师，转觉牵制，卒难成功』（见靖海纪事卷上施琅请决计进剿以收实效疏）。于是清廷独任施琅进攻彭湖、台湾。而不知琅实行险徼幸，并非计出万全。
如以六月进攻彭湖：彭湖于六月内数起大风，无三日晴朗。遇大风，舟立壤（见海上见闻录卷二）。刘国轩谓『施琅徒有虚名。当此日日飓暴之朝，敢统舟师越海征船』。又云：『俗言六月，三十日有三十六暴。今日乃十六、明日十七，十八、九就是观音暴、洗蒸笼暴，安有无风之理？当养精畜锐拒险守隘，以观其败』（见台湾外纪卷二十七）。当大战时，云起蔽天，郑师相贺，以海洋占「雷鸣风止，云起风生」，可乘机也。俄大雷电，众骇而溃。国轩推案哭曰：『天也，夫何言』！遂突吼门去（见倪在田续明纪事本末卷七）。然始交绥时，琅目中炮伤，几殆。其徼幸一也。
琅破彭湖后，乘胜迫台湾，至鹿耳门，胶浅不得入，泊海中十有二日，忽大雾，潮高丈余，舟浮而过。台湾人亦惊为天意（见明延平忠节王始末卷四）。其徼幸二也。
刘国轩败回台湾，郑克塽大会文武，议战守之策。建威中镇黄良骥曰：『彭湖失守，台湾势危，不如将大小战船暨洋船配眷口兵士，从此山边直下，取吕宋为基业』。时冯锡范执政，亦主全师取吕宋。中书舍人郑德潇进呈地图，并陈可取事宜甚详（见台湾外纪卷二十九）。而刘国轩先受姚启圣密书之招，国轩以书报之，启圣故泄之，以离间其上下（见明延平节王始末卷四）。于是国轩惧克塽之疑己，决主降清而排斥取吕宋之谋，施琅遂得安取台湾，受郑氏之降。其徼幸三也。