康熙十九年（一六八六○）二月癸未（二十三日），提督万正色奏克海坛。
先是，上命福建总督、巡抚、提督酌定进止机宜，巡抚吴兴祚奏：臣询之习知贼中情形者云，贼■〈舟宗〉虽多，不如我新造鸟船坚固便捷。今郑锦悉调舟舰，皆在海坛齐集，宜乘风汛甚利、将士方锐，先攻取海坛，破贼藩篱，则金门、厦门自可乘胜而下。臣□□□、臣万正色决策：正色以水师直攻海坛，臣□□兵赴同安，同督臣姚启圣、提臣杨捷调陆□□规取厦门。正色亦奏：荷兰国船迟速莫必，转盼三、四月间南风一作，我舟即难前进。今新旧大小战船俱集定海大洋，抚臣吴兴祚前来阅视，知其可用。臣已与决计进讨，兴祚率标兵驰赴同安，为巨声援督臣姚启圣、提臣杨捷调陆兵据围头以遏贼出入，臣定于二月初四日进取海坛。至是，正色统率官兵，由定海进发，于是月初六日抵海坛。贼乘舟逆战，正色随分前锋兵为六队，直冲而入，亲统巨舰继之。又以轻舟绕出其左右，并力夹攻。炮火齐发，击沉贼船十六艘，溺水死者三千余人，余贼溃遁。我兵遂驻泊于海坛。
命将军赖塔等分部官兵，应援进剿之师。
总督姚启圣〔奏〕：提臣杨捷与臣定议，将新配水师再操演半载，俟荷兰国船至，一同进发。今抚臣吴兴祚□□奏出师意不可挽，臣等何敢以所见有异，推诿迟回。臣随同将军臣赖塔、提臣杨捷会商，已派拨官兵。上谕：今巡抚吴兴祚、提督万正色灼见贼势，乘机进□，□经克取海坛，将军赖塔、总督姚启圣、提督杨捷共会商分拨满洲、绿旗水陆官兵，以策应进剿之师。
三月癸卯（十四日），巡抚吴兴祚奏克湄州诸澳。
时伪总督朱天贵等自海坛败走，驻泊兴化之湄洲等澳。兴祚与提督万正色水陆追蹑，连取湄洲、平海二澳。天贵复纠集伪将军林升等三百余■〈舟宗〉，逆战于崇武。兴祚复于二月二十日与正色两路夹击，大败之，击沉贼船三十余艘，溺水死者三千余人，擒斩伪将弁兵士六百余人，获伪印札、械器无算，遂取崇武、泉港诸澳。我师傍泉州而军。
乙巳（十六日），巡抚吴兴祚奏克金门、厦门。
兴祚同宁海将军喇哈达、同安总兵官王英等，于二月二十六日进兵同安港口。贼坚守■〈氵丙〉洲、浔尾二城，兴祚等既进攻，复遣人宣谕，降其伪将士二千余人，二城皆下。遂分兵三路，转战而前，于二□□八日抵厦门。又将军赖塔、总督姚启圣等从松屿至，提督杨捷、总兵官黄大来等从海澄至，三面夹击。贼不支，皆遁。于是诸将帅会官兵取金门，贼亦弃城走，居民悉降。
四月戊子（二十九日），命兵部侍郎温代往福建，会议防海设兵事宜。
提督万正色奏：闽省之患，海甚于山；防守之宜，水重于陆。海澄、厦门、浯屿、金门、围头、海坛、平海、定海、烽火门、日湖、獭窟、永宁、铜山、南澳等十四处，或孤悬海上、或滨海要冲，若以兵三万人设镇分防，不时巡缉，则贼不能肆犯，我兵得以乘机歼灭寇氛矣。疏入，上谕防海设兵，所关最要。令兵部侍郎温代前往，会同尚书介山、侍郎吴努春及该总督、巡抚、提督亲诣诸处详阅定议。
七月癸巳（初六日），授朱天贵为左都督。
总督姚启圣奏：臣等前遣人往伪总督朱天贵，天贵已约期来降，因家口俱在厦门，迟回未即至。今厦门既克，逆贼郑锦等皆窜还台湾，而天贵独留南澳。臣等奉大将军康亲王密谕，复遣人前往招抚，天贵果倾心归顺，率伪文武官六百余人、兵二万余人、大小船三百余艘，于五月十九日已抵海澄。上谕：朱天贵率领伪属官兵船艘倾心向化，深为可嘉，从优授为左都督，遇总兵官缺即行补用。寻授天贵为浙江平阳总兵官。
八月庚申（初四日），命将军喇哈达等帅师镇守福州、漳州。
侍郎温代等奏：今逆贼败遁未久，且投诚人员甚多，不便多撤大兵，宜以一千人守福州、一千人守漳州。上谕令将军喇哈达、副都统马思文率兵一千守福州，副都统纪尔他布吴申巴图鲁率兵一千守漳州，俱听■〈口赖〉哈达总辖。尚书介山、侍郎吴努春率兵一千还京师。
设官兵防守金门、厦门诸处。
侍郎温代等奏：金门、厦门、铜山、海坛各设总兵官一员、兵三千，闽安镇设副将一员、兵二千，铜山设副将一员、兵一千，俱听提督万正色统辖。正色自帅兵三千驻海澄，仍拨标兵二千协守厦门。其南澳不必设兵，如有贼寇屯据，令闽、粤二省会师剿灭。浯屿、围头、永宁、日湖、獭窟、平海、烽火门诸处作何拨兵防守？听该总督、巡抚、提督等酌量而行。上报可。
辛酉（初五日），命福建督、抚、提督等招抚彭湖、台湾诸寇。
先是，总督姚启圣欲待荷兰船至，然后兴师。及提督万正色等进兵克海坛、厦门、金门，启圣复奏请身往彭湖、台湾攻取。上命与巡抚、提督等详议具奏。正色因奏言：彭湖远悬外洋，仅有三澳可泊，且港口迫狭，不能联舟而进。台湾乃外国荒远之区，其隘口浅陿，仅可方舟，一人守险，万夫莫开。卒遇风涛，驻泊无所，粮运不继，将为大忧。今逆贼郑锦等窜处台湾，分遣伪镇，已扼澎湖之险。并力穷追，或成困斗；徐行招纳，必自归诚。况闽海残黎既遭饥馑，又苦借派，息兵休民，犹恐未靖；劳师动众，将何以安。臣愚，窃谓今日之计，宜沿海设戍，以固疆隅，不可轻议进兵，以滋劳扰。启圣又奏：郑锦不灭，则广东、浙江、福建山海之寇终难殄绝。臣愿亲督水师进取台湾。上谕：台湾应否进取，令侍郎温代会同尚书介山、侍郎吴努春、总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督杨捷、万正色等速行确议以闻。至是，温代等奏覆：宜如正色言。上谕：台湾、澎湖暂停兵，令该总督、巡抚、提督等招抚贼寇。如有进取机宜，仍令明晰具奏。