康熙二十二年（一六八三）二月甲申（十二日），调兴化等处官兵同水师进剿。
提督施琅奏：冲风破浪固赖水师，若至彭湖、台湾登岸击贼，须得陆路兵相为协力，请檄调兴化江东诸路官兵三千余人配船进剿。上报可。
三月丁卯（二十五日），命总兵官朱天贵仍留福建。
提督施琅奏：进剿台湾，选派水陆官兵已足办贼，平阳总兵官朱天贵所部之兵似不必更留福建，虚糜粮饷，请发回原汛。议政王等议：如其言。上谕：今提督施琅进剿台湾，深入海岛，朱天贵及原带官兵仍留福建，在后策应，听施琅调遣。
五月甲子（二十三日），趣提督施琅进兵。
先是，总督姚启圣奏：海贼刘国轩遣伪官黄学携书至，有屈使赴议之请。据黄学云，国轩等请照琉球、高丽外国之例，称臣进贡，奉正朔、受封爵，但不薙发登岸。应否如其所请，遣官往议，请敕下臣等遵行。上谕：台湾贼皆闽人，不可与琉球、高丽国比。如果能悔罪，薙发归诚，该督、抚等遴选贤能官员前往招抚。或贼闻知大兵进剿，计图缓兵，亦未可料；其审察确实。倘有机可乘，提督施琅即遵前旨进兵。至是，启圣奏遣福州副将黄朝用往谕，刘国轩等仍如前言。上乃趣施琅速行进兵。
闰六月己巳（二十九日），提督施琅奏克彭湖。
海贼刘国轩知大兵进剿，调集战船二百余艘、贼兵二万余前来彭湖固守各险要。六月十四日，琅率将士由铜山进发。十六日抵彭湖，击败贼众，杀伪官兵二千余人。二十二日，分兵为三支，用火器夹攻，复大败之，获贼船三十余艘，焚毁者一百五十余，杀伪将军曾瑞等三百余人、兵一万二千有余，国轩乘小舟从吼门遁走。我兵遂克彭湖，伪官兵四千余人皆降。施琅以闻。上深嘉之，命兵部察明在事有功人员，从优议叙。
七月戊子（十九日），遣工部侍郎苏拜往福建督理军需。
上谕户、兵二部：海洋险远，风涛不测。自明以来，贼寇盘踞岛屿，出没靡常，为害已久。本朝平定闽省，逆贼郑成功窜伏海岛，侵扰沿海地方，虽屡经征讨，未尽根株。逆孽遁踞台湾，蠢尔游魂，尚恣窥伺。自滇、黔底定，贼寇殄除，独兹海外鲸鲵，犹梗王化，必须用兵扑灭，扫荡逆氛，庶海宇安全，民生乐业。特命施琅为水师提督，统领舟师，并饬该督会商调度，相机进剿。今克取彭湖，已扼险要，台湾逆穴，指日歼灭，立见廓清。凡进剿军前所需兵饷米折、应用器械及修理船舰、预备物料各项钱粮，所关甚要，宜差部院堂官一员，前往会同督、抚速行料理；不拘何项钱粮，就见在者准其动用，毋致贻误。其同施琅进剿官员兵丁，可如进剿云、贵事例，俱从优加级赏赉，以示朕鼓励将帅、优恤兵伍至意。应差堂官职名开列具奏。户、兵二部因开列堂官职名具题，上令工部侍郎苏拜前往。
丙申（二十七日），颁敕抚谕郑克塽等。
大兵既克彭湖险地，伪藩郑克塽大惧，遣伪礼官郑平英等赍降表至提督施琅军前，琅转送总督姚启圣。启圣奏言：面询平英等云，若招抚恩诏颁到，克塽即率官兵薙发登岸。臣思贼若窘追，必走外国，恐根株未尽，或遗后患。乞颁赐赦诏，迅发驿骑飞驰到闽，即行招抚。上命内阁撰写敕谕，发姚启圣军前，同提督施琅酌行招抚。
敕曰：皇帝敕谕郑克塽、刘国轩、冯锡范等：帝王抚驭寰区，仁覆无外，即海隅日出之邦，无不欲其咸登衽席，共享升平。尔祖父自明季以来，出没海洋，盘踞岛屿。本朝定闽之后，尔祖郑成功窃据一隅，甘外王化。以及尔父郑锦苟延岁月，假息偷生，勾引奸徒，窥伺内地。屡经剿抚，仍然执迷不悟，顽梗怙终。至尔年方童稚，惑于党类之言，妄思效尔前人，窜伏台湾，恃为窟穴，倚险负固，飘突靡常，以致沿海地方，里闬不宁，时遭兵燹之厄。朕念中外兵民皆属赤子，何忍其久罹水火，不加拯救。故特命水师提督施琅等选将练兵，整饬战舰，扬帆进剿，直出大洋。旋据奏报，已经克取彭湖，尔等抗拒大兵者歼灭殆尽，余众败遁台湾。目今舟师进剿，指日荡平。近据总督姚启圣奏称尔等具表请降，又据来使呈乞恩赦。朕体上天好生之心，薄海内外，率俾安全，特颁敕旨，前往开谕。尔等果能悔过投诚，倾心向化，率所属伪员军民人等悉行登岸，将尔等从前抗违之罪尽行赦免，仍从优叙录，加恩安插，务令得所。煌煌谕旨，炳如日星，朕不食言。倘仍怀疑畏，犹豫迁延，大兵一至，难免锋镝之危，倾灭身家，噬脐莫及。尔等其审图顺逆，善计保全，以副朕宥罪施仁至意。
丁酉（二十八日），赠总兵官朱天贵太子少保。
彭湖之战，贼既败走，天贵奋力穷追，中飞炮死。总督姚启圣以闻。上谕：朱天贵矢志灭贼，倡率前驱，捐躯报效，忠勇茂着；其加赠太子少保，荫一子入监读书。
八月甲寅（十五日），提督施琅奏郑克塽降，台湾悉平。
琅奏言：七月十五日，郑克塽复遣伪兵官冯锡珪等，伪侯刘国轩、伪伯冯锡范遣其弟伪副使刘国昌、冯锡韩等赍降表文稿诣臣军前，请缴伪册印，率众登岸，以求安插。臣随遣侍卫吴启爵、笔帖式常在同冯锡珪等持榜示往台湾晓谕伪官兵民，验视薙发。即令克塽等缮写降表，并伪册印一并赍送前来，以便代奏。至台湾虽在敻海之表，地方千余里、户口数十万，或弃或守，仰候上裁。上谕：览卿奏，台湾就抚，郑克塽、刘国轩、冯锡范等遣伪员冯锡珪、刘国昌、冯锡韩等具疏投诚，愿缴送伪册印率众登岸，求请安插，已令侍卫吴启爵等持示前往晓谕安辑；海洋远徼，尽入版图，积年逋寇，悉皆向化，具见卿筹划周详，剿抚并用，克奏肤功，朕心深为嘉悦。在事有功人员，该部一并从优议叙。余令议政王贝勒大臣会议以闻。议政王等因奏：台湾应弃应守，请俟郑克塽等率众登岸，令侍郎苏拜等与该督、抚、提督会同商酌定议具奏。上报可。
寻琅又奏言：臣八月十一日率领官兵自彭湖进发，十三日入鹿耳门，至台湾。十八日，郑克塽及伪文武官俱已薙发。九月二十五日，宣读赦诏，克塽等皆欢呼踊跃，望阙叩头谢恩。所有郑成功之子伪辅政公郑聪等六人，郑锦之子伪藩郑克塽及其弟伪恭谨侯郑克塽等共九人，伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范等子弟及明裔朱桓等十七人，并旗兵续顺公下官兵家口、海澄公家口，臣俱拨船配载官兵，陆续护送，移入内地，并移咨侍郎臣苏拜、督抚二臣，听其安插。其余伪文武各官家口，见在趣令起行。兵丁有愿入伍及归农者，听其自便。至于江、浙、闽、粤各省被获男妇，臣仰体皇仁，已悉令其回藉。其伪册印札付，已次第追缴。仓库人民户口册籍、船艘军器，俱令巡海道线一信等察收。
九月戊寅（初十日），授提督施琅为靖海将军、封靖海候，诸将士升赏有差。
上谕吏、兵二部曰：向来海寇窜踞台湾，出没岛屿，窥伺内地，扰害生民，虽屡经剿抚，余孽犹存，沿海地方，烽烟时警。迩者滇、黔底定，逆贼削平，唯海外一隅，尚梗王化。爰以进剿方略，咨谕廷议。咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全。朕念海氛不靖，则沿海兵民弗获休息，特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵征进。该提督忠勇性成，韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平。遂训练水师，整顿战舰，扬帆冒险，直抵彭湖，鏖战力攻，大败贼众，克取要地，立奏肤功。余众溃遁台湾，慑服兵威，乞降请命；已经纳土登岸，听候安插。自明朝以来，逋诛贼寇始克殄除，濒海远疆自兹宁谧。此皆该提督矢心报国，大展状猷，筹划周详、布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。施琅可加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替，以示酬庸。前进剿云南官员曾各加一级、兵丁赏赉一次，顷因该提督所统官兵出海进剿，勤劳堪念，已经照云南例加给赏赉。复思官兵远抵海疆，冒险剿寇，非滇、黔陆地用兵可比在事官员可再各加一级、兵丁再赏赉一次，以示特加优渥至意。尔二部即遵谕行。
朱逖先先生曰：平定台湾一役，清廷独赏施琅而不及姚启圣，而此方略又干没姚启圣功绩而不书。近人撰姚启圣传，谓『琅进攻台湾、取彭湖，启圣驻厦门督馔餫，以大舟载金缯货米至军，赉降卒，遣之归，台民果携贰；复设闲使克塽与国轩互相猜，众莫为用，琅遂定台湾，克塽、国轩等皆降。启圣还福州，未几，疽发背死』（见清史稿列传四十七）。海上见闻录言『其年十二月，姚启圣病故』。启圣亦急于功名之人，宜其愤懑而死也。而施琅之贪功揽权，徼天之幸、因人之功以济其欲，以及清廷赏罚之不公，可见一斑矣。
十月丙寅（二十九日），命严察海寇余党。
将军侯施琅奏：据刘国轩云，伪礼武镇总兵杨彦迪一队船■〈舟宗〉在广南柬埔寨、伪水师二镇总兵周云隆船■〈舟宗〉一队在舟山、房锡鹏一队船■〈舟宗〉在浙江乌洋。察杨彦妻子□□台湾，臣已令保释安插，当俟正月间遣人往调。其周云隆、房锡鹏，亦当遣人谕令来归。如不归顺，应行浙江总督发兵扑灭。尚有郑克塽等兴贩外国过洋船艘，已遣外委守备曾福等往察，悉令返棹。上谕：施琅遣官往察诸处船兵，具见筹划周详，可嘉。此等现在海洋船艘、伪官兵丁，其严加详察，俱令速归，务尽根除，勿得仍留余党，致滋蔓延。该部知之。
康熙二十三年（一六八四）四月己酉（十四日），命设置郡县于台湾，设官兵守之。
都察院左副都御史赵士麟、将军侯施琅、侍郎苏拜等俱以台湾不宜弃，交章上言。上谕：台湾设立郡县营伍之制，令侍郎苏拜、将军侯施琅及总督、巡抚、提督详议。既苏拜等议奏：台湾地方千余里，应设一府、三县。府城及附郭一县治赤■〈土敢〉，一县治凤山，一县治诸罗山。但距省会辽远，应设一道员分辖。又台湾设总兵官一员、副将二员、兵八千，分为水陆八营；彭湖设副将一员、兵二千名，分为二营。每营设游、守、把等官。上允之。改赤■〈土敢〉为台湾府，附郭县为台湾县；以凤山为凤山县、诸罗为诸罗县。
十二月甲辰（十三日），授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔。
先是，侍郎苏拜等奏：郑克塽、刘国轩、冯锡范等应俱令赴京。又明裔朱桓等亦应令其赴京。其武职官一千六百有奇、文职官四百有奇，愿回籍者应许其各回原籍，愿受职者应俟该部察例议叙。又兵四万余人，愿入伍者令其充伍、愿归农者听其归农。上谕：郑克塽家口亲族及刘国轩、冯锡范、陈永华本身家口，俱遣发来京。其伪官人员并朱桓等，俱于附近各省安插，令其垦荒。余如所议。至是，克塽等至京。上念其纳土归诚，授克塽公衔，国轩、锡范伯衔，俱隶上三旗。仍令该部拨给房屋田地。
钦惟皇上彻威丕着，仁风遐播，海外诸国，咸倾心归化，叩关来庭，受名封、修职贡，罔敢违贰；独郑锦以海贼余孽，凭岛屿之险，招集群不逞之徒，每乘潮登陆，钞略附近邑聚。先年虽为我兵击败于金门、厦门，贼犹窜处台湾，不时出没，大为濒海居民害。康熙十三年，耿精忠反，锦乘机袭漳、泉诸郡。及王师平定福建，即驱之入海。皇上复深维远虑，谓岛逆不除，则海疆兵民罔获宁息。与其兴师于异日，莫若乘兹军威之震迭，速行剿绝。爰询内外诸臣进剿机宜，诸臣咸以海洋险远，风涛莫测难之。赖我皇上干纲独断，随厚集师徒，备战舰、具火器，以万正色为福建水师提督，授之规算，赴闽讨贼。于是正色与巡抚吴兴祚酌定，分道前征。正色先取海坛诸要地，兴祚与将军喇哈达等旋拔金、厦二门。贼众既败，遁还彭湖、台湾，悉力为固守计。乃总督姚启圣请亲督水军攻取台湾，而正色又请暂停兴师，沿海设戍；各执己见，互相龃龉。皇上以二臣不协，恐有误事宜，命姑罢台湾之役，仍酌行招徕。
亡何，大兵克定。皇上谓滇南荡平诸寇，岛逆亦当同时扑灭，毋俾久留。复以施琅熟悉闽中地利、海寇情形，特简施琅为福建水师提督，即令其独任征讨之事。贼闻我兵进剿，中怀恇怯，欲行投诚。又自负彭湖、台湾之固，阴持两端，遣人妄自陈，乞如琉球、高丽例。皇上知其降志不诚，计图缓兵，不允所请；随趣施琅速行进剿。迨琅仰遵诏旨，统率官兵由铜山进发抵彭湖，贼果不降，拥众拒险。我兵奋勇进击，大败其众，遂取彭湖，以扼要害。克塽等惶惧无措，始遣人赍表纳款。
我皇上犹推广好生之仁，复布恩纶，赦免克塽等罪，许其归正。由是岛屿悉定，滨海之民数十年被寇患者一旦得安生乐业，永享太平之福。是诚由我皇上圣心最仁，不忍生灵之阽危，而睿谟英断，默运独裁，无少挠于群议之所致也。
臣等窃观经史，颂尧舜之圣者曰「光被四表」、曰「圣教四讫」，颂汤武之圣者曰「海外有截」、曰「通道八蛮」；然其时之疆宇止于九州岛已尔。今开辟未通之地咸入版图，积纪梗化之寇尽为臣仆，盖自古国家幅■〈巾员〉之广从未有如我朝、帝王威德之盛亦未有如我皇上者。猗欤盛哉！皇上之弘图骏烈，炳耀登闳，何至于此极也！