康熙十八年（一六七九）二月甲戌（初九日），命奉命大将军和硕康亲王杰淑等会议征剿海寇机宜。
海寇郑锦者，其祖芝龙，本福建泉州人，明末入海为盗，既就抚，居泉州之安平镇，渔掠海舶利。顺治二年，明□唐王朱聿钊僭号于福州，封芝龙为侯。三年，征南大将军多罗贝勒博罗既平浙江，□分兵付都统公图赖等进定福建，擒斩聿钊，芝龙诣军门降。其子成功率众入海。芝龙至京师，授为精奇尼哈番，奉朝请。自是成功等不时侵扰沿海郡县，肆行钞掠。
九年，世祖章皇帝命浙闽总督刘清泰招抚成功，复令芝龙作书晓谕之。十年，成功遗其父芝龙书，有投诚意，芝龙以闻；因授芝龙同安侯、成功海澄公、芝龙弟鸿逵奉化伯、芝豹左都督。而成功阳受敕印，不即降，请畀之全闽，驻兵舟山，就近支给温、台、宁、绍诸府粮饷。十一年，上谕成功熟思审计，速决从违。成功不应；又贻芝龙书，语涉骄慢。议政王等奏请发兵讨之。于是令该督抚缮城堡、整士马，授世子济度为定远大将军，帅师往讨。十二年，又授都统宜尔德为宁海大将军。帅师征舟山贼。十三年，宜尔德等败海贼于夏关，遂取舟山。十四年，济度遣副都统阿克善等连败海寇于大漳河口、卫套诸地，遂班师。诸王等咸请斩芝龙，诏贳其死，徙宁古塔。嗣浙闽总督李率泰言，宁古塔濒海，恐芝龙从此逸，请诛之以绝寇心；乃械系之。
十六年，成功率众寇镇江；城陷，遂犯江宁。适副都统噶褚哈等自贵州凯旋，至江南，因率所部与江宁满洲、绿旗官兵合势，水陆接战，连击破之，追至镇江、瓜洲，斩杀甚众。成功既大败，以数十舸窜入海中，乃计取台湾徙居之，而令其子锦守金门、厦门。十七年，授都统宗室罗托为安南将军，往讨成功，令靖南王耿继茂自粤东移师驻闽。时王师虽屡剿海寇，未获歼灭。十八年，芝龙遣其子世恩私归，家人尹大奇告变，于是芝龙及其子孙皆伏诛。
朱逖先先生曰：本书卷一云：『顺治十八年，芝龙遣其子世恩私归，家人尹大奇告变，于是芝龙及其子孙皆伏诛』。考温睿临南疆逸史卷十郑成功传亦云：『顺治十八年，以子成功入犯，芝龙与交通，为家人尹大器所首，十月磔于市，并其子世恩家口俱歼云』。温氏撰南疆逸史，时居北京，习闻清廷栽罪之言，即信以为实，而据以入史，其实不足信也。盖芝龙之被杀，由于海澄公黄梧之密陈，又加以执政者之私恨，故为此「私归」、「交通」等辞以栽其罪耳，所谓「欲加之罪，何患无辞」也。
芝龙与其子成功通书遣使，自始至北京以至于被杀，固常有之。清世祖且利用其信使往来，屡使芝龙招降成功，而形之于诏令。何前此不以为罪也？汪镛钟明延平忠节王始末卷三云：『十八年冬十月，从降将黄梧之请，弃芝龙于市』。江日升台湾外纪卷十一云：『海澄公黄梧密陈灭郑五策。其三曰，其父芝龙羁縻在京，成功赂商贾南北兴贩，时通消息，宜速究此辈，严加惩治』。刘献廷广阳杂记卷三亦云：『海澄公黄梧既据海澄以降，即条陈平海五策。一、郑氏有五大商，在京师、苏、杭、山东等处经营财货，以济其用，当察出收拿』。黄梧之密陈，既足以动清廷之耸听，况又加之执政者私恨乎！夏琳闽海纪要卷上云：『世祖崩，执政者与芝龙有隙，遂促杀之』。鹭岛道人海上见闻录卷二亦云：『十月，同安侯郑芝龙为其家人尹文器（当依南疆逸史作大器）出首通海。时康熙新即位，四辅苏克萨与芝龙有隙，以初三日殛芝龙于柴市，又杀其子孙家眷凡十一人』。
据上列数证，则尹大器之告变，或即为政府所指使。且既云世恩私归，则告变时世恩必不在北京。何以芝龙伏诛，又并杀世恩？则私归之言，亦莫须有之词耳。其不足信明矣！
康熙元年，贼中内乱，成功父子相恶。成功欲杀锦，遣人捕系之，锦称兵以拒。成功恚甚，得狂疾，索从人佩剑，自斫其面死。李率泰以状闻。上命继茂与提督马得功分兵进剿，克金、厦二门，锦遁走台湾。然犹窥伺内地，往往乘风潮出掠，沿海之民甚病焉。
朱逖先先生曰：本书卷一云：『康熙元年，成功父子相恶。成功欲杀锦，遣人捕系之，锦称兵以拒。成功恚甚，得狂疾，索从人佩剑，自斫其面死。李率泰以状闻』。清代官书，往往凭前敌讹传诳报之言，即据为信史，例不胜举。且又故为丑辞，以泄其愤戾之气。如所谓父子相恶，称兵拒父，皆为似是而非、淆乱闻听之言。而温睿临南疆逸史卷十郑成功传竟云：『经（官书称锦，即经小名）蒸其宠婢，生子，成功知之，大怒，封刀遣郑泰杀其母子』。温氏此言，似足以证实此书父子相恶之语。此亦温在北京，习闻道听涂说、以讹传讹之辞，不加考察，即据以入史，故与此书之言若合符节，而更加诬也。刘献廷广阳杂记卷四云：『郑飞虹（芝龙字）幼姣好，蒸其后母某氏，其父欲杀之，逃往海盗李旦舟中』。此事之真否亦未可知，当时北京必有传此事者，遂讹而附之于经。
郁永河伪郑逸事云：『成功立法尚严，虽在亲族，有罪不少贷；有犯奸者，妇人沉之海，奸夫死杖下。长子锦舍（原注：即郑经。闽俗父为官，其子皆得称舍）与弟裕舍乳母某氏通，成功知之，命以某氏沉海。锦舍又私匿之，已逾三载，无敢为成功言者。某氏怙宠，颇凌锦舍妇，妇不能堪，以告其祖父唐某号枚臣者，为致书成功。时锦舍守厦门，成功居台湾，以令箭授都司黄元亮，命渡海立取锦舍头来，并令锦舍母董氏自尽。母子迁延未即死，成功病亡，得免』。郁氏杭州人，康熙中尝数游福建，至康熙三十六年丁丑，并游台湾，著书四种，而于郑氏史迹访之尤详。于时距台湾郑氏之亡仅十余年（郁氏着稗海纪游时云：自康熙癸亥削平以来十五、六年），见闻较真确；且与郑氏无关系，无爱憎之心，故其记载较平允，必可征信。沈云台湾郑氏始末卷五所记，与郁氏略同。其言曰：『初，世子经，取尚书唐显悦女孙为妇，不相得，私于其弟之乳媪陈氏，生男，诡谓侍妾出者告成功，诸王及之大夫皆贺。而显悦责成功书，谓「礼有八母，乳母居一，世子与狎，当何辜」？成功暴怒，即令都司黄毓与少傅泰斩经及陈媪及所生男；并斩夫人董氏，以理内不职也』。他书纪载经通乳母事，大略相同，均无蒸宠婢之说。盖成功立法尚严，郁氏所记，最得真确之原因。是父子相恶，因争婢而杀、而拒，其说不足信矣。
此书又谓『锦称兵以拒，成功恚甚』，亦属深文周内之词，未得当时之真相也。盖拒命之举，出于诸将，其原因亦非仅属此一事。海上见闻录卷二云：『赐姓有台湾，改名东宁。时以各社土田，分给与水陆诸提镇，而令各搬家眷至东宁居住，令兵丁俱各屯垦。初至，水土不服，疫疠大作，病者十之七八，死者甚多。加以用法严峻，果于诛杀。府尹杨朝栋以小斗散粮，杀其一家。又杀万年县知县祝敬，家属发配。于是人心惶惧，诸将解体。永历十一年（康熙元年）正月，赐姓严谕搬眷，郑泰、洪旭、黄廷等皆不欲行，于是不发一船至台湾；而差船来吊（案与调音义同）监纪洪初辟等十人，分管番社，皆留住不往，岛上信息断绝。据此，则厦门诸将态度，虽无斩经之事，已成拒命之形；适经事发生，则诸将更加畏惧，兵拒之计遂决。
汪镛钟明延平忠节王始末卷三云：『成功令黄毓持令箭谕兄泰，监斩经、陈氏与所生孙；并董氏，以教儿不谨也。洪旭等接令，大惊曰：「主母、小主，其可杀乎」！乃议杀陈氏及孙以复命。成功不许。部将蔡鸣雷以罪惧责，乞假来厦，构之曰：「藩主誓必尽诛，否则及监斩诸公；已密谕南澳周全斌以兵来矣」。旭等益骇。既闻成功有疾，谓此乱命也，谋曰：「世子，子也，不可以拒父；诸将，臣也，不可以拒君。泰于藩主为兄行，拒之可也」。调兵守大担，诱全斌而执之。成功接诸将公启，有「报恩有日，候阙无期」之句，知金、厦诸将拒命，心大恚恨，疾遂革』。汪氏所记，与江日升台湾外纪及沈云台湾郑氏始末略同。是当时拒命，则尚有转圜之余地也；谓锦称兵以拒，亦不然矣。
刘献廷广阳杂记卷二云：『杨于两为余言：「赐姓之死也，面目皆爪破；曰：吾无面目见先帝及思文帝也」。赐姓之妻董氏，其父讳扬，先朝进士，于两之表叔。于两与赐姓幼同笔研，赐姓召至厦门，表奏永明，授以兵部车驾司郎中』。刘氏之言得之杨氏，最为碻实可信。吴伟业鹿樵纪闻，其说亦与之同。他书谓「以袖掩面死」，固不免过为文饰；此云「索从人佩剑自斫面死」、沈云台湾郑氏始末云「啮指而卒」，皆不免传闻失实矣！
十三年，耿精忠反，锦乘机至福建，据漳、泉诸郡。十五年，大兵入福建，精忠降，诸郡以次收复。锦屡败衄，仍遁入海，而金门、厦门犹为所踞。上欲乘潮荡平海逆，尽其根株，乃厚集舟师，整缮器仗，先规取金、厦二岛，以图彭湖、台湾。又以曩时有事金、厦，曾用荷兰国夹板船，特谕荷兰国王噶喽吧王油烦吗绥极，令具夹板船二十艘，载劲旅前来，协力攻取二岛。至是杰淑等奏：战舰水师尚未具备，其荷兰舟师不便预定时日，且目今海贼已据有海澄、厦门之固，势难急图，宜从容以计取之。上谕：征剿海寇，调发满洲、绿旗官兵甚多。福建经制兵外，又增兵数万，授水陆提督为将军以统之。宜乘此兵力，速行进讨。若如大将军康亲王所奏，需以岁月，则供亿烦费，必将撤还大军，海寇何由殄灭？其令康亲王会同将军、总督、巡抚、提督详议以闻。乙亥（初十日），合发江南、浙江战舰至福建，增设福建兵。
大将军康亲王杰淑等奏：据福建总督姚启圣等启称：进取金门、厦门，须发江、浙臣舰二百艘，增闽省兵二万，迅调荷兰舟师来会，方可大举。至进剿之期，必俟入秋北风起后，彼时战舰师旅一切不误，自能奏功。上谕：翦灭海寇事綦重要，其令江南总督、京口□将军发江、浙战舰各百艘，于进剿期内送至福建；福建仍许增兵二万。将军康亲王等并檄荷兰国迅调舟师，务令如期而至。
三月庚戌（十五日），命大将军康亲王杰淑等规取金门、厦门。
杰淑等奏：臣等已将征调舟师敕谕令荷兰国人赍往，因赶塘、石碑洋诸地为海寇所阻不得行，故未达而还。上谕：顷因定海舟师少，已特增兵。今荷兰国人为寇所阻，何以不行扑灭，俾得前行？音问既未能通，舟师必不能如期而至。如此，则我兵遇有机会，可不俟荷兰舟师，即进剿耶？抑必俟彼船至日，方举事也？兹以剿荡海寇，增调师旅，修理战舰，糜费军饷甚多，大将军王等宜规取金门、厦门，速靖海氛，不必专候荷兰舟师。
四月戊辰（初五日），命加湖广岳州水师总兵官万正色太子少保，调为福建水师总兵官。
时正色条奏闽海情形、水陆战守机宜。上谕：万正色剿寇洞庭，着有劳绩。今岳州、长沙诸处悉已恢复，无烦水师。且正色闽人，稔知水性。兹剿灭海寇之际，从优加太子少保，调为福建水师总兵官，率所部官兵克期速赴闽中。其标下兵有不谙水者仍留岳州，以见在投诚兵内习水者补额携往。至闽之日，即以所条奏事宜，与大将军康亲王等会议酌行。旋擢正色为福建水师提督，统辖全闽水师营务，以专职掌。
五月甲寅（二十一日），命提督万正色统湖广、江南、浙江战舰赴福建。
先是，湖南用兵，令江南造鸟船百艘送岳州军前。至是，岳州既复无须舟舰，上因谕议政王等曰：万正色赴闽时，即令其领在岳鸟船并水手以行。至江南、浙江，更选战舰共百艘携往，以资征剿。
六月丁亥（二十四日），命广东督、抚、提督分兵防守濒海要汛，断贼粮饷。
巡察潮、惠等处海口吏部主事塞楞格等奏：粤东马■〈氵窖〉、鸥汀背诸处，乃濒海要地，宜严加防闲。请调拨官兵分驻各口，庶居民储粟不致侵掠，而奸徒私通贸易之弊亦可杜绝。上谕：巡视海疆，严禁奸民贸易，潜资寇粮，乃平海机宜所关。马■〈氵窖〉、鸥汀背、石井寨诸处，俱沿海要地，其令广东总督、巡抚、提督等速发官兵防御海寇，杜绝奸民私通粮糗。塞楞格等乃特遣严察海疆之员，何地紧要，宜添兵防守？即移文该督、抚、提、镇调兵驻防。如汛守官员不行严缉，或私纵奸民通贼贸易、接济粮米等物，塞楞格等即指名参奏。
八月癸亥（初一日），命湖广巡抚张朝珍致西洋炮于福建。
上谕议政王等曰：攻击海贼营垒，宜用火炮。内造西洋炮甚利，且轻便易运，可移令湖广巡抚张朝珍，以湖广所有西洋炮二十具委官递送福建总督姚启圣军前，用资剿御。
命总督姚启圣遣人开谕刘国轩等。
启圣奏：海逆郑锦以台湾为巢穴，志必不降，断不可遣人招抚。其伪武平侯刘国轩乃贼中渠帅，颇能用兵，请赦其前罪，授以公爵。伪将军吴淑本无反志，由部将追胁，请亦赦其前罪，授以侯爵。至伪总兵陈昌、林升、江钦、吴潜，均请畀以总兵官，实授管事。此数人若解体投诚，则郑锦势孤，海寇根株立可芟灭。上谕：凡逆贼有率众来归及献城纳款者，必俟投至之日，方论功议叙，有未经投顺，先爵以公侯之理？刘国轩等如果输诚立效、率众来归，当赦其前罪，仍行论功。该督可遣人以此意往谕之。
命海澄公黄芳泰赴京师。
时芳泰题请暂驻汀州，为其兄芳度营葬。总督姚启圣因奏：汀、漳二郡多有冒称海澄公家人者，即有奸宄，有司不敢问。且吴淑、吴潜等曾害芳度，因芳泰在汀，不敢来漳归顺，芳泰不宜久留汀州。上乃令芳泰携家赴京师。十一月庚戌（十九日），命提督万正色克期破贼。
总督姚启圣奏：臣会同将军提督杨捷，酌拨兵一万四千人赴水师提督万正色军前。第沿海诸汛地兵力单弱，召募补额。上谕：进取金门、厦门诸处，事关重要，该督调发兵丁，听万正色统领克期破贼。其所请募兵补额，俟大将军康亲王题明满兵应撤应留之日，再行定议。
壬子（二十一日），命福建吴兴祚等速治战舰。
先是，兴祚请修理战舰，上已遣吏部郎中萨尔图等往闽督修。至是，兴祚又奏：战舰二百五十艘见在修理，若待竣工齐发，恐误风汛之期。请以修缮已毕者同新造鸟船配兵先发，余俟萨尔图等督趣告竣。上谕：战舰乃破贼急需，其令巡抚吴兴祚同萨尔图等速行修治，无误万正色师期。
十二月己巳（初八日），命提督万正色严饬将士，抚按被寇之民。
正色奏称：今天时便利，乘风破浪，在此一举。第新船虽竣，旧船尚在督修，且檄调诸路兵及炮手犹未悉至。臣即以新船配官兵，先赴定海训总。俟舟师辏集，随定期水陆夹攻。上谕：灭贼之事至为巨要，可令江南总督阿席熙速选善用炮者二千人送该提督军前。福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督杨捷、郎中萨尔图等亦速遣发士卒，修整舟舰，毋或愆误。提督万正色，其严饬将士，凡大兵所至，务当抚绥被寇之人，毋妄肆淫掠，负朕恤民至意。
癸酉（十二日），增设提标援剿四总兵官。
提督万正色奏：臣标前、后二营已设官兵，尚余新募水师万余人。请增置援剿左、右、前、后四镇，各设总兵等官，即以投诚总兵林贤等补授。下议政王贝勒大臣集议。议政王等奏：宜如正色请。上报可。
辛巳（二十日），命广东提督侯袭爵遣兵作进攻状，以分贼势。
先是，平南将军赖塔等奏请调发广东潮州、碣石两镇舟师协力进剿，上允之。至是，袭爵奏：潮、碣■〈舟古〉艚船止堪防守海港，难入巨洋，且经制兵寡，汛守不足，逆艘飘忽往来，日夜捍御，无可调遣。上谕：提督侯袭爵既称潮、碣两镇战船难以出海，汛兵尚患不足，宜停其调发。提督万正色等不必待广东舟舰，即率水陆兵乘机进剿；侯袭爵仍分拨舟师作进攻状，以分贼势。
命福建督、抚、提督等酌定进止机宜。
上谕议政王等曰：总督姚启圣、提督万正色欲厚集水陆兵破灭寇，进取金门、厦门，屡经具题，事关重大。当日破贼克金、厦二岛，曾用荷兰夹板船。今入海征剿，既乏如前坚固巨舰，荷兰舟师又不时至，战舰无多，遽以入海，恐变出万一，未能得志。尔等其集议以闻。议政王等因奏请敕下福建总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督杨捷、万正色，度兵力足以办贼，必无疏虞，果有确见，听其酌量而行；如少有疑虑，不可以前经具题，惮于更改，勉强从事。应令伊等会商定议具奏。上报可。