米尔格拉姆明白，若要学有所成，就必须做出重大且杰出的研究计划。在离开普林斯顿的前一年，他已经有计划了：关于对权威者服从的行为研究。
从欧洲回国之后，米尔格拉姆充满了自信。他仅凭一己之力完成了一份野心勃勃的计划，在跨文化研究方面创造了一个新篇章。此外，给他带来麻烦的统计学补考成功，成绩为“优秀”。他在欧洲用统计法处理实验数据的实践，无疑对他顺利通过考试大有裨益。
欧洲之行的丰硕成果，加上三年来哈佛顶尖社会科学家给予的学术启发，让他终于确定了自己的人生目标：在未来的学术生涯中进行独创性的研究。
离开坎布里奇已经快两年了，回来的感觉很好。这个夏天他过得很闲散，与老同学联络，与旧女友重逢，几乎没有考虑博士论文的事情。他找到了一间漂亮的公寓，准备在这里完成毕业论文，并“在坎布里奇度过最后一年快乐的日子”。
此外，他还回到皇后区的家中与家人团聚。夏末，他在家中收到了阿希的来信，阿希当时在普林斯顿高等研究院（Institute for Advanced Study）工作。这封信彻底改变了他所有的计划。
不如意的毕业季
自1947年起，阿希一直都在斯沃斯摩尔学院担任教师，1958年到1960年间，他以访问学者的身份来到高等研究院。这个研究院创办于1930年，创始人是慈善家路易斯·班伯格（Louis Bamberger）和卡洛琳·班伯格·菲尔德（Caroline Bamberger Field）。研究院位于一个大型自然保护区附近，远离城市喧嚣。由于其创办的初衷就是进行纯粹学术研究，选择这个宁静而偏僻的位置可以确保学术活动不受外界的干扰。
阿希当时正在撰写一本关于从众的书，他邀请米尔格拉姆协助他进行编辑工作，时间是从现在一直到1960年6月，报酬为4 200美元。接到阿希的邀请后，米尔格拉姆做了一番剧烈的思想斗争。他一方面认为，拒绝来自阿希这样顶尖学者的邀请是很愚蠢的，这将会是他简历上亮丽的一笔。而且工作任务似乎并不难，这笔钱赚得应该很容易。但另一方面他又觉得，通过与阿希在哈佛共事的一年，继续师从阿希似乎难以助其提升学术水平。
米尔格拉姆最终接受了阿希的邀请。他认为，与坎布里奇相比，研究院的环境更加安静，这将有助于他完成博士论文。此外，他有一项没有完成的博士学位课程，叫作社会心理学专题研究班。他向系里申请，希望可以用研究院的这段经历替代研究班的成绩，纳入他的博士学位总学分。系里批准了他的申请。
米尔格拉姆接受了阿希的工作，但他对这份工作有一些期许，他想在业余时间写论文，希望研究院能在附近给他安排一个住处，并以某种方式将他正式纳入研究院，这样他就可以名正言顺地把这段经历写入简历。但是我们无从了解他是否曾经向阿希表达过这些愿望。
然而，事实打破了他全部的期许和热情。他在研究院就像一个外人，连使用纸张或者吸墨纸这样的小事情都要请示汇报。此外，研究院根本没有给他安排住处，他不得不在普林斯顿维金斯大街（Wiggins Street）的私人公寓中租了一间小屋子。此外，米尔格拉姆在研究院就像一个隐形人，阿希和学院管理层之间的往来信件中从未出现过他的名字。虽然名义上米尔格拉姆可以写论文，但是阿希书稿的编辑工作几乎占去了他所有的时间。他只能挤出晚上和周末的时间写论文。这种相互冲突的巨大压力一度让他无法忍受，他曾写了一封辞职信，准备放在阿希的邮箱里，但是在最后一刻又改变了主意。
对米尔格拉姆而言，这是压力沉重而又令人沮丧的一年。虽然论文按时完成，阿希的书也如期截稿，但有些问题却令米尔格拉姆颇感不快。他觉得自己对书稿的编辑做出了重要的贡献，阿希理应在书的扉页上对他有所表示，给他一个更加具有学术价值的名分，而不只是“合著者”那么简单一笔和前言中的一句“感谢”。但是阿希拒绝了他的请求。米尔格拉姆为此很失望，又写了一封信给阿希，但也没有寄出去。他在信中为阿希的书设计了一个具有讽刺意味的封面，表达了他强烈的不满：
反从众的独立性
作者：所罗门·阿希
尽管还有
S．米尔格拉姆
但是这段生活也并非一直阴云密布，偶尔也有一些亮点。他经常会在研究院的食堂中遇到一些科学界的顶尖人物，与他们交谈对他而言是一种启发和刺激，比如外交政策专家路易斯·费希尔（Louis Fischer）、历史学家和外交官乔治·凯南（George F. Kennan）、原子物理学家及当时的研究院主任罗伯特·奥本海默（J. Robert Oppenheimer）等。此外，学院主楼门前有着延绵数公顷的美丽草地，凝视这美景可以让他从现实的烦恼中获得短暂的解脱。
但是他内心深处最强烈的感受还是对自我的失望。在写给朋友的信中，他形象地描述了自己的低谷状态，令人心生同情。
我唯一的快乐就是坐在马路牙子上，望着天空，偶尔有南飞过冬的鸟儿掠过。这种感觉太孤独了，我很不适应。晚上睡觉的时候，我会想起那些我不介意与之共度春宵的甜美脸庞……我无精打采、心神不宁、百无聊赖，感到极度失落倦怠。我深受不安全感和性缺乏之苦，现在的感受就像早期的单核白血球增多症的表现一样。我这个小个子男人正四处寻找着什么疯狂的事情可以做做。
在他濒临绝望的这一年中，有几件事情是支撑他的主要动力。其一就是在他开始写论文的时候，奥尔波特给了他很多宝贵的意见和鼓励。
1959年11月4日，米尔格拉姆写信给奥尔波特：“我已经放下所有的骄傲，不再狂妄地想把论文写成一部经典之作。我对自己的写作能力不满意。精巧的文章需要花费时间琢磨，但是鉴于目前我的状况，只够我写出勉强过得去的论文。”奥尔波特在回信中说：“你的进展报告让我感到很欣慰，目录的设计也很恰当，这是一篇高质量论文的标志。经典之作都不是刻意为之的结果。只要写出心中所想，尽己所能，结果可能就是一个经典。但是现在我们的目标是写一篇扎扎实实的、合乎规定的论文。”
1960年1月16日，米尔格拉姆向奥尔波特报告：“自上封信后到现在，论文已经有了些进展，但还没有达到上封信夸口的那个程度。我本来计划在1月上旬完成第一稿，可惜没有实现这个目标。我寄给您的是一个大纲，并对所做的实验进行了核对。正如您看到的，我把所有的14个实验都包括进去了。”奥尔波特回信：“你的进展报告总是那么具有说服力。尽管尚未看到论文全貌，但这依旧是事实。但是，我能看出你现在很忙，希望能在4月1日最后截止日期前看到你的论文，至少能完成绝大部分。但是我不强求，你根据自己的情况安排吧。”
1960年2月29日，米尔格拉姆给奥尔波特寄去了一个章节的草稿，指出这是“实验章节的中间部分。您作为论文指导的这份工作真令人羡慕，就好像同时为《纽约时报》、《基督教科学箴言报》（The Christian Science Monitor）以及《曼彻斯特卫报》（The Manchester Guardian）做夜间编辑一样”。奥尔波特回信：“也许我并不正确，但是实验5写得真是太完美了，我无处下笔进行任何修改。这一章思路清晰、直奔主题、语言简练。”
探索研究服从的新方法
米尔格拉姆在3月的最后一星期将论文寄给了奥尔波特，没有超过最后期限。5月3日，社会心理学家、耶鲁心理系教授李奥纳多·杜博（Leonard Doob）给米尔格拉姆写了一封信，提出耶鲁现在有一个社会心理学助理教授的职位空缺。如果米尔格拉姆感兴趣，希望面谈具体事宜。
米尔格拉姆立刻写了回信，表示他对这个职位“真的很感兴趣”。但是明年哈佛也有一个不错的职位在等着他，他可能要先考虑哈佛这边的情况，然后才能开始权衡其他的选择。他表示，下个星期回学校之后，就马上去和杜博见面。米尔格拉姆此举并非故作“奇货可居”，哈佛新成立的认知研究中心（Center for Cognitive Studies）的确在这个秋天为他提供了一个认知研究员的职位。这个研究中心的领导是杰罗姆·布鲁纳和另一位德高望重的认知心理学家乔治·米勒（George Miller）。
杜博在和米尔格拉姆会面的时候正式邀请他来耶鲁。米尔格拉姆为此左思右想，不断征求朋友们的意见，最终接受了这个职位。他将在耶鲁心理学系担任助理教授，起薪6 500美元。他向奥尔波特讲述了选择耶鲁的原因和过程。
这是一个艰难的选择，几乎没有谁愿意帮我拿主意。因此，我任凭自己在迷雾中转来转去，最终隐约出现了一点模糊的光亮，将我的脚步指向耶鲁……我在我那些“著名”的朋友中间进行了一次民意调查，包括麦克·瓦拉赫（Mike Wallach）、阿希、罗杰·布朗、理查德·克拉奇菲尔德，调查的结果指向哈佛。然而我忽然意识到，这样的调查没有什么意义，我应该自己选择自己的最爱。耶鲁一定有什么地方抓住了我的心，是什么呢？地位？挑战？离开“家”靠双手开拓天下的雄心壮志？
从这一年的春天起，在米尔格拉姆还没有完成论文之前，奥尔波特就一直在努力帮他寻找一个合适的工作。现在看到自己的得意门生落地耶鲁，令他备感欣慰。这一年加入耶鲁心理学系的新成员中，除了米尔格拉姆之外，还有三名哈佛毕业生。奥尔波特告诉米尔格拉姆，他感觉像一只“骄傲的大公鸡”，因为这些未来的耶鲁教师全部都是他的学生。
奥尔波特收到米尔格拉姆的论文之后，按照惯例拿给系里其他两位老师评阅。他们在阅读过后提出了一些批评意见和改动建议。
其中一位读者就是社会心理学家赫伯特·凯尔曼（Herbert Kelman）。凯尔曼毕业于耶鲁，他当年的博士论文指导老师是说服和态度变化研究方面的先驱卡尔·霍夫兰（Carl Hovland）。1957年，凯尔曼加入了哈佛社会关系学系，成为一名社会心理学讲师。1962年在密歇根大学工作，1969年回到哈佛，担任理查德·克拉克·卡波特社会伦理教授，这是奥尔波特设立的一个职位。凯尔曼对社会心理学做出了很多贡献，最著名的就是关于伦理研究方面的著作。他对当时在实验中使用欺骗手段的做法并不认可，并向社会心理学的同人们指出，这种做法有时候会产生伦理困境。他对米尔格拉姆的论文提出了很多批评和建议，但同时也认为“这个研究的理念和执行过程都很出色……非常有潜力”。
6月1日，米尔格拉姆根据这些反馈对论文进行了修改，寄给了奥尔波特。奥尔波特在回信中告诉米尔格拉姆，他在要求的截止日期之前收到了修改稿，并在信末说：
之前可能还没有告诉过你，我真的认为你的论文很出色，行文精练，非常专业。这对你未来的事业而言是一个很好的预兆。我衷心祝福你未来的事业，即使是在耶鲁。
你最忠实的 高尔顿·奥尔波特
米尔格拉姆明白，如果想在学术界建功立业，就必须找到一个与众不同的重要研究课题，这将是他事业的起点。他曾对罗杰·布朗说，希望能够找到一种社会心理学现象，一个能够得出重大结论的现象，就像阿希所做的那样，然后“钻研到生命的最后一刻”。在普林斯顿的最后几个月中，他终于找到了这个现象，那就是：服从权威现象。
米尔格拉姆对服从的兴趣基于他早年形成的犹太民族意识，此外，他还希望能够对大屠杀进行更加深入的分析。在他的著作《社会世界中的个体》（The Inpidual in a Social World）中，他表明了大屠杀和服从研究之间的联系。
（我的）实验室范例……表达了对权力更广义的思考。残酷的第二次世界大战将这种思考加于我们这代人身上，尤其是像我这样的犹太人。大屠杀对我产生了巨大影响，激发了我对服从研究的兴趣，并寻找到了一种检验服从的特别方法。
1960年春天或初夏时分，也就是为阿希工作的最后几个月中，米尔格拉姆基于阿希的从众实验设计了一种特别的实验方法研究服从。他这样描述阿希实验和服从实验方法之间的联系：
我一直试图寻找一种方法，为阿希的实验赋予更多的人性意义。从众实验判断的是“线条”，这一点我不是很满意。我想知道的是，群体的压力是否会让人对其他人做出某种行为，也许是一种攻击性行为，比如对其他人施加越来越强烈的电击……但是如果想研究群体效应……你首先要了解被试在没有群体压力的情况下会做出怎样的反应。在那一瞬间，我的想法忽然转向，瞄准了这种对照实验方法：一个人在主试的命令下会走多远？这真是灵光一现的时刻……
这个“灵光一现”到底出现在什么时候并不确定，但可以肯定是在1960年3月2日至6月底这段时间。在3月2日写给奥尔波特的信中，米尔格拉姆列出了他感兴趣的几个研究课题，但是服从实验并不在其中。而阿希曾对记者说，米尔格拉姆在6月底准备离开的时候，第一次向他提到了服从实验计划。巧合的是，这一年的3月11日，以色列政府派出特工，在阿根廷布宜诺斯艾利斯秘密逮捕了阿道夫·艾希曼，并将其空运回以色列。在那里等待着他的，是对其屠杀600万犹太人罪行的审判。这件事情很可能也是米尔格拉姆进行服从研究的动力之一。
1960年9月初，羽翼初长成的米尔格拉姆离开了哈佛，来到纽黑文的耶鲁大学工作。在9月末开学之前的这段时间可以用来备课，并对那个大胆的研究课题进行思考和规划。他曾经听说纽黑文是一个沉闷的地方，但意外地发现这里其实非常有活力，市政建设和城市绿化都很不错。
但是，与绿树成荫、草地青翠的哈佛校园相比，耶鲁着实逊色很多，尤其是耶鲁的建筑风格。米尔格拉姆认为，从美学的角度来看，耶鲁的那些新哥特式建筑，或者说伪哥特式建筑，沉闷而局促，是美国主流建筑历史上的另类和怪胎。但他也在厚重的砖墙后面发现了一些精美的隐秘花园。在外观像教堂一样的斯特林纪念图书馆（Sterling Memorial Library）内，有一个奢美的罗马式花园，米尔格拉姆最喜欢到这里休憩小坐。
新学期开始了，米尔格拉姆的教学任务包括在周二下午主持一个小组心理学研究班，指导10名本科生的论文。结束了在高等研究院压力重重的一年，终于可以呼吸自由的学术空气了。他可以用自己喜欢的方式主持研究班，也可以纯粹根据自己的兴趣进行学术研究。但在他心中，哈佛永远都是学术伊甸园的化身。正如学期初他写给奥尔波特的信中所说：
从坎布里奇到纽黑文的过渡很顺利，在耶鲁的生活也不错。的确，在这里尽可选择自己的所爱，既可以研究心理学，也可以进行其他人类学研究。但在内心深处你会明白一点，所有这一切只能说明耶鲁算得上是一所优秀的大学，而哈佛明显比耶鲁优秀得多，这一点毫无疑问。
米尔格拉姆在约克广场的二层公寓楼中租了一套带家具的三居室。住在这里有两个好处，首先，大学的房子租金比较实惠，而且这里距耶鲁的主要校园非常近。耶鲁纽黑文医院（Yale New Haven Hospital）近在咫尺，心理学系的办公室和部分实验室就位于该医院。
虽然住在这里有一些优势，但米尔格拉姆怎么看都觉得自己住的这栋建筑是个垃圾。砖制外墙的颜色是一种在色谱上都找不出来的颜色，带着一种难以名状的沉闷感。屋子里的家具很粗陋，他搬进去之后，总想把屋子里所有的东西都扔了。他对朋友们说，如果不是因为这些破烂是大学的财产，早就把它们当众烧了。有一天，他实在无法忍受客厅地板上那块破地毯，于是就把地毯卷起来扔进那辆租来的汽车后备箱里，直到后来还车的时候，地毯依旧扔在那里。
米尔格拉姆即将离开高等研究院的时候，就已经准备着手研究服从，但是他打算在耶鲁进行的第一个研究却不是服从。这个新课题融合了他在美学和科学两方面的兴趣，此外还有一个好处，即允许他继续服用迷幻药。当年在哈佛读研究生的时候，他就曾与几个好友一起服用佩奥特，现在他为这种行为找了件学术的外衣。
1960年10月7日，开学不到两个星期，米尔格拉姆就向美国学术团体协会（American Council of Learned Societies）提交了一份2 000美元的小额经费申请，研究课题是：麦斯卡林（Mescaline）(6)对艺术美学判断的影响。当然，对于他而言，这只是一个“副业”罢了。他写信给奥尔波特，请求他为这个“副业”写封推荐信，还在信中强调，他并没有放弃社会心理学。之所以对这种致幻剂感兴趣，除了在哈佛的亲身经历之外，他读过的一些相关文章也起到了推波助澜的作用，比如阿道斯·赫胥黎（Aldous Huxley）的《知觉之门》（The Doors of Perception）以及海因里希·赫克纳（Heinrich Herkner）的《麦斯卡林及其致幻原理》（Mescal and Mechanism of Hallucination）。
他的申请最终被拒绝了，这倒也是意料之中的事情。不过这并没有影响他对麦斯卡林的热情，他亲自尝试这种药物来检验它对行为的影响。1963年2月，他和一位同事及一名学生一起进行了一次非正式实验，结果表明服用麦斯卡林可以提高投飞镖的准确率。
在很长的一段时间中，每当他文思枯竭的时候就会服用迷幻药刺激灵感，比如常见的大麻、安非他命以及可卡因等。他声称，只要看一眼自己写过的文章，就知道当时服用了哪种药物。不同的药物对他有着不同的效果，他可以从文章的表达方式上感受到它们。
好人也会作恶吗
尽管如此，他的主要关注点依旧是服从，正像10月10日写给奥尔波特的信中所说：
明年……我计划进行全面的服从系列实验。这个系列既是独立的项目，也是为研究德国特性做准备，服从权威的比较将是其中一个重要部分。
10月和11月，米尔格拉姆向三个政府部门寄去咨询信介绍自己的研究，希望获得经费资助。第一封信于10月14日寄给海军研究局（Office of Naval Research）群体心理学分部（Group Psychology）主任路易基·佩楚罗（Luigi Petrullo），该部门当时是资助群体社会心理学方面研究的主要机构。这封信共6页，作为一封咨询信件，这封信着实太长了。事实上，信中的某些段落还重复出现在几个月后递交的正式申请中。米尔格拉姆在信中讲述了研究服从的重要性，并对实验程序进行了简要阐述。
服从是社会生活结构中的一个显而易见的基本因素。每个政体都包含一个命令体系以及对命令做出的反应行为。
这并非只是关于服从的范围问题。我们都知道，在某些广义环境中，比如在战争中，军队命令士兵杀人，士兵就会服从这个命令；即使命令他们结束自己的生命，他们也会服从。因此，这个研究的目的绝不是试图标界服从的绝对限度。在实验室中无法制造服从最大化的情境。只能通过真实生活的情境寻找人类服从的最高尺度。
但是，还可以从另一个角度研究这个问题。比如，一个人面对着一系列特别的命令，这些命令“或多或少”地适用于实验室情境。我们就可以找出哪些情境能够强化他的服从，哪些能够削弱他的服从。
理想情况下的实验室情境是这样的：要求被试进行一组特定行为，这些行为与一些重要的人类关系课题息息相关，并且对被试个人而言具有重要的意义……
（在实验计划中）被试相信他们正在进行的是关于人类学习的实验……（被试）操作一个控制板，控制板上有一组开关，最左边的开关写着“1-极弱电击”，最右边的标注“15-极强电击；危险”。不知情的被试A通过控制板对受害人被试B进行不同等级的电击……当然，被试B并未真正受到电击，他只是研究人员的合作者而已。但被试A对此并不知情，他相信正在对被试B进行真正的电击。
随着学习任务的不断进行，根据实验的要求，被试必须不断加大电击强度。他内心的抗拒感将越来越强烈，达到一定程度之后，他将拒绝继续实验。这种反抗行为就是一个断裂点，在这个断裂点之前的行为应该被看作服从。被试在断裂点前服从了实验人员的命令。
此外，他还介绍了这个实验的几个变体实验。但他表示现在明确具体的实验系列是“愚蠢的”。事实证明，他的这种谨慎是明智之举，因为信中列出的4个变体实验，只有一个出现在后来的真正实验中，即不知情的被试与一组“伪教师”共同进行实验。米尔格拉姆在信的末尾还附了一份简短的自我介绍，其中包括他与阿希的合作。他表示，在学术理念上他受阿希的影响，但两人的研究存在着本质上的差异：“（阿希）很显然对我的研究影响很大。我尤其佩服他系统化的变体实验方法。但我们也有不同之处，他注重判断、认知和思维领域，而我则将社会行为作为研究的重要核心。”
米尔格拉姆画了一张将在实验中使用的电击器草图，附在写给佩楚罗的信中。这张草图的功劳不小。因为在第二年，研究攻击性的心理学家阿诺德·布斯（Arnold Buss）也设计出了一个类似的电击机器。米尔格拉姆的草图可以证明他才是这个机器的发明者，至少表明两人的研究是在完全独立的情况下进行的。米尔格拉姆怀疑布斯抄袭了他的点子，尽管两个人在书信往来中澄清了事实，但这种怀疑始终横亘在米尔格拉姆的心里，无法消除。
11月中旬，米尔格拉姆向另外两家机构寄去了咨询信：美国国家精神卫生研究所（National Institute of Mental Health）和美国国家科学基金会（National Science Foundation, NSF）。与此同时，他还进行了一些投石问路的预备实验，并在咨询信中介绍了一些关于预备实验的情况。他计划将预备实验的结果写进正式资助申请，增加申请的说服力。
预备实验是心理学小组班的学生在米尔格拉姆的指导下完成的。他曾在课堂上和学生一起讨论了与小组研究相关的各种文献资料，现在他希望学生们能增加些研究实践经验。至于研究的课题，经过一番讨论，最终圈定了两个选择：进行服从实验的预备实验，或是研究群体中的沟通模式。为了能让学生不受教师的压力做出自己的选择，米尔格拉姆离开了教室，学生进行投票表决。当他回到教室，学生告诉他服从实验以微弱的优势当选。
米尔格拉姆把他画的电击器草图交给学生们，他们在不到一个星期的时间就将草图变成了实物。米尔格拉姆还征得了社会学系的同意，使用该系位于霖斯利-齐藤登大楼（Linsly-Chittenden Hall）的交互实验室。11月底到12月初，学生们共进行了5次实验。米尔格拉姆在书面报告中简要地介绍了实验程序，基本上，预备实验与写给海军研究局的咨询信中所介绍的一个实验计划类似。米尔格拉姆这样描述实验结果：
实验真正开始之前，往往难以准确想象出其结果到底怎样。因此，在等待第一名被试到来的时候，我们都感到特别兴奋，充满了期待。小组班在我的指导下完成了实验，但是实验控制并不理想。尽管如此，被试的行为还是让学生们大为震惊，也包括我。我们将实验录制下来，观看录像的人有时候会爆发出神经质的大笑。有一些学生在实验现场的单面镜子后观看实验过程，他们也出现了同样的反应，只不过比较克制罢了。这种反应似乎不应该出现在一个科学实验中，却真实地发生了，我只是如实报告。
我想，学生们并没有真正意识到眼前的一幕有多么重要。但他们有一种普遍的感受，那就是：实验室里发生了一些非同寻常的事情。为了表达这种感受，他们特地在工作结束之后带着我去莫瑞酒馆，那里到了晚上可是教师的“禁地”。
不久，米尔格拉姆接到了回复，三个机构均表示了对这个项目的兴趣，其中美国国家科学基金会的可能性最大。于是他在1961年1月27日向美国国家科学基金会寄去了正式申请：《服从动力：社会心理学实验》（Dynamics of Obedience: Experiments in Social Psychology）。实验申请经费为30 348美元，时间为两年，从1961年6月1日至1963年5月31日。
在正式申请中，米尔格拉姆详细介绍了预备实验的过程和实验结果，附上了被试在实验过程中的照片。因为只有20名耶鲁大学生参加了实验，因此难以给出量化陈述，米尔格拉姆只对结果进行了定性描述。毫无疑问，预备实验报告在申请过程中起到了重要作用，它不仅表明米尔格拉姆已经有了详细的服从实验程序，预备实验中那些令人不安的行为也显示出服从这一课题的巨大研究潜力。
米尔格拉姆发现，在实验过程中，即使来自主试的命令违背了被试根深蒂固的行为标准，他们也愿意服从。还有一点也很重要，被试完全相信了实验室中的一切，他们相信自己正在给另一个人施加特别痛苦的电击，虽然受到“电击”的人只是在演戏而已。被试还出现了各种紧张的表现，一名被试神经质地抓头发，手紧握椅子扶手，不断地摸着自己的脸。还有一名被试不停擦拭手心的汗，沮丧地摇头。被试的这些紧张行为似乎是在向“学生”传达一个信息：他对正在做的事情感到很遗憾。很多被试都完全服从了主试的命令，不断提高电击强度，一直到最强的450伏特，但是当主试问他们是否想试试被电击的感受时，他们都拒绝了。
米尔格拉姆在申请批准之后所做的正式实验，基本上都建立在预备实验的基础上，但是有几个不同点。第一，正式实验中使用的电击器制作更加精良。预备实验电击器的控制板上有两排共6个标为30瓦的开关。为了强化实验的可信性，正式实验中的电击器看起来更加专业，包括一排共30个开关，以15瓦递增。第二个不同是：预备实验中的“学生”，即被“电击”的对象，与“教师”被试分别坐在镀银玻璃窗的两边，“教师”可以隐约看到“学生”。而在正式实验中的大多数情境中，两人分处相邻的两个房间，教师可以听到学生的声音，但是看不到学生的表现。只有少数几个情境中，学生和教师同处一室，距离很近。
第三个也是最重要的不同点是：在预备实验中，不知情的被试是耶鲁的大学生，因为米尔格拉姆在资助申请中指出，他将从耶鲁学生中挑选被试。但在正式实验中，他选择的是年龄从20岁到50岁的成年人，这些人来自纽黑文、桥港以及周边地区，职业和背景各不相同。正式实验结束之后，米尔格拉姆在回顾中对这个改动感到很满意，因为这大大增加了实验的普遍性，使实验结果更适用于日常生活中的普通群众。之所以做出这样的改变，主要有两个因素。首先，米尔格拉姆听取了一位同事的批评。这位同事在听完米尔格拉姆对预备实验的描述和结果之后，认为这个实验结果并不适用于大街上的普通人。他坚称，耶鲁的学生个个具有攻击性，竞争意识很强，只要稍加挑拨，就会恨不得把对方干掉。
第二个因素与时间有关。美国国家科学基金会在1961年5月3日批准了米尔格拉姆的申请。一接到通知，他就迫不及待地开始着手准备。但是暑期将至，大多数学生很快就要离开校园，直到9月20日才能返回，难以找到足够多的学生被试。为了保证实验可以在夏天开始，他在6月18日的《纽黑文纪事报》（New Haven Register）上刊登了一则招募心理学实验被试的广告。此外，还以信件的方式寻找愿意参与实验的成年居民。5月底，已经有300多人报名。整个夏天，他都在翻电话号码簿，按照上面的地址给居民发信，被试人选不断增加。当学生们在秋季新学期返校的时候，他已经完成了整个系列的前4个实验。
米尔格拉姆的经费申请报告中有一个特别的部分：对被试的责任。20世纪60年代，实验伦理问题还属于学术界的真空地带，缺少正式的伦理指导方针保护人类被试。至于研究是否会产生伦理问题，研究人员基本上只依靠主观判断，最多会私下咨询同事。在决定是否进行一项研究时，即使研究人员有过伦理方面的考虑，伦理问题也会让位于科学价值。
米尔格拉姆在这个部分中这样写道：
在这里还要指出最后一个，也是最重要的一个问题，这关系到研究人员对被试的责任。毫无疑问，被试在本次实验中身处一个艰难的困境，会出现强烈的情绪反应。因此，在他们离开实验室之前，应该采取措施对他们加以保护。我们会尽最大的努力让被试处于放松状态，确保他们的正常表现……
尽管米尔格拉姆在申请中表示要关注被试的福利，但是很多被试在实验过程中还是感到了巨大的压力。事实上，米尔格拉姆所做的，只是在被试离开实验室之前告诉他们“受害者”并没有受到伤害，而不是对所有被试进行统一而彻底的“事后解说”。不过从另一个角度而言，米尔格拉姆在实验计划中对被试福利问题给予了明确的关注，仅就这一点，他已经领先了时代。
1961年4月13日，美国国家科学基金会来耶鲁进行了实地调查，这是审批程序中的一个步骤。调查小组由美国国家科学基金会社会科学办公室主任亨利·瑞肯（Henry Riecken）率领，随行的还有社会心理学家理查德·克里斯蒂（Richard Christie）以及社会学家詹姆斯·科尔曼（James Coleman）。在这次实地考察的日志中，瑞肯以些许批评的口吻写道：“很显然，米尔格拉姆博士的实验计划缺乏一个详细的理论指导，他也不打算这么做。”
实地调查并不是审批程序中必不可少的步骤。瑞肯来此的主要目的，是调查与被试福利相关的问题。米尔格拉姆对他们的提问一一做出了回答，多少减轻了委员们的担忧。尽管如此，委员们还是抛出了美国国家科学基金会总法律顾问提出的一个问题：谁来承担实验可能对被试产生的负面影响，是美国国家科学基金会还是耶鲁？美国国家科学基金会的律师认为，应该由耶鲁承担法律责任。
美国国家科学基金会小组最终对这个计划给出了“有价值”的评级。小组讨论的记录显示，委员们认为这个项目是“对一个重要的基本社会现象进行的大胆实验”。尽管小组成员在实验价值的问题上意见并不统一，但是最终的结果还是建议美国国家科学基金会对该研究予以资助。米尔格拉姆在1961年5月3日接到了批准通知：自6月1日起，在两年内提供共24 700美元的资助，比米尔格拉姆申请的数额少了5 600美元。之所以减少金额，是因为委员会认为米尔格拉姆在“被试污染”问题上考虑得不够。特别是在利用当地居民为被试的时候，实验的细节会很快传开，随着知情人逐渐增多，潜在被试的数量会迅速减少，速度会比他预想的要快得多。委员会因此建议，由于潜在被试的数量少于预期，因此支付被试的金额也应当相应减少。
爱情事业双丰收
等待审批结果是一个令人焦虑的过程。这些经费资助机构总是会收到大量的申请，远超过机构的资金总量，最终“钱”落谁家往往难以预料。但在焦急的等待过程中却发生了一件浪漫的事情，大大转移了米尔格拉姆的注意力。
1961年1月末，在曼哈顿茵伍德区举行的晚会上，他邂逅了亚历珊德拉·萨莎·曼金（Alexandra Sasha Menkin）。两个人有着相似的家庭背景。萨莎也出生在布朗克斯，出自欧洲犹太移民的家庭。两家人都不是恪守教规的犹太教徒。有时候，父母之间会说意第绪语，尤其是当他们不希望孩子了解谈话内容的时候。萨莎的父亲出生在瑞士日内瓦，她的奶奶当年从俄罗斯来到日内瓦上大学，因为在第一次世界大战前的俄罗斯，犹太女性很难有机会接受高等教育。后来，萨莎的父亲跟着家人移民到美国，并在这里继续做工程师。她的母亲也是来自俄罗斯的移民，是一名职业舞蹈家和舞蹈教师，两个人在美国相遇结婚。不过萨莎对父亲的记忆很少，因为在她很小的时候父亲就去世了。
萨莎毕业于曼哈顿的亨特大学，受母亲的影响，她也喜欢舞蹈。但在与斯坦利相遇的时候，她的工作是办公室职员。她身高1米65，身材苗条、活泼开朗，十分容易相处。两个人对艺术和旅行有着很多共同语言。那一晚，斯坦利几乎在她身边寸步不离。萨莎觉得两个人的初次见面充满了爱的化学反应。她知道这就是她要找的那个男人。
晚会结束后，斯坦利开车送萨莎回到位于格林威治村的公寓，他在途中忽然说了一些话，表明他已经开始考虑与萨莎携手白头了。他转过头对萨莎说：“你知道，我可能会是一个很糟糕的丈夫。”萨莎看着他，对他的坦率感到很诧异。她问：“为什么呢？”斯坦利回答：“你看，有时候我要工作到很晚。真的很糟糕。我工作总是太投入，无法停下来。”萨莎的回答是：“无论谁跟你结婚，她爱你都是因为你是你。”尽管两个人之间有着强烈的吸引，但是斯坦利还是拖到几个星期之后才打电话跟她约会。
不久之后，他每个周末都会开车去看她。他在耶鲁关系最要好的同事霍华德·莱文索尔（Howard Leventhal）风趣而准确地描述了两个人的关系：
他对萨莎十分着迷，因为她是一个舞蹈演员，我记得，她不仅吸引了斯坦利的注意，也吸引了其他人的注意。她是一个特别有魅力、令人感到温暖的人。我想，最吸引斯坦利的是她身上的艺术特质。那是她特有的一种匀称的美，对斯坦利而言，她无论从哪方面来看都像一个艺术品……她为生活加入了美的元素……能做到这一点的人真的很少。我想，这是他们之间彼此吸引的最强有力的原因……她为周而复始的日常生活平添了优美的感觉。
但是双方的母亲对这对恋人却有着截然不同的反应。最根本的原因，或者说至少是重要的原因之一就是年龄问题。萨莎比斯坦利大4岁半。斯坦利的母亲最初对此表示担心，但她后来也喜欢上了萨莎。萨莎的母亲特别喜欢斯坦利。她很高兴地看到自己32岁的女儿终于找到了一个好男人，这个男人聪明、受过良好的教育，而且事业基础也特别好。
大卫·希尔斯（David Sears）当时是耶鲁心理学系的研究生。斯坦利认为他在这种事情上可能更有经验，于是询问他的意见。大卫告诉斯坦利：“你在纽黑文，她在纽约，你不能总是维系这种两地关系，这根本不可能。最终，你要么选择结束，要么跟她结婚。”斯坦利最终的决定是结婚。两个人于1961年12月10日举行了一个小型的结婚典礼，地点在格林威治村的犹太教会堂，参加婚礼的基本上都是双方的家庭成员。观察力敏锐的斯坦利还记得，在整个仪式的过程中，唱诗班的领唱一直穿着一双橡胶雨鞋。
米尔格拉姆的生活出现了诸多变化，他即将迈入学术生涯最多产、最具挑战性的阶段。过去在哈佛和普林斯顿的学习加上在欧洲所做的实验，最终都会体现在服从实验上，他将成为举世瞩目的焦点，他的成就将长久地影响世界。