顺治十七年庚子〈（附永历十四年）〉正月，侦者飞报：“将军达素满骑首程已到福州。”成功集诸提镇、参军议曰：“彼因江南之败，欲乘我喘息未定，前来攻击。候彼整船调兵，必于五月。斯时南风正盛，江、浙沙船未必敢出；惟虑粤东而已。”周全斌曰：“粤东船只，六橹、八橹只好守港，若出汪洋，非彼所长。至于碣石之苏利、南洋之许龙，虽然阳奉，亦恋栈之马耳，岂敢离其巢穴？若漳、泉之师，分头敌之，必可破也。”功曰“尔料诚当。”随驰檄南澳忠勇侯陈霸，准备船只，防敌苏利、许龙。又另檄铜山忠匡伯张进出熕船于官有前游飏，以作南澳援师；谨守八尺门炮台，以备陆路渡江。
二月，成功令工官冯澄世兼工修整诸战舰备敌，又调南北汛各提镇到厦门听令。
三月，将军达素到泉州，会总督李率泰、提督马得功、海澄公黄梧，就泉、漳各港之石码、海澄造鸟船、熕船，捣剿两岛。又知会两广总督李栖凤、碣石总兵苏利、南洋总兵许龙、饶平总兵吴六奇。又调宁波、温、台各港船齐下。
时有总督旗牌张应熊密领率泰孔雀胆一枚往厦门与其小功弟张德。因德在成功处为厨子，谋欲乘其会诸将议事，要用点心时，一齐毒死。德虽喜富贵之徒然，奈心中终坏疑畏，遂将其事转托徒弟王四。四大喜，许之。德随告病在家等候。王四于成功会议取点心时，每欲下药，则浑身寒战。候捧者环立迫催，下之弗及，迨其取去则心安。如此者屡，四甚恐怖，乃归告其父耀。耀大惊曰：“事主而害之，不忠也；受托而背之，不信也。宁为负信，不可不忠。覆宗灭嗣，岂可为之？宜速首无罪！”即同四持孔雀胆告成功。功曰：“吾乃天生，岂人能害？”重赏耀与四，即差护卫擒德全家。德到，低首无言，惟叩首称“该死！”欲擒其兄应熊，供称“已去三日矣。”功令发出教场，令武士万箭射死。后应熊侦知，报率泰。泰叹曰：“谋事在人；成事在天一。果不虚也。”厚赏应熊。火催各港速整船只，以候会剿。
四月，成功政建威伯右提督马信为提督骁骑亲军，同忠定伯林习山守烈屿。以辅明侯林祭为水师总督，督中冲镇萧拱宸等往崇武，御泉港水师。二十六日，报“泉港水师船二百馀号出到祥芝澳，陆兵登岸。其船傍山边而行，来泊围头，兵仍札营。”功随差快哨驰令与林察，将所带战船回泊刘五店御止团头水师，勿使入同安港。戎政王秀奇、杨朝栋总督高崎等处，宣毅左镇黄安协同兄泰守金门城仔角，右虎卫陈鹏、游兵镇胡靖、殿兵镇陈璋守五通、高崎，陆路援剿后镇张志为水师应援，宣毅前镇陈泽、宣毅后镇吴豪守倒流寨，中冲镇刘俊守蟹仔寨，智武镇颜望忠守赤山坪，右冲镇蔡禄守东渡寨，仁武镇康邦彦守神前，后卫镇黄安、左冲镇郭义、前冲镇刘巧、援剿前镇林明往同安港游飏邀敌，闽安侯周瑞、忠靖伯陈辉、援剿右协杨元、援剿右镇林顺、正兵镇杨富、护卫右镇郑仁泊南山边以防海澄出来之师，前提督黄廷、右武卫周全斌、援剿左镇黄昌率赶绘船十只，内装硝、磺、棕、麻、火器之类，寄泊狗子屿、刘石，以备烧船。著英兵镇陈瑞保护家眷暨诸提督文武眷口。又晓谕厦门兵民妇女，拨水师洪善等船尽载过烈屿、金门，而空厦屿。功率陈尧策、刘国轩、洪天祐、戴捷、薛进思等在鼓浪屿尾观敌发令，拨洪旭在镇海旗尾接应。
时总督李率泰正知会将军达素、提督马得功、海澄公演梧、同安总兵施琅各港齐出师，合政两岛。忽有伪镇右虎卫陈鹏差人密款，奉令守高崎地方，欲放空炮，接五通师渡过厦门；厦门得，则成功游魂易于扑灭。率泰纳其降，即飞催粤师合击。
五月初八日，满汉官兵悉配在船，俱约初十日齐出。是日黄梧督诸船乘潮落出海门。功力遣陈尧策持令箭，坐快哨遍传各镇诸船不许擅自起定！当看藩主帅船号炮连发，方许起碇迎敌。如违者斩！正传到周瑞熕船，而海门师大至。尧策不及驰去，与瑞督众战。战逾时，被火药所焚，全船沉没。继至陈辉，辉挥众死拼，损伤过半。辉见势危情急，下舱发火。跳过船者，适逢舱中火药冲起，烧死甚众。馀卒疑为计也，咸不敢过，辉乘迟疑，砍断碇索逸出。成功见周瑞船已焚沉，陈辉伤损弃碇；而黄梧率舟师云至。功执旗剑顾问左右曰：“流平否？”左右答曰：“流已平矣。”成功曰：“流平则潮转，潮转则风随之，速发火炮，俾诸船起碇迎敌三！遂连发三炮。诸船得令尽起，各发斗头熕。功嘱何义守坐驾，自下八桨快哨，来往催战。时近午，潮涌风发，四处齐进。而郑泰又命水师镇蔡协吉率赶绘船二十只，从浯屿继进，合马信、洪旭、黄廷、林顺、周全斌等诸大船于鼓浪屿后象鼻前，横攻焚杀。梧船风不利，潮又逆，互相触坏，眩吐昏迷，强立不定，遂溃，僵尸满海。有船三只，见圭屿，欲拢岸，舵公不允，众疑有异心，杀之。登岸遥望，乃海中孤屿，是绝地也。欲再下船，成功船已蚁至。无奈抽矢出刀，据岸拒之，功见有四百馀众，遣马信折节为誓招之，诸人计穷，乃投刀矢降。后亦被成功溺于海。
其出同安港将军达素、总兵施琅驾船趋高崎以应陈鹏约，但鹏谋投诚，全镇部将悉愈名号；独不通知其左营陈搽，以蟒朴实故也。我师恃有约，船未到岸各争先上。值蟒一队站近水，见满汉兵皆已弃船登岸，势急，不俟号令，即率其所部向前。我师意为来迎，不防。蟒发炮，死者过半。殿兵镇陈璋闻炮响，以为陈鹏发令，亦喊声合击。水师吴豪率船抄其后围攻。所有先锋船只悉沈水陷于掉，十仅一、二归而已。鹏愕然计左，亦挥领兵林雄、领旗协刘雄、前冲营刘俊，亦从东击下。遂大胜，报捷。成功知陈鹏有谋，未敢声破，恐其急变。反密遣洪旭前去称贺，以安其心。旭得令，挑选健将二十猛，坐小快哨一只，由竹坑抵高崎，离有里许上岸。鹏左右报旭至，出接，见旭从者二人。旭又深揖恭贺，以得非常勋劳。赞其用赚兵半渡而击之计，虽古名将不过是也，称羡不绝口。鹏以为机关未泄，谈笑自若，设筵款待。酒毕，旭告辞出，而不即行。停步营前，指其所击之处，摇头咋舌，称其功真大焉。又说藩令 不许起碇，可致闽安侯五军之死。行三五步止，又大赞藩主料风起必从潮，主问潮平，发炮一战，遂胜，真神算也，又行三五步停止，回顾鹏左右数十好汉佩大刀随之。旭冷笑曰：“吾与尔镇主交最厚，今日到营拜贺大功，不过尔镇主见我远来，步送江边，未尽之谈，再为缱绻。何用佩刀跟随？”鹏闻说，亦笑，退其左右，只存管家一人而已。旭又行，又停步，又高谈，如泻瓶中之水，滔滔不竭。直赚至江边，作揖相辞。而舟中二十猛士飞奔，擒鹏下船，驾驶而去。迨营中望见，欲赶来救，业到半江，军士鼎沸。殿后镇陈璋同刑官程应璠至营，出成功谕，仅数鹏通谋罪状，与众无干；军乃安。旭解鹏至，成功问以纵敌渡江，若非胜与璋，则今日之地已属他人矣。鹏哑口。成功遂出鹏于教场，令寸磔以示众。擢陈蟒为右虎衙，统其军；何义为左虎卫，陈璋为宣毅左镇。
六月，发诸镇眷口并百姓妇女回厦门。侦报：“粤师吴六奇遣其左营马嵩带兵至潮洲，札于韩祠之主，为刺客所杀。苏利、许龙船虽出港，见南澳有备，未敢进前，惟游飏观望。迨报闽师失利，亦各敛军还。”成功虽莒大胜，终苦弹丸两岛，难以抗天下兵。集洪旭、马信、黄廷、王秀奇、陈辉、杨朝栋、林习山、吴豪、冯澄世、蔡鸣雷、薛联桂、陈永华等商议：若得有一处，方可以进战退守。诸人无以应，但持南北固守为对。功曰：“吾闻台湾离此不远，意欲整师夺踞，何如？”吴豪曰：“台湾前乃旷野，故太师曾寄迹其间；今为红毛所踞。现筑城二座：一在赤嵌、一在鲲身。临水设炮台，又打沈夹板数只，纡回曲折于内港。凡船欲入者，必由炮台前经过；若越此，则船必触犯沈夹板而破。坚固周密，将二十馀载。取之徒费其力。”成功闻言，亦中止。
七月，成功遣兵官张光启往日本借兵。
十月，将军达素回京。成功欲整师下粤，报原浙江监国鲁王姐于金门令兵部侍郎王忠孝礼葬于后浦。
十一月，出使日本张光启同称：“上将军以其前出兵损失，坚意不允；仅助铜熕、鹿铳、盔甲、倭刀而已。”
顺治十八年辛丑〈（附永历十五年）〉正月，徐孚远从滇归，而粤东路阻，趋龙门之安南，安南国王欲孚远以臣礼见。孚远说系天朝使者，守节不屈。国王亦怀成功威，不敢加害，礼重之，置船送孚远回。见成功，陈说刘九皋、刘之清途中阵亡，惟周金汤与孚远至永安见帝。帝命李定国出师，战败，孙可望投诚。帝被吴三桂所逼，议欲走缅甸。成功闻之，欷歔叹息，而心愈烦，适台湾通事何斌侵用揆一王库银至数十万，惧王清算，业令人将港路密探。于元夕大张花灯、烟火、竹马戏、彩笙歌妓，穷极奇巧，请王与酋长卜夜欢饮。斌密安双帆并艍船一只，泊于附近。俟夜半潮将落，斌假不胜酒，又作腹绞状，出如厕，由后门下船。飞到厦门，叩见成功。功间其来意，斌曰：“台湾沃野千里，实霸王之区。若得此地，可以雄其国；使人耕种，可以足其食。上至鸡笼、淡水，硝磺有焉。且横绝大海，肆通外国，置船兴贩，桅舵、钢铁不忧乏用。移诸镇兵士眷口其间，十年生聚、十年教养、而国可富、兵可强，进取退守，真足与中国抗衡也。”遂出袖中地图以献，历历如指诸掌；并陈土番受红毛之苦，水路变易情形。若天威一指，唾手可得。成功闻其言、观其图，对如六月中暑得服凉剂，沁人心脾，满心豁然。起抚何斌背曰：“此殆天之使公授予也！自当重报。汝勿扬声，吾自有成算。”留斌于内，人莫知焉〈（评曰：谁料位将尽，翻然一著奇。深藏出意外，昼夜使人疑）〉。
成功既纳何斌之言，又详阅其昼图，知水路不从炮台前经过，胸中已有成算。次日，大会诸侯伯、提镇、参军等文武议事。功曰：“自攻江南一败，清朝欺我孤军势穷”遂会南北舟师合攻。幸赖诸君之力，虽然已败，但恐终不相忘。故每夜徘徊筹画，知附近无可措足；惟台湾一地离此不远，暂取之，并可以连金、厦而抚诸岛。然后广通外国，训练士卒，进则可战而恢复中兴，退则可守而无内顾之忧。诸君以为何如？”宣毅后镇吴豪起身对曰：“前日藩主曾以台湾下问，豪已经细禀；非豪之不用命，怎奈炮台利害、水路险恶，纵有奇谋而无所用，虽欲奋劈而不能施，是徒费其力也。”功曰：“此常俗之见，不足用于今日而佐吾之一臂也？”黄廷曰：“台湾地方闻甚广润，实未曾到，不知情形。如吴豪所陈红毛炮火，果有其名。况船只又无别路可达，若必由炮台前而进，此所谓以兵与敌也。”功曰：“此亦常见耳。”建威伯马信曰：“藩主所虑者，诸岛难以久拒清朝，欲先固其恨未，而后壮其枝叶，此乃终始万全至计，信，北人也，委实不知。但以人事而论，蜀有高山峻岭，尚可攀藤而业、卷毡而下；吴有铁缆横江，尚可用火侥断。红毛虽桀黠，布置周密，岂无别计可破？今乘将士闲暇，不如统一旅前往探望：倘可进取，则并力而攻；如果利害，再作相商，亦未为晚。此信之管见也。”功曰：“此乃因时制宜，见机而动之论。”豪复执曰：“台湾实豪屡经之地，岂不知其详？既知其详而不阻谏，徒附会其说以误沈主大事，蒙负罪多矣。”诸将议论不一。陈永华曰：“凡事必先尽之人，而后听之天。宣毅后镇所言，是身经其地，细陈利害，乃守经之见；亦爱主也，未可为不是。如建威伯之论，大兴舟师前去、审势度时，乘虚觑便，此乃行权将略也。试行之以尽人力，悉在藩主裁之。”杨朝栋亦倡言可行。功大喜曰：“朝栋之言，可破千古疑惑。著礼官择日，命世子经监守各岛。台湾非吾亲征不可。”议遂定。
是夜二更，成功祷天，效俗出听背后言，以决征台吉凶。忽闻一妇人唧譨曰：“国姓好死不死，留这一个长尾星，在此害人。”长尾星是吉兆，就于门上留一记号。次日，差卫兵到号处带其妇人来见。妇人惊怖，魂不附体。功询之，方知是出征兵眷。慰之曰：“莫怨藩主，此乃天也。”赏银四两、白麻五斤，令之去。即行檄南澳陈霸防备苏、许二处。又拨郭义、蔡禄二镇，带本部兵土前往铜山，与张进协守，策应南来之师。又以参军蔡协吉佐兄泰守金门。命洪天祐、杨富、杨来嘉、何义、陈辉，督船守南曰、围头、湄州一带，接连金门，以防北来之师，洪旭、黄廷、王秀奇、林习山、杜辉、林读、萧泗、郑擎桂、邓会、薛联桂、陈永华、叶亨、柯平等，又擢洪旭子军磊、冯澄世之子锡范、陈永华之侄绳武三人，共辅世子经，守厦门调度各岛；时经年二十一。功自领马信、周全斌、萧拱宸、陈蟒、黄昭、林明、张志、朱尧、罗蕴章、陈泽、杨祥，薛进思、陈瑞、戴捷、黄白、刘国轩、洪暄、陈广、林福、张在、何祐〈（祐，浑号钻子，漳州平和人。后投诚，征乌喇有功，官襄阳、梧州二处副总兵）〉、吴豪、蔡鸣雷、杨英、谢贤、李胤并其四弟袭，于二月初一日祭江兴师，兵部尚书唐显悦、兵部侍郎王忠孝、浙江军门卢若腾、吏部给事中辜朝荐、右副都御史沈佺期、御史徐孚远、光禄寺卿诸葛倬，监纪许国、进士郭贞一、林兰友、蔡国光等并宁靖王、鲁王世子、滤溪王、巴东王暨留守各提填、参军、文武郊饯东征。
初三日午刻，成功舟师齐出辽罗。是夜放洋。初四早，令人上桅看山。报曰：“澎湖山望见。”至未刻，抵澎湖，即收入娘妈宫；诸船悉到，无一失者。
初六日，功祭祷海岳，并巡视附近诸屿。与众将言曰：“台湾若得，则此为门户保障。”随拨陈广、杨祖、林福，张在等带兵三千，留船十二只，守澎湖。
初七日，功下令曰：“本藩矢志恢复，念切中兴。前者出师北讨，恨尺土之未得；既而舳舻南还，恐孤岛之难居。故冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时；非为贪恋海外，苟延安乐。自当竭诚祷告皇天并达列祖，假我潮水，行我舟师。尔从征诸提镇营将，勿以红毛火炮为疑畏；当遥观本藩鹢首所向，衔尾而进’。
初八早，成功坐驾竖起帅旗，旁列五方，中悬龙苏。发炮三声，金鼓震天。令洪暄引港船先面东而去，诸提镇照序鱼贯。至未刻，遥见鹿耳门。成功命设香案，冠带叩祝曰：“成功受先帝眷顾重恩，委以征伐。奈寸土未得，孤岛危居！今而移师东征，假此块地，暂借安身，俾得重整甲兵，恢复中兴。若果天命有在，而成功妄想，即时发起狂风怒涛，全军覆没。苟将来尚有一线之脉，望皇天垂怜、列祖默祐，助我潮水，俾鹢首所向，可直入无碍，庶三军从容登岸。”祝毕，令人于斗头将竹篙探水深浅。徐回报曰：“是藩主弘福，水比往日加涨。”成功复问曰：“加涨有多少？”曰：“加涨有丈馀。”〈（评曰：舟速因风便，好如箭脱弦；于今又有水，凡事在皇天）〉成功大喜，放炮、擂金鼓，打招旗与后面船只好看跟踪。又密令何斌坐斗头，按图纡回，教探水者点篙，徐徐照应。转舵扬帆，呐喊从赤嵌城而进〈（评曰：从来在将德，恃险终然宽；曲折百般计，今朝始见难）〉。成功部整队登岸。斌请曰：“急围夺仓 ，然后列阵进兵，恐其焚毁。”其守赤嵌酋长猫难实可见成功大队登岸，军威赫耀，一面遣郎何玑从鲲身请援，一面发炮。
初十日，成功令兵士每名草一束，围屯赤嵌城。遣通事吴万、李仲说实叮：“如不降，周围放火焚之！”实叮惧，出降。功厚待之，令过安平说揆一王。成功克赤嵌城，加额曰：“此天哀吾，特赐此土以为安命。”命各镇罗列安营〈（评曰：方除假面傩仍剧，未了残棋局又新）〉。
揆一王当于元夕赴何斌之请，灯酒笙歌，酣乐达且。斌虽乘月逸出，王以斌为困酒。迨次早觅斌无踪，方知其遁，亦只疑其侵用，岂料引师夺国。十八日申刻，忽风雨骤至，潮水冲岸，声振云霄，闻者惮栗，直交子时方息。天明，王率诸酋长登城望海。影见一人 头红衣，骑长鲸从鹿耳门游漾纡回，绕过赤嵌城而没。王与酋长面面相觑，称异曰：“岂梦耶？”迨至三月初十日午后，遥闻鹿耳门外炮声轰天，急集诸酋长登台，持千里镜照见许多船只，旌旗飞跃。王笑曰：“唐人不知死活，敢犯吾境。著炮台上火炮齐备；侯船到时，接连而发，则无遗类矣。”欢笑自若。少顷，见首船转头向北而上，忽而回东，忽而转北，从者悉依赏船行，尽不从炮台边过。王顾左右荷兰曰：“此港路从来泥沙浅污，今日唐船何得无碍？岂不异哉？”一面令主炮者发炮，炮远弗能及；一面令酋长黎英三带兵落夹板出去截击。迨至人齐，将申酉起风之时，正值潮起风发〈（台地每于申酉时风甚大，今亦然）〉。俄而见大队舟师已达赤嵌，兵士登岸列阵，军威盛壮。王虞其逼城，将拨格夹板者吊起，即令黎英三从鲲身过援赤嵌。甫到三鲲身，遇郎何矶，曰：“兵少难援，且回见王。此兵实天降，非倾国往救，安能御敌？”王曰：“此从何来？”遂挑选排枪手，来日过赤嵌决战。
成功早起，闻安平荷兰击鼓吹笛〈（郎掌号）〉。功知欲出兵，傅诸将谕曰：“荷兰无别伎。惟恃火炮而已。黄昭！尔可带铳手五百名、连环熕二百门，分作三队，前往鲲身尾。列阵以待；侯他对攻。杨祥！尔可带藤牌手五百名，从鬼仔埔后绕过鲲身之左，横冲截杀。萧拱宸！尔整艍仔船二十只，看彼队伍将过七鲲身欲与我们交锋，随朗摇旗呐喊驾驶，作过去攻城状。彼兵见之，自然慌乱，不敢恋战，破之必矣。”调拨已定，又令诸镇列阵静伏守候。荷兰果行至七鲲身尾，方欲对垒，忽见赤嵌快哨摇动，欲过安平攻城，心遂虚。而杨祥领藤牌又到，跳舞横冲。荷兰愈慌，立阵不住，败下，死者过半，退守其城。成功挥军进围，王死拒之。大炮时打，功亦不敢逼。虽督兵围困，只鲲身硬路，其馀悉环水；而荷兰又不时将百馀猛突出打铳，诸军多被损伤。功令兵士斩竹作 除堆土环栅，七鲲身设立门户，置炮台以防之，于是军稍安。
五月，黄安、刘俊、陈瑞、胡靖、颜望忠、陈璋等六镇统船二十只至台。功擢黄安为右虎卫。改赤嵌为承天府，杨朝栋为府尹。又设二县隶之：一天兴县，以祝敬任之；一万年县，以庄文烈任之。
适世子经差兵部主事杨荣押送粮饷、军器暨诸食物到台，成功闻金厦各马咸宁；惟有谣传东山蔡禄、郭义暗通黄梧，欲投诚。功随发密谕，交杨荣回厦门与洪旭，令行单调二镇带全师过台。“若遵令，则无他意；加迟延观望，急除之。”旭接谕，差人往铜山传藩令：“著二镇带本部兵，配所坐船只，即往台湾。”郭义遂整船欲东。蔡禄与其部将陈华、罗栋〈（华，潭之漳浦人，后投诚，官京口总兵；栋，平和人，后投诚，官重庆）〉谋曰：“不意藩令来如此之急。”华曰：“事已八九，岂可半途而废？”栋曰：“恐二爷不允！”禄曰：“二爷是吾事。尔可速差人往海澄公处为要！”华曰：“今夜即去。”禄遂藏罗、陈二将于内，差人讲义。义到，禄曰：“国姓信谗，以大兄之故〈（大兄指万礼。前礼等同盟，以万人合心，以万为姓。万礼部张礼，死南京。成功回厦，建忠臣庙享诸死者，以甘辉为首，次张万礼。后有人怨礼，言其非战死，是逃履水，忙不及去甲，溺死，岂可与阵亡将士齿？成功信之，遂撤去）〉，怀疑我兄弟二人。我业已遣人投诚。我去，汝能保其无恙乎？不如俱去，何如？”义曰：“大兄虽不死于战而溺于水，实亦没于王事，非同谋叛者等。与汝我何干，而相疑至此？”禄一时无以答。其兄万五〈（礼小功弟，即长林寺僧道宗也）〉击榻曰：“君臣不可相疑，疑则必离。今者藩令来召，是疑之渐也。况台湾新辟，荒凉之地，去者多不服水土；此决不可去。若召而不往，非臣子之礼，势雏两立。七弟所见甚高，宜从之。”义意尚踌躇。道宗复迫之曰“自古，英雄弃暗投明；若当断不断，乃妇人之仁也。”义方决，禄即出陈华、罗栋二将，插刀立誓。部将船收回，声言杠俱椇不坚，难以冲过横洋，停泊修整