康熙二年二月，湖广提督董学礼疏报：前奉命会剿湖广西山巨寇李来亨、马腾云、党守素等，随同总兵穆生辉、于大海、高守贵凿山开道，追至李家店，擒伪总兵宋叚，斩获无算，贼焚巢遁。又别将恢复归州、巴东、巫山等处。陕督奏：提臣王一（玉）［正］率总兵于奋起、鲍敬追剿逆贼郝摇旗于房县横水，败伪军门罗么。十一日庚戌亥刻，慈和皇太后崩。十九日，京师天鼓呜，随陨星十一，城外七，城内四，次朝拾视，热如炽炭。
三月，命广东总督移驻广州府。川督报：伪岐侯贺珍［子］伪富宁伯贺道宁等纳欵。
四月，湖广提督董学礼报：同各镇破李来亨于长坪。二十二日未刻，辽阳杀布台陡起黑风一股，从南向东，吹倒民房四百三十余间，压死男妇五百余口。
六月，兵部议覆李定国子李嗣兴从边外投诚，得旨：授都统品级。
八月，礼部议覆：乡会考试停止八股，头场策五篇，二场四书及五经论各一篇，表一篇，判五道，以甲辰科为始。从之。以流贼余孽郝摇旗、刘体纯、李来亨等窜伏郧、襄山中，命都统穆里玛为靖西将军，都统图海为定西将军，同都统宗室穆琛、护军统领孙达里、都统觉罗巴尔布、护军统领科尔昆率大兵征剿。
九月，命都督噶褚哈为镇西将军，同都统光泰统满兵镇守西安，以西安将军傅喀禅往征西山故也。
十月，川督李国英报：巨寇刘二虎、李来亨、郝摇旗、袁宗第、党守素、塔天宝、马腾云七家出犯巫山，乞发大兵剿灭。福督李率泰奏：官兵会剿延、建贼首王铁佛等，擒之。又疏报：提督施琅遣守备汪明等败海寇于海门，斩伪副将林维等。
十一月，刑部议覆：原任按察使宋琬通同于七谋反一案。旨：宋琬等原无通贼情节，着免罪。
十二月，耿继茂、李率泰奏：十月，臣等统兵渡海，攻克厦门，贼众惊溃，登州提督施琅会荷兰国夹板船邀击之，斩千余级，乘胜取悟屿、金门二岛，郑锦、周全斌等遁。耿继茂奏：十月总兵王进功败海寇于云霄镇。
康熙三年正月，川督李国英报：西安将军傅喀禅、副都统杜敏会同提督进剿蜀中巨寇，于康熙二年十二月二十三日师次陈家坡，奋勇剿杀，贼遁入天（地）［池］寨，杜敏等统兵追剿，刘二虎势穷自缢，郝摇旗、袁宗第夜遁。杜敏等复追至黄草（坡）［坪］，大败贼众，擒郝摇旗、袁宗第并伪晋王朱宗蒗等。吴三桂疏：进剿广西陇（约）［纳］山寇，生擒妖人阿仲，逆寨悉平。
二月，耿继茂疏：官兵攻克长腰、东蚶二岛，伪兵部阮春雷、逆渠张煌言仅以身免。西山巨逆马腾云、党守素、塔天宝归诚。
三月，吏部奉上谕议奏：大学士缺，以各部尚书、左都御史推补，如不用，以各部侍郎、学士推补；各部尚书缺，照衙门次序，以尚书、左都御史转补，如不用，以各部侍郎推补吏侍缺，以各部侍郎转，各部侍郎缺，以学士、左副都、通政使、大理卿、宗丞推，如不用，以府尹、太常卿推；左副都缺以通政使、大理卿、宗丞推，如不用，以府尹、太常卿推，如不用，以光禄卿推，如不用，以左通推；通政使、大理卿缺，以府尹、太常卿推，如不用，以光禄推，如不用以侍读学士、左右通、大理少照考语俸次推；府尹、太常卿缺，以光禄卿推，如不用以左右通、大理少推，如不用，以太常少、鸿胪卿、太仆少、督捕理事官照考语俸次推；光禄卿缺，以左右通政使推，如不用，以太常少、太仆少、鸿胪卿、督捕理事官照考语俸次推；其小四品京堂缺，将每年内升京官四员用完后，用五品京堂一员，再用内升司道一员。得旨：学士既推侍郎，以后大学士缺，停其推用，余悉依议。
四月，定例：公下副都统以上，出征临阵，接战时坠马，人有以马与骑者，赏赉银一百两，参领以下银六十两，平人银二十两。康熙七年八月，兵部尚书噶褚哈、龚鼎孳等议覆崇德年间例副都统以上衣服一袭，马一匹；参领佐领马一匹，白身给牛一头。奉旨：太宗因马牛价贵，奖励以马与坠马之人骑者，定有给衣服马牛之例。今马牛价贱，如仍照旧例，似属太轻，着照现行例行。红本五月，耿继茂疏报：三月初六日，与督臣李率泰，提臣王进功、海澄公黄梧等领兵先后至八尺门，伪将军翁求多率兵民六万降。十四夜半渡海，进拔铜山，降伪侯黄廷、伪都督（金）［余］宽等兵民三万余口，郑锦遁走台湾。命广西（提）［总］督自梧州移驻省城。
七月，以福建提督水师总兵施琅为靖海将军，往剿郑锦。
八月，浙督赵廷臣疏：逆渠张煌言盘据浙海多年，抗不就抚，借名归隐，徜徉海外。臣密令守备徐元、张公午扮成僧民，获活口林生陈满等，知煌言现在悬山花嶴，即驾所获贼艘乘夜进小港，从山后覔路突入帐房，遂擒煌言及其亲信余党，搜出伪视师兵部银方印一颗、伪关防九颗。湖广督张长庚疏：李来亨拥众茅麓山，最为峻险。靖西将军穆里玛、定西将军图海等率禁旅与三省兵合剿，昼夜环攻，李来亨穷迫自缢，举火焚巢，余党荡平。
十月，彗星见翼宿度，指西北方。先是，给事中杨鼐劾奏康熙二年顺天乡试春秋题目邾子误邾人，将考试官白乃贞、詹养沈，同考官罗继谟革职，寻命将贴出写子字三人覆试，俱不合不录。靖南王耿继茂请令其子和硕额驸耿精忠赴闽学军事，允之。八旗都统以下武职各官，镇守省城将军以下武职各官，顺治年间俱由吏部题补，康熙三年归并兵部。红本
十一月，穆里玛等班师。彗星犯井宿。丙午，彗星犯胃宿，尾指东北。
十二月壬戌，彗星在奎宿度，形渐小。给事中杨雍建言：本年十月初旬，彗星见，经五十余日，历一十二宿，白光黯然。窃念上天垂象示儆，乞力图修省，广求直言，无难转灾为福。得旨：杨雍建直言可嘉，今惟力图修省，以合天心。甲戌，金星生白气长三丈。
康熙四年二月，吴三桂奏：总兵刘之复、李世（辉）［耀］等于三年十一月，自大方、乌蒙进征水西，大破之于波罗箐，追兵至法地屯，生擒土司安坤。己巳，彗星见女度。三桂报：官兵克乌撒，土酋安重圣、安重干就擒。暹罗国主森列拍腊照古龙拍腊马呼陆坤司由提呀善挨遣陪臣航海具表进贡。乙酉，彗星在璧一度三十分，尾长五尺余，求直言。
三月戊子午刻，京师地震有声。己丑，彗星见行入奎宿，下诏肆赦。辛卯，金星昼见。密谕尚可喜严束所属官兵，以广东人民为王兵丁扰害甚苦，失其生理也。
四月十七日，武林、富阳县太平村风日晴朗，忽于巳刻晦黑，有石堕地声如雷，折为二，重数百斤。
五月初八日，山西省城雨霜三日，色青，所雨之处草木尽枯。
六月，吴三桂言：迤东土酋王耀祖等于本年三月窃据新兴，僭号大庆，谋犯省城，分遣贼党攻陷各府县。总督卞三元等分兵剿捕。四月初七日，擒耀祖，各州县俱恢复。
八月庚申，广东阳江县地震有声。
九月甲申，山西太原府地震。九月初八日辛卯，上大婚礼成，皇后（阿）［何］舍里氏，内大臣噶布喇女。二十五日戊申，加上太皇太后徽号曰昭圣慈寿恭简安懿章庆敦惠温庄二字加太皇太后，皇太后徽号曰仁宪恪顺二字加皇太后，恩款五条。
十月丁丑戌时，湖广常德府地震有声。
［十二月］（康熙五年正月），两江总督郎廷佐报：十八日溧阳县民浚河获玉玺一颗，上有篆文“人心惟危”至允执厥中”十六字。命贮内库，赏获玺人顾起龙等各银伍拾两。
［康熙五年］一月，平西王吴三桂报：剿土司禄昌贤于陇箐，取寨数十，迤东土贼俱平，设开化府永定州。
六月，添设六科满、汉给事中各一员。
七月，复科场八股文、经书、策论三场旧制，从侍郎黄玑之言也。
八月，给事中张维赤请择吉亲政，报闻。
十一月，先是睿亲王将镶黄旗应得之地给与正白旗，而给镶黄旗地于右翼之末，二十余年旗民安业。及镶黄旗鳌拜与正白旗苏克萨哈同辅政，有隙，鳖拜故立意更换，命大学士苏纳海、侍郎雷虎会同巡抚王登联、总督朱昌祚酌议圈换。至是朱昌祚、王登联奏言圈地不便，旗民交困，请停止。辅臣称旨将苏纳海、朱昌祚、王登联皆拏禁。
十二月，刑部议苏纳海拨地迟误，朱昌祚、王登联纷更妄奏，应鞭一百，籍家产。上召辅臣询问，苏克萨哈不对，鳖拜、索尼、遏必隆坚奏应置重典。上未允，鳖拜出称旨，苏纳海、朱昌祚、王登联情罪重大，着即处绞，籍家产。
康熙六年正月，定王、贝勒等执事人役衣服俱用绿色。
二月，吴三桂报：官兵进剿乌撒，生擒女酋陇氏及逆党万余人。
四月，江南奸民沈天甫、吕中、夏麟奇等撰逆诗二卷，诡称黄尊素等百七十人作，陈济生编辑，故明大学士吴甡等六人为之序。沈天甫使夏麟奇诣吴甡之子中书吴元莱所索诈财物，元莱察其书非父手迹，控于巡城御史。以闻，下所司鞠讯，沈天甫等皆弃市，其被诬者不问。初七日，陕西邠州等处黄风竟日，地生黑虫。十七日，陨黑霜。刑部议覆御史田六善言：近见奸民揑词诈害，在南方不曰“通海”，则曰“逆书”，在北方不曰“于七贼党”，则曰“逃人”，谓非此不足以上耸天听，下怖小民。请饬督抚，即于审理情实者据实奏闻，情虚者依律反坐，如不候督抚审结径来叩阍者，依光棍例治罪。查定例不候原官审结径行叩阍者，旗人枷号两月，鞭一百，民责四十板，流三千里。从之。
五月丙午，谕吏部等衙门：民为邦本，必使家给人足，安生乐业，方可称太平之治。近闻直隶各省民多失所，疾苦颠连，深可悯念。或系官吏贪酷朘削穷黎，抑或法制未便，致民失业，果何道以遂其生耶？一切民生利病，应行应革，尔内外各衙门大小文武等官，念切民依，其各抒所见毋隐。吏部覆御史李棠奏：例监考补中书，三年后即升部属，进士举人仍迟至十年之久，始得官职，应行停止，将各科进士咨取考试。得旨：各科进士不必拘年分前后人数，有愿考者预行选取，堪用者遇缺即补。
七月，上躬亲大政，御太和殿，群臣表贺，宣韶天下恩欵十七条。太予太保内大臣苏克萨哈奏求守陵，辅臣等称旨苏克萨哈不识有何逼迫之处，着王大臣议奏。未几允议将伊子孙并本旗兄弟俱拿问，既而议上苏克萨哈二十四罪俱实，应凌迟处死，上不允。鳖拜强奏累日，竟坐处绞，其子查克（且）［日］凌迟处死，叔弟侄皆斩决。奉世祖章皇帝、太祖、太宗配享圜邱方泽，着于冬至举行。上既亲大政，命吏部具列部院大臣职名，亲加甄别。会礼部有题取赍诏奉差官员违例冒滥事，特旨严饬，并谕吏部曰：李若琳身任礼部尚书，佥检专擅，与冯铨交结亲密，朋比为奸，着革职为民，永不叔用。漕督屈尽美疏言：现裁推官漕粮乏员监兑，臣以通行各省令知府监兑，以速漕务。上以尽美不请旨擅通行下部察议。寻议于同知通判内斟酌委用，尽美降二级准抵。寻疏楚省有漕府分同知俱有清军及经收厂税之责，粮务乃通判职司，应专责监兑。从之。
九月，云贵总督卞三元，提督张国柱、李本深合词请吴三桂仍总管滇、黔事务。得旨：该藩以精力日减奏请，故允行，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力太损，如边疆军机要务，王自应料理。
十月己卯，奉天府承德县地震有声。