咸丰二年冬，湖北巡抚常大淳奏言：“寇水陆攻武昌，船炮充斥。闻湖南大军有广西炮船，江南水师有广艇炮船及中小号炮船，请调集江上下游，乃可制遏贼势，断其粮运。”诏徐广缙等饬行。时武备弛，徒存水师名，无船也。徐广缙奏，有卢应翔以炮船战于长沙，长沙人未之闻，及诏问乃知云。陆建瀛防江，有大小三版八桨船。向荣奏遣张国樑率湖南炮船。所谓湖南炮船者，以民船载炮。诏征登州水师船，亦募商舟。及寇破武昌东下，连舟数千，皆商舟也。祥厚奏言，江宁留船十，以分防芜湖、梁山已足矣，其不知水战如此。
三年春，九江陷。向荣奏调外海战船快蟹、大巴百余，取海道至江南，又调上海道吴健彰领拖罟战船、温州总兵领头莽等船备水战。而麟桂以练习船炮名，及李德麟、吴全美之徒稍有闻矣。五月，寇既北渡淮河，南围南昌，御史黄经上书言兵势，始请吴、楚、蜀疆臣各造船练士，乘流攻寇，乃指名及湖南。其时道路阻塞，朝报不时至，诏饬骆秉章，秉章以力所不及，又凡言官论列，例不行，未甚省也。曾国藩闻湖北战船败于田镇，谋守湘，乃试连木筏载炮横湘水。十月，诏国藩督练勇援武昌、汉阳，始命率船炮赴下游。而国藩亦先于衡州治水军，访船制，皆不知其状，筏成，不可用。羽檄征军日数至，人人以逗留为疑，乃叹曰：“今寇往来阳逻，湖南、北所费殆二十万，彼纵横江湖，非舟檝无与争利害。且成师以出，当为东征不归之计，九江以上，千里如洗，奈何以仓卒召募之众，执蛊脆之器，徒步三千里，以当虎狼百万之强寇乎？”水师守备成名标者，颇能言船炮事。国藩亦自以意，用商船改造为长唇宽舷，试发炮，果不震。而资费无所出，乃奏截留大营粤饷银八万，兴水军四千，船二百。其大自五百石及千余石，炮自二百斤至三千斤，又推五日竞渡船意，为短桡长桨如蛇足，以人力胜风水。奏征右江道张敬修率战船，不果来。而同知褚汝航奉檄代敬修，造长龙战船于湘潭。先成名标于衡州造者，曰快蟹、三版、闽、越船制略备矣。然非有法，直以意消息，屡改乃成。其军亦募操舟人为之，增设炮手；其统将，国藩自主之；其裨将，亦号营哨官，纯用儒生、农氓，或陆营弁丁；其经营尺寸轻重之度数，皆自虑度之。而总督吴文镕，颇与同心，时相商定焉。
四年二月，船成，凡大小二百四十，辎重炮船百二十，辎重民船百，水军五千，分十营，设粮台舟中，器物食用工匠毕备，合陆军五千，发衡州，浮湘东下，军容甚壮。当是时，吴文镕以促战先出，败死，湖北水军尽散。而寇入洞庭，步上犯宁乡，及遇水军下，寇遽退，湘阴、岳州皆复。三月，寇复上，岳州防军溃，赖炮船以免。丙午，大风坏船，漂损大半。
戊申，以陆军败还长沙整军，寇遂上犯，屯靖港，及湘潭城，腹我军。当是时，寇若从湘潭上游，乘春水攻省城，及从靖港乘北风来攻，皆不过行二十刻，势危急。我军闻吹角及火光，皆自惊，寇竟不来。四月己巳朔，塔齐布援湘潭，战胜。
报未至，军中议曰：“陆军败，皆溃，死矣。宜及军士心未散，率水军进攻，水陆交争，冀一当。”于是议所乡，用水师营官彭玉麟定计，全军上攻湘潭，四营夜发，约明日国藩帅四营继之。比至湘潭十里止，侦者还言，塔齐布已大胜，乃约水陆循城进攻，尽收所掠商船，百货阗委。彭玉麟计军士贪虏获，必懈，乃悉纵火烧船货。火延岸上，光烛数十里。寇先本在舟中者，仓卒不得走，虽亦发炮相拒，不能水战，伤溺者千计。城寇失计，弃城走。烧寇船之日，国藩帅四营下攻寇靖港，败还，城中大震，得湘潭水陆捷书，乃大定。五月，寇陷常德，水军船方艌，巡哨小船莫能救，然寇益不敢入湘。
六月，山东登州总兵陈辉龙，自广州来会师，广东游击沙镇邦，从广西道员李孟群自桂林来，亦将水军，水军益盛。庚辰，发长沙。甲午，渡湖。前队营官褚汝航、夏銮、彭玉麟、杨载福、乡导官何南青将二千人，遇寇湖中，遂屯万石湖。丙申，分五队：苏胜将先锋船趋南津，夏銮继之，彭玉麟伏船君山，杨载福伏船雷公湖，何南青建旗吹角列陈于后。寇掠商舟载炮陈南津，持不进。三版小船趋港中，寇争出，三版阳却诱之，寇舟连樯上，玉麟等钞之。商舟旋转不利战，退则相撞碍，烧沉百余舟，夺舟三十四、炮十三。其夜，南津及城寇潜遁。
七月己亥，屯南津。庚子，寇复上，巨め乘北风以压三版。三版斜进，掷火烧寇，火药烟蔽江。寇斫其舟工，舟工愈乱，遂败去，追奔七十五里，夺寇大舟七十六，自是寇不复上。壬寅，攻之雷鼓台，寇依岸自保，进攻多伤。会暮，军惧。杨载福曰：“今退，我船不满百，寇十倍我，败矣，非冒死出奇不得免。”躬乘三版，冲寇屯直下。彭玉麟中炮伤，竟烧寇后舟，寇争还救，乃大乱。载福自此以勇略名，与玉麟皆为水军名将，而陆军有塔齐布、罗泽南。塔、罗、彭、杨，军中无与为比。壬子，陈辉龙将后队至南津，闻彭、杨等战胜，则以为寇不足破。
癸丑，自将攻城陵矶。湘军颇疑南风下水难退，辉龙曰：“吾习水战三十年，诸军无以为忧。”平旦，发炮遂行。广东军旌旗鲜明，刀矛如霜雪，洋装铜炮震山浦，诸军皆自失，以为不及。褚汝航、夏銮请同行，杨载福亦乘小船往观战。沙镇邦先进，寇舟拒战，败退。辉龙乘拖罟大船至中流，舟胶，寇伏舟齐出。镇邦船已逼寇屯，不得还。诸小船来救辉龙，水急风利，返吹俱下。寇依岸遏我军，欲登陆则逼寇，发炮恐伤前船。寇争来夺船，汝航、銮、镇邦赴水死。辉龙陷宠，军覆，船炮尽丧。寇乘拖罟还城陵矶。拖罟者，闽、广水师大舰也。国藩初造船无之，辉龙至，乃造二拖罟，其一以献国藩，其一自乘之。
既败，水军损失大半，然自此益知水战利害。
闰七月戊辰朔，李孟群再攻城陵矶，小利，而陆军大捷。
己巳，杨载福等知寇将遁，出要其舟。寇皆乘小舟下走，而凿所得拖罟船，沉之江中。辛未，悉平寇两岸炮台，搜螺山、倒口、六溪口，入黄盖湖，还收嘉鱼，复蒲圻，遂会湖北军。甲午，进屯金口。八月巳亥，王明山下窥盐关，寇水陆围之，三版六，拒寇舟数十，突围出，伤两人耳。甲辰，杨载福巡沌口。
丙午，湖北陆军攻汉阳关，未战，军溃。李孟群舣岸击寇，陆军得不败。己酉，国藩来视师，遂登小军山，望武昌、汉阳寇屯，寇来袭，败去。丁巳，烧盐关寇船二百，沿江寇垒九。戊午，杨载福等冲寇屯，攻塘角，遂至青山。寇炮击之，三版人皆露立，棹船徐进，有俯首避铅丸者，众目笑之，以为大耻。
水军之初立也，谋避炮，百方皆弗良。至是，诸言避炮者尽绌。
寇从城上望见，相顾失色，缒而逃者日杀百数不能止。明日，武昌寇弃城走，汉口、汉阳寇皆乘夜具舟遁。武汉之复不劳力，由创水军，使寇震怖无策，故千里无留行焉。下江屯寇闻之，凶惧，以水军不可与争锋，则据江险，悉众屯田镇。九月丙子，前军攻蕲州，寇冯城不敢出，陆军后，屯湋源。
十月丙申朔，会陆军于田镇。寇垒连四十里，夹江为五屯，据半壁山，铁索缆江，连舟承其下，上作大筏，列炮横中流，守以炮舰。其下游寇舟五六千，率掠遏商民船，以供运载。自江宁陷后，通江诸城镇无宁日，以此也。己亥，罗泽南等攻山，大破之，缒崖下斫江琐。明日，琐复续。国藩令曰：“水军牵于蕲城，蕲寇舟、城相掎角，形势不便。宜分船冲下游，得至半壁山，合陆军而屯，破贼必矣。”癸卯，彭玉麟、杨载福顺流移屯蕲，寇战舰不能追，唯发炮与岸上炮迭击。哨官萧世祥中炮死，军士多伤，竟下，下十五里止。乙巳，蕲舟寇乘西风走保田镇。丁未，进屯见峰，距癸卯屯十六里、田镇九里。玉麟、载福间行入塔齐布军，谋合攻，还，分船为四队，戒曰：“各有司，误者斩！待令而后动。”备炉鞴椎斧炭剪于头队船，刘国斌、孙昌凯领之。昌凯，故铁工，习冶锻，令专断铁琐。
戊申，水、陆军大出，玉麟戒昌凯曰：“毋发炮，毋仰视，直趋铁缆下，彼筏上炮一发，船乘流已下矣，吾亲为公拒寇舟。”
遂将二队出战，杨载福将三队待琐开，留四队守屯，以防寇钞。
寇恃炮，以为船不能近缆。及国斌等直下，玉麟继进，寇舟未及移，环击之。烧二舟。国斌椎琐下钳，钳落筏空；昌凯鼓鞴冶琐，琐断缆开。筏上寇溃走，溺水、被斫死者无算。杨载福候缆开冲下，下游舟中寇愕，不知何军，乃从篷上望之，或有觉走者。舟连数十里，走辄絓而止。载福直进至武穴，乃回船掷火烧而上，玉麟烧而下，于是东风起，载福乘风，玉麟乘流，天明合军俱还。寇舟烬，岸上寇已夜走，蕲寇亦由陆遁走广济。
甲寅，前军至九江。田镇已破，湘军水师名天下。文宗采其战法，手诏宣示江南北诸水军。江南北水军师艇船不谙战，续征红单拖罟船，皆待风乃行，所至淹留。而江西亦造战船，颇用湖南船制，以无将领，辄败退。湖南在籍官丁善庆、陈本钦、唐际盛、李概等，始捐赀设船局，而黄冕专制炮，以应征军。言船炮者，莫能及湖南焉。然太锋锐，深入要利，卒以至败。
寇距九江城，于湖口梅家洲作坚屯二，与城相鼎峙，北屯小池拒陆军。辛酉，李孟群等攻城。城北洲垒大设炮，旁维大舟，小艇环卫之。孟群先攻其大舟，战不利，苏胜、郑沐中炮死，李金梁船沉溺于江。寇既见官军水战法。亦并力于水战，多造小艇，依大舟以出。方冬风壮，江水涌起，战船苦震簸，寇又循岸射火烧船，军日夜危苦，思番休，而陆军以克城在旦暮，方日日言战。十一月戊寅，塔齐布破孔龙寇屯，己卯，小池寇遁。北岸既得，遂围九江，寇悉众保湖口，彭玉麟等扼江与相持。丁亥，寇载火夜烧江外船，李孟群列队待之，火舟至，钩放溜中，终不得近。十二月辛丑，彭玉麟等攻湖口寇筏，破之，士死伤相积。寇亦殊死斗，其筏上作木楼，冯楼发炮，楼倾，或飞投江中，泅而走，其坚悍若此。丙午，萧捷三等以寇屯湖口，梅洲坚实，虑其掠鄱湖内犯，通资粮，率轻船闯姑塘，诸勇锐争从之。既入，乃不见一寇，会暮，止屯。寇瞰大船势孤，出小舟二十攻坐营，都司史久立战死。寇小舟循官军大船间，抛火焚快蟹九、长龙七。诸军三版大半入姑塘，无斗志，乃夜还九江大营。时杨载福养病武穴，闻败，还争湖口，不利。
寇复北渡，踞小池。己未，湖口陆军亦退保九江，其夜，小池、九江寇负小舟数十，直犯国藩拖罟大船，国藩慬而免，水军遂大乱。入姑塘者方益进至南康，闻坐营溃，退还，望湖口寇已作两浮桥，通岸往来。捷三等乃遂取食吴城，因袭都昌寇舟，破之。然无统将，且辎重阻绝，漂泊章、鄱间，有船百二十，人三千，为客兵，而外江、内湖水师分，实始于此。外江自己未夜溃，俄而寇从广济追杨霈至汉口。
五年正月丙寅，李孟群以船五十还救武汉。戊辰，大风损船四十余，船不能军，乃令彭玉麟等溯江，名援武昌，而修船新堤。国藩自是入陆军。未几，移屯南康，就萧捷三等取船江西，立内湖水营，而江西粮道邓仁堃主制造。二月，寇陷武昌。
自是寇专力陆道，故城陷不能救。三月，湖南益发新船百余至金口，彭玉麟募军实之，合旧水军为三千人，与湖北巡抚胡林翼陆军相辅。四月，王国才进攻汉阳，将筑屯，寇前后钞之。
玉麟望陆军已被围，舍船登岸反钞寇，多斩获，寇乃散走。六月，杨载福自岳州增募船军，合先屯为十营。内湖萧捷三等增军屯南康，为八营。杨载福既至金口，则议攻寇武昌，以李孟群所部弱，留孟群将陆军守金口，而林翼及玉麟先入汉，攻蔡店。玉麟以小船入沌，掠赤野湖东，而北绝汉至涢口，顺流东还，北破宗关石垒，南攻汉阳寇舟，岸发炮不得近，遂北攻汉口。寇舟乃出，溯流上，欲钞我，夹击之，夺其舟九，出汉口，攻寇浮桥，烧寇舟三百。凡三日，寇不出。杨载福自外江来会师，同出江屯沙口。沙口者，武昌下游三十里，至沌口六十里，还沌口当从武昌、汉阳城下过。载福之出也，寇无备，而玉麟从汉口渡江，距两城远，故寇炮不甚相及。既空屯沙口，不能助攻战，乃议还。众议由汉人沌，虽迂远，其避炮宜易。载福忄耎之曰：“丈夫行何所避，浮江下、溯江上乃为快耳。”玉麟耻后之，张帆先行。寇先已密备，觇我还路，舣舟傍中流。
及城上县炮并发，诸军但冒进，不知谁生死。炮丸飞鸣，船仓群子以斗计，击沉四船，中炮死者三百人。炮击玉麟桅折，不能进，望见载福，自呼之，载福船瞬息已去。成发翔三版过，玉麟跃入得免。知其事者皆不直载福，而玉麟曰：“风急水溜，呼固宜不闻。”载福先已不乐玉麟，林翼亲拜两人，和解之。
内湖水师既成，而寇亦于九江造战船，悉仿官军制。四月，自姑塘上犯，败官军。五月，复战，败之，夺拖罟以归。拖罟者，即陈辉龙所造，九江所失者也。六月，进攻湖口，不利。
七月，合陆军攻湖口，寇冯岸发炮，萧捷三中炮死。八月，乘流攻湖口，南风急，船驶陷寇垒下，丧船二十一。奏夺五营营官秦国禄等官，而急召玉麟。于是陆军大将罗泽南援武昌，而玉麟还领内湖军，李孟群改统陆军，而杨载福领外江军。载福议以孟群旧部多不可用，汰羸怯十之五。十一月，外江军合陆军逼围武昌。时玉麟当之南昌，江路绝，则道湖南趣陆行，阻袁、瑞寇四五百里，行旅相戒，惟通寇者乃得达。玉麟敝衣徒步往，从者数人，行二三日，皆惧不进。欲上取赣，则吉安亦陷，非从广东、闽、浙不可至南昌。玉麟谢去从者，伪为游学乞食，经寇关卜数十，寇无觉者。至南昌，城门诃禁之，问其实，报院司，皆大惊怪，军中闻其至，气自倍。
自十二月至六年二月，外江军数苦战，寇舟亦日益。四月，移屯沙口。杨载福念寇舟来则依岸，而其上下皆乘风，船炮制法同官军，与我共长江，恒避战，终不可胜，宜深入袭烧之。
则募军士尤勇者，驾千石大船，实消黄、芦荻，施火线，约曰：“待近贼而发，发则登三版以自救，且急归。”应募者三百人。其夜，载福设酒，具五俎之食，飨三百人，躬自行酒，勉之曰：“成功归者，人犒百金，有官者超两阶，白丁拔六品实职，无负我。”既出，人相语曰：“观此往，必死也。”有悔者，或潜去。或又自奋曰：“壮士死一言耳。”棹帆遂行，逼寇舟南岸嘴屯，火发，皆自跃登三版，或迟，伤火及堕水者，死哨官一，伤勇丁四十，余皆鼓棹还，载福亲迎劳颁赏。自是寇舟能战者二百余皆烬，火药冲寇空中，堕江水及岸相积。而前军游击，乃直至黄州，寇不复上。旬日，巡哨船掠巴河、蕲州，扬兵九江城下。寇震骇，援绝，武昌、汉阳坐困矣。
十一月，林翼复大治战船，增军至七千人，合二十四营，立船局沌口，以时修艌。其月，武昌、汉阳同日复，乃移船局汉口。载福遂同复武昌县，及黄、蕲，烧武穴、龙坪、小池诸寇舟，夺大小战船五十八。十二月，水陆军围九江，内湖军往来吉、袁、临、瑞、建昌、南康、饶、广间，日有战事，以陆军屡败不得志，然所在扼寇，寇亦不能长驱。江西亦自立水军，以刘于淳领之，常屯樟树，为省城西防。
七年二月，国藩遭父丧，奏言：“臣军事以水师为大，杨载福所统十营、彭玉麟所统八营，合大小战船五百，炮二千，请以署湖北提督杨载福为总统，惠潮嘉道彭玉麟为协理。”诏从所请。五月，湖口寇舟上犯，外江军出击之，乘风追过百里。
及还，寇尾之，别从扁担夹出小舟要之，军败，哨官易景照等死者二十一人，勇丁死者百四十八人，丧船十八。盖水战，风水俱顺，则行急炮无准；俱逆，则胶滞不得进，数以此败，非善战者莫能操其机，则顺水取逆风，逆水取顺风，将勇者胜焉。
闰五月，寇从陆道上窥蕲、黄，分船守兰溪、巴河、樊口、阳逻、沙口，而大营屯官牌夹，以攻小池。八月，小池拔。
九月，始复攻湖口。先是，玉麟军在江西岁余，无所得饷，借领火药亦靳之。时内湖军屡攻石钟、梅洲寇屯，不下，闻外江军至，克期遣谍告九江围军合攻。丁亥平旦，玉麟率全军分三队出湖，载福临江口发炮应之。寇并力拒湖内军，城洲两岸炮丸如雨。玉麟令三版先出，大船继之。寇度船所经，直石钟山下，有石崖高下与三版相当，即辇巨炮崖口，一发中前船，都司罗胜发毙，玉麟令回船。后者进有死者，复回船。后者迭进，伤死相继，莫敢退。或谏曰：“今驱士卒与飞火争命，非兵法也。”玉麟曰：“自水陆用兵，于此五年，精锐忠勇之士毙命于此千数矣，湖北、江西以此被屠戮者数十万，每一念之煎心。且久困，若不破此险，无生理。今日固死日也，义不令士卒独死，亦不令怯者独生矣。”鼓而进之。寇崖下炮发火多，铜焦，炮者震死。船衔尾直下，出江与外江合军，欢声动江水，于是沿江寇舟失势，所在掷火烧之，舟尽燔。而官军船为铁网牵絓，篙楫不利，岸上寇复聚火枪击水军，适会李续宾伏陆军，潜上湖口城背山，扬旗鸣角下，岸寇惊愕，大溃。三军合屯，其夜城寇破走，洲上寇亦遁，获军火子药数十万，炮船八十余，悉解江西。
辛卯，乘胜夺据小孤山。乙未，载福攻彭泽，庚子，克之。
前军至望江，望江寇遁。壬寅，复东流。癸卯，过安庆，舍城不攻，攻枞阳垒，破之。甲辰，破大通垒。丙午，复铜陵。下至峡口，见官船旌旗。侦者言，此红单船，定海总兵李德麟所将也。丁未，载福往见李德麟，红单船人皆聚观，以为此军将从贼中来，疑不可信。李德麟因言方攻泥汊，县赏万六千金，攻七月，坚不下。明日，载福令李成谋攻之。棹而进，逼屯掷火，屯中寇久懈，殊不意有军至，皆长跪乞命，获炮百、舟五、米六屋，及所俘寇尽以与红单船，回船而还。是月初，和春方奏言泥汊战胜状，至是湘军攻克，而江南大营不复言泥汊，盖讳之云。十月戊寅朔，载福还师。丙戌，至湖口。内湖军先增二营为十营，分八营屯章、赣，留二营湖口。丙申，江西寇自鄱阳窥湖口，援九江，为陆军所败，还走池州。前所复望江、东流、铜陵三城复陷。
八年四月壬子，水陆军攻克九江。外江内湖军要逃寇，尽歼之。诏杨载福专征。外江军移屯华阳镇，分防三营屯黄州，彭玉麟驻湖口。五月乙末，起国藩督陆师援浙。载福复克东流，进屯黄石矶。六月，抚定建德寇，复其城。八月戊辰，国藩、载福奏祀阵亡将士三千余人于石钟山。内湖军合陆师克吉安，江西始平。九月辛巳，合陆军攻安庆。十月辛亥，三河军溃，寇大上。我军分屯，自九江至武昌十二，黄石屯军如故。
九年，寇别部犯湖南，围宝庆，湖南、北大震。分遣萧翰庆、王明山等四营入资水，曾绍霖等二营防沅水，左光培一营防澧水。五月，师行。七月，还江防。九月，寇将韦志俊以池州反正。玉麟躬率内湖军移驻黄石，与杨载福合屯。十月，李成谋往抚池州寇，众叛，攻韦志俊，力战击走之，收其众万人。
十一月，徽、宁寇来攻，由际登城，池州陷，拔余众还张溪。
十年三月，浙江请援。遣萧翰庆改将陆师三千，合领归诚人三千援杭州，道宁国。副都御史张芾奏止韦志俊军。杭州已陷，新任巡抚王有龄以寇退，复奏止翰庆等，仍随张芾收旌德、石埭、太平、广德。已而浙事亟，飞檄召翰庆，而韦志俊遂率所部依水军。四月，外江营官陈金鏊，合江南水军攻枭矶寇屯，破之。五月，萧翰庆遇寇湖州，道战，死之，余众入城助守。
江南大营溃，苏州陷。以国藩署两江总督。国藩自宿松移驻祁门，议立三路水师：一淮扬，一宁国，一太湖。林翼则议立衢、杭水军，而无宁国。然皆不果行。其后，乃立淮阳、太湖军，遂复江苏列县云。韦志俊从水军复攻池州，不克，还攻枞阳，收之。六月，载福奏遣江南水军将李德麟、吴全美还守镇江，分军屯大通。于时徽、宁继陷，陆军自顾不暇，安庆虽合围，而寇窥蕲、黄。国藩受命节制皖南军，而总兵周天受死宁国，宁国余民保南陵。总兵陈大富血书求援，不能救，乃令水军赴其急，谋拔出城中军民，弃城不守。载福念孤军深入，必具危。
九月，秋雨江涨，躬率四营扬言攻芜湖。时寇方于南陵作垒，断北港以困城中，芜湖久无备，侦水军出，度南陵不通舟，即夜俱下赴芜湖。载福宿鲁港，半夜令曰：“视吾船所乡而进，先者斩！“旦令两营屯港口，已登三版，令柁师曰：“往救南陵。”诸军皆惊疑，以统将先则继进。港左右寇小屯三四处，愕出不意，走保城下大垒。垒寇大半赴芜湖，我掷火，则皆出走。载福叩城门呼大富曰：“今奉令拔城中居民，可急装入船。”令战船军皆步，循堤退出，民老弱先，壮者后，战船军后，载福殿，半日悉发。逃寇走报芜湖，芜湖众还已暮矣。寇呼噪来追，载福独持矛立堤上，众不敢逼。比出港，而芜湖寇将舟至，方与留防军杨占鳌等相持，见大队船浮港下，亦退走。军民万余人，分载诸船还黄石大营，给棚帐，留二十五日。十一月，寇陷东流、建德、彭泽，围湖口，分陷鄱阳、都昌，载福、玉麟躬出战守。玉麟入湖口，登陴雨立数日夜，寇去，遂分复五县，迁南陵军民于东流。浙江议立水军，奏调营官刘培元，培元先归湖南领水军，在衡、永防寇，不果往。自是东南七省皆自有水师战船，多用湘军将，及制造皆仿湘军焉。
十一年春，寇复犯蕲、黄，遂及德安，颇窥彭泽、大通间濒江地，以防密，辄退走。玉麟又自率军至武汉，因巡江防，会陆军克孝感。三月，国藩移驻东流。安庆围已三年，曾国荃将万人，浚前后壕，引江水浮战船，互相倚。寇帅陈玉成尤患之，乃于菱湖北作屯，以通集贤关，且作浮桥通城。载福率师攻扰之。陆军将曾贞幹筑垒湖口以遏寇，寇来争，战且筑。寇亦更筑阻遏水军，船从两垒间出，士多伤。四月，王明山等入石门湖，合陆军攻赤冈。下游屯军李朝斌等频攻鲁港，以牵寇援，陈代友等入练潭，与桐城陆军相应。五月，蔡国祥破菱湖寇屯。李成谋攻无为、青阳，寇皆冯城不出。七月，玉麟会陆军克孝感、天门、应城、黄州、德安。载福假归。八月丁巳朔，安庆复。寇先越湖遁走，胡水师先登。辛酉，赵三元克池州。
上游蕲、黄次第平。林翼薨。诏玉麟为安徽巡抚。九月丁巳，王明山克铜陵、无为。黄翼升新立淮扬军，辅李鸿章陆军援苏、常，道绝，未得进，仍合诸军防江。十一月丁未，攻运漕镇。
癸丑，攻东关，皆破之，以陆军少，留屯不进，玉麟奏言：“臣起自诸生，居战舰十年，与水勇、柁工驰逐风浪。封疆大吏，进退百僚，深惧弗克胜任。”诏敦促赴官。再辞，改水师提督。
明日，又诏曰：“彭玉麟有节制之任，武职不足资统率，著候补兵部侍郎。”载福避御名，改名岳斌，以母病再请假，诏促令到防。
同治元年三月，李成谋等合陆军攻巢，战于铜城闸、雍家镇，皆捷，遂复巢城。陆军乘胜攻含山、和，克之。蔡东祥别攻濡须，克之。李成谋、成发翔、蔡东祥等三军遂合陆军攻西梁山，烧其铁琐，寇不战而走，渡江攻鲁港，克之。陆军复南陵，玉麟进驻铜陵。四月壬申，玉麟将外江、内湖、淮扬三军十八营，盛兵攻金柱关，陆军因袭太平，复其城，夜攻金柱，克之。癸酉，分遣王明山攻乌江，李成谋、成发翔取芜湖，黄翼升袭东梁山，皆克之。玉麟悉调上游水军集濡须。
五月癸未，玉麟督彭楚汉、王吉、喻俊明、成发翔、王明山从溧州会陆军，攻江宁城西头关，破之。寇倚洲作二垒，玉麟分遣八营逼垒，寇炮落船中，乃遣军持火登岸，伏苇下。入夜，火起，宿苇枯根延烧新茎，燎一洲，寇走出，因袭烧其垒，夺炮数百，斩冠无算。玉麟自乘三版至下关，诸军方收队，见小船红旗直上，讶之。时昧旦初辨色，王明山未起，哨官廖德茂迎候，言明山连夜战，初还坐船，玉麟颔之。已而，陆军将来问克垒破关状，见玉麟在，则怖惧不知所言。廖德茂往报王明山，明山闻捷喜，又谩骂曰：“诸蠢奴，欲急灭长毛，归饿死耶？”德茂言：“统帅夜已至下关。”乃惊起，往谒玉麟，红旗小船已去久矣。故凡战，载福、玉麟在，或前或后，水陆将士皆惴惴，莫不尽其力。初，陆军之进雨花台也，寇钞后，断运道、梗军报不通，军中哗扰。至是头关破，以水军护粮由江路进，陆军心始定。自和春溃后，至此官军始再至城下，卒以合围，其先无水师故也。
癸巳，黄翼升领淮扬军越寇屯赴上海，因奏翼升署江南提督。长江五千余里，外江、内湖军分戍。孙昌国等长屯江西，犹隶于玉麟。七月，李鸿章奏言：“红单船不足用，淮扬军皆长龙、三版，分船四十防三江口，其余入松江、泖、淀诸湖。”
然于海面风沙性不谙，盖始有意于轮船矣。八月，淮扬军拒吴淞寇，败之，平七垒，又攻淀湖北岸石垒，破之，夺舟二十。
徽、宁寇负舟越东坝，谋争金柱，舟蛾集固城南漪湖，玉麟躬入湖拒之。寇烧出花津，岳斌往拒之。九月乙卯，战关下，郭明鳌中炮死。戊辰，七营合陆军攻花山，彭楚汉等先据上驷渡，绝浮桥。玉麟令曾泗美舍船助陆军，俱进。金柱守将罗逢元自后乘寇，大战，破之。寇败趋桥，遇楚汉列船，则大溃。辛未，破花津寇屯。戊寅，成发翔等战石臼湖，夺寇舟四十，旋克湾■◆。下游寇乃乘间自浦口北渡，陷含山、巢、和。是时庐州新复，多隆阿不欲隶曾军，因诏书援陕，则北去，故庐、桐空虚。玉麟屯濡须，而寇复踞运漕镇，在其上游岳斌防芜湖，日夺东坝寇来一舟。十月，淮扬军出青浦，破寇舟于白鹤江。更立太湖军十营，李朝斌为统将。黄翼升攻寇福山，大破之。初，寇将骆国忠以常熟反正，寇起大众围常熟，官军往援，隔太仓不得进，故合陆军从福山入，与寇相持。十二月，玉麟克运漕镇，旋收含山、巢、和。
二年二月，淮扬军进攻福山，七十余日，击破来寇，解常熟城围。三月，分遣欧阳利见、王东华合陆军，克太仓、昆山、吴江。五月，玉麟、岳斌合陆军，大陈兵攻九洑洲过江浦，寇望风奔溃，收其城，遂破浦口屯。屯寇奔洲，洲寇闭不纳，多投江及饿死者。九洑洲为江宁对岸重镇，寇筑坚城以遏长江，集战舰，环巨炮数十护之。自寇据城，向荣、和春师至，洲寇必全力走江北及宁国以误我。及曾国荃欲合围，而都兴阿、冯子才日言九洑危险，朝议忧疑。含山之再陷也，降人李世忠负敢战名，以三万众扼九洑，不胜。故洲上寇垒愈高坚，旁列数十屯，列舟缘洲，亦自以为牢固。于是玉麟陈船上流，分二队，南从秦淮向下关，北绕永安洲向草鞋夹，更列军为南北后应。
而岳斌自督战，以枯荻灌油烧屯舟，因烧旁垒入，袭燕子矶，破之，胡俊友中炮死，洲寇不出。明日，岳斌遣陆军伏丛莽中，掘洲埂，分船夹洲上下，更列军乡城中关拒援寇，乃散遣三版绕洲，伺隙则登。寇分三队，发火枪，伤死者数百人。至夜，玉麟令曰：“洲破乃还师，不者，传餐而战。”喻俊明、成发翔、王吉、任星元更番夜攻，或有乘暗得登洲者，众噪而登，皆冒炮争上，践尸而进，人忘其死，九洑洲竟破，万余寇无一脱死者，获马三百余匹，悉送陆军中。捷未上，江北争飞书相庆。诏问状，且讶其速克焉。
七月，安徽巡抚唐训方有事苗练，以临淮无水军，谴丁泗滨将船八十护粮运，奏调淮扬军。诏令岳斌自往。国藩以长江事重大，留岳斌。李鸿章言：“苏、松之战，水师功为多。”
亦不能遣淮扬军。八月，福建寇入江西，窥湖口、彭泽，旋败走，遂掠池州，围青阳。喻俊明往援，又急檄江忠义陆军出江西来援，玉麟来视师，围解。宁、太寇连屯高淳、溧水，谋袭芜湖陆军，并攻新河庄。玉麟躬攻水阳，岳斌来会师，克沧溪镇，逼高淳，降寇守将，遂收固城镇，克东坝，降建平、溧水寇将，解散万计。
三年春，诏频问国藩，以杨岳斌、彭玉麟宜分上、下游或内、外江，以镇抚湖北、江西。四月，奏遣玉麟驻九江以上，控湖北。浙江巡抚左宗棠以岳斌为未尽其用，且密陈其才堪督、抚。癸巳，诏岳斌督师江西，兼防皖南，未几，授陕甘总督。
岳斌之贵先玉麟，及玉麟改提督，诏有统率文。岳斌自恨非文官，常见于词色，还江一奏事，被诏，令由国藩转上。当时论者皆以岳斌功高，胜玉麟远甚，叹息于文武积习，诸文人又自耻持常谈，亦交讼岳斌，称其才德。至是被显命，督师专征，众皆欣欣焉。五月，黄翼升还统外江军。内湖军将孙昌国克贵溪。岳斌至南昌，陆军大将鲍超已破江西寇，无所为，则奏劾江西统将席宝田以违节度，夺三阶。六月乙酉，江宁平。戊戌，诏论国藩功，以创立舟师为首。八月，进长江图。岳斌督陆军赴陕西，黄翼升为水师提督。诏玉麟驻安庆。国藩奏：“今议立长江水师，当周历区画。”
五年正月甲子，国藩、玉麟奏言：“濒江五省，战事大定。
前募水勇，请改为经制水兵。我朝绿营兵丁五十余万，乾隆四十六年议增缺额，大学士阿桂上疏力争之，臣国藩丁咸丰元年，亦疏请裁兵五万。自洪、杨倡乱，捻、回继变，皆倚勇于以集事，国家养兵岁费二千万。今直省勇丁，合计三十万以外，而经制之兵，仍未能减，非长策也。大江水师，船至一千余号，炮位二三千，利器不宜浪抛，劲旅不宜裁彻。俸薪口粮修补船炮经费，于长江酌留厘税，量入为出，计提督一员，总兵五员，营官、副、参、游二十四，哨官、都守、千、把、外委七百七十四，兵数万二千，兵饷、杂费月五万有奇。自荆、岳二州至崇明五千余里，立六标分汛，计船七百七十四，营二十四，副将营战船四十三，参将营三十三，游击营二十三。自提督至外委各给坐船。长龙设大炮六，三版大小炮各二，设火药局于安徽、湖北二省城，设子弹局湖南省城，设船局汉阳、吴城、草鞋夹。”因奏事宜三十，营制二十四。六月，军机大臣会奏依行，编《章程》六卷入《方略》，垂示后世，颁之天下。水师即立，而国藩移督直隶，玉麟告归，黄翼升为提督。
七年，长江盗劫多，有军士不习篙楫。时议疑本奏裁兵，而更增兵。兵岁不用则罢惰，与旧时水师营等，兵不可久，长江水师亦宜罢。其年，国藩薨。诏征玉麟，召见，补兵部左侍郎，询长江事宜，复具疏三辞侍郎，诏每岁一巡长江。于是黄翼升请病去，而李成谋为提督。玉麟所至则江湖肃然改观，作《长江水师剔弊百条》上之，著于令。岳斌先已罢陕督，亦被征命巡江，恒多引疾，事专于玉麟，岁有劾罚。然旧部宿将皆衰老，新补兵稀复知战，言轮船炮利者益多矣。