咸丰九年秋，江西、湖南寇渐平。湖北巡抚胡林翼方治军储饷，以平寇为己任，而寇帅石大开由贵州窥四川，湖北饷倚川盐，四川又饶富，独未被兵，议者皆以防蜀为言；且以曾国藩久治军，无疆寄，为未竟其用，林翼频说官文合奏，请诏国藩援蜀，冀朝命授以总督。诏唯令督军，无后命。林翼又议：“客军孤悬，愈非计。”安徽寇合捻寇蔓庐、寿，将为楚患，乃改议留国藩合谋皖。分三道，各万人：都兴阿、杨载福循江攻安庆，国藩出太湖取桐城，林翼自英山乡舒、六。袁甲三时屯临淮，闻之，以为今楚军大举，而安徽兵弱，将驱寇北犯，宜由光山北绕蒙城。具奏以闻，诏官文、国藩、林翼计万全，谋定而后动。国藩上议曰：“窃号之贼与流贼异。今之洪秀全踞金陵，陈玉成踞安庆，私立正朔，伪称侯王，窃号之贼也；石大开由浙而闽、而江西、湖南、广西、贵州，流贼类也，龚、张诸捻分合无定，亦流贼也。流贼当豫防以待其至，坚守以挫其锐；窃号者当剪除枝叶，攻所必救。自洪、杨内乱，凶焰久衰，徒以陈玉成往来江北，勾结群捻，故皖北糜烂日广，江南贼粮不绝。臣等以为廓清诸路，必先攻金陵；攻金陵必先屯滁、和；取滁，和必先围安庆。诚能围安庆，攻庐州，略取旁县，使其备多力分，何敢北窜哉？且不特不敢北而已，并不敢东顾江浦、六合，盖窃号之贼未有不竭死力以护其本根者也。中原腹地莫要于皖，固不敢谓石大开必无入蜀之虞，而就大局论缓急，臣自宜回军援皖，以速苏民困。”十一月，国藩移屯宿松。
是时，萧启江援四川，张运兰还湖南，独朱品隆、唐义训、易开俊、张岳龄等从。而湖北大将都兴阿养疾，荆州李续宜告归湘乡，多隆阿、鲍超新贵重，皆乐为林翼用，惮国藩严，国藩亦不乐二将，皆推林翼节度，悉湖北军围攻太湖。十二月，多隆阿又撤太湖围，屯小池，拒援寇。援寇号十万，潜山、太湖寇踞城者号数万，军事危险。多隆阿意气自如，国藩忧之，乃悉发己亲军围太湖，语在《湖北篇》。
十年正月壬辰，湖北军大破寇，遂克太湖、潜山。二月，寇陷杭州。三月，杭州寇退。李续宜至宿松，定议分三道图安庆，乃遣朱品隆等进屯集贤关，多隆阿进规桐城，而续宜为后援以助二军。闰三月，曾国荃来领安庆军，江南大营军溃。四月，苏州陷。诏加国藩兵部尚书衔，署两江总督。
胡林翼喜国藩得大用，与书曰：“兵事当布远势，忌近谋。
公言南岸分兵，一由池州取芜湖，一由祁门出徽、宁，一专守广信，防江西，此皆内军也。取饷江西，而惟议厘捐，以钱漕归巡抚，愚又以为隘矣。以湖南、北为兵之本，以江西为筹饷之本，待三省协防而后谋吴，非一年不能。夫吴、越人之毁誉怨望虽不必问，而吾等悲闷之怀，与吴、越人仰望之苦，最难为情也。吴督之任，以包揽把持、恢廓宏远为用，盐漕得人，何事济？不患贫也。苏、常失守以后，督、抚、监、司或死或未死，或己补或未补，进贤退不肖，此其时矣。今宜起两军，一出杭州，一出扬、淮，先调屯守之平江军五千驰入杭州，拯其急而取其财，而令次青募五千人继进，拘守广信无当也。杭州失，驻衢州；杭州存，进湖州，此平吴之先著已。霞仙、季高当各募六千人，为皖南、扬州之用，或为江西之用，为随征之用。少泉可治淮上之师，合水陆万五、六千人，而以多都将马队，幼丹宜奏为西藩，二李或宁藩，或苏藩，则兵饷一家矣。
大局安危，视公放胆否耳。近者，叶督两广，而不知广西为何人所辖；何督两江，而割皖南、割皖北，并割江北矣；福为皖抚，而割南岸弃以予浙江，又割淮北弃以予袁公，其日蹙百里宜也。徽、宁犹完，布置粗定，当鼓行而前，与怀、桐之师会于当涂，然后湖州军出于苏、常，扬州之马饮于江浦。林翼虽孱弱，不觉其言之汗漫也。急脉缓受，大题小作，则恐或不济。”
国藩得书，壮之。然其再出也，行兵持重，必无后顾而后动，谨官守，和众心，以惩补前失，不能用其议。将进宁国，犹恶其险，乃移驻祁门，乞鲍超全军以行，而自将朱品隆、张运兰合万一千人。五月戊申，渡江。六月癸酉，至祁门，檄李元度募军三千。左宗棠已奉诏襄办，则令领五千人。鲍超方还夔，而张运兰在郴，俱期八月会兵。丙戌，诏国藩补两江总督，授为钦差大臣。时曾国荃留围安庆，与多隆阿、李续宜皆为湖北军；袁甲三屯淮上，自为一军；巴栋阿为镇江军；李若珠为扬州水军；王梦龄署漕督，为清淮军；薛焕署总督，为上海军；张玉良收溃军退杭州，犹称江南大营军；周天受屯宁国，张芾屯徽州，为二军；江长贵将杭州军；米兴朝防广德，皆王有龄主之，为浙江军。皆各专奏，不相咨禀。寇踞苏州，则东犯松江，西陷金坛，南破嘉兴，杭军退败，而高淳寇复南出广德，池州寇东掠旌德泾。苏、杭人皆谓国藩宜援杭、湖。论者或以为轻骑至淮、扬，则不制于寇，而业已至祁门，则又以为宜急据宁国，当前敌。遣左宗棠等攻广德，指南陵，合陈大富军，与杨载福水军相连，待安庆克而合师。国藩叹曰：“夫言之甚易，行之甚难。今进无所往，胜无所益，何为而轻举乎？”八月，召张芾还，以国藩兼督皖南军，令周天受听调遣。戊辰，宁国陷，天受死。壬申，以李元度为皖南道，将三千人屯徽州，张芾军万人分防诸隘，实不任战守，军饷久乏，仓卒遣散，以索饷杂居城中，国藩先议守徽，使朱品隆觇地形。品隆言非精兵二万不能守，而元度前守贵溪有功，自许能守之。国藩又以元度新军不能野战，故浙江请援不赴，俾冯城以自固。元度至三日，土寇散军结连宁国寇，而旌德寇绕绩溪，阑入丛山关，元度急请援大营。时鲍超假归，无统将，张运兰方攻旌德，前后为寇所絓，乃以散军四营往。至则寇已大至，四营溃，还走休宁。徽州城中军皆大奔，元度遂南走开化。癸未，徽州陷，前皖南道福咸死之。国藩急檄运兰还，而促鲍超赴军，自太平南还屯渔亭。寇益西趋，陷休宁，将攻祁门大营。军中大震，凡前言祁门可屯者，皆更请国藩亟去。国藩度寇必东南窥空虚，乃咨左宗棠率新军屯乐平。寇果分陷淳安、严州。九月庚申，鲍超、张运兰合攻休宁寇，败之。十月己卯，南陵寇破黟岭防军，陷黟县城。庚辰，运兰分军拒战，不利。鲍超遣宋国永往攻寇，寇弃城屯卢村。辛巳，增军大战，破走之。十月，广东、西新寇俱出江西，前后趋建昌、河口，陷德兴、婺源。池州寇攻建德，败屯将普承尧。十一月，连陷彭泽、都昌、鄱阳、浮梁。以左军屯景德，唐义训自祁门救建德，水军守湖口，鲍超还助左军。寇复败徽防岭内军，入黟，分党掠玉山。休宁寇出攻渔亭。环祁门无安土，屯军皆敛兵自守。
十一年正月，左、鲍军合拒寇于鄱、建界，败之，遂收建德。左军独攻寇婺源，前军陷伏中，战不利，乘夜引还。鲍超渡江，援安庆围军。二月，移建德屯将陈大富军合左军屯景德。
寇从鄱阳东侵，左宗棠御之金鱼桥，未战。寇袭景德，破之，大富赴水死。大富前孤屯南陵，有重名，自拔出，频移屯，未尝令当敌，至景德十日而死。皖、浙诸军将如大富者，已号能战，然其战守犹不及张运兰等，故寇恒避湘军。祁门介寇中，寇去大营二十里辄引去，岂尽虚声哉？习战不习战之异也。国藩之驻军祁门，本倚江西粮台景德镇转运，水军炮船护饷，以为万全，至是前计尽虚。左军退乐平。国藩亲屯军合三万人，粮运三十日不至，众乃争言取徽州可自立，又言可取饷浙江。
先是，休宁寇无故而宵遁，张运兰久屯休宁城，寇亦不复来，故疑徽州寇弱易攻。三月庚寅，国藩自将祁门军进至休宁，征黟防军会师。癸巳，进攻徽州，大雨，军械多散失。甲午，还休宁。戊戌，复进。庚子，寇夜出惊我军，军八营溃。辛丑，遣军各还所屯，国藩留休宁，誓死守。
时左军破寇乐平，寇益遣黟、歙党往寻战。癸卯，寇悉众攻乐平城，左宗棠亦悉众出城击之，无部分，唯视来寇队分军。
短兵接，寇大败，遂走广信，趋浙江去。甲申，国藩留军屯祁门，自将亲军五百人出驻东流。于是娄云庆、唐义训防渔亭，张运兰守休宁，朱品隆在祁门，左军往为广、饶，鲍超军专赴急御巨寇，裁自救，不复论进取。而寇每纵横驰突，动行千里，北则自英山出，破蕲、黄，遂北踞德安；南则攻建昌、抚州，陷吉安、瑞州；西出义宁，扰崇、通；东则越衢州，陷龙游、汤溪，踞金华，掠遂昌，至义乌，破处州，卒莫知其所为。议者以为谋解安庆围，或又以寇无略，特乘虚纵掠以为戏，要宜急破安庆，攻金陵，如国藩初议。五月戊子，鲍超至安庆，攻赤冈寇屯，力战破之，禽寇将刘玱林，磔城下，以示城寇。玱林陷苏、常为前锋，自恃其勇，欲以孤垒遏官军，既伏诛，曾国荃军势自倍。鲍超移攻宿松，因援瑞州。是日，徽州寇袭陷黟县，梗渔亭、休宁军。壬辰，朱品隆等合攻黟，寇退走。丁酉，追寇岭外。庚子，徽州寇弃城走，得寇聚米，供二月军食。
左宗棠移屯婺源，甫至汀州，寇出德兴，迎战，败之。
七月丙申，多隆阿桐城围军大破援寇于挂车。多隆阿与鲍超皆湘军大将，寇与战必悍党。多隆阿亦自持威重，不喜人节度，不求人自助，亦不轻助人，故寇大上江西、湖北，一月陷二十余城。鲍超疲奔命，则以李续宜军游击。李续宜者，名尤重于多隆阿、鲍超，及行军，忽南忽北，殊不遇寇。更奏调援蜀将刘岳昭自助，而浙江亦奏起李元度将军援浙，由平江出崇、通，寇乃东南走。于是寇帅陈玉成合群寇屯挂车，谋覆多隆阿军，多隆阿击走之，寇退屯石牌，绝其运道。议者复请征鲍军，多隆阿笑曰：“吾运道不易绝，比吾军粮未尽，贼已走矣。”
庚戌，鲍超追瑞州寇至丰城。壬子，寇走抚州。八月丁巳朔，曾国荃克安庆。当石牌之被寇也，寇分党袭国荃屯后，攻战六昼夜，屯坚不可入。程学启复攻城外寇，破三石垒。国荃弟贞幹作屯菱湖，合水军绝寇粮。陈玉成屡败，不得进，乃相率遁走。安庆既复，文宗崩，胡林翼薨，穆宗立，以彭玉麟为安徽巡抚，移前，巡抚李续宜抚湖北，皆辞，诏还续宜安徽。己未，多隆阿克桐城。庚申，鲍超至抚州，寇走贵溪。辛酉，超奉檄救江北，遂还军。是日，水军克池州。丙寅，鲍超至南昌，闻安庆复，复还抚州。寇复得广东新寇，合大众将西。丙子，鲍军至贵溪，寇东走，追奔六十里，平寇垒七十，进复铅山。多隆阿移桐城军驱寇宿松、黄海、广济、蕲。李续宜收黄州，刘岳昭收随，岳昭军遂西。九月，曾国荃进攻无为，克之。戊申，克运漕镇。甲寅，争东关，克之。国藩移驻安庆。多隆阿将二万人收舒城、庐江，进攻庐州。李续宜部将蒋凝学等将万人屯六安、霍山。左军屯婺源。张运兰等屯徽州。李元度新军出广信。寇悉赴浙江，而皖北寇聚保庐州。国藩军分守安庆、枞阳、庐江、无为及运漕镇、东关，不足，乃令曾国荃益募军六千，谋进取。而左宗棠议大举援浙，鲍超、朱品隆等合军进攻宁国，凡五道并进，军势沛然矣。
天子新即位，群臣争上书言事，多推湘、楚军功，以为偏裨皆可督、抚，因益重国藩，颇訾论江西、浙江、江苏巡抚。
诏国藩兼制浙江巡抚、提督以下，统江、浙四省，唯都兴阿、袁甲三不隶部中。国藩皇恐，三奏辞，不听，始议援浙。以江西湘军将屈蟠、王德榜、段起及水军孙昌国、徽防将张运兰，悉统于左宗棠，而以广信漕粮奏令宗棠征收饷军，又分河口、景德、婺源三局厘税益之。于是，苗沛霖攻破寿州，胁巡抚以要权，遂踞霍邱、怀远，以窥凤、颍。十一月，杭州陷，寇分犯徽州。张运兰先以疾归，其弟运桂领军城守，朱品隆、唐义训还军赴援。品隆、义训常合屯，不相能，及俱出军，隙益甚。
品隆至城下，寇来战，军将不支，义训案兵不相救。国藩闻之，大怒，遣让义训曰：“湘军之所以无敌者，彼此相顾也。湘军将虽有仇，临陈未尝不相援，故有晨参商而夕赴救者。私怨，情也；公事，义也，尔独不闻知乎？朱镇危急，三促出军而不肯应，是乱湘军之制，而湘军由此败坏也。不急改者，将谁容汝？吾行军十年，视将士如子弟，至于执军法以诛败类，必有余矣。”又下檄品隆问状。义训、品隆惭惧相悔谢，同上书谢，请自今辑睦。于是一月七捷，徽州围解。国藩以军势已振，朝廷乡用专，而浙江全省地被寇，江苏士大夫朝夕请师，乃奏荐左宗棠、李鸿章、蒋益澧、李桓各授巡抚、布政使，又请命大臣督己军饷。朝命副都御史晏端书专开税局于广州。沈葆桢前屡召不出，至是超擢江西巡抚，乃起视事。而湖南巡抚毛鸿宾，亦国藩旧交故吏，及湖北严树森、贵州韩超，皆胡林翼所荐用，骆秉章督四川，刘蓉以诸生径用布政使，李续宜、刘长佑则本起湘军，于是西至四川，东至海，皆用湘军将帅，则皆倚国藩为重，略如胡林翼书所言“包揽把持”者，东南争骛于功名矣。
同治元年二月，曾国荃新军至安庆。左宗棠军入浙，收开化。三月，上海具轮船至安庆来迎师，以李鸿章率湘军将及新募舒、桐军往应之。鲍超克青阳。国荃克巢县、含山、和州。
鲍超克石埭、太平，寇众反正者万人，攻泾县，克之。曾贞幹克繁昌、南陵。张运兰克旌德。国荃合水军进攻沿江诸寇屯。
丁卯，多隆阿前军将雷正绾等攻庐州城东南门，石清吉等攻西门。寇将陈玉成将援寇屯城东，多隆阿攻其旁垒以致师。玉成恃勇悍，率众三千来钞官军，正绾迎击，交绥，寇退据城北浮桥。城寇先闻多隆阿至，皆凶惧，惟倚援寇自壮。及战，开北门出大众，谋合击东门军，方出城、玉成退，则惊以为败，亦北走。玉成遽断浮桥遏城寇，使阻水反拒，城寇愈惊，相蹂，绕城散走。石清吉等梯西南以登，城内外寇争走，于是合蹙之，斩馘数千计，俘八百四十七，拔民男女七千余人，庐州复。陈玉成走寿州，将乞援苗沛霖。沛霖闻玉成败，恐袭夺己众，又畏多隆阿之乘己也，反欲取陈玉成自效。玉成至，屯军肥水南。
苗沛霖阳称疾，遣其党伏谒，迎入城，具牛酒犒三千人者。玉成入，导至馆，而闭城阻其从者。玉成初不疑，既登堂，见几上陈梏钅巢，乃司，怒骂曰：“苗生反复。我死，行及尔，乃自速诛邪！”沛霖遂囚玉成及从者二十人，献于颍州胜保营，而招诱余寇，寇或降或散去。
当是时，多隆阿之名慑惮群寇，寿、颍弭伏，江南闻风相惊动。国藩飞书约会兵，多隆阿素以文官不可亲，且己不识汉文，而亦恶儒吏，即报国藩，言军事权宜专一，以微示不与曾国荃同处。国藩具言如先约，一听公指捴。官文揣多隆阿终不欲东，而四川德安诸余寇俱入陕西，先已奏遣雷正绾赴援，遂再奏令多隆阿自往。陕抚及京朝官亦日言，关中帝王都，天下最要。朝命属多隆阿。命下，官文益自喜当上意，决意遣之，合军江宁之谋，不复听矣。国藩独叹曰：“多公威名太盛，寇知不敌，则必入南山老林，此所谓骐骥捕鼠者也。”与书官文，言：“江南财赋比秦中何止十倍，贼数众多何止百倍。曩者楚军有大谋，惟以书问往复，不先恃奏取朝旨以相压。故国藩不奏争，而上议于左右，宜且止西行，以图江南。”官文业建议，不肯止多隆阿。留五千人屯庐州，而身将万五千人入陕西，诏授为钦差大臣，后频破寇，竟死盩厔焉。
壬申，曾国荃克宣城。癸酉，合水军克金柱关。甲戌，收芜湖。五月甲申，进屯雨花台。自向荣、和春以兵七万，屯守八年，卒溃退，国荃军合水军不满二万，国藩以为孤县无益，未可进。国荃议曰：“诸军士自应募起义，人人以攻金陵为志，今不乘势薄城下，而还军待寇，则旷日持久，非利也。若舍金陵，别攻宁国、广德，或取颍、寿，则将士见谓置于闲地，浪战而意怠，虽鲍、张亦益厌攻战，将去公而归耳。逼城而屯，亦足以致寇，军势虽危，顾不可求万全。”国藩许之。会左宗棠亦言宜薄城，围攻之势乃定。
乙酉，上海军御寇新桥，大破之。李鸿章之赴上海也，其大将曰程学启。学启先陷寇中，安庆围合，归诚曾贞幹，约以内应为效。未及期，夜率千余众叩贞幹壁门，呼曰：“今事发，与寇战，突围至此，追者即至矣。吾所将皆精兵，当入营助守，不以释兵。公相信者开门纳我，不信急发炮击我，无两败也。”
军中大惊疑，报贞幹。贞幹屣履出视，下令开门纳其众。追寇俄而至，亦遂还去。学启由此愿效死，贞幹卒，则从鸿章。是时，上海结英、法二国军，复青浦、嘉定，攻松江，号南路军；学启、刘铭传、潘鼎新、郭松林将湘、淮入攻南汇，号北路军。
寇悉众攻败外国军，再陷嘉定，则并南路，窥上海。学启将千五百人屯新桥，寇夜围之数十重，炮击寇尸平壕。践而登，学启乃开壁突击，寇骇却。鸿章自将来救，前后合势，寇大奔。
外国军见其战。自以为不如，自此上海湘、淮军始辰。
六月，宁国援寇分三屯，与城寇各踞一门。鲍超先攻城西。
城西者，城寇屯也。城寇倚援轻进，超设伏钞其后，寇误以为援至，则反斗，官军合击，大败之，追至城下。寇退死守。乙丑，援寇发南北屯众攻官军，城寇出，结陈与相应。超分四军击之，宋国永攻南屯，陷陈深入，烧二垒，寇退，而北屯寇弃垒遽奔，城外寇尽奔，城寇收众人。丙寅，城寇复出东门犯官军，未战，引退。鲍超自追之，寇不入，遂东走。超亦东追数十里，寇乃返斗。超引军作圆陈包寇，寇将单马突围走，余下马，步从遁去，得马千匹，俘寇裨将三百，死者千计。乃还军攻城，城寇皆长跪，莫敢拒战，遂复宁国。而宁国县寇将献城赎其死，遂先驱克广德。既复三城，或谏超曰：“宁国城未破，而公自追贼至六十里，城寇若攻公营，进有强寇，退失所据，此危道也。”超笑曰：“吾但知兵势，不知兵书。”盖超之战专剽锐，其持重坚忍不如多隆阿，而终未尝败没，其军在湘军为无纪律，然亦能相维系，乃竟以功名终云。
七月，袁甲三请疾，诏李续宜代其事，时续宜方以母丧归，语具《临淮篇》。徽、宁大疫，雨花台围军亦多疾病，鲍超等不能军，国藩忧惧，以为军行攻取方利，而天灾咎重，由己德薄任过，恐致倾覆，请出朝臣督军，以分己责。诏慰勉，且以疾疫流行寇不能独强为宽譬。而强将贤吏相继物故，军中至无炊烟。乙未，程学启克青浦，李鸿章遣军浮海克余姚。八月丙子，克慈溪。自上海军出浙江，江、浙兵气皆振。闰八月，苏、常寇来攻曾国荃军，多发西夷火器相烧击，复穴地袭屯垒，连十昼夜不休。九月，浙江寇复来助攻，国藩急征援兵，皆牵制不得赴。国荃以三万人居围中，城寇与援寇相环伺，士卒伤死劳敝，然罕搏战，率恃炮声相震骇。盖寇将骄佚，亦自重其死，又乌合大众，不知选将，比于初起时衰矣。十月，寇解去，由九洑洲北渡，败李世忠防军，陷和、含山、巢。其南走者，合广德寇，西南掠绩溪、祁门，徽、宁、安、庐俱阻绝，唯江上下恃水军得相联络。乃谋增陆军，征贵州提督江忠义自广西出江西，视寇势为战守；以鲍超部将郑阳和等隶李榕，立为新军；留李鸿章军将张树声三千人，助庐、桐战守；召还李续宜；遣军将成大吉、萧庆衍等攻巢、和；又益募五千人，埤曾国荃围屯。自此统众过十万，而左、李各将数万，合湖北、江西湘军几三十万，自余援军分布黔、桂、秦、齐者又数万，连兵不得罢，国藩日夜忧危，以进攻江宁为非计，乃自行围案视焉。
二年正月，国藩自安庆出巡诸军屯。是时，曾国荃屯江宁城西南，江北则杨岳斌将水军屯乌江，皆当前敌。其南则罗逢元守太平，屯金柱，周万倬、吴绅修守芜湖，而彭玉麟将水军屯濡须，在江北。溧水、高淳寇时来窥太平、芜湖、运漕、东关寇反出濡须，上与和、含山、巢寇相响应。刘连捷、毛有铭等屯石涧埠，遏寇西南。韦志俊守无为城，以通水军。其西，庐江梁美材屯焉。庐江北庐州，石清吉守之。舒城在庐州西南，庐江西北，蒋凝学守之。舒城南桐城，周宽世守之。以南通、安庆、舒城西北六安，凝学分军守之，北防苗沛霖，南通霍山，为湖北边防。芜湖南则鲍超守宁国，屯高阻山，而刘松山屯城中。易开俊守泾，在超军西南。吴廷华守南陵，在超军西稍北，在泾西北。朱品隆先守旌德，以救青阳故移守青阳，在南陵西南。又西则池州，以濒江近安庆，无屯军。寇踞建平、广德、宁国县者，西出陷旌德、太平、石埭，南破绩溪，断徽、宁官军。徽州守将唐义训，恃左宗棠大军为声援。戊申朔，寇围泾。
壬子，鲍超救泾，入城屯军。癸丑，出击寇，大破之，追奔二十里。甲寅，超还屯。二月，国藩还安庆，以曾国荃围军坚定，水陆辑睦，始罢退军之议。丁丑朔，王可升攻宁国寇，烧其小淮窑屯，鲍超分攻梅领、庙埠屯，皆破之。寇犯休宁，分掠建德，西侵彭泽、鄱阳，东绕池州，围青阳。和、巢寇攻石涧官军，自己卯至癸未，围益急。捻寇复南犯蕲水。辛卯，寇攻太平屯将朱洪章，洪章战败。南北岸同告急，均檄鲍超赴援。超疑所住，乃先石涧。未至，寇解去，掠无为、舒、桐、庐江、六安而还。上海军浮海攻福山寇屯，破之，遂解常熟围。三月，进克太仓。左军将刘典、江西军将王沐攻寇黟，复其城。四月，刘连捷、萧庆衍等合鲍超军，收巢、含山、和。曾国荃攻破江宁城南、西寇垒九，程学启克昆山。五月，鲍超等进攻浦口，寇弃屯遁走，遂收江浦，合水军攻九洑洲，四日破三隘，夺洲屯，语在《水师篇》。萧庆衍留屯江浦。上海军攻江阴，刘铬传破寇屯二十七，郭松林破寇屯三十五，滕嗣武寇屯十三。
六月，程学启克吴江。苗沛霖陷寿州。奏劾军将蒋凝学及逗留成大吉等，降责有差。国藩以饷乏，辞总督，诏慰勉。国藩、李鸿章合奏，请减苏、松、太仓浮粮，诏酌中定额，除故明积敝。李鸿章分军三道：程学启由昆山进攻苏州；李鹤章等由江阴进无锡，淮扬水军辅之；太湖水军将李朝斌由吴江进太湖。潘鼎新等分屯松江、上海，常胜军屯昆山，为前军援。徽、池寇自二月出江西，中踞建德、鄱阳间，左窥景德，右出东流、湖口。江忠义未至，席宝田先出抚州，趋饶州。刘典自徽州来总诸军，诸军将段起、王德榜、王沐、韩进春及宝田攻陶渡寇屯，大破之。丙子，进春轻出，遇伏败退。寇复张，趋攻湖口。
国藩先遣李榕屯湖口，及江忠义至，壁坚山。李榕新军拒寇不利，寇攻坚山，忠义出击之，伤寇帅。壬辰，浙军将王文瑞复黟县。庚子，遣宁国防军将何绍彩及水军炮船援临淮，蒋凝学等防颍川、霍邱。七月丁未，湖口寇退走，都昌、建德、彭泽、鄱阳寇俱东北走，围青阳，铜陵、宁国、泾皆被寇，屯将拒战，各相持。八月乙亥朔，刘铭传攻江阴，寇内应，官军夜登城，烧门楼，余寇突门走，复其城。丙戌，李榕援青阳，败溃。江宁围军攻城南、东、西寇屯，频破之，乃遣鲍超还援。而水军将喻俊明及国藩护军将喻吉三，合江忠义、席宝田军先后至青阳，刻期攻寇。寇解围走石埭。超军至南陵，遂东攻建平。庚寅，程学启攻苏州，破东南寇屯四。无锡寇货轮船自助，周寿昌烧其轮船。石埭、大平寇频犯宁国、泾，败去，乃诣朱品隆，请献二城及旌德以自赎。九月壬子，收三城，散遣归诚人四万。
彭玉麟督水陆军攻太平沿江诸寇屯，进高淳，高淳寇将请归诚。
十月乙亥，收高淳。鲍超、杨岳斌俱会师东坝，寇震恐。丙子，易开俊自泾、刘松山自宁国合军收宁国县。东坝寇开屯迎官军。
辛巳，收东坝。壬午，连下建平、溧水、东坝。既克皖南，金陵苏、浙军势相连，鲍超全军屯守之。王可升守溧水，李榕守建平，归诚人洪容海守高淳。青阳、石埭、太平、旌德、泾及宁国府，皆分军屯守。
戊戌，李鸿章复苏州。苏州之合围也，程学启军所至辄破寇垒。城寇诸将权不相下，相猜贰，因谋反正，斩导议者，开门纳军，然不交兵，犹拥众号十万。己亥，出城者八寇将竭鸿章，受二品冠服。乃谒学启，学启先已置人于坐，数其罪，悉引出斩之。报鸿章，鸿章大惊惧。学启入城谕众，众皆听命，或颇散走。而先与寇将誓约者曰副将郑国魁，恨负约，涕泣不食，卧三日。鸿章亦颇咎学启轻发，且曰：“为已甚，君亦降人也。”学启大怒，还营，将引军去。其营员奔告鸿章，鸿章复过学启，阳论他事，笑语甚欢，事乃解。
庚子，安徽巡抚唐训方收怀远。辛丑，苗沛霖突蒙城围，被斫死。十一月，李鹤章等复无锡，进攻常州，以应江宁围军。
程学启出太湖，图嘉兴，以应浙军。潘鼎新等军先入浙，收平湖、海盐。寇争应官军，所至辄下，遂收嘉善。曾国荃益募新军，增围师，围城官军遂至五万人，援寇还江宁城者皆不敢出。
左宗棠议以为当分军攻广德，国藩以寇势犹盛，而江忠义新亡，惧轶蹂江西，持不许。李鸿章诸军锐进深入。宗棠复奏言：“嘉兴、常州可缓攻。”朝廷俱下其议，三帅卒各主己说，守其便宜焉。
三年正月戊申，宁国寇西南掠绩溪，遣江北将毛有铭将六千人援徽州，浙军将王开琳先还赴急。寇疾走，舍徽州不攻，北犯湖口，南趋景德，别党由浙入玉山，由闽入建昌，均期会抚州。徽州守将唐义训不能御，毛有铭未至，以战事委江西，语在《江西后篇》。
戊午，曾国荃攻钟山寇屯，克之。时东坝屯重兵，太平防轻，移金柱屯军助围师，及江浦，庐江守将皆先率军会城下，新募军亦俱集，乃谋合围。寇之设守也，环城多为石垒，尤重于北，既于钟山作大城，号曰“天保”，又于山脊入城处作大城，号“地保”。官军攻城西南，不甚惧，至进屯明陵，则出众力争之，向荣、和春皆以此败。二年夏，鲍超已作垒明陵前，会当移军，自平垒而退。国荃围攻几二年，破寇垒以百数，终未及城北。及破钟山垒，移军屯守，更增筑垒，屯军五六千遏北道，余玄武湖阻水为围，城寇粮运绝矣。
丙寅，郭松林等克宜兴。二月癸酉，溧阳反正。寇走江阴，围常熟，攻无锡。李鹤章还守无锡，郭松林援常熟，寇皆败散。
程学启急攻嘉兴，寇请降。学启瞰城中，知其诈，攻益力，陈亡勇将何安泰。学启亲搏战，薄城先登，枪子伤额，遂克之。
学启养伤苏州，创已合，一日独坐深念，有所忿，误发创口，血溢，竟死。自学启之归诚，经百战，每战料胜败无所失。或知当败则戒诸将曰：“公等皆不善败，吾当自饵贼，某时败，某时期某所来援，贼可退矣。”诸将素惮服其能，谨如约，则如所言。至其突陈陷围，见者以为神兵，夷将戈登尤敬之，及其死，以所建旗归诧海国，推为名将焉。江苏之战始上海，终嘉兴，功成而学启死，其名位亚于多隆阿矣。
辛巳，广德州寇弃城走湖州。自苏、杭、江宁军并进，论者皆以广德为要害，以官军力不足不敢攻，惴惴恒恐寇迸出。
及寇弃去，乃知其无能为。始议鲍超进攻句容。其时，李世忠已献还五河、天长、全椒、来安、六合、滁州，而镇江军将冯子材等，亦颇出兵助攻句容、丹阳。江宁寇频驱老弱女口出城以节食，更于城中种麦刈草为粮。庚寅，左宗棠克杭州。三月壬寅，鲍超克句容。甲辰，进攻金坛，冯子材飞书请先攻丹阳。
乙卯，解金坛围，伏兵茅山待追寇。寇果出，中伏返走，追奔五十里，寇不入城，城寇反出走。丙辰，克金坛，乃还军援江西。是时，浙江寇走徽州，号二十万。徽防将毛有铭出战，辄败。寇深入江西，前队至宜黄、崇仁，南昌戒严。四月庚午，李鸿章克常州。壬申，冯子材复丹阳。特诏杨岳斌督军江西，寻援陕甘总督；又诏李鸿章移师合攻江宁。捻寇自河南犯麻城，议遣王可升屯王为。李榕屯桐城。未行，寇复踞广德，趋徽州者日夜相继。杨岳斌、鲍超皆西援，乃以江苏军将刘铭传屯句容，郑魁武屯东坝。
五月壬戌，郭松林克长兴。于是，江宁围军以城破可计日，而李鸿章当来会师，耻借力鸿章；鸿章亦让功，托言盛暑不利火器，延不至。朝命促会师数急，曾国荃忧愤，日约将士穴地隧城，期必破，而龙膊寇屯所谓地保城者不得，则形势终不便，乃日夜发炮攻之。己巳，夺其垒，遂作炮台其上，穴其下，又环城列队十余道并攻，积湿芦、沙草高等城，以疑寇，使多备。
六月甲申，地道成。乙酉，曾国荃令围军百营皆严备，别县赏募敢死将士，待城破先入，于是李臣典等誓先登者九将。日午，地道火发，城崩二十余丈。寇反然火药下烧我军。朱洪章等乘城缺登，张诗日等循城据北门，彭毓橘据东门，朱南桂、罗逢元等皆梯而登。寇散走，或出城，或还保子城。夜半，纵火烧城中，因突围出走。黄润昌等露立龙广山，袁大升等循城南，遇逃寇要击，诛斩数百。张定魁等追寇，及之湖熟，复俘斩数百人。城寇多自焚，或投池井。洪秀全已前一月死，其子洪福年十八九，余寇挟之走广德。洪福刻印，姓名下列“真王”二文，军吏误合二文为“瑱”，奏诏言“洪福瑱”者以此。江宁既复，群寇出掠者皆瓦解。国藩奏上诸将功，以所俘寇将李秀成言，洪福已死；于是浙江、江西诸军方欲张寇势，洪福又实不死。李秀成者，寇所倚渠首。初议生致阙，及后见俘寇皆跪拜秀成，虑生变，辄斩之。群言益讙，争指目曾国荃。国荃自悲艰苦负时谤，诸宿将如多隆阿、杨岳斌、彭玉麟、鲍超等欲告去，人辄疑与国荃不和，且言江宁鎡货尽入军中，左宗棠、沈葆桢每上奏，多镌讥江南军，会病疥，因请疾归乡里，散遣所部军二万五千人。而克城功最受封爵者，李臣典病卒，萧孚泗以丧归，大功虽成，然军气愤郁惨沮矣。
国藩本以忧惧治军，自幸平洪寇，克江宁，如初起兵时所望，力言湘军暮气不可复用，主用淮军，后以平捻寇。然席宝田、左宗棠仍募湘军征苗、回，竟定塞外，棱威天山，乌睹所谓暮气者邪？自国藩始创用乡农代额军，招之则来，麾之则去，见湘军者乃知军利敝。胡林翼、左宗棠、李鸿章皆由此起，故各系其用兵之地，而独以国藩本指，为《曾军前、后篇》。