十四年辛巳，逮江西巡抚解学龙、布政司都事黄道周下镇抚司究问。学龙升兵部侍郎，循例有荐举疏，内荐道周有“学问直贯天人，品行无忝孔孟”之语。滑县票旨，以：“群臣结党标榜，欺侮君父，屡旨训诫，毫不省改。”学龙、道周，俱遣缇骑逮下诏狱，鞫讯同党姓名，道周供出编修黄文焕、吏部主事陈天定、工部司务董养河及从父共四人，俱下刑部狱。
清兵陷宁、锦，总督洪承畴、总兵祖大受降。自袁应泰丧辽阳退守广宁，王化贞弃广宁退守宁、锦，至是清兵复犯宁、锦，总兵祖大寿固守，告急于朝。先是，有祖大粥者，其勇为祖氏冠，历官副总兵，前是清兵来攻，相顾莫敢先进，城中大恐，大弼戒无动，自率锐卒五百，直冲清营，往来驰击，清兵披靡不能御，遂拔营去。及是，病不能师。报至，上命总督洪承畴帅大同总兵王朴等六总兵、援兵十余万人往救，祖寄语于洪，谓：“清兵强甚，难与争锋，可用车营法，步步进兵，即步步列营，使彼不得逞志，逼之出塞乃可。”洪从其言。上以师久无功，今职方郎中张若麒往探机宜。若麒至，不度彼此，妄谓清兵一鼓可平，严促进剿，承畴不能制。清兵侦知之，临夕，设伏以待。前军甫发，王朴率本部先遁，诸总兵至半途闻之，皆仓皇西奔，清兵以铁骑乘之，士卒死者大半，张若麒及总兵杨国柱等仅以身免。所丧器械辎重，不可胜计。承畴、大寿皆降。事闻，举朝震动，若麒逮问下狱，王朴处斩，国柱等革职充为事官，立功自赎。而承畴谬以殉难闻，恤赠太子太保，荫锦衣千户世袭，与祭十六坛。
召予告大学士周延儒于家。先是，阁臣虽内外兼周，鲜有当圣意者。众推宜兴颇有机巧，或能仰副，而圣意亦及之。于是，庶吉士张溥、礼部员外郎吴昌时为之经营，涿洲冯铨、河南侯恂、桐城阮大铖等，分任一股，每股银万金，共费六万两，始得再召。庚辰孟冬，上祭太庙，诸臣先至殿门外候驾，时殿门未启，忽闻内有异响，众共惊耸，俄见殿门大开，有冕旒者十余位从内走出，顷之不见，而殿门闭如故，众秘之不敢言。驾至，行礼之时，怪风暴起，灯烛皆灭，助祭诸臣，仆地者久之始能起。上亦以惊悸成疾，下体软麻，不能行立，百余日始瘳。及是，孟冬祭庙之日，天气晴和，上喜谓近侍曰：“周阁老毕竟有福人。”故眷注最深。
黄道周之案，久不得结，一番招上，一番严驳。户部主事叶廷秀疏救，并与廷杖，淹留狱中者几一年。宜兴再入政府，竭力周旋。先是，部拟学龙、道周烟瘴充军，不允。至是，刑部尚书刘泽深上疏，略曰：
“黄道周之罪，至瘴戍尽矣；进此，惟有论死。死生之际，臣不敢不慎也。从来论死诸臣，非封疆，即贪酷，未有以建言诛者。今以此加道周，道周无封疆、贪酷之罪，而有建言蒙﹃之名，于道周得矣，非我皇上覆载之量也。且皇上所疑者，党耳。党者，观诸行事。道周具疏，不过空言，一二臣工，其相与者，皆从罢斥，乌有所谓党而犯朝廷之大法耶。去年行刑时，忽奉旨停免，今皇上岂有积恨于道周，万一转圜动念，而臣已论定，噬脐何及？敢仍以原拟请。”
有旨：“依议。”既而黄文焕等各疏辩，有旨：“该部查议。”部覆上，有旨：“准各复原官。”是岁，江南大旱，自春及夏无雨，高区竟未及插莳，贫民嗷嗷，望赈蠲之诏。宜兴首先输米三百石，为诸臣急功者倡。于是抚按不敢言旱，各县苛徵漕粮如额，斗米至三钱，民不堪命。
尔时当国者，不必请蠲请赈，取厌帝听，但就内外积弊，力为清查，便可宽民命于万一。如光禄寺岁派无锡县上供白米一千三百三十石零，岁用七百余石，则每年多存六百余石。浙直各府，岁派分给部堂、翰林、尚宝、科道等衙门白米一万二千一百余石，岁用共八千余石，则每年多存四千余石。每年卫所运解漕粮入禄米仓者五百余万石，除文武各官支过俸米外，具蚕食其中者，则有营兵、卫军、卫役三蠹。营兵则有冒名之弊，如司苑局、四骧军勇、神木黑口等厂，以中涓为三窟，岁縻饷三十万石矣。卫军则有造册之弊，今溢额者将及二万人，一军应支饷十二石，是岁耗米二十四万石矣。卫役则有卖票之弊，凡官锦衣者，虚领十余票，皆托名吏役，每票支米六七石不等，是岁耗米二三十万石矣。漕抚标兵五千皆食江南粮，卫军领解止行给八百里行粮，不应与解京者同给三千七百里行粮。此项厘剔，亦可省米三万石。更由此而推之，内府收贮香蜡、灯草、丝绵等项，额徵银五万余两，年年委积无用，此项不可裁乎？蓟辽犒赏公费，重复支用，多至二十三万两，举一边而各边可知，此项不可节省乎？又如上供磁器，又料价药料一切不急之需，暂停一二年，可省金钱数十万。若能逐项清查以佐国用，将朝廷不苦于亏额，苍黎咸乐于更生，相臣造福，岂不普哉？不此之图，而沾沾首输为天下倡，将以是尽臣职乎？甚矣，其不讲于大道也！诸令中，长洲知县叶承光尤酷，拔取富室充兑，贿入则免。有过客问讯其宦况者，曰：“赖有此荒耳。”众心愤恨，几激民变。巡抚黄希宪曲庇之，仅以调简。行，复以标兵护之出境。
是年正月，李自成围河南府，福王募死士逆战，斩获颇多，贼引退。贼复以大炮攻城，守严不动，及昏而退。总兵王绍禹标兵有驰呼于城上者，城外亦呼以应之。北兵既执守道王允昌于城上，绍禹驰解之。诸军曰：“贼已在城下，即总镇其如我何？”挥刃杀守陴者数人。守陴者皆惊散，贼缘堞而上，叛兵迎之，贼遂入城，焚福王府，福王世子俱缒城走。王允昌等各官俱被执，俱不死，惟一典史不屈见杀。后自成迹福王所在，执之，并执原任兵部尚书吕维祺。遇王于西关，谓王：“名义甚重，毋自辱。”王见自成，泥首乞命，自成历数其罪，遂遇害。维祺骂贼不屈死，世子奔怀庆。自成伪称“闯王，”雄诸贼。事闻，上震怒，逮总兵王绍禹磔之，籍其家。
山东土贼李廷实、李鼎铉陷高唐州。时山东盗起，兖属州县，一时啸聚响应，东平令胥迎贼入城据之。巡抚王国宾发六道官兵防兖州，檄总兵刘泽清击破东平贼，复其城。
河南土贼艾一、侯二等啸聚数千人，武邱知县苏茂柏击破之。
献忠潜至巴州，乘其迎春，袭破之，恣掠三日，趋达州、新宁、开县，焚毁驿道，人烟绝断者七百余里。初，贼之南窜也，元吉欲从间道出梓潼，扼归路以待贼，嗣昌檄诸军蹑贼，追逐不得，距贼远，令他逸，诸将皆尽向泸州，贼折而东返，遂莫为堵遏。贺人龙顿兵广元不进。己丑，猛如虎率诸将追及贼于开县，日暮雨作，诸将咸以人马困乏，诘朝请战，参将刘士杰曰：“自泸州逐贼，驰驱四旬，仅而及之，今遇贼不战，纵敌失贼，谁执其咎乎？请为诸军先，挥戈独进。”贼屡却，如虎亦率亲兵从之。献忠凭高而望，见后军无继，左军皆迟回不前，因简精锐，绕官军后，驰而下，左军先溃，士杰及游击郭关、如虎子猛先皆战死，前军已覆，如虎突战溃围出，马仗、军符尽失。贼东走巫山、大昌。监军元吉赴开县收集残兵，祭阵亡将士，哀动三军。嗣昌在云阳，闻开州失利，始侮不用扼归路之谋矣。初，贼由达州而西也，嗣昌策其必入陕，檄左良玉自兴山趋汉中。及贼东走，复檄良玉自夔门进剿，使者惮行，中途返命曰：“贼已入汉中矣。”既又使人谓良玉曰：“贼向汉中，可急援。”良玉不应。嗣昌之使十九返，良玉怒曰：“向从都督命，玛瑙山安得给乎？”遂撤兵去。贼下夔门，竟无一人相拒者。贼既渡险出巫山，昼夜疾走，入归兴山中，罗汝才亦入湖广，惟摇天动留川中，元吉屯兵八百于白帝以备之。
二月，李自成以邵时昌为河南伪知府，而席卷子女玉帛入山。巡抚李仙风侦贼已去，引兵入城，收时昌斩之。时土贼蜂起，一斗谷、瓦罐子等诸盗，皆合于李自成，同攻开封。巡按高名衡率司道官婴城固守，贼攻七昼夜不克。周王恭Ф，出库金五十万助饷，复悬金募死士，能杀一贼者，立与五十金。兵民踊跃争先，贼死者甚众。贼惧，退数舍。巡抚李仙风率诸将高谦等驰至开封，与总兵陈永福内外夹击，大破之，永福射自成，中其左目，贼乃退。既而仙风、名衡互相讦奏，谄逮仙风，以名衡巡抚河南。
献忠、汝才，复从山中出，趋当阳，郧抚王永祚扼之于房、竹，遂走宜城。侦知嗣昌有檄之襄阳，要之于途，取檄遣贼伪充公差，夜叩襄阳城门，巡道张克俭见有符验，延之入，时二月初八日也。先是，官兵获献忠妻孥及贼党徐以显、潘应鳌等，俱禁襄阳狱，知府王承曾素纵饮渔色，见献忠，易视之，疏其防，贼乃入狱，与徐、潘等相约，漏四下，徐、潘等破狱出，杀守门卒，开城门迎贼，贼尽入，先攻襄王府，焚端礼门及诸楼台，合城鼎沸。初九日，献忠入城，执襄王，僭坐襄王殿，坐王堂下，劝之以卮酒，曰：“吾欲斩杨嗣昌头，而嗣昌远在川，今当借王头，使嗣昌以陷藩伏法，王其努力尽此一杯。”遂遇害，宫眷无一存者，并杀桂阳王常法。时城内守兵数千，军资器械山集，尽为贼有。推官邝曰广被执，大骂不屈死。署襄阳知县李天觉，北面叩头，置印于案，自缢死。左良玉在唐县，闻襄阳陷，股栗不能起。久之，与郧抚王永祚统兵赴援。癸丑，贼弃襄阳，渡江破樊城。己未，陷当阳。乙丑，陷新野、光州。
江北革、左诸贼，因官军四集，急而议款，监军杨卓然议安插于潜、太间。然二贼实无降意，公行劫掠，卓然每左右之。及襄、福二藩相继遇难，二贼乘机复炽，命朱大典督诸军讨之。
河南贼孟三陷河阴，据之。游击高谦攻拔河阴，斩孟三。
三月丙子，杨嗣昌自尽。嗣昌以连失二郡，丧两亲藩，度不能免，遂自缢死。监军万元吉部署行营，令猛如虎驻蕲州，防献贼东轶。事闻，左良玉削职，戴罪讨贼。郧抚王永祚、知府王承曾、襄府长史唐时，俱着抚按解京提问。
山东巡抚王国宾革职，以王永吉代之。时东省大饥，民间父子相食，徐、德数千里，白骨蔽野，行人断绝，饥民相聚为寇，曹、濮上贼尤炽。上命总兵杨御蕃、刘泽清合兵剿之。
四月，以丁启濬代杨嗣昌，总督军务。左良玉自襄阳进击李自成，屯南阳。自居屯庐氏。庐氏举人牛金星迎降，又荐卜者宋献策。献策长不满三尺，见自成，首陈图谶云：“十八孩儿兑上坐，当从陕西起兵以得天下。”自成大喜，奉为军师。
张献忠犯应山，知县章自辉击却之；遂陷随州，知州徐世淳合家死难，吏民屠戮无遗。随州为四冲之地，其初陷也，知州王焘死之，至是三陷矣。
五月，以东寇孔棘，特设津、徐、临、济四镇总兵，专护漕运。又以河道张国维工部侍郎衔，不便节制四镇，乃改衔兵部侍郎。
河南土贼袁时中犯蒙城，朱大典击败之；总兵刘良佐简骁骑自义门追击，贼大败奔溃，时中以数百骑宵遁入河。
泰安土贼掠守阳、曲阜，闻青州兵多，遂走邳州，焚其南郭，至沙沟，屠戮甚惨，遂犯徐州北关，转至南河店，毁漕船十六只。
贺人龙破李自成于灵郏山中。时保定总督杨文岳屯禹州，左良玉屯南阳，猛如虎屯德安，适疽发于背，退屯承天。
癸巳，出傅宗龙于狱，总督陕西兵讨贼。丁丑，宗龙至新蔡，会杨文岳、贺人龙、李国奇、虎大威等，共结浮桥渡河，合兵趋项城。戊寅，诸君毕渡，走龙口。是日，李、罗二贼，将趋汝宁，觇官军至，尽伏精锐松林中，阳驱诸贼西渡。人龙□□，贼追及之于项城，执宗龙至城下，令呼开城门。宗龙大呼曰：“我已为贼所执，尔等当死守，毋堕贼计。”贼斫其耳目，死城下。人龙、国奇俱西归，贼陷项城，屠之。诏复宗龙兵部尚书，赠太子太保。李、罗二贼，合兵击叶县，守将刘国能，即飞来虎也，誓师力战，贼悉众来攻，国能身被数十创，气愈厉，部下劝暂逸，图复举，国能曰：“朝廷既赦我死，又加爵命之荣，万死何辞！自成羽毛已成，不可复制，何再举之可图？”尽杀其军中马骡飨士，黎明，分兵为十队，偏裨各率其属，驰逐大战，至辰复聚，则死者过半矣。又分为五队，贼亦分兵围之，更番迭战，以逸待劳，国能率残丁短兵相搏，至夜，度不能脱，仰天呼曰：“我力尽矣！”遂自刎死，部下无一降者。事闻，诏赠国能左都督。
六月，左良玉击张献忠于南阳之西山，败之。献忠西走，攻南阳，知府颜日愉坚守不下，遂袭泌阳，陷之。
七月，献忠围郧阳，守将王光恩御之，多杀伤，遂退。总兵黄得功标下兵叛去，投献忠，令之破郧西。辛卯，郧兵与献忠战，败绩，献忠将被擒者人断一手纵归，以辱官军。
八月，献忠乘掠信阳。时总督丁启濬与左良玉俱屯南阳，顿兵不进。至是，良玉始至南阳，引兵逆击献忠于信阳，大破之，斩其渠魁五人，献忠负重伤，易服夜遁，良玉军声大振。戊午，献忠收余众走郧阳，骤遇官军，不战而溃，还走南阳。越十余日，良玉始至，则献忠越南阳而东久矣。时罗、李方合，献忠因汝才以奔李自成。自成方强，欲屈之，献忠不为下，自成怒，欲杀之。汝才阴选五百骑资献忠，令他往，献忠乃昼夜东驰，与革、回诸贼同入霍。
十月，太监刘元斌、卢九德率京营京兵追贼至寿州，及之。元斌留四十日，不进，城门昼闭，纵兵大掠，杀樵汲者以冒功。既而欲攻城，州民敛数万金赂之，乃免。
十一月，总督汪乔年率总兵郑嘉栋、牛成虎、贺人龙趋河南。先是，乔年于陕西发李自成先冢，得小蛇，即斩蛇以殉，誓师东下，抵浃县。襄城举人张永祺率邑人迎官军，屯于城中。自成闻之，尽众来迎战。时乔年安营未定，有二将先逃，官军大溃，贼乘之，一军尽没。乔年以数百骑入城，拒守五日，襄城陷，乔年自刎未殊，被执，见杀，并杀守将李万庆，即射塌天也。自成深恨诸生，劓刖百九十人。又购永祺，永祺远遁，屠其族人九家。乘胜围南阳，破之，唐王遇害，总兵猛如虎死焉。邓州等处皆降，知州刘振世死之。太监刘元斌统兵救襄城，闻南阳陷，乃拥妇女北去。
十二月，自成连陷许州、鄢陵等县，知县刘振之衣冠北向再拜，自刎死。复陷禹州，徽王遇害。再围开封，高名衡、陈永福等竭力守御，周王贮库金于城头，擒一贼者百金，杀一贼者五十金，战殁者恤其家五十金，被伤者以轻重为差。杀贼者甚众，永福射自成中其左目，乃屯朱仙镇。
上以朱大典受命督师，纵贼流毒，着革职听勘，以高斗光代之。
十五年壬午，正月元旦，上御殿朝贺毕，下宝座，南面正立，顾内侍曰：“召阁臣来。”阁臣由殿东门入，再奉旨趋至殿檐，行叩头礼毕，跪以俟命。上曰：“阁臣西班来。”盖以师席待诸辅也。阁臣起立，不知圣意，拟取东西两班。上又曰：“阁臣西边班来。”随有一奄下引而前。上宣阁臣来，诸辅趋进，上曰：“古来圣帝明王，皆崇师道，今日讲官称先生，犹存遗意。卿等即朕师也，敬于正月端冕而求。”圣躬转而西，面向阁臣一揖曰：“《经》言：修身也，尊贤也，敬大臣也，体群臣也。朕之此礼，原不为过。”又曰：“自古君臣志同道合，天下未有不平治者。”上谕至此，辞意其严重。又曰：“职掌在部院，主持在朕躬，调和在卿等。”诸阁臣跪伏谢：“菲才不敢当。”上曰：“先生正是朕该敬的。”言之再三，随谕：“先生起来。”诸辅臣始起，转下叩头。上还宫后，复补赐圣谕一道。时诸勋臣不知所以，亦相率疾趋，上曰：“东班去！”
时行取各官，待命阙下，皆仰祈宜兴手援。适漕运愆期，宜兴因言：“漕艘至今，尚未开封南回。皆以巡漕未补，无人催趱，请速下诸科道缺。”上从之。于是，马嘉植等咸授科道，无授部曹者。滑县接韩城衣钵，每票旨，辄深文诋谪，黄道周之狱，皆出滑县手。宜兴再召，井研辈事事请教惟谨，而滑县专行自如，宜兴大不以为然，御史杨学愿具疏将纠之。或谓滑县曾巡抚江西，于杨有部民之谊，不便，乃授马嘉植上之，滑县一疏引疾，宜兴即票旨：“准回籍调理。”
大学士谢■6A罢。德州由外廷入，圣眷颇隆。去冬，上用十一般茶饭礼祭光庙御容，诸阁臣陪祭，德州最后至，纠仪台省纠之。德州疏辩言：“臣将出门，而衣带忽断，再续再继，以是后期，乞将臣与缝衣者同下法司，严加讯鞫。”虽奉旨免议，而圣意已移矣。时边塞议款，上颇秘其事，德州与新甲咨台省，讼言其不可，给事中朱徽首先纠劾，谓：“事关宗社，谢■6A身系大臣，既知不可，即当极谏，乃谏诤不闻，而昌言于众，以暴扬皇上之过，大不敬无人臣礼。”上震怒，奉旨有“朕心甚痛”之语，将大有所处分，而群臣随声附和，不下百余疏，圣意遂从轻，止削籍为民。
御史杨学愿疏，略曰：
“臣伏读圣谕，申饬交结内侍之律，因稽太祖高皇帝时，初无所谓缉事之令，臣工不法，正有明纠，无阴讦也。臣待罪南城，所见词讼，多假番役，妄称东厂。甚者诿人作奸，挟仇首告。夫饵人以陷祸，择人而肆喙。惟恐其不为恶，又惟恐其不即罹于法。揆之皇上泣罪解纲之仁，岂不伤哉？伏乞皇上先宽东厂条例，夫东厂宽而刑罚可以渐省。抑臣又有请焉：外臣获罪，但敕抚按槛车，送诣阙下，未为不可，若缇骑一遣，有资者家产破散，无资者地方敛馈，为害滋甚。”
有旨：“东厂所缉，止于谋逆乱伦。其作奸犯科，自有有司在，锦衣卫校尉，毋得奉差需索。”
五月，逮凤庆总督高光斗、安庐巡抚郑二阳，起马士英总督凤庆军务。士英先为王坤所纠遣戍，至是，会推凤庆总督，士英列名其中，上怒甚，曰：“会推大典，辄以废弃窜名其间，冢臣欺蔽殊甚。”刑部右侍郎徐石麒奏曰：“冢臣岂敢欺蔽，实以马士英曾历边疆，颇有才略，禁锢可惜，今止开列，候皇上裁夺。惟是冢臣不先奏明，诚为有罪。”上怒始霁，曰：“马士英既说他有边才，即着他去。”遂起升兵部右侍郎，总督凤卢安庆等处军务。
六月，吏部尚书李日宣罢。时当枚卜，外僚房可壮、张三谟、宋玫预焉。先是，御史廖惟一，井研姻戚也，时当考核，井研托可壮为道地，不应，井研因步蜚语，谓：“此番枚卜，皆可壮三人主持。”上入其说，召廷臣于中左门，上青袍，皇太子、定王、永王侍。上诘吏部尚书李日宣曰：“朕屡谕诸臣，毋宁背君父，不背私交，宁隳职业，不破情面。今日枚卜大典，公聚推举，自当矢公矢慎。乃称许询情，如房可壮、张三谟、宋玫，并滥与会推，此岂大臣之道？”并责吏科都给事中章正宸、河南掌道御史张暄，几欲重典。阁臣力救，乃下日宣等于狱。时吏部左侍郎现缺，右侍郎雷跃龙久不到任。上呼礼部左侍郎王锡衮出班，曰：“吏部印着你署掌。”王遂改吏部左侍郎，署部事。阁臣以枚卜请，上点用晋江蒋德、黄景，兴化吴，俱以礼部尚书入阁办事，而起升郑三俊为吏部尚书。蒋、黄同邑、同时，极称盛事。
四月中，顺天三河县地方，半空中忽堕下一龙，牛头而蛇身，有角，有麟，宛转叫号于沙土中，以水沃之则稍止。抚按不敢奏闻，如是者三昼夜乃死。
东宫田妃最有宠。是夏，田妃病笃，遍走群望，上咸躬致祷焉。临终，上适往他殿行香，不及永诀，回宫大恸，丧礼备极隆厚。田妃有妹，曾入宫，上授以花一朵，即令插髻上，曰：“此是我家人也。”妃薨后，上留心其妹。甲申春，已有旨采择淑女，以备六宫，候冬间举行，未几遇变。
金坛盛顺者，宜兴幕客也，欲题内阁中书，而又欲得科目为重。壬午，北围，大理评事李森先，已有成约，外议颇著。给事中杨枝起疏纠之，森先降调，不及预同考。及榜发，盛仍列名，监场御史徐殿臣力持不可，乃抽出。
乡试大典，虽曰矢公，然夤缘未能尽绝。至关防溃裂，显行无忌，则莫若壬午时宜兴弟肖儒、子弈封以及亲识子弟，无不入彀。众官效尤成风，不复问文艺矣。说者谓隐匿灾荒，滥黩大典，上负圣眷，下负舆望，赐死之祸，实自取之。后有坐以纵敌之罪者，夫力能歼敌，方能纵敌，不坐以不可逃之律，而加以莫须有之案，恐反授宜兴以口实也。
十月，吏部题臣父生死蒙恩等事，奉旨：“文某准赠礼部尚书，荫一子，入监读书。”先文肃以九年六月弃世，十一年二月南京给事中张焜芳疏余，末有云：
“故辅文某，骨鲠性成，劲介绝俗，以天下为己任。数月揆席，正色危言，触著去辅，祸机遄发，以致忠愤填膺，赍志以没。今历二年余矣，子孙不敢陈乞，抚按不敢代题，竟与草木同其朽腐。皇上恩礼旧臣隆赐讲幄，而使文某幽光弗耀，典礼缺如，优恤易名，岂可一日缓乎？
六月，淄川请告，给事中吴麟徵疏言：
“张至发之归，皇上优礼有加，臣知皇上始终优礼大臣也。因念故辅文某与至发同蒙特简，两月政地，一语招尤，省过责躬，溘焉朝露。其进也，由圣明特达殊恩，非藉旁门幸窦；其去也，由同官意见相左，非系纳贿徇私。今弃世已二年余矣，抚按不敢代题，子孙不敢陈乞，惟皇上哀而矜之！”
韩城票：“恤典出自朝廷，何得徇私市恩？”御笔抹去，止批：“该部知道。”十二年四月，吏部验封司署司事主事胡璇案呈，前署部左侍郎董羽宸具题，奉旨：“文某准复原官致仕。”九月，不肖秉上疏：“请恤臣父，生死蒙恩，微臣感戴中悃”等事。奉旨：“该部知道。”十三年三月，礼部祠祭司郎中刘大垣案呈前事，尚书林欲楫具题。奉旨：“恤典必须实迹，这本如何竟请，还着再行核奏。”亦韩城所票也。后韩城获谴，宜兴再入政府。十五年四月，祠祭司署司事员外吴泰来案呈前事，尚书林欲楫具题，奉旨：“文某准与祭一坛，减半造葬，仍加祭一坛，以示优礼。”至是，吏部验封司署司事主事张文延案呈前事，署部事左侍郎王锡衮具题，奉有令旨。
兵部尚书陈新甲处决。新甲，四川人，由举人历任本兵，盖杨嗣昌荐以自代，为款局地。上亦知边防不足恃，姑藉款以暂纾目前。后以傅宗龙言，召新甲切责。■6A独进曰：“清果许款，款亦可恃。”于是遣马绍愉往建州，清不表谢，而复得大嫚书，上大悔恨。然自张若麒偾事后，举朝之人，无不愿款者，新甲复申其说。上亲发玺书，加绍愉太仆少卿衔而郑重遣之，乘传至塞外，边臣张筵宴清使，清使一语不答，云：“待国主命。”及国主至义州，责诸酋私通中国，将杀我使；译事者再四叩头祈请乃免。马绍愉匍匐窜归，科道诸臣，恶其辱国，连疏纠之，并尽列新甲奸罪。上虽怒甚，隐忍未即发。适新甲有疏，细陈款事颠末，内多援引圣谕。此疏误为书役发魁抄传，兵某据疏抄纠参。上意新甲见卖，下严旨切责，且令回话。新甲具疏回话，绝不引罪，反自诩其功，有“有某事，人以为大功，而实臣之大罪”等语，不一而足。上愈怒，着“革了职，刑部提问。”部引失陷城寨律斩，宜兴、井研合词求免，以北清未薄城为言。上曰：“陈新甲职任中书，一筹莫展，致令流贼披猖，戮辱我七亲藩，不更甚薄城乎？”遂奉旨：“陈新甲着即会官斩决。”
新甲去任，以冯元飚为兵部尚书。元飚素习占风望气，揣知寇虏交讧，剪灭无术，乃佯称病。一日，在朝班，伪称疾发，贵眩仆地，扶曳而出长安，班役妇孺，皆嗤其为细人伎俩，辱朝廷而羞当世之士也。元飚去，以张国维代。
十一月，清兵入犯。盖于今四犯矣。越畿甸而南掠山东，破兖州，鲁王南走，守道陈之伸逃，知府邓藩锡死之。破莒州，知州景淑汴大骂，不屈死。复阑入南直界，烽火及于徐、邳、沐阳。时江浙九省入觐官既升任，差回各官，俱麟集于淮安度岁。是年正月，山东贼李青山攻兖州，给事中范淑泰、鲁府长吏俞起蛟击败之，擒青山，献阙下。曹、濮诸贼，亦次第剿散。
李自成攻开封益急，穴城，而置炮于中，选锐贼披甲以待，炮发，城崩，即乘势冲入。乃炮反外向，锐贼皆死，而城岿然不动，贼骇，解围去。至五月复来，用宋贼计，围而不攻，以坐困之。
三月，李、罗二贼围陈州，兵备关永杰率士民固守。贼周围四十里，更番进攻，力竭，城陷，永杰战死。城下乡绅崔泌之、举人王受爵等，咸手刃数贼，被擒，大骂，被杀。贼屠陈州。
张献忠攻舒城，四月，舒城陷。时舒城无令，参将孔廷训领兵千人与乡绅胡守恒率士民固守。廷训降于贼，开门纳之；贼执守恒，大骂不屈，以刃刺其腹心死。随令廷训攻霍山。
李自成陷太康、睢州，进围归德。归德无兵，民自为守，贼鳞次穴城，城陷，推官王世琰死之。
五月，复孙传庭原官，总督陕西兵讨贼。传庭檄召诸将于西安听令，固原总兵郑嘉栋、临洮总兵牛成虎，系总兵贺人龙，坐旗下，数之曰：“尔奉命入山讨贼，开县噪归，猛帅以孤军失利，献贼出押，职尔之由。尔为大将，遇贼先溃，致秦督师委命贼手，一死不足塞责也！”因命斩之，诸将莫不动色。以人龙军分隶诸将，刻期进讨。襄城之役，朝议，疑人龙与贼通，故传庭杀之。诸贼闻人龙死，咸酌酒相庆。
张献忠袭陷庐州，时督学御史以较士至郡，贼数百，伪为诸生应试者，潜寓城中。甲戌夜三鼓，献忠卷甲趋至城下举火，城中贼亦举火以应之，守城者惊溃，遂陷。督学某、兵备蔡如蘅逃，知府郑履祥死之。庐州城池高深，贼屡攻不能克，至是一夕陷。
革、左诸贼趋寿州，颖川参将李诩侦知之，伏兵城东南隅，而统锐师迎战于城南樊家店，伏兵绕其后夹击，大败之，斩首千余级。
六月，起侯恂兵部侍郎，总督官兵剿贼，与孙传庭协办援开封。
七月，各镇援兵溃于朱仙镇。时山西总兵许定国援开封，先溃于怀庆。总督丁启濬，保督杨文岳，总兵左良玉、虎大威、杨德政、方国安等，各统兵会于朱仙镇，与贼累相望。启濬诸军进战，良玉曰：“贼锋方锐，未可击也。”启濬曰：“汴围已急，岂能久待？必击之！”诸将咸惧，请诘朝战。良玉归营，即率军走襄阳，诸军相继而走，二督营乱，启濬、文岳联骑走汝宁，贼逐之，追奔四百里，丧马骡七千，军杖粮草无算，官兵数万降于贼，启濬敕书、印、剑俱失。事闻，启濬逮下狱，文岳革职候勘。
张献忠陷卢江，焚戮一空，还陷六安，将州民尽断一臂，男左女右。总兵黄得功、刘良佐来援，再战败绩，献贼遂谋渡江入南京。
八月，河决开封。时开封被围久，周王先后捐库金，金尽，再捐岁禄，岁禄亦尽。城北十里为黄河，巡抚高名衡、推官黄澍等，欲引河水环壕以自固，更决堤灌贼，贼可鱼也。及决河，贼已先营高处；其移营不及者，亦死万人。河流下冲汴城，势如山岳，自北门入，穿东南门出，出涡水，水骤长二丈，士民溺死者数十万。高名衡、陈永福咸乘小舟至城上，周王率宫眷及诸王从山逸出，露栖城上雨中者七日。总督侯恂以舟迎王，总兵卜从善水师亦至，推官黄澍从王舟乘夜渡，达堤口。城中遗民，尚余数万，贼乘舟入城，尽虏以去。邳、毫以下，皆被其灾。上闻之，痛愤，下诏优慰周藩，授黄澍为御史。
孙传庭兵至南阳，李、罗二贼西行逆之。传庭设三伏以待，牛成虎将前军，左襄将左，嘉栋将右，高杰将中军。成虎佯奔以诱贼，贼逐之，入伏中，成虎还兵力战，高杰、董学礼突出翼之，左襄、嘉栋左右横击，大败之，斩首三千级。贼溃东走，追击，又败之。贼尽弃甲仗军资于地，官军争取，无复队伍，贼兵即乘之，左军先溃，诸军皆走，丧材官将领百七十人。事闻，诏传庭立功自赎。
九月，黄得功、刘良佐复统兵逐献贼，贼走潜山。贼将一堵墙为殿营于山上，二将卷甲急趋，夜半，缘山后噪而登，贼惊起失措，官军奋击，贼大奔，追逐六十里，斩首千余级。献贼溃围走安庆，执一堵墙，焚杀之。十月，良佐再击献贼于安庆，败之，献贼走蕲水。
闰十一月，李、罗二贼围汝宁。将军孔贞会以川兵屯城东，杨文岳以保定兵屯城西，与贼相拒一昼夜，川兵溃。次日，贼四面环攻，云梯如墙而立，一鼓百道，并登城，遂陷，执文岳及兵备王世琮于城上，皆厉声大骂，贼怒，缚二人，以炮击之，縻烂死。世琮初为河南府推官，御贼，矢贯耳不动，号“王铁耳。”贼屠士民数万，留八日，拔营走确山回襄阳，掠崇王由贵及世子、诸王、妃嫔以行。
十二月，李、罗二贼以数万骑至樊城，左良玉营于樊城高阜，乘高飞炮，击杀贼千余。贼从间道至白马渡，良玉移营拒之，贼分兵陷荆门、夷陵、逼荆州。良玉全师出汉口，下武昌，次于金沙洲。巡抚陈睿谟弃荆州，奉惠王走湘潭。李贼遣老犭回犭回据夷陵，革里眼趋德安，荆州士民开门迎贼，李贼遂入荆城。
十六年癸未，大学士周延儒请督师剿清兵，又以军机事密，章奏无以为信，携文渊阁印以行。说者以阁印不宜移动，动必有咎，后果罹韩城之祸。
大学士吴奉命督师剿贼，钦给银五万两军前支赏，加万元吉兵部职方司郎中，督辅军前赞画。
四月，北兵尽行出口，京师解严，大学士周延儒仍入阁办事。
大学士吴罢。兴化向巡历山、陕，以能折冲名。今春督师剿贼，与宜兴同时受命，兴化留寓京师，料理各项，复上疏邀请诸事件，迨宜兴事竣，已复命矣，犹未成行，奉圣谕：“辅臣受命督师讨贼，自当星驰受事，乃三月以来，迁延不进，未出都门，筹画莫展，若在行间，何以制胜？还宜在阁佐理，不必督师。”兴化具疏引罪乞休，有旨：“准回籍。”
廷杖行人司副熊开元、给事中姜采，仍下之狱。开元由给事中调外，既转司副，满望即升京卿，而稽迟不迁，颇生觖望。时楚事方盛，正媒孽宜兴，上以边警，广求直言，开元疏请对，上召入德政，开元讼言：“群臣徇私结党，皇上孤立无助。”且奏且目宜兴，宜兴惶悚无地。上谕：“速补疏进览。”宜兴一面令人邀结开元，阻其补疏，一面进揭，言：“臣孤孑寡援，蒙皇上宠眷，每事不敢避忌群小，非一日矣。即今开元所陈，皆无实指，因言楚中若某若某，皆朋谋树党，其事刂刃于臣者，皆为拥戴邱瑜，代为扫除耳。”上览揭心动，急促开元补牍，开元已吞宜兴之饵，迟回不即具疏，严旨频下，始具疏，言：“延儒以释累囚，蠲宿逋，起废籍，自谓有裨于圣德，孰敢起而攻之？愿皇上遍召群臣，问延儒贤否？即以所论贤否，定其人之贤否。皇上若不加体察，一时将吏，狃于贿赂，虽失地丧师，皆得无罪，谁复为皇上捐躯报国者？”
疏入，上怒甚，下锦衣狱。适是时密云巡抚王继谟奉旨议处，宁武兵备钱天锡欲得其缺，求援于给事中杨枝起、廖国遴二人，期以事成，万金为筹。杨、廖为恳于宜兴，宜兴许之，然未言及为筹事。杨廖出，再为请益，复益万金。嗣天锡会推，谕旨已下，时又有匿名书二十四气之说，隐诋朝绅，上特为颁谕一道，戒饬言官，内有“为人出阙”之语，盖皇上破群臣之积习而靠诫之，非为天锡发。给事中姜采探之未真，疏言：
“皇上修省罪己，又致诫言官，惟视言官独重，故望之独切。若云代人规御，安敢谓尽无其事。臣独展转而不得其故，皇上何所闻而云然乎？如诽语腾谤，必大奸臣憝，恶言官而思中之，谓不重言官之罪，不能激皇上之怒，箝言官之口，后将争效寒蝉，壅闭圣听，谁为皇上言之哉？”
疏入，宜兴激上怒，下诏狱根究主使。招上，俱与廷杖。宜兴必欲致开元于死，缇帅骆养性曲为护持得免。开元下狱后，始知前之诏谕，非为密抚，而密抚之更替，宜兴实无所私，乃自悔其多事。有南京御史孙凤髦，从狱中视之，开元吐其情，愿一白而无由。孙，山东产，直质人也，愿为代白，先具疏引其端。有旨：“着明白具奏。”孙正拟畅言其事，杨、廖危甚，急乘间鸠之，其子具揭申究，杨、廖百计潜消之。然其事传布长安，宜兴之心迹已明。于是王继谋仍照旧巡抚，钱天锡革职逮问，与杨枝起、廖国遴俱革职同下狱。
上传谕黄道周着以原官起用。宜兴承上深眷，其应对实敏绝，凡圣怒人莫能挽回，惟宜兴谈言微中。道周之狱，人皆以为不可救，宜兴业已周旋得释矣，上偶言岳忠武事，叹曰：“今安得如岳飞者而用之？”宜兴进曰：“飞自是名将，然如破女真事，史氏亦多虚张。即如黄道周之为人，传之史册，不免曰：‘其不用也，天下惜之’。”上默然。次日，即有此谕。
左都御史刘宗周、刑部尚书徐石麒、左佥御史金光宸同罢。时上召廷臣于中左门，问御敌剿寇及用督抚事。宗周奏曰：“使贪便诈，此最误事。为督抚者，须先极廉。”上曰：“亦须论才。”时西人汤若望等精于火器。御史若杨乔奏：“火器为中国长技，当从西人演习。”宗周奏：“唐宋以前用兵，未闻火器，自有火器，辄依为长城，误实在此。”上色不怿。宗周又请释熊开元、姜采，云：“厂卫不可轻信，是朝廷有私刑也。”上怒，仰视屋梁，曰：“厂卫俱为朝廷，何公何私？”光宸奏：“宗周无他意。”上益怒，宗周免冠谢，既退，各具疏引罪，有旨：“宗周为民，兴宸调用。”时开元等已上刑部拟罪，尚书徐石麒拟“姜采遣戍，开元赎徒。”宜兴大忤，遂票严旨以进。石麒再疏乞休，有旨：“着冠带闲住。”
下顺天府丞戴澳于锦衣狱。澳，浙江奉化人。奉化，小邑也。澳起家进士，宦官吏部，威行郡邑，其子尤恃势纵恶。奉化钱粮共二万余，戴氏居其半，历任知县，皆以钱粮拖欠罢官。至是，吏部特授进士胡昱泰为奉化令，胡下车，即延耆老谕之曰：“吾知奉化钱粮所以不起者，专由戴氏，吾今先徵戴氏，而后徵民户。”乃签提戴氏家人追比，而恃顽如故，即提戴子亲身赴比。戴子怒，急走京师，诉之澳，勒澳立刻出疏参胡。澳曰：“胡令初到，无款单，且以部民参父母官，亦觉不便。”而怯于其子，姑出一疏，略言：“天下治乱，系于守令。守令得人则治，不得人则乱。”有旨：“奏内所陈，必有实据，着指名回奏。”澳窘极，乃以嘉兴推官文德翼入告事下抚按，既而抚按皆为文讼冤，给事中沈迅遂疏参澳，谓：“澳之疏，专为胡昱泰，而所以欲参昱泰者，专为钱粮拖欠，昱泰遵法追比耳。”于是有旨：“戴澳革职为民，下锦衣卫究问。”