康熙二十一年壬戌〈（附称永历三十六年）〉正月，刘国轩以澎湖重地，恐乘新春，宵小不测有变，遂辞克塽。初三叮，领载粮饷并大队，扬帆出守澎湖。
二月，施琅以渡海东征，出于乘机，便可进取。苟事事欲驰会督、抚，恐失其时。忽报翰林学士李光地请假送母回闽，琅驰至兴化黄石，恭请圣安。光地与琅密议机宜，逾时而别。琅遂密请专征，疏曰：“为密陈航剿海务机宜，以收万全事。窃照臣鸳骀庸才，谬荷我皇上特恩起用，以臣深知水性、贼情，专畀进剿海逆之责。臣思滇、黔弄兵，悉皆底定；惟有台湾四十馀年残孽逍诛未歼，致圣坏。臣敢不殚心筹画，灭此朝食？受事以来，练兵整船，靡敢刻懈，业已就绪。然用兵之法，不得不熟审详慎。即古者行兵，多用奇计，声东击西。兵不厌诈，非可直道而行。去冬具疏展限，请以今年三、四月乘北风进兵。盖为郑逆奸细颇多，使贼知我舟师必用北风而进；然后出其不意而攻之。臣在在密用间谍，乱其党羽，自相猜忌。白去年逆艘纠集澎湖，欲抗我师，据险以逸待劳。设我舟师到彼，必由澎湖西屿头，然后转帆向东北而进。正值春夏之交，东北风为多；我船尽是顶风顶流，断难逆进。贼已先站立于外堑、内堑接应娘妈官，俱是居我上风，上流御敌，共势其难冲凿，故不可不虑及此也。所以前议北风之候，犹恐未能万全。且水遭行兵，专赖风信潮水；非比陆路任意驱驰，可以定计进止。臣日夜焦心熟筹，莫如就夏至南风成信，连旬盛发，从铜山开驾，顺风坐浪，船得连䑸齐行，兵无晕眩之患，深有得于天时、地利、人和之全备。使贼纵有狡谋，斯时反居下风下流，进不得战、退不得守。澎湖既得，便知贼势虚实，直取台湾，便可克奏肤功。倘逆孽退守台湾，死据要口；我师暂屯澎湖，扼其吭、拊其背，逼近巢穴，使其不战自溃，内谋有应。不然，俟至十月，乘小场春时侯，大举进剿，立见荡平。此乃料敌制胜，所当详细一一披陈者也。然臣窃有请者：督臣姚启圣调兵制器，奖励士卒，精敏整暇，咄嗟立办；捐造船双，无所不备。矢志灭贼，国尔忘身！坚图报称，非臣所能力企。惟是坐长北方，虽有经纬全才；汪洋巨浪之中，总非所长。矧抚臣吴兴祚升任，新抚臣初到视事，恐未悉闽疆情形？臣之鳃鳃谓督臣宜驻厦门，店中节制，别有调遣。臣得专统前进，行间将士如有督臣后攒，粮运策应；则粮无匮乏之患，兵有争先之勇、壮志胜于数万甲兵。今若与臣偕行，征粮何以催趱？封疆何有仰赖？安内攘外，非督臣断难弹压！臣故密疏入告。使督臣闻知，必以臣阻其满腔忠尽。仰冀皇上密行温谕督臣，免其躬亲偕行。今臣同督臣操练水陆精锐官兵充足三万，分配战舰，尽可破贼。但臣仅掌有水师提督印信，未奉有征剿台湾之敕谕，伏望迅赐颁发，以副转睫师期，俾得申严号令，用以节制调度。所有督臣题定功罪赏格，赐臣循例而行；则大小将士咸皆凛遵。至于师中参酌，见有同安总兵官吴英，智勇兼优，竭力自许，可以为臣之副，尤望恩嘉奖。又有兴化总兵官臣林承、金门总兵官臣陈龙、平阳总兵官运朱大贵、海坛总兵官臣林贤、留闽候补总兵官臣陈昌、江东副将臣詹六奇、随征左都督臣李日埕等，俱堪冲风破浪，勇敢克敌；共勷捣巢，藉我皇上天威丕著，丑类游魂，何难殄歼？航海灭贼，关系臣之一身承当责任，何等綦重！以故凡贼之形势、风之顺逆、事之区画，亟当十分详审，以图万全。况出汪洋大海之外，匪敢轻举妄动，苟且从事，致负眷顾之隆。臣当会商将军，合词具题；而将军海务情形，非所暗晓，又恐奸细窥探泄漏，是以自将战略师期，密疏上闻，仰听睿鉴。”三月初一日，到京投进，按中。
十五日丑时，台湾忽满天昏暗，有白气三条，从西北直贯东南。十八日丑刻，又如前昏暗，白气从东南运，贯入西北。出汛鸡笼山诸军士，大发疾病。
五月，施琅见船只齐备，遂咨谎喇哈达、姚启圣至铜山，欲乘南风当令，进取澎湖。启圣曰：“南风轻歌，侯北风，方可出师！”琅曰：“南风虽软，在铜山放洋，居于上风上流，我舟师可得成䑸，兵士又无晕眩之苦，势如摧枯朽。”启圣曰：“刘国轩久年积寇，跪计甚多。我师欲据上流上风，安知彼不以上风上流而来迎战乎？？”互相争执。喇哈达劝曰：“平海事关重大。奉旨‘督、提同心’，岂可各执己见？当请展限，以候进取！”琅不得已，听启圣主稿展限。琅曰：“加此相制，海寇何日得平？边民何日得安？”无奈，仍操演待时。
鸡笼山因有重兵镇守，故起沿途土番搬送粮食。土番素不能挑，悉是背负头顶。军需繁杂，不论老幼男妇，咸出供役，以致失时。况土番计口耕种，家无馀蓄，而枵腹趋公，情已不堪；又遭督运鞭挞，遂相率杀各社通事，抢夺粮饷。竹堑、新港等社皆应之。塽闻报，询锡范。范举其左协理陈锋督率将士，与宣毅前镇叶明、右武卫左协廖进等督兵征剿。但土番性情轻佻，男妇成群，所用镖枪竹弓而已；各社各党，无专主约束之人，故不敢大敌，只于夜间如蛇行偷营冲突。一闻进剿，各挈家遁入深山。吏官洪磊启陈，其略曰：“土番之变，情出无奈。苟专用威，则深山藏匿，难捣其巢穴。当柔以惠，则怀德远来，善抚而驾驭之。况当邦家有事之秋，岂宜震动？伏冀遣员招抚！……”云云。克塽允从，遣各社通事往招，并令叶明等进兵谷口，抚剿并用。通事虽奉令入山说之，奈土番各树党羽，俱不信其说，每突出谷口剽掠。明于各隘口树栅，日则带铳手巡哨攻打，设备困之。土番伏则无粮可食，出则咸被截杀，计穷乞降。明转启克塽，塽允之。再令通事入山，领其众仍回原社耕种，然后班师。
七月十一日，施琅接邸报，读将军喇哈达疏，内有“提督称南风不如北风”之句，骇然曰：此说何因？急富密告！”十三日遂上疏曰：“为欲靖海逆根株，全在严旨决计剿，以收实效事。窃惟我皇上御极以来，宇宙廓清，无思不服；惟郑逆抗拒横行，深费皇上宵盰南顾之忧。臣兹复荷圣恩起用，重臣以水师提督之任，责臣平台逆之患。兼面奉天语，温谕谆谆：‘剿灭台湾，以免生灵涂炭’；何等严切：故衔命以来，兼程疾趋，即于去岁十月初六日抵厦门视事，点验船兵，全无头绪，焉敢妄举进剿？时欲具疏入告，恐伤寅恭和衷。故日以继夜，发寝忘食。一面整船，一面练兵。兼工制造器械，躬亲挑选整顿。至今年四月终，方称船坚兵练，事事全备。移请宁海将军臣喇哈达、侍郎臣吴芳春，到厦门看阅。此时将士摩拳擦掌，人心思奋；将军二臣，交口称赞不已。臣即于五月初三日会同督臣姚启圣，统率舟师骑驾至铜山。以俟夏至南风当令，联䑸进发。第督臣以五月初一日准即咨进与海贼关系重大之旨，随转意不前；而三军侧听，一尽解体，臣自初七日起与督臣决计进取，力争十馀天。至十六日，将军二臣抵铜山，到臣营所，臣面恳将军转劝督臣，乘南风进剿，无不摧枯拉朽之势。奈督臣终执旨意，以“督、提同心合意”为辞。臣不便违抗，姑听督臣主疏展期；实非臣之本意。此二将军臣亲到铜山所目击而共悉臣衷也。本月初七日，承准兵即札付内开：‘宁海将军喇哈达等疏称：总督、提督称南风不如北风’；臣深为骇异！窃忠臣当日在铜山，与将军二臣并无言及‘南风不如北风’之语。日与督臣争执‘南风进剿’；不惟三军皆悉其情，即通省士庶，亦皆俱晓。且督臣日遣各总兵。海道，劝臣权依督臣之议。今将军二臣具疏，竟不分晰明白，一笔混入，陷臣推执不前。若非皇上宽置不究，则臣先后疏章自相矛盾，欺诳君父，罪当万死矣！夫南风之信，风轻浪平；将士无晕眩之患；且居上风、上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜？臣见督臣坚意，难以挽回，故聊遣赶绘快哨三十二只，令随征总兵臣董义、投诚总兵臣曾成、提标暑左营游击事臣阮钦为并各镇千把等官，领驾前往澎湖，了探贼息。据其回称：‘义等奉令领驾，遵于六月初四日午刻，从古雷洲开船。至初五日未时，到澎湖猫屿。时，船未便径进花屿前澳泊。至初六日黎明，率各船由虎井过西屿头，了见刘国轩贼艘尽䑸俱泊娘蚂宫。贼见我船。大船概起头帆，小船尽起大帆。贼遂出赶缯三〈（一作二）〉十馀只驾出西屿头，又有八罩贼船十馀只由南面而来。我船恐众寡不敌，本日未时，传炮收回各船归䑸。初七日，到大担。初八日，到厦门港归迅……’等情。据此，则此行遣发巡哨船只，来去无阻，现有明据矣。若决乘南风进取，岂不可见成效乎？业将了探情由，遂已咨报将军二臣并督臣知照在案。乃坐堂笔帖式谭木哈图具题‘大兵水面度日，逆贼探望空隙’之疏，殊非真知灼见为证，臣全不解其故。然臣生长海滨，总角从芮，风波险阻，素所履历；且荷兰命前任水师提督，阅历至今，岂有海面形势、风信水性犹不畅熟胸中，而第帖式乃更识于臣乎？盖贼中情形，臣有屡得旧时即曲密寄通报。有称：‘台湾人心惶惑无定，兼以刘国轩恃威妄杀，稍有嫌隙，全家屠戮，人人思危，芒刺在背。间有慕义内应，奈隔绝海洋，难以朝呼夕应，岂敢公然谋举’？此便是可破、可剿之机。又此六月二十八日，巡守海口兵丁递送澎湖长发贼柳长胜、林斗二人，赴臣军前投诚。询据林斗等供称：‘原坐杉板头船过来投诚。澎湖新旧熕船、鸟舶、赶绘船、双帆船各舶，共有一百二十只。刘国轩、林陞、江胜等，共计贼众六千馀。内有家眷旧贼，约二千馀名；其馀俱系无眷口新附之众。私相偶语提奋不嗜杀人，只等大军到，便瓦解归顺。有伪萧一镇下将领谋议：候出娘妈宫操船，乘势驾船过来投诚；被其知觉，登时杀其头目九人。因探闻我兵船自铜撤师同汛，彼故调贼二千馀名同台耕种，以作粮食。今止留贼四千名在澎湖，配船防守’等语。据此，则贼中虚实又得其详矣。且臣更以贼中之情形言之：昔之伪镇营蚁附胁从，皆受郑成功、邹经文子结恩旧人，笼络相依；今刘国轩舛戾操权，动辄杀戮，以威制人，谁肯廿为鱼肉？是我舟师末到澎湖，权犹在刘国轩一人之主持。我舟师若抵澎湖，势难遇各汛伪卒之变乱；则踞守澎湖逆贼纵有万馀，内多思叛。驱万心之众，以抗我精练勇往之师，何足比数？虽刘国轩轻命死敌于人猜忌之际，靡有不溃。则可破、可剿之机，又无过乎是。今我皂上若以俟有可破、可剿之时，温旨下颁，则汪洋臣浪之中，谁肯效命七尺之驱，而殚力三窟之险？势必藉旨意为居奇，迁延岁月，虚么浩费。所谓‘筑室道旁，三年不成’，是贼终无可剿、可破之日矣。矧夫按兵不动，若以抚谕；刘国轩沐猴鸱张，操纵自若，志得意满，断无输诚向化之念。虽其中伪镇营贼众有心归正，奈迩来各港严密，一船不许出港，纵有谋叛隐情，亦难通报。故非联络进发。疾行扑击，安有自甘献俘？坐待贼亡，竟在何时？在督臣灭贼之念实切！惜乎？生长北方，水性海务非其所长；登舟之际，混心呕吐，身体惟艰。所以前疏恳留督臣居中调度，盖为此也。中有一、二视此畏途，未免低回，以致督臣疑惑不决。臣虽庸愚，料敌颇效。前于康熙二〈（一作三）〉年间，海逆猖獗，皇上特差兵即中党到闽，间臣机宜，当即决意攻厦门。时督臣李率泰亦以臣过于担当，然两岛竟为臣克平。旋于康熙六年十一月，为‘边患宜靖，逆贼难容’等事具题，未奉谕旨，乃使逆孽于甲寅年有燎原之变。今郑经虽死，留此馀党，负踞绝岛。臣丁年六十二，血气末衰，尚堪报称。今不使臣乘机扑灭，再加数年，将老无能为。后更恐无担当之臣，敢肩渡海灭贼之任！是以臣鳃鳃必灭此朝食。惟是台湾残孽末歼，故设许多镇营官兵，糜费钱粮，贻累生民。所设水师镇营，原为航海捣巢之用。今就中挑选精兵二万有奇、大小战船三百号，尽堪破贼；可以无用陆师。倘相牵制，卒难成功。若陆师之中，间有勇敢效忠、熟练海务能将，容臣调选一二，以为臂指，共勷大举之需。伏思臣累受国恩，奉召晋京，即宠擢内大臣之列，豢养十馀载。今复谬荷起用，寸功未效，又叨更晋官衔，特赐御膳金榻！亘古未有受君恩如是也！即赴汤蹈火，臣志所不辞。倘荷皇上信臣愚忠，独任臣以讨贼，令督、抚二臣催趱粮饷接应；俾臣整顿官兵，时常在海操演。勿限时日，风利可行，臣即督发进取；出其不意，攻其无备，何难一鼓而平？事若不效，治臣之罪。臣朴质武夫，一片图报微忱，惟知钦遵天语煌煌，责臣必破台湾，克奏肤功。臣以君命为重，故当克尽臣节，不禁烦琐：激切沥陈；断无浮言饰辞，冒昧于君父之前。伏乞皇上睿鉴，俯将臣疏留中，大赐乾断决策，严旨速命！事必见效，民生幸甚！封疆幸甚！缘系密陈‘欲靖海逆根株事理’，字多逾格，贴黄难尽。伏乞宽恩，全览施行！为此具本，谨密陈请旨。”
十五夜四更，台湾慧星再见于申卯方，至二十夜方灭。八月初六日申刻，复现于西方，光芒指北。至初五日酉刻，芒又转指东方。初十夜二更，大小星数百坠下鸡笼山。不日，守将总兵郑仁、沈诚、副将广明等病殁。其弁兵士，死者过半。
九月初一日，施琅统五营官兵船只，就厦门开驾，至泉州海口臭涂，寄泊操演。又咨檄海坛、金门、铜山、兴化各总兵、协镇、营将以及联络赶绘等船，至平海卫会齐进剿。
十月二十日，施琅在平海卫接旨，有“进剿海逆，关系紧要，著该督、提等同心协力，催趱粮饷，勿致迟误！前姚启圣具题‘功罪定例’，交与施琅遵行中。二十八日，又接旨：“若有可行机会，提督施琅等应遵前旨，统伊所派船兵，毋失机会而行可也。”琅连接旨意，进剿权威妇己，遂咨请启圣剿抚事直，以使主决。启圣覆以“贼之果否诚心投诚，难以逆料；末便遽行。遣官往抚，俟有机会……”之文。琅笑曰：“遣抚既不敢逆料悬揣，岂可虚縻钱粮？则当决计进剿。”但平海一澳土地荒芜，所有井泉俱被冲坏；惟剩一井，又淤浅盐涩，兵士云集，取水惟艰。琅思有日耿恭拜井，尚得甘泉。今我奉天子命平海，以救生灵，当效恭祷告。琅遂虔诚福祝毕，令军士将井淘净，而泉水突涌。尝之，其味清廿。日夜挑汲不竭，三军是赖。遂勒石，整其井曰‘师泉’〈（赞曰：海岛已无泉，三军几断烟！贞诚虔拜祷，汲引任回旋）〉。
十一月，琅因北风太硬，未敢进剿。令各镇协营暂归汛，自统船回厦。
十二月，启圣以琅未敢渡海，查兴刘国轩有旧好者革职副将黄朝用，即差往台湾招抚，许其‘不削发，只称臣纳页，照高丽、朝鲜事例’。至澎湖，见国轩。轩转送过台，其冯锡范、陈绳武总恃波涛，议未定。轩侦知琅撤兵各归原汛，二十六日，亦回台湾。