夏五月，大清兵至杭州。黄道周、曾樱、何楷、郭朝汾、黄景眆，蒋德璟、路振飞、张家玉、朱维祚等逃入闽。镇海将军郑鸿逵、总兵郑彩俱陈师江口。而唐藩从河南逃难至，逵、彩请见。语及国难，泣沾襟袂。二人奇之，令副将江美鳌〈（字龙弼，泉之同安高浦所人？复改文职。任广东连平知州，投诚）〉。郑陞带兵卫之入关。逵、彩闻杭城降，撒全师回至闽省。会巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙。议立唐藩监国〈（唐藩，讳聿键，性刚直，喜读书、善文翰，酒酒千言。初封南阳，以父騕失爱于祖端王，两姬谋夺摘，未得请名。及端王薨，守道陈奇瑜、知府王三桂始为请嗣。后以统兵勤王，擅离南阳，被锢。会被难，逃于江口）〉。黄道周执笔为谕曰：“孤闻汉室再坠大统，犹系人心；唐宗三失长安，不改旧物。岂独其风俗醇厚，不忘累世之泽哉？亦其忠义感愤，豪杰相激，使之然也。孤少遭多难，勉事诗书；长痛妖氛，遂亲戎旅。亦以我太祖驱除群雄，功在百姓；方十三叶，而属彝骜然，睥睨神器。为子孙者，诚不忍守文自命，坐视其凌迟也。二十年来，狂寇荐惊，孤未尝兼味而食、重席而处。北方二载，两京继陷，天下藩服，委身奔窜。孤中夜卧起，尝涕纵横。诚得少康一旅之师；周平晋郑之助，躬率天下，以受彤弓，岂板荡哉？今幸南安〈（芝龙）〉、定卤〈（鸿逵）〉二大将军志切匡复，共贼无衣，一二文臣，以春陵、邢邢之义过相推戴。登坛读誓，感动路人。呜呼！，昔光武、昭烈，皆起布衣，所遭绝续，与大敌为仇；而能正言举义，躬承旧业。况今神器乍倾，天命未改。孤以藩服感愤，间关逢诸豪杰，应节投袂。知明赫之际，神人叶谟，上天眷顾我太祖绍其子孙，犹未有文也。书曰；“与治同道，罔不兴。”传曰；‘多助之至，天下顺之，得道者多助’。自六月初二日监国伊始，一切民间利病，许贤达条陈。孤将悉与维新，总其道揆，以副海内喁喁之意焉。”
唐藩监国正议出师，有艳翊戴者，咸请正位，方可号召天下。诸臣多言监国名正，出关尺寸，建号未迟。李长倩亦有‘急出关，缓正位，示监国以无富夭下心’之疏。惟郑芝龙、郑鸿逵亟请正位，不正位无以压众心以杜后起。遂定议。于闽六月十五口，共奉唐藩即位福州！改元‘隆武’。命礼部尚书黄道周草诏曰：“朕以天步多艰，遭家末造，忧劳监国，又阅月于兹矣。天下勤王之师，既已渐集；向义之心，亦以渐起；匡复之谋，渐有次第。朕方亲从行间，鼓舞淬励，以观厥成。而文武臣僚咸称：‘萃涣之义，贵乎立君；宠绥之方，本乎天作。时哉不可失，天命靡不胜’。朕自顾觖然，未有丕绩以仰对上帝，克慰祖宗，而临安委辔，尊让无期，大小汎汎，加河中之水。朕敢不黾勉，以副众志，而慰群望？稍稽载籍：汉光武闻子婴之信，以六月即位鄗南，即以是年为建元元年，诞膺天命；昭烈闻山阳之信，以四月部位汉中，即以是年为章武元年，立宗庙祖稷。艰危之中，岂利大宝？亦惟是与义执言，系我臣庶之故也。以今揆古：即以是年为隆武元年。其承天、翼运、定难功臣，悉以次第进爵，分茅胙土。稍俟恢复，以勒勋猷。其翊运、宣猷、守正文臣，亦以次第进级，别需表章。孝秀、耆宿军民人等，俱依前谕优给。所在山川鬼神，除淫祠外，皆遣官祭告，以示朕缵绪为天下请命之意焉。”以布政司署为大内，改福州府为天兴府。以黄道周、何楷、蒋德璟、苏观生、黄景眆、路振飞、曾樱、陈洪谧、林欲楫、黄鸣俊、朱继祚为大学主，入阁办事；张肯堂为吏部尚书，李长倩为户部尚书，曹学佺为礼部尚书，吴春校为兵部尚书，周应期为刑部尚书，郑瑄为工部尚书，马思理为通政使，郑英为锦衣卫都指挥使，郑芝龙为平卤侯，郑鸿逵为定卤侯，郑彩为永胜伯，林察、张明振、周鹤芝。陈霸等各为伯。分天、建、延、兴为上游四府，汀、邵、漳、泉为下游四府，合两浙、两粤、滇、黔、晋、楚地方。隆武凡有批答，皆亲为之，不假阁臣。且曾皇后性亦贤敏，颇知诗书；群臣每召对，辄于屏后听之，共决进止。隆武同廷臣共议战守，定兵二十万。自仙霞关起，宜守者一百七十虚，每处兵多寡不同，约计十万；其馀十万，演习操练，以便出师。遣兵科结事中刘中藻赍诏往浙。熊汝霖曰：“吾知奉吾君而已。”不受诏。国维曰：“同是高皇子孙，当此之际，岂可异视，而受前龙后虎之迫乎？”遂勒手疏驰上隆武曰：“国当大变，凡为高皇子孙臣庶，所当同心并功。成功之后，入关者王。监国退守藩服，礼制昭然。若以伦序，叔侄定分，在今日原未假易，且监国当人心奔散之日，鸠集为劳。一旦南面正朔，鞭长不及，猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可及！臣老矣，岂若朝秦暮楚之客也哉？”隆武览疏，虽止问罪之师；然闽、浙水火矣。马士英欲谒鲁王。张国维参其误国十大罪。英惧，不敢入，依方国安。
时张国维督师夺富阳。八月，复夺于潜。虽兵马云集，而各治其军，地方反受骚扰。
隆武以翊戴功，晋郑芝龙为平国公，加太师；郑鸿逵为定国公；林察、周瑞、张明振、周鹤芝、陈霸等，各为侯；陈秀、郭曦、杨济时、施天福、刘全、张进等，各为伯。以御史郭承汾巡按贵州〈（陈秀、郭曦系芝龙旧将，命守二关。刘全系香胞弟。承汾字懋衮，别号有水，泉之晋江人、癸未进士。至己丑岁，被可望所执，不屈而死。尸弃东郊，历月馀，颜色如故，诸兽虫不敢犯。总兵许尽忠暗称奇，阴令家人黑夜瘗之）〉。隆武召黄道周、何楷、曾樱、路振飞、黄景眆、苏观生、何吾驺等诸文武入朝，会议战守策。郑芝龙首站东班。楷让之曰：“文东武西，太祖定制。今郑芝龙妄自尊大，不但欺凌臣等，实目无陛下。”龙曰：“文东武西，虽古来定制，然太祖已行之，徐达业站东班首。”道周曰：“徐达乃开国元勋。汝敢与达此乎？”龙曰：“以今日较之，我从福建统兵恢复，直至燕都，功亦不在徐达下。”楷曰：“俟尔恢复至北京，那时首站末迟。”遂互争殿上，隆武亦无奈何，各为慰解罢。自此文武不睦〈（东旭曰：余读摄政王之书，“中华全力受制横池”；又“南中诸君子，苟安旦夕，不审时机，聊慕虚名，顿忘实祸”，阅崇祯血诏：“朕非亡国之君，诸臣实亡国之臣！”又：“贼裂朕尸，勿伤百姓一人！”则未死之臣独无耳目心思乎？应须猛省，志切匡君报国。若天命有在，人事不赃，然后如文相国也可。乃尺寸未建，空慕虚名，共相推戴，既正大位，身为宰辅，当如萧相国筹饷关中，以佐军需；否则，如狄梁公汲引人才，以巩皇国。何计不及此？徒以区区班位，互计廷陛，此愚之所不解也！然何楷、黄道周、蒋德璟、黄鸣俊、黄景眆、林欲楫、朱耀祚、陈洪昆、王忠孝、唐显悦、林兰友、沈佳期、郭贞一等，皆与芝龙梓里，当痛哭流涕，导以忠义，感以贞诚：今日之事。不但东班首位，且薄天子而不为也。抑鄙芝龙出身绿林，非资格正途，不屑教诲耶？即不屑教诲，不应比肩事主；既已比肩事主，宜效兰相如朝而称病、遇而避舍，先国家而后私仇。顽石尚可点头，况于人乎？诸君子不顾其君以全国，徒重其礼以使气，互相计激，一旦芝龙拂袖，不接粮饷，群然计绌；不得已，请师募兵，请从海道。且有甚者，急而散去，致隆武不然一身，挚后而奔。噫！是谁之咎欤？诸君子有知，不但不敢再阅崇祯帝诏语，且亦不敢再读摄政王书也）〉。
九月，隆武听知于潜、富阳之捷，即仿淮阴故事，令人筑坛郊外，拜郑鸿逵为大元帅，率周鹤芝、张明振、杨济时、陈秀、郭曦、陈霸、郑陞等领兵五万，诸葛倬等为监军，出仙霞关，往严，衢接应张国维、方国安等恢复浙东；郑彩为副元首，率施天福、郑联、郑赋、张进、朱寿、刘全、江美鳌等领兵五万，以张家玉为监军，道出五福、杉关，连江抚杨廷麟，会楚抚何腾蛟合师。
同月，张国维、方国安等与贝世子对江相拒，屡战未分胜负。王之仁上书监国曰：“事起日，人人有直取黄龙之志。乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟。天下事何忍言？臣为今日计，惟有前死一策。愿以所隶沉船一战。今日死敌，犹战而死。明日即死，恐不能战也！”鲁王览毕，计无所出，遂遣都督陈谦入闽，启称“皇叔父”，不称陛下。隆武不悦，下谦于狱。芝龙力救。监察御史陈邦芑密奏；“谦为鲁王心腹，芝龙至交。今日若不除，恐为后患。”隆武信之，夜半出片纸，斩诸于狱〈（弘光时，曾差陈谦为使，赍印敕到闽封芝龙‘南安伯’，敕内误写‘安南伯’。谦教龙留印换敕。谦回至浙，弘光已蒙尘。故龙与谦厚。谦系狱，芝龙力救不得。以为有虞必经门首，然后免冠请救，岂知夜半斩于狱中，有“我未曾杀伯仁，伯仁实为我而死”之句哭祭之）〉。
郑鸿逵引其子肇基陛见，隆武赐姓出。芝龙闻知，次日亦引其子森入见。隆武寄其状。问之，对答如流。隆武抚森背曰：“恨朕无女妻卿！”遂赐姓，兼赐名‘成功’，欲令其父顾名思义也。封为御营中军都督，仪同驸马、宗人府宗正。自此中外咸称国姓。
十月，日本国王惧芝龙威权，认翁氏为女，妆奁甚盛，遣使送到安平，即成功生母也。
郑鸿逵、郑彩各提师逾关，未及百里，上疏请饷，逗遛不前。大学士黄道周、何楷因与芝龙争班位不睦。楷辞回，过乌龙江，被劫，截其耳而去。道周愤诸将不前，以其坐而待亡，不如身自出关。奏请“以师相募兵江南，江南多臣门生故吏，必有肯效死力者。且可连杨廷麟、何腾蛟等，伺动静作进取计。”隆武允请，朝饯启行〈（东旭曰：拼他七尺酬千恨，何必三年卧一楼）〉。道周率诸门人中书蔡春浚〈（有刻蔡绍谨者，误也）〉、赖继谨〈（有刻赖雍者，误也）〉、陈骏音、兵部主事赵士超、毛玉洁等、并子弟可千人。次芋源，作责躬诗一章：
“天地何高深！日月犹循环；星宿陈其巅，动静恒无端。举翼不能翔，而作醯鸡观。大命一以至，不能复研钻。鬼神欲告之，翕吸近古难。伤哉草木颓，不得留朱颜！”道周沿途招征。至延平乏粮，驻军上疏请饷。隆武命芝龙助资。龙奏曰：“现今两辆进兵，动以千万，饷且不足，焉有馀粮接应此未经操演之众乎？”不与一粟。隆武无奈，惟给空札数百道应之。道周亦以空札付，鼓励劝进，又得百人。进师建宁，札崇安县，遣人通杨廷麟、万元吉等为声势。寻有以‘外交诸藩’蜚书闻于隆武，武遣使驰示道周。周自陈疏曰：“臣耕无半亩，居只一椽。幸以是见悯于主上，见信于亲友；然不能以是见谅于犬豖豺狼。臣于二十九日退居后堂，有人持小书云‘是旧按臣陆清源的，呈上手拆’。臣错愕展玩，有云：‘东南立主，臣当元勋’。臣惊欲死。念清源生平谨慎，何至有此。臣行年六十，无险心鸩语，为凶人所仇；无奇功异能，为要人所嫉，独恃一斤肝肠，为高皇、列宗与天下黎庶共对白日耳。臣虽庸下，亦读书至老。遭逢陛下，鱼水相期，犹一月之内，四疏乞师。何至以元勋微腥，为狭邪所谤？至若子弟慕义勤王，虽天性使然，亦恐臣孤身只手，陷身绝域，每一相见，涕泗涟洳。当二十六日以前，溽暑未收，毒水四下，臣兵自延过宁，渴而谷饮，病者八九。一日下操，十队之士，呼半不起，遂损去健将陈伯舆。念其雄略，十射九破；千斤之力，尽于盆水。四观环堵，何能不哀！今稍稍平复，遂相对强颜劝臣出关。呜呼，此喟喟者亦臣子也。顾曾读书，受朝廷之宠眷，而据愤至此。今在廷诸臣，不涤肠剖胸，誓同将卒分胆共薪；而蹹蹹訿訿，望影射沙，欲何为者？陛下不屑为昭烈，臣亦不屑为孔明；陛下不屑为朱高宗，臣亦不屑为李伯纪。取法不高，则庸佞狎来；视人太卑，则奸豪肆志。古今才贼，偏中于高明；近代人才，沈沦于苟贱。惟陛下垂察！”隆武览表，驰手札慰之。道周逐出崇安分水关。
秋七月，道周师至广信府。闻徽州砍，遣将守马金岭。集绅衿父老，谕劝捐助，得万人。乃整部署，分道进兵。游击黄奇寿战捷于牛头岭，遂营之。其出婺源者，参将王加封失防伏兵，战死；游击李忠被擒。黄奇寿闻报，援之莫及。参将李瑛、倪彪出童家坊，被马步冲突，亦溃。参将应士瑛从间道出援，屯高偃桥。道周遂驰疏请兵，略曰：“臣今年六十有二，才能智勇，不过中人。而自请行边，拮据关外，譬之鸡然，风雨如晦，鸡鸣不已。即有不寐之人，起而刀俎，亦无可奈何而已！臣少而学道，于物无竞，于人寡尤。直以出师之故，为异志所排。寡识之人，群起和之。千端百出，以阻其成；旁勾曲引，以幸其败。或叩关门，数日不达。饥疲之众，宁死中野？臣何所营而坐困于此哉？巨遭曹风云，甫及一月，五疏求去。直以皇上英武洞烛遐迩，尝鉴臣于言语形迹之外，所以荏苒焦哓，瘁毛锻羽，以为朝廷守一日藩篱。非曰能之，亦各尽其义而已。今敌之来者，日以压境；众之附者，日以携志。蠢冥何知？惟利是视。贪生怖死，则前后异致。信州板巷，鸡犬方集，今复翻然欲舍而去已。据徽人来者者咸云：敌一百六十骑守婺源，又五百骑守婺境，自海口暖水焚掠殆尽。暖水距广信百馀里。臣师屯八都者仅千五百人，皆邨落新募，月食一两之卒。其东出马金岭者，仅七百馀人。又千二百人西去饶、抚，驰收未回。所馀帐下千二百人而已。臣自八月以来，东弭台、宁之衅，西消金岭之孽；精力疲于文告，岁月驰于期会。未有一智一谋佐于其内。一臂一力助其外；空以老瘁，一意报主，为爱己所怜、异己所笑。今事势甚急，可亟命方国安以一万之众，从严州出老竹岭，直捣徽州，乘其西驰，可以破敌。即不然，亦可解信州之危，成牵制之势。”隆武览表，无以应之。道周计穷。
十二月，集门人诸将议曰：“敌人虽众，虚声耳。若延来春，则彼弓弛马懈，即可破也。奈粮饷不足何？与其半途溃散，废却前功，不如决战以报朝廷。”相持泣下。复进兵攻婺源。至童家坊，忽报乐平已破，信州士大夫各致书通道周。道周以成师既出，义不反顾，遂鼓励诸门人师义师千馀人以前。次明堂里，仅三百人，马十匹，粮三日。又移军婺城之十里。天微曙，报提督张天禄率兵四至。道周策马挥赖继谨等督师鏖战。参将高万荣话于道周曰：“当引兵登山，凭高可恃。”道周从之。正移师间，一队骑兵，从间道突出，箭如雨。军遂乱，道周被执。舆至婺源，张天禄亲至劝降。道周骂不绝口。继而门人蔡春溶、赖继谨、趟士超、毛玉洁亦解至。道周绝粒断浆，作自悼诗八章：
“昔时为柳下，今日见薇阳；此道原无可，于生亦不伤。云霓人绝望，金石鬼剂香。莫信惠连后，遂无日月光。”
“乐毅未归赵，鲁连不入秦。两书传白璧，只手动青