有了雅虎，有了雅虎40%的股权，阿里巴巴公司的所有股有了变化，那就是雅虎40%，孙正义的软银30%，马云和他的团队30%。但根据协议，马云仍然是董事局主席，成员是蔡崇信、孙正义、杨致远。
2011年，按照马云的说法，这一年是阿里巴巴的本命年。因为，按照中国的历法，十二年为一个属相周期。这一年阿里巴巴几位股东似乎反目成仇，支付宝的股权转移引发了一场轩然大波。不仅是股东们，还有互联网的江湖大佬，舆论界的精英和豪杰，更有国际上知名人士和媒体，形成了一个巨大的舆论争议漩涡。
理所当然，处于这场漩涡中心的仍然是马云。
起因是财经杂志主编胡舒立的一篇指名道姓的微博，她指责马云违背“契约精神”，并说这是市场的基石不可违背。马云应声而辩，于是，从来不缺声音的互联网江湖上又是一番波翻浪涌。
事情的起因是马云分两次将支付宝公司卖给了浙江阿里巴巴公司。也就是说，马云将支付宝从合资企业变成了内资企业，脱离了杨致远和孙正义的控制。而且，这一方案的执行，没有事前得到孙正义和杨致远的首肯。他们纷纷指责，这是马云的擅自行动。于是，争执由此而发生。
属于阿里巴巴旗下的支付宝公司，按照三方协议，当然属于雅虎，也属于软银。但支付宝公司的创立和前行却并不顺畅，在马云的蓝图中，支付宝是连接所有环节的通道。这条通道必须得到银行的支持，而银行是国有的，是有政策规范的。为了和政策能融合，马云费了不少的心思，可以说，支付宝如今的地位，是马云一手创造的。于是，马云在这一争执中找出的理由似乎理直气壮，那就是，当政策与股东发生冲突，马云只能选择政策。
可是，支付宝是一个巨大的利益宝藏。它本来是由孙正义和杨致远及马云的团队共同享有，此刻却变成了一家内资公司，也就是说和孙正义、杨致远无缘了。
英国有一位首相曾经说过，只有永恒的利益，没有永恒的朋友。
虽然，由于阿里巴巴在香港的上市，孙正义已经早早收回了他的风险投资，而且还大赚了一笔，杨致远也因为用雅虎参股阿里巴巴受益良多，甚至有人认为杨致远在雅巴并购中大获全胜，可今天，一块肥肉从嘴边溜走，他们的恼怒是不言而喻的。加上国内媒体某些自诩市场经济之士的鼓噪，身处漩涡中心的马云似乎一时处于极其不利之地位，好像他就是背信弃义之化身。
马云心里真实的想法，谁也不知道。但是，很快他就启动了对孙正义和杨致远的赔偿谈判。他要为这一举动，向股东赔偿。这符合规则，这也符合惯例。事实证明，他还是一如既往的坦荡。然而，国内的君子们，没有因此而停息对此事的评判和指责。
可事过不久，2011年7月29日，马云与孙正义、杨致远达成协议。阿里巴巴赔偿雅虎和软银的协议签署，雅虎和软银都得到了满意的赔偿。三个人携手拥抱，一段公案终结，一场风暴悄然散去。
所有的指责在这场风暴散去之后变得那么无足轻重！在马云与孙正义、杨致远的拥抱前，那场风暴也变成一片尘埃，散落莫名。
两年后，马云对此有过一个精彩的解释。
他说：“所谓的正义之士在支付宝的事情上对我咬牙切齿，觉得我这个人背信弃义，违背契约精神，好像要干掉整个中国互联网，把VIE跟我扯上了关系。
大善乃大恶，大恶乃大善。你在做这件事情的时候，你心里明白，什么时间你能补回来。就像2007年，我做雅虎40%股权的时候，我知道，这步棋，40%都被人家控制了，你将来就惨了。孙正义最明白，那天我对孙正义说，好，我马云是个背信弃义的人，是违背契约精神的人。但如果我能找到一个人，我总共投了三四千万美金，却能够拿回来150亿美金的回报。那么，我很喜欢能找到这样一个背信弃义的人。孙正义说，是啊，我找到了。到今天为止，他总共投了5千万美金不到，拿回了4亿美金现金，还有30%以上的股份。要是能找到这样一个人，违背契约精神，我也很高兴。对不对？
我们不是这样的人，但在做这件事情的时候，话语的主动权不在我们这儿。我们在做事，别人在说事。说的人容易，而且前面先定论你就是这样的人，你说不清。又刚好吻合微博刚刚起来的时候，所有的人一致认为这社会上都是坏人。那就先坏了你再说，反正肯定你就是坏人。所有人都站出来了，我们也没法解释。这东西怎么解释？你跳出来说，支付宝明年还活不活了？有些事儿，你能够在媒体上讲，你能在公众场合讲？你只能私下说句脏话，对不对？
杨致远说的是真话，他给国内打电话，问是不是联合起来对付他。杨致远和孙正义跟我讲的话很明确：哈，你们中国一向是上有政策下有对策，你一定是在骗我。我说，兄弟，你如果开个小煤矿，搞个小合资企业，没关系，没问题。可是你搞的是支付宝，是金融，越来越触及敏感地带。都不是傻子，金融是数据，一定会出问题的。杨致远不相信，但他们后来相信了。我刚刚把支付宝的所有权改过来，央行马上发文。央行1年都不发给你证件，改过来马上就发了。这能说明什么问题呢？我认为我们的判断是正确的。央行就是不发，拖你个20年。你去查查历史，我们刚一改，马上就发。这时候，杨致远是明白了。哦，原来是这么一个事情。
支付宝这个事情是个时间问题，一定会解决。难道我真放进自己口袋里了？神经！要这么想，我第一天就不会把阿里巴巴股份这么稀释。你说对不对？处理事情是一件一件来的，是一步一步慢慢来的。我们还有几年时间把这个事情处理干净。因为今天还有各种各样其他的关系要处理好。这个都不急，别人冤枉你，如果你是对的，时间会为你证明；如果你是错的，也不要企图逃过时间的检验。”
通过这番话我们可以看到，马云在这里连续地问了好多“对不对”。也许，这是他习惯的语气。但是，处于当年那场风暴漩涡中的马云肯定是不好过。况且，他向来是以侠义、正直为己任的！
在那场纷争中，也有旁观者说，支付宝引起的过户纷争，实际上不过是阿里巴巴和雅虎长期矛盾的公开化而已。在一次网商大会上，阿里巴巴前首席执行官卫哲曾表示：“阿里巴巴不再需要雅虎。”
小霸王和步步高的创始人、知名投资人段永平在自己的博客上表示：马云和巴茨的关系确实不好。这巴茨就是雅虎全球的新任CEO。针对一篇“传雅虎曾拒绝马云35亿美元回购阿里巴巴15%股权要约”的新闻，段永平评价道：如果是的话，马云还是蛮厚道的，雅虎确实有点不知所云。
没有一个人的成长会没有坎坷，没有一个企业的发展是一片坦途。马云和他的阿里巴巴亦不例外！
当非典来袭，并且击倒你的员工，幽灵就徘徊在你的身边时；当你的决策受到了大部分人的反对，并且遭遇强大阻力，无法进一步实施时；当你与他人进行商业谈判，遇到了强劲的对手，并收购了一家你不熟悉的企业，找到了一大堆麻烦时；当你受到舆论的轰炸，置身于众人所指，无法解释无法回答时：的确，这是人生的艰难时刻。
怎么办？也许有句话说得有点重：沧海横流方显英雄本色！
但我们必须承认，正是在这个时刻，一个人的胆略、智慧、勇气，甚至是耐力和品性都会受到考验。就如一件精钢制品，烈火中才能检验它的成色。也许，没有这些也就没有今日之马云。那些过去的风雨，回想起来何不是带有令人陶醉的一片芬芳？
不能说这全是你的胜利，也许挫折和闪失全部包容其中，也许那些局外人的评价不无道理。可身临其境，也许只有他自己才知道那难眠的夜晚，那殚精竭虑的时刻，那孤立无助的感觉，需要智慧，需要胆略，需要勇气！有多少要多少！可那个时刻的感觉兴许是已经全部倒空，再也无法寻找。
人生总是这样，当你回过头来，你会觉得如果有从头再来，你一定会画出一幅最完美的人生图画。可惜，那是永远不可能的。人最难能可贵的就是面对这些风雨，当即决策，并且决策得恰到好处，或者说基本正确。
很难，非常难！面对激流和漩涡，马云他不是一个人，他是一个团队，一个公司，一片事业。如果说这是一艘大船，那么上面就是满满的一船生命。马云的任何一个想法、一个犹豫、一个思索都关乎着这艘大船的航行。
我们无意神化某一个人，可正因为他是肉体凡胎，穿过这些风雨才更显示出他的不凡之处。我们也无意丑化某一个人，可他的确像个外星人一样，有着诡异而带有颠覆性的想法。但他的确是一个成功者，是一个成功人士。
实践是检验真理的唯一标准！出身布衣或者叫草根，却在世界互联网风云中占据一席之地，他的能力毋庸置疑。也许从阿里巴巴创业之时起，风雨就紧紧包裹着他，我们所选择的无非是冰山之一角，无非是受到媒体和众人关注的那一部分而已。但在这几件大事中，他的危机意识、他的处理危机的手段和方式都值得称道。
正所谓没有风雨哪儿有彩虹！历经风雨，人生必现彩虹。