康熙元年春正月，成功闻塚兆惨发、父被族诛，擗踊大哭，帅诸将以下皆缟素。
二月，命洪初辟等分理社事。成功切齿梧等，未及报，病肝急。或告南澳陈霸有贰心，即遣全斌往击。霸闻之曰：『辨无及矣。中梧等奸计不自察，卒以兵逼，如是而往，众畔亲离无日矣！岂掘塚之应堕地若斯？虽然，霸不忍为梧用也』。乃率诸将遯粤东去。全斌获其子士鳌，复命以杜辉代守南澳。
夏四月，兵部司务林英奔告缅事，诸将请更朔号，成功曰：『不可！传闻异辞，审而后发丧，择立宗室之贤者，乃改元朔』。诸将以为然。
初，世子经取尚书唐显悦女孙为妇，不相得，私于其弟之乳媪陈氏，生男，诡谓侍妾出者告成功。诸王及邑之大夫皆贺，而显悦责成功书谓：『礼有八母，乳母居一，世子与狎，当何罪』？成功暴怒，即令都司黄毓与少傅泰斩经及陈媪及所生男，并斩夫人董氏，以理内不职也。诸将大骇莫敢谏，少傅与毓议杀陈媪及所生男，而诸王以下合表为夫人、世子请，遂以两级付毓报成功。成功愈怒，解所佩剑促毓诣少傅。少傅令遂见经，经拘毓与众议未决，而参军蔡鸣雷在台行多不法，恐见诛，奔愬经所，已密谕全斌等将至矣，令必尽诛乃已。洪旭曰：『世子不可以拒父、诸将不可以拒君，唯少傅兄可以拒弟』。遂告少傅趋林顺统舟师守大担（屿，在厦门前、同安县东南八十里）。会全斌征陈霸还，黄廷劝世子出不意执之，使黄昌摄其军。成功闻诸将拒命，愤甚，遣洪有鼎驰谕全斌。有鼎至铜山，闻全斌被执，不敢前。
五月癸酉朔，成功病，强掖黄安登将台，望彭湖，有船东至否？安曰：『无之。梧、琅奸计，北既赤族，又将灭是。中冓事隐，安见显悦非为梧卖者？愿王勿疑，疑则左右皆义、禄、霸等。父子至亲且若是，他更何以自处』？成功益忿怒，狂走。越八日庚辰（初八日），啮指而卒，年三十有九。弟袭与黄安、马信遣人奔赴金、厦，信恸哭不绝死。众将请袭权政为镇抚计，而蔡云、李应清、曹从龙、张骥谋遂奉袭，告黄安，安持不可。又说黄昭，握重兵拥戴，昭诺，遂与萧拱宸合谋拒经。而袭弟成赐潜军往厦门，道遇许龙兵被执。继茂、率泰遣使招经；经请比朝鲜行事。
秋八月，使再来，令先缴所陷州县印，即为奏请。经与泰等议曰：『先王甫荒东土，不幸即世，内靡有定，其何外侮之能膺？惧而受抚，则无以见吾先王，不受又左右无以应敌，不如姑受令焉以缓须臾』；乃使杨来嘉上州县印十五。率泰遂送来嘉北上；且扬言郑泰、洪旭、黄廷等将密献两岛入奏，以闲经心。经竟以两岛属少傅，加全斌为五军都督，率以东征。
冬十月，抵彭湖，先遣郑斌至安平告谕，诸将面视莫敢言。独黄昭等拒命，遂进师西屿（彭湖三十六屿之正西屿）。昭率兵守寮港、曹从龙守安平炮台、萧拱宸守洲仔尾，张骥自鹿耳门、蔡云、李应清自赤嵌城合兵拒战。全斌说经乘大雾登岸，背水列陈。骥等闻水声人语，呼噪纵击。经军却，全斌呼曰：『却则溺矣』！诸将奋死前战，溃骥陈；而昭等合师来援，昭先中流矢死，众乱反走，遂乘胜进。日中雾散，全斌持旆周呼曰：『世子至矣』！黄安率诸将倒戈来迎。经免胄吁众出，矢言令郑斌劳袭，至则待之如初；斩拱宸等五人，余不问。偶于黄昭营中得少傅泰与昭书，令奉袭拒经，而自据金厦云；经秘之，初不意为继茂等反闲也。
十一月，经与全斌巡南北路。
十二月，来嘉还思明，洪旭令仍守崇武，遣使告经。
二年春正月，经使颜望忠守安平、黄安督承天府南北路，而自率全斌等还思明，即王位，称永历十有七年。诸将皆贺，少傅泰称疾不至，遣郑斌视疾还，或言来嘉北使还，与少傅往来密甚。
三月，王铁佛等攻延、建，率泰会梧等往剿，而梧将有以海澄来献者，经密令诸将整师，泰疑为图己也，载妻孥出泊港口。或劝泰出降，泰曰：『先太师误矣，泰岂再误』！已而知海澄有备，经不果行。经与全斌谋，铸金厦总制印，遣郑斌、吴慎齎赴泰所，言『经已决意东行，两岛唯伯父总制』。泰喜受命，然未敢躬往称谢。其弟鸣骏谓曰：『骨肉至亲，土地重寄，又何疑焉』。泰意稍解。
夏六月，经使刘国轩护辎重东渡，鸣骏力劝泰见经，经与之语及成功，相持恸哭，且谆属经理两岛事。越日，置酒邀泰，酒半，经掷杯，左右缚泰出，与昭书示之；泰急切不能自明，遂缢杀之，遣全斌籍其家。鸣骏及泰子缵绪、陈辉、杨富、何义、杨来嘉、蔡鸣雷等文武四百余员、海舰二百余艘、士卒数万奔泉州纳降；封鸣骏遵义侯、缵绪慕恩伯，余各授职有差。
秋七月，荷兰揆一王遣通事李瑞乞师于继茂、率泰攻两岛，复台湾故地；乃集众议，或曰：『红毛古不通上国。万历闲尝驾大舰、携巨炮，薄香山澳，求互市不得。海澄奸民李锦引据漳南彭湖屿，侵夺台湾地，筑室耕田其中。天启初，掠渔舟六百余艘役华人运土石筑城。寻犯厦门，泊舟风柜仔，出没浯屿、白坑、东椗、莆头、古雷、洪屿、沙洲、甲洲闲。海寇李旦等复为之助，海警戒严。崇祯中，为郑芝龙所破，不敢窥内地者数年。十年，驾大舶由虎跳门薄广州，主奸民李叶荣交通总兵陈谦为居停出入，为兵科凌义渠所劾坐逮讯，奸民知事不成，复引番入据台湾，郑氏夺复故土。而今引红毛克郑氏，若据台湾要互市，以闲寇掠闽、粤闲，谁复承其咎也』？率泰曰：『谁复为百年计，功罪目前事耳。吾闻红夷去中国绝远，其巨舟长三十丈、广六丈、厚二尺余，树五桅，后为三层搂，旁设小窗置铜炮，桅下置二丈巨铁炮，发之可洞裂石城，震数十里，世传红夷炮即其制也。柁后置照海镜，径数尺，能照数百里。其人悉奉天主教，所役使名乌鬼，入水不沈，走海面若平地。然以舟大难转，其人又不善战，故再为郑氏所败。今若资其所长，先进以挫其锐，继以新降将士，俾力战以树功，而我以大兵承其敝，蔑不济矣』。乃允揆一王为前锋，使提督马得功督降将卒数万继进。经遣全斌督林维等分御诸隘，陈升守高崎、黄廷道南山、林顺道辽罗策应。经自率洪旭、王秀奇等屯大担、笠屿。
冬十月，全斌分诸将引战红毛巨艇于沙浅处，焚之过半焉。得功来援，溺水死。林维等追敌及海门，为琅将守备汪明等所徼，战死。继茂帅总兵王进功等截战于云霄镇，全斌败却；闻陈升已降梧、高崎失守，众益溃败。琅统大兵击廷等，不利；复会红夷夹板，以大炮轰击，廷军大败。琅遂乘胜夺厦门。顺等闻升已降，不敢出战。琅、梧合兵进击，斩千余级，遂取浯屿、金门，堕城郭、俘宝玉。继茂遣人至铜山招经，又遣人告洪旭等：有执经献者当封爵比海澄公守泉州。旭谓经曰：『势急东渡，否则变生肘腋奈之何』！经乃遣心腹护孥属先行，且谕众文武：其不顾东迁者听。
十二月，蜀中晋王朱宗荡及郝摇旗等皆败。继茂遣将克长腰、东蚶二岛，永历兵部尚书阮春雷、左侍郎张煌言仅以身免。
三年春正月，琅遣招林顺，举众降。二月，南澳守将杜辉率众赴揭阳港纳降。宁靖王、泸谿王、鲁世子、巴东王诸宗臣及故臣王忠孝、辜朝荐、沈佺期、郭贞一、卢若腾、李茂春等从经东渡。冯澄世舟至东椗，为其仆所杀。若腾卒于彭湖，经自往祭。以洪旭言，于彭湖姥祖宫左右分营立垒，中置炮台，令薛进思、戴捷、林陞守之；四阅月而代。
三月甲子（初二日），周全斌质其子于李率泰而自率将士数万从镇海卫纳降。丁卯（初五日），率泰会继茂、王进功、黄梧统兵至厦门，都督将军翁求多率将士六万降。丙子（十四日），夜半渡海，进拔铜山，降永安侯黄廷、都督余宽以下及兵民三万余口。遂尽驱沿海居民入内地，筑墙为界，纵军士大淫掠，杀人山积，海水殷然。
夏四月，经改东都为东宁，升天兴、万年县为州，设彭湖及南北路安抚使，诸将分守土地。庶事悉委陈永华，崇尚儒雅，与民休息，而两岛远近弃兵民众凡四五十万。
秋七月，福建提督水师总兵官施琅为靖海将军，进攻台湾，遇飓风还。
八月，浙督赵廷臣遣将由悬山、花■〈山奥〉乘渔艇入小港，绕山后突入帐房擒煌言及其党众，得视师兵部银方印一、关防九。
七年春，明珠、蔡毓荣与李率泰俱至漳州，使兴化府知府慕天颜持书招抚；经仍以自比朝鲜为请。遣柯平、叶亨入奏，不报。
十年夏，耿继茂子和硕额驸耿精忠袭爵为靖南王。
十二年春，平南王尚可喜疏请归老辽东。秋七月，平西王吴三桂、靖南王耿精忠并疏请撤藩。八月，尚书梁清标等分往云南、广东、福建经理撤藩事宜。十一月丙戌（二十一日），三桂拘经理侍郎折尔肯等，杀云南巡抚朱国治，自称「天下都招讨兵马大元帅」，以明年甲寅为周王元年。总督甘文焜自杀，贵州巡抚曹申吉、提督李本深以下皆应。乃停撤平南、靖南二藩；梁清标、陈一炳召还。削三桂爵。十二月甲子（二十九日），偏沅巡抚卢震弃长沙逃，沅州总兵崔世录被执。
十三年春正月，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵谭宏、吴之茂以四川降。二月，常德总兵杨宝应、知府翁应兆、长沙副将黄正卿及澧州守将并以城降。广西将军孙延龄杀都统王永年、副都统孟一茂等，执巡抚马雄镇以叛。
三月，耿精忠以福建反，总督范承谟死，巡抚刘秉政降。约经统舟师径取南京，与三桂为鼎峙；经告藉漳、泉地以慕军士，精忠不许。郧阳副将洪福以所部叛，襄阳总兵杨来嘉据榖城叛，并遣使告经：仍用永历正朔。
夏四月，湖北总兵蔡禄谋以兵应来嘉，不克，诛死。潮州总兵刘进忠以城降。精忠与续顺公沈瑞兵巷战，大败之，遂引兵据守。三桂子应熊、孙世霖诛死。延龄削职、精忠削爵。
经遣冯锡范、刘国轩帅师徇漳、泉属县。
五月，经至厦门，同安知县邓世茂来迎。海澄总兵赵得胜、同安副将张学尧、游击花尚兰皆叛精忠来降；授得胜左提督兴明伯、学尧侍卫将军。泉州兵逐精忠守将王进、杀总兵赖玉来降。是月，平阳兵执总兵蔡朝佐，与精忠将曾养性合围瑞安。
六月，总兵祖宏勳以温州叛，罗清、黄岩、太平诸营相继叛。延龄寇柳州。精忠遣李连、李泰攻建昌、杉关。柯升叛广信以应精忠。
甲辰（十一日），经入泉州，以前提督王进功子藩锡为指挥使、何可化为提刑道、王者都仍守知府事。郎中周襄绪等招谕精忠，而尚可喜攻进忠潮州甚急。精忠将李云龙、张雄攻常山、开化，为金华副将牟大寅所败，雄死。乙卯（二十二日），进忠称臣求援，经授进忠右提督定卤伯，遣陈天佑、金汉臣救潮，驻军南门外凤皇洲（一名老鸦洲）；可喜出不意来攻，天佑等俱战没。
秋七月，南瑞总兵杨富叛应精忠，事觉伏诛。精忠遣将克石城，遂攻宁都，为游击周球所败。进忠遣将据程乡县，旋为官兵所破。精忠将阎标攻金华，为将军喇哈达所斩。精忠合兵围衢州。八月，又分攻处州、金华、龙游、仙居、诸暨、新昌、宁海、象山、余姚、遂安、嵊县。进忠将刘斌克据普宁。海澄公黄梧率子芳度降精忠；已而复叛，杀其将刘豹等三人，固守漳城。黄岩总兵阿尔泰降精忠。三桂兵陷徽州、祁门、歙县。可喜遣人招进忠，不受，斩进忠副将陈琏等。
九月，精忠将王进攻泉州，经遣国轩大败进于陈潼关（仙游县南，接惠安界）、白水馹（惠安北五十里），乘胜偪兴化；别以冯锡范、赵得胜为左右提督攻漳浦，降其总兵刘炎，授前锋镇定卤将军。精忠惧，使张文韬诣泉州请和，以枫亭为界（仙游东南五十里，东北去府城六十里、东南去惠安五十里），许之。来嘉兵攻南漳，败。三桂兵攻袁州。精忠兵据建昌。广西提督马雄、总兵郭义隆降三桂。
冬十月，进忠乞援，国轩分兵营新墟，与可喜相持，潮州围解。
十一月，三桂兵守七盘、朝天诸关，官兵饟绝，退屯广元。来嘉克陷竹谿中锋寨。
十二月癸巳（初四日），陕西提督王辅臣兵叛宁羌，经略英洛遇害，大将军贝勒董额退保汉中。延龄兵攻怀集、钦州。给事中苏拜往招辅臣。
十四年春正月，精忠将黎化中与三桂兵合攻连州。乙酉（二十六日），兴安兵变，杀总兵王怀忠。三桂兵据广元、朝天诸关。鄂泰统盛京大兵防守太原。精忠将沙有祥据桃花岭，克处州。辅臣兵陷兰州，巡抚花善奔凉州。
二月，经遣何佑攻饶平，获续顺公沈瑞归，授怀安侯。
三月，来嘉攻南漳，为总兵刘成龙所败。毕力克图统大兵拒辅臣于大同，辅臣兵连陷定边、花马池。察哈尔布尔尼以兵叛。佟国纲统大兵镇宣府。
夏四月，国轩入潮州，使何佑奋击可喜，而自帅骁骑继进，大败可喜于鲎头山，追奔四十余里，斩级二万。因是潮南诸县皆闻风纳降，军声大振。
初，黄梧降精忠，封平湖公，而遣黄蓝北使；梧忽见厉击头，生疡死。芳度袭公，恐精忠诛，又降于经，封前提督德化公。至是闻又有贰志，经乃自将南征，将道漳州袭执之；芳度不纳，遣弟芳泰走广东乞援，亦以其多反侧莫应。
来嘉与洪福合攻南漳，陷榖城。辅臣兵陷延安、绥德。
冬十月，辅臣与大兵战固原，杀副将太必图，提督陈福逃灵州。马雄等攻陷高、雷、廉、琼等处。
十一月，芳度将吴淑与其弟潜以城降；经入，芳度投开元寺（府治西北）东井中，不死，出而斩之。斲梧棺支解其尸，夷黄氏无少长皆死，授淑后提督平卤将军、潜戎旗一镇、许赞提学、叶亨知府，守兴泉道。以陈启泰拒精忠死，故礼葬之。
十二月，宁夏兵变，陈福死。
十五年春正月，以毕力克图镇宁夏。康亲王大兵将至，精忠将邱飞龙等一百五十余员就抚。
经遣刘国轩、刘进忠由普宁南路、蔡文、许贵由大埔、程乡北路会攻惠州。三桂兵会攻广州、肇庆。
二月，碣石总兵苗之秀降，经授宣毅前镇灭卤将军。
三月，尚之信守其父可喜降三桂。镇南将军舒恕等引还。副都统莽依图自肇庆突围走。总督金光祖、巡抚佟养钜、陈洪明、提督严自明、副将王启秀等降三桂。三桂使之信与经通和。经使国轩守惠州、进忠守潮州。薛进思、吴淑统五将军会攻江西；道汀州，袭降精忠将刘应麟，以为前提督奉明伯，遂略下会昌、瑞金诸县。精忠将冯公辅等陷宣平。夏五月，党哈里击走之。
六月，图海招王辅臣，降；假靖寇将军，立功赎罪。
精忠将耿继善及建昌、新城诸守者皆烧营遯。康亲王知精忠为经所偪，遂檄诸将乘机速进。
秋八月，都统赖塔等败精忠将马九玉等于衢州，复江山。九月，胡图等会击，又连败之，复常山。赖塔、马哈达等进攻仙霞关，降其将金应虎，遂复浦城。精忠杀范承谟。赖塔、纪尔他布等克建阳，连克建宁。精忠将王进功、郭炳兴降经，授进功中提督匡明伯，令炳兴守长泰。
冬十月，令许耀袭取兴化，以乌龙江为界，马成龙、朱云龙、朱天贵俱降；授成龙援剿左提督靖卤伯、云龙楼船中镇、天贵水师一镇。
康亲王师抵延平，精忠将耿继善以城降。精忠遣子显祚纳印迎王师至福州，精忠率诸文武降；还精忠爵如故，率所部从征自效，遂复温州、处州。
十一月，副都统雅泰、总兵许贞败耿继善于南丰。
经遣许耀袭福州，为都统喇哈达等所败。王师抵乌龙江，或劝耀扼将军山勿使得渡，不听；又请乘半渡击之，不听。既渡，耿兵在前、满兵在后，并力击耀，耀众大溃。经令何佑、赵得胜拒守兴化。时吴淑方由汀州进取邵武。
十二月，耿继善弃城走，守将杨德降，授后劲镇。淑兵进攻延平，为副都统穆赫林所败，守将彭世勳以城降北。天大雨雪，淑兵利跣足疾走，因是败溃思归，淑遂弃邵武不守。薛进思在汀州，将弃城走；刘应麟固留且决一战，不听。应麟乃自杀其妾，率妻子奔潮州。
是月，三桂杀孙延龄，以其众隶线国安。尚之信遣人诣简亲王营乞降，立功自效。舒恕等击败严自明等于南康。