何妥字栖凤，西城人。父亲细脚胡，经商进入蜀地，就在郫县安下了家。侍奉梁武陵王萧纪，主管金银布帛，因而成为大富翁，称为西州大商贾。
何妥小时候机灵敏锐，八岁时到国子之学学习，助教顾良戏耍他说：“你姓何，是荷叶的荷，还是河水的河？”何妥应声回答说“：先生姓顾，是眷顾的顾，还是新故的故？”众人都是认为他很了不起。十七岁那年，因精练的技艺而侍奉湘东王。后来，湘东王知道何妥聪敏明达，就召到身边诵读书籍。当时，兰陵萧..也有非凡的才能，住在青杨巷，何妥住在白杨头。当时的人这样说他们“：世上有两位俊才，白杨何妥，青杨萧..。”他受到的称赞就像这样。
江陵被平定后，何妥进入周朝，任太学博士。周宣帝刚刚设立五位皇后，问儒生辛彦之，辛彦之回答说：“皇后和天子相匹配，尊崇相等，不应有五位。”何妥驳斥说“：帝..有四位妃子，舜有二位妃子，哪里有固定的数目？”因此封为襄城县男爵。隋文帝即位，何妥任国子博士，加授通直散骑常侍之职，晋爵位为公。
何妥生性急躁，很有口才，喜欢议论别人的是非。纳言苏威曾经对文帝说：“臣的亡逝的父亲经常告诫臣说：‘只读一部《孝经》，就足够树立己身，治理国家了，何必多读别的书。’”文帝也认为说得对。何妥进奏说：“苏威学习的书本，不止是一部《孝经》。他的父亲如果确有这样的话，就是苏威不听从教导，这就是他的不孝；如果没说过这样的话，就是当面欺骗陛下，这就是他的不诚实。不诚实，不孝顺，怎么能够侍奉君主？况且孔夫子又说‘：不读《诗》无以言，不读《礼》无以立。’岂能容忍苏绰教导儿子，偏偏和圣人的教导相违背呢？”苏威当时兼任五种职务，文帝非常亲爱重视他。何妥因而上奏，说苏威不可信任。又因苏威执掌天文和法律制度，都不称职，何妥上奏八件事，向文帝进谏：
“第一件事是：臣听说，了解人的人就是哲人，只有帝王难以了解人。孔子说：把正直的人提拔出来，放在邪曲的人之上，百姓就服从了；若是把邪曲的人提拔出来，放在正直的人之上，百姓就不会服从。由此来说，政治的安全与危险，在于举荐人才是否一定能够慎重，所以，举荐贤才受到皇上的赏赐，埋没贤才就要受到杀戮。观察今日的举荐人才，与这些有很大差异。不论谄媚讨好还是正直，不分别贤才还是愚昧。心里想让他登高位，就可以从平民百姓一下子提拔到重要的职位；心里想要压制某人，就一定是到老仍是郎官署官之类的小官。百姓不服，实在是因为这些。臣听说，在朝廷封赏某人官爵，就当着众官员之面封赏；在市曹杀戮犯人，就当众杀戮。俯伏看见陛下留心刑狱诉讼，爱护百姓像爱护儿子一样，每当应该裁决刑狱之时，没有一次不是询访诸位公卿，不滥杀无辜，这是君主圣明。刑狱既然这样，封爵也应这样。如果有大功，在帝王心中加以查实，就可以擢升。自此以下，如果选拔重要的官员，一定要参照众人的见解，不要听信一人提拔，这样就上不徇私情，下边没有怨恨。
“第二件事是：孔子说：观察其互相勾结，其罪过就无法遮掩了。又说：‘君子是团结，而不是勾结；小人是勾结，而不是团结。’他所说的勾结，就是阿谀党附。说的是心里喜爱的人，即使已经光彩夺目，荣耀显赫，还要加以提拔；心里厌恶的人，即使已经沉居屈辱的地位，一点点话也一定要发怒。既然已经提拔起来，必定互相遮掩，这样欺骗皇上的念头就滋生出来了；屈辱既然已经加之于身，就会有怨恨，毁谤辱骂的话就说出口了。俯伏希望陛下广泛加以访察，不要让结党营私的路打开，威势和恩惠都由自己决定。国家的灾患，没有比这些更大的了。
“第三件事是：臣听说舜提拔十六类人，就是所说的八元八凯。考察其贤达明智，道理胜于今日。况且又选拔才能，授予职任，互相不侵扰，不重复。所以，四门得以和睦，各种事功都很兴盛。如今，官员特别多，用人非常少，一人之身竟然兼有好几种职务。因为国家没有人才吗？因为人才不善良吗？如今，有万辆车马的大国，才俊之士不少，纵然有圣明的哲人，也没有缘由自己荐达。东方朔说过‘：尊重他就让他做将军，压抑他就使他成为俘虏。’这话是真的。如今做官的人，不考虑德行，不衡量才能，既然没有吕望、傅说的才能，又自负傅岩、渭水的傲气。不考虑忧患深重，责任重大。只是害怕总揽的职务不够多。安居于这种宠贵的职务，轻视卿相的职守。颠沛流离而导致挫折，实在是因为这些。《易》说‘：鼎折足，帝王或诸侯食用的肉羹倾洒出来，刑罚深重，凶。’说的是大臣不能胜任。
“第四件事是：臣听说《礼》这样说：诡辩的言论破坏了法律，扰乱名分而改变做法，利用歪门邪道扰乱政治的人，就要杀掉。孔子说：依旧贯通，何必改变做法？俯伏发现连年以来改变做法的事情很多。如范威刻制计时的滴漏，十年没有刻制成；赵翊衡量秤，用了七年才定下来；公孙济迂腐虚妄，医疗处方费用超过很多万；徐道庆往返于南北，白白耗费饮食；常明破坏律令，历时达一年多；王渥混淆名份，没有限度；张山居不知道星位，先前已冒名太常；曹魏祖连北斗星都不认识，如今又超过了太史。无一不是用其短浅的见识，就自我夸耀，博取名誉，互相大肆以不实之辞欺骗人。请求自今日以后，有像这种情况的，如果他说的话失实，一定要加以重罚，但愿让他有所顾忌，不敢轻易上奏，恣意选拔。”
其余几事，文籍大都没有记载。当时苏威身兼数职，先前曾经隐居武功，所以何妥说：“自负傅岩、渭水之气。”用这些激将皇上。此书上奏之后，苏威非常忌恨何妥。开皇二年(582)，苏威考定经籍文章，与何妥又相互指责。苏威愤怒地说：“没有何妥，不必顾虑没有博士！”何妥应声说：“没有苏威，也何必担心没有供役使的人！”于是和苏威产生了仇隙。
后来，皇上令何妥考定音乐。何妥又上表说：
“臣听说，明亮了就有礼乐，幽暗了就有鬼神。这样说的话，撼动天地，感动鬼神，没有比礼乐更接近的了。又说：“音乐达到了就没有怨恨，礼仪达到了就没有纷争。恭敬谦让统御天下，说的就是礼仪音乐。臣听说音乐有两种，一种是奸邪的音乐，第二种是雅正的音乐。奸邪的音乐感动人，背逆之气相应；雅正的音乐感动人，和顺之气相应。和顺之气形成景象，所以，音乐施行而伦理清晰，耳聪目明，血气平和，改变风俗，天下都得到安宁。孔子说：‘舍弃郑国的乐曲，斥退小人。’所以，郑、卫、宋、赵的音乐奏出，在内则产生疾病，在外则损伤人。因此，宫音乱则荒淫，其君主骄傲；商音乱则破败，其官员腐败；角音乱则忧患，其百姓怨恨；徵音乱则哀伤，其事功就辛劳；羽音乱则危险，其财物匮乏。五音都乱，那么国家很快就要灭亡了。
“魏文侯问子夏说：‘我戴正冠冕而听古时的音乐，就想睡觉；听郑、魏的音乐而不疲倦，为什么呢？’子夏回答说：‘古代的音乐，用文雅的音乐开始，又用勇猛的音乐结束。修省自身以及家庭，使天下公平均匀。郑国和魏国的音乐，以奸邪的音乐结束，沉溺不止，男女混杂，不知父子。如今您问的是乐，您喜爱的是声音。乐和音相近似而不相同。作为君主，要谨慎地辨别好坏。’案，圣人制作音乐，不仅仅是让人耳目欢娱。而是想让人在祖宗庙堂之中，君臣共同听音乐，则无一不和顺恭敬；在乡间里邑之内，老少同听音乐，则无一不平和温顺；在内室之中，父子同听音乐，则无一不和睦亲爱。这就是古代帝王设置音乐的用意。所以，知道声响而不知道乐音的，是禽兽；知道乐音而不知道音乐的，是平民大众。所以，黄钟、大吕，琴瑟之乐和干戚之舞，儿童都能舞弄，能知音乐的人，大概只有君子。不知道声响的人，不能和他谈论乐音。不知道乐音的人不能和他谈论音乐，知道音乐，就几乎接近道了。殷纣做不合道义的事情，太师抱着乐器投奔周。晋国的君主缺少德行，师旷很是怜惜清澈的徵音。
“上古的时候，没有音乐，手拍肚子，敲打土块，就算是音乐了。《易》说：‘远古帝王制作音乐崇尚德行，殷勤地推荐给上帝，用以配享祖先。’以至于有黄帝制作《咸池》，颛顼制作《六茎》，帝..制作《五英》，尧制作《大章》，舜制作《大韶》，禹制作《大夏》，汤制作《大..》，武王制作《大武》。自从夏朝以来，年代久远，只留下了音乐名字，但其声音已经不能听到了。从殷朝到周朝的音乐，全都在《诗的·颂》中。所以， 自圣明的贤哲以来， 学习音乐的人很多， 如伏羲减少琴弦， 文王补足琴弦， 孔子敲击磬， 子路弹奏瑟， 汉高祖敲击筑， 汉元帝吹箫。
“汉高祖初年， 叔孙通借助秦朝的音乐家， 制作汉朝宗庙的音乐。在庙 门举行迎神仪式， 奏 《嘉至之乐》， 好像古时请神下凡的音乐一样。皇帝进入庙门， 奏《永至之乐》， 作为行走的节奏， 好像古时的《采荠》、《肆夏》一样；当把干肉放在豆这种祭器中奉献上去时，奏《登歌之乐》，好像古时的清庙之歌一样；升堂奏歌再次结束之后，奏《休成之乐》，赞美神灵的赏赐；皇帝到东厢坐定之后，奏《永安之乐》，赞美祭礼完成。其中《休成》、《永至》两支乐曲，是叔孙通制作的。汉高祖时，奏《武德》、《文始》、《五行之舞》乐曲。春秋的时候，陈国公子完出逃到齐国，陈国是舜的后代，所以齐国有《韶》这种音乐。孔子在齐国听到《韶》这种音乐，很长时间尝不出肉的味道的，就是这种音乐。秦始皇消灭齐国，《韶》的乐章传到秦国。汉高祖灭亡秦朝，《韶》的乐章流传到汉朝。汉高祖将《韶》改名为《文始》，用以表示不相互因袭。《五行舞》这种乐曲，原是周朝的《大武》乐曲，秦始皇改名为《五行》。到了汉孝文帝，又改为《四时之舞》，用以表示天下安定和平，四季顺畅。孝景帝采用《武德舞》作为《昭德》。孝宣帝又采用《昭德》作为《盛德》。虽然改变名称，但大抵都是因袭秦朝的旧事。到了魏、晋，都是使用古乐。魏国的三祖，都制作音乐词章。自晋永嘉流亡以来，五都倾覆，音乐流传到南方，因此音乐在江东大体具备。宋、齐以来迄于梁代，实行的音乐之事，还都是从古时候流传下来的。辟雍、明堂、灵台三雍和岁、时、日的开始正月旦日，祭祀之乐实在可称为很隆盛。到侯景篡权造反时，音乐师四处流散，四时舞和清商三调，都到了僭伪的齐朝。齐朝虽然知道传授和学习，但得到乐曲之后而不把它用在宗庙和朝廷。
“臣自幼爱好音乐声律，留心器乐，虽然年纪老迈，还都能记忆下来。到了东方的国土平定之后，乐工都返回了。询问他们逗留之地，果然说是梁朝人教授的。如今，清商三调和四时舞，都有人弹奏，虽然不能精审熟练，但也具有雅正之声。若让他们教导传授，可望古乐得以流传。然后取其旨归，摘其精要，根据旧有的加以削减增益，另外制定好的名称，歌颂盛大恩德于当今，流传雅正之乐到来世，岂不是美事吗？谨抄录清商三调和四时舞的乐曲名称，又撰写歌辞在别的地方。那些有乐曲流传，而不能在殿堂之上弹奏的，也都附录在后面。”
书表上奏之后，文帝另敕令太常，采取何妥制定的节拍尺度，于是制作清、平、瑟三调之声，又制作天子所用的《舞革毕》、《铎》、《巾》、《拂》四种舞曲。在这之前，太常寺留传下来的宗庙雅乐，已经经历了几十年，只有大吕，废除了黄钟。何妥又认为这些宗庙雅乐背离古乐之意，就上奏请求用黄钟。文帝下诏让公卿商议，采纳了何妥的建议。
不久，何妥的儿子何蔚任秘书郎，有罪应当施刑，皇上哀怜何妥，将何蔚减除死罪论处。这之后，何妥所受到的恩宠礼遇就逐渐减少了。开皇六年(586)，外任龙州刺史。当时有背着书箱到处求学的人，何妥都为他们讲说传授。又撰写《刺史箴》，刻写在州门外。任职三年，因疾病请求回京，诏令准许。重新掌管学校之事。
当时，皇上刚刚让苏夔在太常寺参与议定律吕，苏夔有一些建议，朝中官员大多随从。何妥偏偏与众不同，常常指责苏夔的短处。文帝将其建议下达给群臣，群臣大都排斥何妥的建议。何妥又上秘密奏章，指点陈述得失，大概都是议论时政得失，并斥责当世结党成派之人。于是，苏威和吏部尚书卢恺、侍郎薛道衡等人皆受连累而获罪。授予伊州刺史之职，何妥没有赴任。不久任国子祭酒，死于官任。谥号曰肃。
撰写有《周易讲疏》三卷、《孝经义疏》二卷、《庄子义疏》四卷。和沈重等人撰著《三十六科鬼神感应等大义》九卷、《封神书》一卷、《乐要》一卷，《文集》十卷，都流传于世。