吕祖泰字泰然，寿州人，吕夷简六世孙，寓居在常州的宜兴。性情通达，崇尚义气友谊，学问广博。遍游江、淮地区，交结当代知名人士，得到钱物有时分给他们携带离去，毫无吝啬之气。饮酒至几斗不醉，议论时事无所忌讳，听说的人有的掩耳而走。
庆元初年，吕祖俭因言事被贬谪到韶州居住，既而移住瑞州，吕祖泰步行前往省视，逗留了一个多月，告诉他的朋友王深厚说：“自从我兄长被贬，各人紧闭嘴巴，我虽然没有职位，义必以言报国，当稍稍等待，现在不敢因此连累我的兄长。”等到吕祖俭死于贬所，嘉泰元年(1201)，周必大降职少保辞官，吕祖泰对此愤恨，就到登闻鼓院上书，论说韩..胄有无君之心，请求杀之以防止祸乱。其大致说“：道学，是从古代就作为国家所凭借的东西。丞相赵汝愚，是现在有很大功勋劳绩的人。树立伪学之禁，贬逐赵汝愚的朋辈，这是将要掏空陛下的国家，而陛下不知醒悟吗？陈自强、韩..胄以儿童妇人之师，逾越等级到宰相辅臣的位置。陛下旧学大臣，如彭龟年等人，现在在哪里呢？苏师旦，是平江的吏胥，因皇帝即位之前居平江而得到符节和斧钺；周筠，是韩氏的仆役，因皇后亲属得做大官。不知陛下在平江宅邸时果真认识苏师旦吗？后妃的亲属中果真有周筠吗？凡是韩..胄之徒，自我尊大而卑视朝廷，一下到了这样的地步！希望速诛..胄及苏师旦、周筠，而且罢免贬逐陈自强之徒。只有周必大可以任用，应该以他代理相位，不然的话，事情将不能预测。”奏书一出，中外大为惊骇。
有旨：“吕祖泰挟私怨上书，语言狂妄，发连州拘禁管制。”右谏议大夫程松与吕祖泰亲近友爱，恐惧说：“人家知道我平素与他交游，岂不以为我预闻吗？”于是独自上奏说：“吕祖泰有当杀之罪，而且他上书一定有教唆的人，现在即使不杀，可当杖脊黥面流窜远方。”殿中侍御史陈谠也这样说。于是杖脊一百，发配钦州牢城收管。
开始，监察御史林采说伪习之成，自周必大发端，所以有降为少保的诏命。吕祖泰知道自己必死无疑，希望以自身唤醒朝廷，没有畏惧之色。既到州府堂上，府尹用好话劝诱他说：“是谁教你一起写奏章？你且说出来，我将会宽恕你。”吕祖泰笑着说“：你怎么这样愚蠢地问呢？我本来知道必死，而可以受教于人，又与人议论他人吗？”府尹说：“你丧心病狂了吗？”吕祖泰说：“依我看，像现在依附韩氏得到美官的人，就是丧心病狂。”
吕祖泰已被贬斥，经过潭州，钱文子任醴陵县令，私下赠送给祖泰路费。韩..胄派人追寻祖泰踪迹之所在，祖泰于是躲藏在襄阳、郢州之间。韩..胄被杀，朝廷访求得到吕祖泰所在地方，诏令洗雪他的冤屈，特补上州文学，改授迪功郎、监南岳庙。母亲去世无以埋葬，到都城与诸公商量，染上寒病，索取纸张书写说“：我与兄长一起攻击权臣，现在权臣被杀，我死而无憾。唯独我生还无以报国，又没能埋葬我母亲，是可遗憾的事情。”于是去世。府尹王木冉替他备办棺材殓尸归葬。