杨时，字中立，南剑州将乐县人。幼年时特别聪明，能做文章，稍长大以后，潜心于经典史书。熙宁九年(1076)，考中进士第。当时河南人程颢与弟弟程颐讲授孔子、孟子绝学于熙宁、元丰之际，河、洛一带的士大夫们全部拜他们为师。杨时调任官职不去上任，以学生拜见老师的礼仪在颍昌谒见程颢，师生相处很是快乐。到他回家的时候，程颢目送他时，自言自语地说：“我的道学思想已南传了。”四年以后，程颢死了，杨时知道后，设灵位，哭祭于寝门，而又用书信转告他的同学们。到这时，又在洛阳拜见程颐，杨时当时大概已有四十岁了。有一天去见程颐，程颐偶然闭目休息而坐，杨时与游酢侍奉站立门外，一直没有离开。程颐睡觉醒后，门外下雪已深至一尺了。关西张载曾经写作《西铭》，二程很推崇它，杨时怀疑它近于兼爱之论，与他的老师程颐多次辩论，听到理一分殊之说后，才豁然开朗，没有疑问。
杜绝做官，闭门读书有十年，好久以后，杨时才历任浏阳、余杭、萧山县知县，都有好的政绩，民众思念他始终不忘。张舜民在谏司，推荐他，得荆州教授职。杨时安心于州县任上，未曾寻求闻达显贵，而日趋德高望重，四方各地的士大夫们不远千里都来与他从游交往，号称“龟山先生”。
当时天下多变故，有的人跟蔡京说，认为国家事已至此，必然失败，应该引荐德高年老的人置之于左右，或许还差不多，当时的宰相认为此话有理。正逢有使节去高丽，皇上问龟山先生在哪里，使者回话告诉他。杨时因此被召任为秘书郎、迁任著作郎。到面陈朝对，上奏说：
“尧、舜说‘诚实，执于中’，孟子说：‘商汤执中’，《洪范》上说：‘君主建立的原则是至高无上的’，各代圣人都是遵循这个道义。熙宁之初，大臣著文说六艺之言以行其私，祖宗之法纷纷更革殆尽。元..继熙宁年号以后，全部恢复祖宗的旧法，而熙宁年间新立的一切法规又全部废革。至绍圣、崇宁年间又更加厉害了，凡是元..年间的政事法令写入律令的，都焚烧了以灭其迹。从此以后，官吏们之间所结成怨愤、祸害甚至现在还未消灭。我愿明白地诏令有司，条奏具上祖宗的法令，著为纲目，有适宜于现在的就选择举荐出来加以推行，应当修改减损增益的，就减损或增益，不论元..、熙宁或元丰年间的，都暂时放置不问，一切趋于中而已。”
朝廷刚想图谋攻取燕州、云州等地，内地空虚，外部兵重，杨时于是陈述时政的弊端，又说：“燕州、云州的军队应当退守内地，以减省转送运输的劳苦，募集边民担任弓弩手，以形成攻杀常胜军的形势。”又说“：都城位于四通八达的冲要之地，没有高山大河以为阻隔防卫，士人心怀异心，一旦遭遇急变就不可依仗。”宰相执政不能用。登朝入对，力陈君臣应当示警严戒于没有忧虑的时候，请求设置《宣和会计录》，以告知天下财物支出与收入的数字。宋徽宗点头肯定了他的意见。
杨时任命为迩英殿说书。听说金人入攻，对宰相执政说：“今天的事之大势如堆积的柴草已燃烧，应当自己努力奋斗，观察动静。假若显示出怯懦的情形，萎靡不振，那么天下大势就无可挽回了。过去汲黯在朝主事，淮南王就停止策划阴谋。以汲黯的才能而论，未必能超过公孙弘辈之类，只是其特别的正直气概可以镇压奸雄的邪心。朝廷威望不振，就会使奸雄们都把朝廷大臣当作公孙弘辈，那么国家就会无所作为。要害的地方，应当严加防守备战，否则敌军到了都城，还来得及吗？靠近边境的州军县地应当坚壁清野，不要与他们作战，使他们自己成为困兽。假若攻城略地，应当派遣援兵追剿袭击，使它们腹背受敌，那么就可以取得对敌人的胜利。”又说“：今天的事情，应当以收取人心为先务。人心不依附，虽然有高的城墙、深的护城河，坚甲利兵，还是不足以依靠。免夫之役，毒害扩展于海内全国，西城的聚敛，东南花石纲的搜刮，它们所造成的祸害特别厉害。以前大概曾经罢免过，所下诏令的墨迹还没有干，而东南运送花石纲的船队已首尾相接到京城了。现在虽然又重申从前罢免的诏令，然而祸根不除，还有谁人相信朝廷呢？想致人和，罢去这三条，正是今天的当急之务。”
原金兵围攻京城，各地勤王的军队四方来聚集，而没有谁相互统一。杨时说“：唐代九个节度使的军队不设立统帅，虽当时大将李光弼、郭子仪等善于用兵，最后还是不免失败。现在各路乌合之众，我认为应当设立统帅，统一号令，告示纪律，而后士卒始用命行动。”又说：“童贯身为三路的将帅，敌人侵城略地，他弃军而逃回，他被杀掉罪行还有余，朝廷相反却置之不问其罪，故梁方平、何灌都相继逃遁。应当正法受刑，以作为臣子不忠诚的惩戒。童贯掌握兵权二十多年，兵败将死，驯至今天，近来听说防守城邑仍然用宦官，前面覆车之借鉴，不可重蹈覆辙。”奏疏上后，任命他担任右谏议大夫兼侍讲。
敌兵刚刚退却，议和的人就想割让三镇与敌讲和，杨时特别陈述不可这样做，说：“河朔为朝廷的重要地区，而三镇又是河朔的重要屏障。从周世宗到宋太祖、宋太宗，打了上百次战役才夺回了这块地方，一旦把它丢弃给北方的小朝廷，使敌人骑马任意驰驱，通贯我腹心地区，不几天就可到达京城。现在听说三镇的民众以死相抵抗，三镇拒敌于前，我们以重兵跟随其后，还可有所作为。如种师道、刘光世都是一时名将，刚刚达到而没有用，请求召他们入朝询问破敌的办法。”奏疏上后，钦宗诏令出兵，而参加议论的人多持两端，模棱两可，杨时抗疏说“：听说金人驻守磁州、相州，攻破大名，抢劫掳掠，没有法纪，混乱到了极点，发誓议和的墨迹还没有干，而马上又不信守诺言，翻脸即不认账，我们虽然想去信守和议，是不可能的。金兵越走几千里远，进犯别人的国都，是危险的手段。他们知道勤王的军队四面而来，也因此害怕而返回，并不是爱护我朝而不进攻。朝廷割让三镇二十州的地方给予他们，是想帮助金寇而自己攻击自己。听说肃王初次与之相约，到河东而返，今挟之以往，这是败坏盟约的主要问题。我自己认为，朝廷应该责问肃王，指责其败盟的原因，一定得到肃王而后已。”当时太原被围攻几个月，而姚古拥兵观望，逗留不进，杨时上奏疏请求诛杀姚古以严肃军政纪律，选拔偏将和裨将中可以代替其职务的替代他。没有得到回答。
李纲被罢免之后，太学生跪伏于宫廷前上书，请求留任李纲与种师道，军民集合在一起有几十万人，朝廷想防备禁止他们集中。吴敏请求用杨时以平息太学，杨时得召论对，说“：各位太学生纷纷俯伏于宫阙之前，是忠于朝廷，并没有其他的用意，只要选择老成持重而有行谊的人担任将帅、副官，那么这件事就会自然平息。”钦宗皇帝说“：没有谁比你说的更有道理。”于是任命杨时兼任国子祭酒。他首先奏道“：三省是负责国家政事的机构，六曹分别治理，各自设机构。现在就别辟官衙，新进少年，未必比六曹的长官、副职贤能。”又说：
“蔡京担任宰相职务二十多年，祸国害民，几乎危及国家，人们切齿痛恨，而论说他的罪行的人，没有谁知道他是什么原因造成的。大概蔡京以继承神宗时的治国之策为名，实挟持王安石的名义以图谋自己的私利，故推崇王安石，加以王爵，配享孔子庙庭。今天的祸害，其实是自王安石开始的。
“谨按王安石挟管子、商鞅之手段，整饬六艺以文意强奸圣贤之言，变乱祖宗的法度。当时司马光已说其为害当可见于数十年之后，今天的事情，正合乎他的预测。他所写的邪说之文以糊涂学者们的耳目，为此而败坏心术的人，不可胜数，暂即列举一二事来阐明它。
“过去神宗曾经称赞欣赏汉文帝怜惜百金以罢免修筑露台之事，王安石于是说‘：陛下若能够用尧、舜的道义来治理天下，虽竭泽天下以自奉使用也不为过，守节财用的言论并非正理。’曾不知尧、舜住茅茨、建土阶，大禹说：‘克俭于家。’那么，竭泽天下以自奉使用的人，一定不是尧、舜的道义。这以后王黼以应奉花石纲的事情，竭泽天下的财力，号称为了皇帝的享受，实际上是王安石就开始倡导了。他所解释的《凫翳》守成的诗，在末章就称：‘以道义来守成的人，役使群众，泰然处之而不认为骄横，主宰定制万物，花费不认为奢侈，何必过分地克俭以爱惜为事。’《诗》经上所说的，正是说的能持守盈余就会使神癨祖考而因此安乐，而后没有艰难的忧虑。自古解释这段话的人，没有泰然处之而不为骄，花费而不为奢侈的说法。王安石独自倡导这种说法，以开启皇上向往奢侈的心事。后来蔡京之流轻费妄用铺张，以奢侈浪费为乐事。是王安石的邪说之害，如此以致祸害至今。
“我希望能追削夺去王安石封爵的称号，明白地诏示中外，毁去他配享孔孟庙庭的肖像，使邪说妄议、淫辟怪论不能迷惑学者。”
奏疏上后，王安石于是被降为从祀之列。士人学习王安石的学问以考试科举取第的事情，已有几十年，不再知道他的过错，忽然听说王安石的学说是邪说，议论纷纷。谏官冯解力主王安石的学说，上奏疏诋毁、指责杨时。正逢学官中有争议的人，有圣旨令学官一齐罢免，杨时也被罢去国子祭酒。
杨时又说：“元..的党籍中，惟有司马光一人独自被褒扬而显名，而没有涉及吕公著、韩维、范纯仁、吕大防、安焘等人。建中靖国年初，言官谏臣陈馞已褒扬赠赐，而没有涉及邹浩。”于是元..年间各位大臣都依次接连恢复其名位。
不久，杨时四次上奏章请求罢除谏省，任命为给事中，推辞，请求辞官归居，任命为徽猷阁直学士、提举嵩山崇福宫。杨时力辞直学士的任命，改命为徽猷阁待制、提举崇福宫。向陛下辞别时，还上书请求选将练兵，作为战守的准备。
高宗即位，杨时担任工部侍郎。与陛下论对说道：“自古圣贤的君王，没有不以典籍圣贤之学为务。”受命兼任侍读。请求修编《建炎会计录》，请求恤勉勤王的军队，请求宽恕敢于发表言论的人。杨时连续上章请求外任，以龙图阁直学士职提举杭州洞霄宫。以后告老，以本官辞职家居。优游于山林名胜之地，以著书讲学为务。卒年八十三岁，谥号“文靖”。
杨时在东郡，所交接的都是天下的名士。先贤显达之士陈馞、邹浩都以老师的礼仪事奉杨时。宋室南渡长江以后，东南的学者都推举杨时为程氏的学问正统传人。与胡安国往来讲述议论学问的时候尤其多。杨时浮沉于地方州县有四十七年，晚年居任谏省，仅九十天，凡所论说列举的都切中时弊世道，而其中大的，则是分析王安石的经学，力排靖康年间的和议，使邪说不能发挥作用。凡是绍兴初年崇尚元..时的学术的人，而其中朱熹、张木式的学问之所以能够得到程氏的正统之传，而其源委脉络相承都是出于杨时。
杨时的儿子杨迪，努力学习，晓通经典，也曾经以程颐为老师。