李庭芝，字祥甫。他的祖先是汴京人，十二代祖孙同堂而居，叫作“义门李氏”。后来迁徙到随州应山县。金国灭亡，襄江、汉水流域地区兵火战乱频仍，又迁徙到随州。特别以武艺的名声显赫乡里。
李庭芝出生的时候，在他家的屋梁上生长有灵芝，同乡里人聚集观看，以为是生男孩的吉祥之兆，于是以它作为名字。他少年时特别聪颖，每天能诵读数千个字，而其智慧知识常常出于长者、老者之上。王..任随州知州，李庭芝当时十八岁，告诉他的各位叔、伯与父亲说：“王..贪残而不抚恤下属，下属多有怨言，随州一定会出祸乱，请把家迁徙到德安避祸。”叔、伯与父亲勉强听他的话举家迁徙，迁后不到十天，王..果然被他的部曲挟持着发动叛乱，随州民众死的很多。嘉熙末年，长江的防务很是紧急，李庭芝不能得到乡举，以策论上书荆州的将帅孟珙，请求为国效力。孟珙善于为人相面，而且晚上又梦见车骑称李尚书来拜谒自己，第二天李庭芝到了。孟珙见他身材魁伟，回头对他的儿子们说：“我相过的人很多，没有像李庭芝这样的，他的名位将来一定超过我。”当时四川有军务警报，即以李庭芝暂时担任施州的建始县知县。李庭芝到后，训练农民，治理军务，选壮士参杂在官军中教其武艺。过了一年多，民众都知道如何战、如何守，善于骑马打仗，无事则带着武器耕作，兵寇到了则全部出动与其作战。夔州的将帅在他的辖区也推行这个办法。淳..初年才离开建始县，参加科举考试，录取为进士。担任孟珙的幕僚，主管机密、文字事宜。孟珙死后，上遗表举荐贾似道自代其职，而又向贾似道推荐李庭芝。李庭芝感恩孟珙为知己，于是扶送他的棺柩葬于兴国县，随即弃官而归故里，为孟珙服丧三年。
贾似道镇守京湖，李庭芝起初担任制置司参议，后来移居镇守两淮，与贾似道议设栅清河五河口，增设淮南烽火台一百二十处。接着，担任濠州知州，又在荆山设城以备淮南。都切中机会。开庆元年(1259)，贾似道担任京湖宣抚使，留李庭芝暂时任扬州知州。不久，因为大兵在巴蜀一带，奏请担任峡州知州，以防守巴蜀长江出口。朝廷任命赵与..担任淮南制置使，李应庚担任参议官。李应庚指挥两路兵驻扎南城，大暑中渴死的有几万人。李..观察他没有谋略，攻夺涟水三城，渡过淮河攻夺南城。鄂州兵解围，李庭芝服母丧离职。朝廷议论选择驻守扬州的将帅，理宗皇帝说：“没有哪个比得上李庭芝。”于是夺情主管两淮制置司事。李庭芝又打败李..的军队，杀死李..的将帅厉元帅，平定南城而回。第二年，又在乔村打败李..，攻下东海、石圃等城邑。又第二年，李..投降，迁徙三城的民众到通州、泰州之间。又攻破蕲县，杀死守将。
李庭芝初到扬州的时候，扬州刚刚遭受水灾，房屋全被烧毁。扬州依靠盐业获得利益，而制盐亭户大多逃走，公私盐业都很萧条。李庭芝全部贷给民众所负的欠款，借钱给他们修房子，房子做成后又免除了他们所借的钱，共一年，官府民居都修好了。开凿运河四十里到金沙、余庆盐场，以节省车费运输。同时还疏浚其他运河，放免亭户负盐二百多万。产盐户民众没有车运的劳苦，又能够免除所负的盐债，逃出去的人都跑回来了，盐业之利于是迅速兴盛。起初，平山堂鸟瞰扬州城，大元兵至时，就构筑望楼在其上，摆开车弩以射城中。李庭芝于是修筑高大的城墙围起来，募集汴京以南的流民二万多人充实城中的人口，有诏令命为武锐军。又大修学校，教以《诗》、《书》，做俎豆，与士大夫们修行习射之礼。郡中发生水旱灾荒，即命令打开官库，库藏不足就以自己的私人财产来赈济灾民。扬州的民众感恩戴德，敬之如父母。刘..从淮南进京入朝，理宗皇帝询问他淮南的事情，刘..回答说：“李庭芝老成谨慎，军民相安。现在边防不感到惊惧，百事都已做好准备，都是陛下委任的人选所取得的成效。”
咸淳五年(1269)，北方元兵围攻襄阳，战事紧急，夏贵入援襄阳，大败于虎尾州；范文虎调集各路兵丁再次援襄阳，又被打败，范文虎以轻舟小船得以逃走，兵卒大乱，士卒掉入汉水被溺死者很多。冬天，朝廷命李庭芝以京湖制置大使督师入援襄阳。范文虎听说李庭芝到襄阳，送信给贾似道：“我率兵几万人进攻襄阳，一战即可平敌取胜，只是不要让我听命于京湖制置使，事成则功劳归功于恩相。”贾似道为此高兴，即任命范文虎担任福州观察使，其军队也由他统帅。范文虎每天带着漂亮的小妾，走马击..在军中为乐。李庭芝多次想进兵，范文虎回答说“：我派人取旨令还没回。”第二年六月，汉水泛滥，范文虎不得已才令出兵，军队还没到鹿门，中途就逃走了。李庭芝多次亲自弹劾他请代替其职，没有批准，结果，丧失了襄阳。陈宜中请诛杀范文虎，贾似道袒护他，只降了一级担任安庆府知府，而贬谪李庭芝及部将苏刘义、范友信去广南。李庭芝罢官居于京口。
不多久，大元兵围攻扬州，制置使印应雷暴死，即起用李庭芝担任两淮制置使。李庭芝请分淮南西路让夏贵率兵防守，而自己能专心防守淮南东路，获得批准。咸淳十年(1274)，筑清河口，诏令为清河军。十二月，大元的军队攻下鄂州，度宗诏令天下的军队勤王，李庭芝首先派遣军队倡议从命。德..元年(1275)春天，贾似道兵败芜湖，沿长江各州的将帅或降或逃，没有一人能坚守的。李庭芝率所部军队坚守郡县城邑。李虎拿招降榜到扬州招降，李庭芝杀了李虎，焚毁了招降榜。总制张俊出战，拿着孟之缙的书来招降，李庭芝焚烧了招降书，砍下张俊等五人的脑袋示众于市。而后调苗再成在南面作战，许文德在北面作战，姜才、施忠在城中接应防守。当时，拿出黄金、丝帛、牛肉美酒宴请犒劳将士，人人为之死战。朝廷也以督府的金银犒劳士卒，令加升李庭芝参知政事。七月，以知枢密院事征辟入朝，调夏贵任扬州知州，夏贵没有到扬州，事情于是作罢。
十月，大元丞相伯颜进入临安，留元帅阿术驻扎镇江以遏阻淮南的军队。阿术进攻扬州长久攻不下，于是筑工事长期围困扬州。冬天，城中食物吃尽，死的人满街都是。第二年二月，饥荒更加厉害，赴濠水自杀的人每天几百，路上有死的人，众人都争相割他的肉吃，一会儿就完了。宋朝灭亡，谢太后与瀛国公为诏谕劝降，李庭芝登上城墙说：“我奉诏令守城，没有听说有诏谕投降的。”此后，两宫入朝，到瓜洲，又诏令李庭芝说：“近来，诏令你纳钱款，长久没有听到你的回报，难道你不知道我的意思，还是想坚持自为牢圉呢？现在我与太子都已经臣服于元，你还为谁守扬州呢？”李庭芝不回答他的话，令发箭弩射杀来使，杀毙一人，其余的人都退走了。姜才出兵想夺回两宫，未取胜，又关上城门驻守。三月，夏贵以淮南西路地降，阿术驱降兵到扬州城下让他们看，旌旗遍野，幕客中有用语言来试探李庭芝，李庭芝说：“我只有一死而已。”阿术的使者拿着诏令来招降，李庭芝打开门让他进去后，就杀了他，把诏令放在城墙上烧了。而后，得知淮安州许文德、知盱眙军张思聪、知泗州刘兴祖都因为粮食耗尽而降。李庭芝还搜括民间的粮粟以供应军队，粟吃完后，又令官人出粟，粟又被吃尽，又令将校出粟，杂以牛皮、麦..一起吃，士兵有煮自己的儿子的肉来吃的，还每天出来苦战。七月，阿术请求赦免李庭芝焚烧诏令的罪行，要求他投降，有诏令一起送来。李庭芝也不接受。这个月，益王派遣使者以少保、左丞相的职务召回李庭芝，李庭芝令朱焕驻守扬州，与姜才率兵七千人东进至海，到泰州，阿术率兵围剿他。朱焕以城降元，驱逐李庭芝的将士、妻子儿女到泰州城下，副将孙贵、胡惟孝等开门投降。李庭芝听说有变乱，跳赴莲池，因水浅而没有淹死。被抓住送到扬州，朱焕请示说：“扬州自从用兵以来，尸骨满地成堆，这都是李庭芝与姜才所造成的，不杀他们还等什么呢？”于是杀了他。死的那天，扬州的民众都伤心地流下了眼泪。
有宋应龙这么一个人为泰州的咨议官，泰州知州孙良臣的弟弟孙舜臣从军中来说降，孙良臣召宋应龙来商量定计，宋应龙特地陈述国家的恩典，君臣之间的大义，请求杀掉孙舜臣以告诫三心二意的人，孙良臣不得已杀了他的弟弟孙舜臣。到泰州城降，宋应龙夫妇自己上吊而死。提刑司咨议褚一正，置司署于高邮，督战被创，跳水淹死。兴化县知县胡拱辰，县城被攻破时也以死报宋。