毕再遇，字德卿，兖州人。他的父亲毕进，在建炎年间跟从岳飞护卫八陵，转战江、淮之间，积官至武义大夫。毕再遇因恩荫补官，隶属侍卫马司，武艺超群，能拉开二石七斗的弓，反手能拉开一石八斗的弓，徒步能射二石，骑马能射二石五斗。孝宗召见他，十分高兴，赐给他战袍、金钱。
开禧二年(1206)，朝廷下诏北伐，由殿帅郭倪招抚山东、京东，派毕再遇和统制陈孝庆攻取泗州。毕再遇请求选新招的敢死军为前锋，郭倪给他八十七人。招抚司限定进兵的日期，金人听说后，关闭了榷场，阻塞泗州城门防备。毕再遇说“：敌人已经知道我们进兵的日期了，兵以奇取胜，应该早一天进兵出其不意。”陈孝庆同意。毕再遇用酒食招待士卒，用忠义激励他们，进兵逼近泗州。泗州有东西两城，毕再遇下令把战旗、舟楫排列在石..下，如果想攻打西城，就亲率部下从陡山直奔东城南角，先登上城墙，杀死数百敌人，金兵大败，守城的人打开北门逃走。西城仍在坚守，毕再遇打出大将旗，大声喊道：“大宋毕将军在此，你们是中原遗民，可速来归降。”不久淮平知县献城投降，于是泗州两城都被宋军占领。郭倪来犒劳将士，拿出御宝刺史牙牌授予毕再遇，毕再遇推辞说：“国家在黄河以南有八十一州，现在夺回泗州两城就得到一个刺史的官职，以后还用什么来赏赐？况且招抚能得到朝廷几个牙牌前来？”他坚决推辞不接受，不久被任命为环卫官。
郭倪调李汝翼、郭倬攻取宿州，又派陈孝庆等接应他们。命令毕再遇率四百八十名骑兵为先锋攻取徐州，毕再遇到虹县，遇到郭倬、李汝翼的兵卒带伤而回，就问他们，他们就说“：宿州城下是大水，我军失利，统制田俊迈已被敌人擒获了。”毕再遇督军疾驰，驻扎在灵壁，遇到陈孝庆在凤凰山驻兵，陈孝庆将率军撤退，毕再遇说：“宿州虽然没取胜，但兵家胜负不定，怎能自己挫伤自己！我奉招抚的命令攻取徐州，借道到此，我宁死在灵壁的北门外，不死在灵壁的南门外。”恰好郭倪给陈孝庆送来书信，命令他率军回来，毕再遇说：“郭倬、李汝翼军队溃败，敌人一定会尾追而来，我应该自己抵御敌人。”金人果然派五千多骑兵分两路追来，毕再遇令敢死军二十人守灵壁北门，自己率兵冲入敌阵。金人看见他的将旗，大喊“毕将军来了”，就逃跑。毕再遇手挥双刀，渡水追击，杀死很多敌人，他的铠甲和衣服都被染红，追击敌人三十里。有个持双铁锏的金将跃马上前，毕再遇用左手刀挡住他的锏，用右手刀砍他的肋，金将落马而死。宋军从灵壁出发，毕再遇独自留下没动，他估计宋军已走出二十多里，就火烧灵壁城。众将问“：晚上不烧，现在烧，为什么？”毕再遇说“：晚上点火能照见我们的虚实，白天的烟尘可挡住敌人的视线，敌人已经失败不敢逼近我们，宋军才可以安心行军，没有担忧。你们怎么知道兵易进而难退的道理呢？”
毕再遇回到泗州，因军功第一，从武节郎超升为武功大夫，被任命为左骁卫将军。这时丘宗山代替邓友龙为宣抚使，传檄文让郭倪回维扬，不久丢弃泗州。命令毕再遇回盱眙，并任盱眙军知军，不久改为镇江中军统制，仍任盱眙军知军。他因为凤凰山的功劳，被授予达州刺史。这年冬，金人以步、骑兵数万，战船五百多艘渡过淮河，停泊在楚州、淮阴之间，宣抚司传檄文让毕再遇援助楚州，派段政、张贵代替他守盱眙。毕再遇离开盱眙后，段政等惊慌溃退，金人进入盱眙；毕再遇又收复盱眙，被任命为镇江副都统制。
金兵七万在楚州城下，有三千人在淮阴看护粮草，又有三千艘载粮船停泊在大清河。毕再遇探知后说“：敌人是我们的十倍，我们难以力胜，可用计攻破敌人。”于是派统领许俊从小路奔淮阴，晚上二更时士兵口中含枚，鸦雀无声地到达敌营，他们每人携带火种潜入，埋伏在五十多处粮车之间，听到哨声就放起火，敌人惊慌逃窜，乌古伦师勒、蒲察元奴等二十三人被活捉。
金人又从黄狗滩渡过淮河，涡口守将望风而逃，濠、滁二州相继失守，金人攻破安丰。毕再遇对众将说“：楚州城坚兵多，敌人粮草已空，所担心的只有淮西。六合是最重要的，敌人一定会集全力攻打它。”于是率兵赶赴六合。不久命令他节制淮东军马。金人到竹镇，距六合二十五里。毕再遇登上城墙，偃旗息鼓，在南土门设下伏兵，弓箭手排列在土城上，敌人刚接近堑壕，宋兵众箭齐发，出城迎敌，听到战鼓声，城上旗帜并举，金人慌忙逃跑，宋兵追击，大败敌人。金国万户完颜蒲辣都、千户泥..古等率十万骑兵驻屯在成家桥、马鞍山，进兵围六合城数重，想烧毁堤塘木，决开堑壕的水，毕再遇命令用强弩射退敌人。不久纥石烈都统合兵进攻更急，城中箭已用尽，毕再遇命令人打开青盖往来于城上，金人以为是宋军统帅，争相射箭，一会儿城墙上的箭像刺猬一样，宋军得到二十多万支箭。纥石烈率兵退走，不久又增兵围城，城的四面敌人营帐绵延三十里。毕再遇命令在城门口奏乐向敌人表明宋军很悠闲，又时常派奇兵袭击敌人。敌人昼夜不得休息，就退去。毕再遇估计敌人将会再来，就亲自领兵夺下城东的野新桥，出现在敌后，金人就逃走，他追敌人到滁州，赶上大雨雪，就回来了。获得敌人骡马一千五百三十一匹、鞍六百套，很多铠甲、旗帜。毕再遇被授予忠州团练使。
开禧三年(1207)，毕再遇被任命为镇江都统制兼权山东、京东招抚司事。他回到扬州，被授予骁卫大将军。金兵围楚州已经三个月，列营六十多里。毕再遇派将分道阻击金兵，军威大振，解去楚州之围。毕再遇兼任扬州知州、淮东安抚使。扬州有北方兵二千五百人，毕再遇请求让他们分别隶属建康、镇江军，每队不超过数人，使他们不能谋反。他又改造出轻便的铠甲，铠甲长不过膝，袖长不过肘，头盔也减轻重量，马甲换成了皮革的，车牌换成木制的并在它下面安转轴，使一个人的力量可推可举，务必使车便捷不使它沉重。敢死军，本是乌合亡命的军队，毕再遇能驾驭使用他们。陈世雄、许俊等都是毕再遇推荐的。张健雄仗自己勇武而桀骜不驯，毕再遇列出他的罪状上奏给朝廷，朝廷下令按军法杀死张健雄，众将都畏服。
嘉定元年(1208)，毕再遇被任命为左骁卫上将军。宋金和议成，他多次上疏请求回乡，皇上不许，任命他为保康军承宣使，又下诏奖励他，不久命令他带职奏事，提举佑神观。嘉定六年，他为提举太平兴国宫，嘉定十年，他以武信军节度使的身份辞官。去世，终年七十岁。被赠为太尉，积累赠官为太师，谥号为“忠毅”。
毕再遇容貌魁伟，早就以拳力闻名，那时正值罢兵，无所体现。一旦边事兴起，诸将在金兵面前望风而逃，毕再遇的威名才显现出来，并成为名将。