李惟清字直臣，下邑人。其父李仲行，任章丘主簿，于是迁家到章丘。惟清在开宝年间，以三史授任涪陵尉。四川百姓崇尚巫祀，有病不治疗，听命于巫士，惟清捉来大巫鞭打，百姓认为将会有祸。后来又鞭打这个大巫，百姓知道巫术不灵。然后教给百姓医药知识，风俗稍稍变迁。当时朝廷派遣宦官督促输送造船用的木材，宦官故纵不守法，惟清上奏杀死他，从此知名。任期满后，升任大理寺丞。
太平兴国三年(978)，升为荆湖北路转运判官。太平兴国五年，改任左赞善大夫，充任转运副使，升为正使，就地改任监察御史，总管南路。曾经入朝奏事，太宗问他“：荆湖连年丰收，又没有徭役，民间富裕吗？”惟清说“：我看见官卖盐每斤价钱六十四文钱，百姓要卖三数斗稻谷的价钱，才能买一斤盐。”于是诏令盐价每斤减十钱。转任京西转运使，入朝任度支判官。改任主客员外郎。
雍熙三年(986)，朝廷发兵大举进攻幽州，惟清认为军队粮食不充足，不可轻动。朝廷已经兴师，他的奏章入宫后未报送皇上，判度支许仲宣建议变通盐法，以卖盐每年的课收数摊给乡村百姓，与户税一同交纳。惟清奉诏前往荆湖各地审定此法，上奏说明以盐配民不方便，于是停止。出使回朝，皇上又问他民间苦乐不均的情况，惟清说：“以前我在荆湖时，百姓卖清酒由官酿转卖的，每斗给耗粮二升，现在三司府只给一升，百姓多图其他的好处，而每年税收大减。”诏令恢复旧价。不久出京任京东转运使。正好招募壮丁为义军，惟清说：“如果这样，天下不再耕种了。”三次上疏谏阻，因此只从河北招壮丁，而其余各地都停招。提升为屯田郎中、度支副使。
端拱初年(988)，升任右谏议大夫，历任户部使，改任度支使。恰遇朝廷派遣使者到河朔治理方田，大举发兵。惟清认为仲春妨碍农事，恳求罢废。太宗说“：兵夫已经出发了，只令修治边城而已。”淳化三年(992)，升任给事中，充任盐铁使，于是把账本奏给皇上。太宗说：“费用像这样，百姓财力长期怎么承受？如果可以省减，就便裁减。”惟清说：“比开宝年间战争之际，数目翻了几倍，原因是将帅不得人，边事不宁，屯兵太广。我听说汉朝有卫青、霍去病，唐朝有郭子仪、李晟，西北边境的敌人望而生畏。这样就会边事宁息而费用减少。希慎重提拔将领，用有威名者保安边塞，可以节约费用。”皇上说“：彼一时，此一时也，现在的西北敌人变化狡诈，与古时敌人不同，选用将帅，也需深刻领会现在事态。韩、彭虽然是古代的名将，以他们的见解，对付今天的敌人，也恐怕不能成功。今日即使得人，也不可像古人那样委用他。这是机要政事，你不知道。”
淮南榷货务卖岳茶，每斤价钱百五十。主吏说陈茶恶茶有二十六万六千多斤，惟清擅自减价到每斤五十钱，不告诉朝廷。滁、泗、濠、楚诸州、涟水军也以岳茶陈恶，减价出售。共计亏损一万四千多贯钱，被勾院吏卢守仁告发，贬为卫尉少卿，贬判官李..为本曹员外郎，赏赐守仁十五万钱。不久，惟清出京任知广州。至道初年(995)，就地授任右谏议大夫，太宗听说他廉洁公平，诏令表扬他。至道二年，改任广南东、西路都转运使，不久召入朝授任给事中。过了一个月，任同知枢密院事。
惟清倜傥自任，有才略。处理政事峻刻，所至各地有强干名声。但是以俗吏进用，没有人望。才过几个月，真宗即皇帝位，加任惟清为刑部侍郎，又授任御史中丞。罢去枢密职务后，非常忧郁，尽情弹击时政。咸平元年(998)，去世，终年五十六岁，追赠户部尚书。
他的儿子名永锡，因父荫任光禄寺丞。次子永德，官至殿中丞。