孙燧，字德成，余姚人。弘治六年(1493)进士。由刑部主事升刑部郎中，正德年间，任河南右布政使。宁王宸濠阴谋叛乱，勾结太监和皇帝的宠臣，日夜刺探朝廷动向，希望朝廷发生什么变故，他好乘机起事。又威胁和利诱一些官吏，以便为他所用。他恼恨巡抚王哲不顺从他，下毒药使哲得病，一年后去世。董杰接任，仅八个月又死。从此以后，凡在江西做官的人，都惶恐不安，以离开江西为幸事。董杰之后相继接任的任汉、俞谏，都只一年便罢官归家。燧的才干和节操，都名声卓著，所以廷臣都推荐他去江西任巡抚。
正德十年(1515)十月，升燧为右副都御史，巡抚江西。燧受命后叹息道：“这到了生死关头了。”把妻室儿女送回故乡，自己只带两个书童去上任。这时，宸濠谋反的罪行已明显暴露出来，南昌人惶惶不安，说宸濠早晚会做天子。燧的左右都是宸濠的耳目，燧防备严密，使他们什么也窥探不出来。他虽时向宸濠讲说忠义之道，而宸濠终不悔改。燧暗中察觉副使许逵为人忠信，可以托付重任，便与他商议。燧考虑到向朝廷告发是无济于事的，便借口御寇而预做防乱准备：先屯兵于进贤城，再屯兵于南康、瑞州两城；因建昌县多盗，从中分出一些地方而设立安义县，以渐渐消除忧患；奏请恢复饶、抚二州兵备，若能恢复，则请令湖东分巡兼管；九江为鄱阳湖之重地，最为要害，奏请加重兵备的权力，使他们兼管南康、宁州、武宁、瑞昌以及湖广之兴国、通城，以便控制形势。广信之横峰、青山诸窑场，地势险要人悍强，奏请设通判驻于弋阳，兼督附近五县兵马。又恐宸濠劫夺兵器，便以讨贼为名，将兵器转移到别处。宸濠窥探到孙燧是在对付他，使人贿赂朝中幸臣设法除去孙燧，而且送给燧以枣梨姜芥(即早离疆界的谐音)以示意，燧笑着退还。许逵劝燧先发制人，然后上报朝廷，燧曰“：为何要给贼以发难的借口，暂且等待。”
正德十三年(1518)，江西大水，宸濠平素所蓄养的盗贼如陵十一、吴十三、闵念四等，出没于鄱阳湖。燧与逵策划要将他们逮捕。三贼逃到沙井，燧计划自江外乘其不备予以逮捕，但是那夜大风大雨，未能成功，三贼躲藏于宸濠的祖坟中。燧秘密上疏，向朝廷报告盗贼的情形，并且说宸濠必反。连续上疏七次，都为宸濠半途截获，而未能到达朝廷。宸濠非常憎恨孙燧，设宴毒害他，燧未死。燧请求辞职，朝廷不准，他十分忧惧。
正德十四年(1519)，宸濠强迫镇巡官向朝廷奏陈其“孝行”，燧与巡按御史林潮想藉此延缓宸濠反叛的阴谋，于是共同将宸濠的“孝行”奏于朝廷。朝廷正要降旨谴责孙燧等人，恰巧御史肖淮揭发了宸濠一切不轨行径，朝廷诏令重臣宣布。宸濠闻讯，便决意起兵反叛。
六月十三日是宸濠的生日，宴请镇巡三司。十四日，燧与诸大吏去向宸濠道谢，宸濠预设伏兵，燧等来时，声称太后诏令他起兵讨贼。众人相顾失色，不知所措。燧向前说道：“这是说哪里话，请把诏书拿出来我们看！”宸濠说“：不必多讲，我要去南京，你给我扈驾。”燧大怒道“：汝命不长了，天无二日，我岂能从你为逆！”他急起要走，但已走不出去了。宸濠入内殿，换上军装，指挥士兵缚住孙燧。许逵奋起喝道“：你们怎能侮辱天子大臣！”以身挡燧。贼也把逵捆绑起来。二人大骂。贼把燧的左臂折断，与逵一同拉出去了。逵对燧说“：我之早劝公先发制人，是因为料定会有今日。”燧与逵同被害于惠民门外。巡按御史王金、布政使梁宸以下，都向宸濠叩头，高呼万岁。
宸濠举兵反叛，任命三贼为将军，首先遣娄伯进军进贤，为知县刘源清所斩。宸濠招窑贼响应，贼怕守吏而不敢动。宸濠大肆搜索城中军械，城中军械早已转移了，以致其兵卒多持木棍。伍文定起兵抗贼，设孙燧、许逵二人的灵牌于文天祥祠内，率吏民祭祀恸哭。南赣巡抚王守仁也起兵平叛。叛军逃往安义，全部落网，无一逃脱。人们更思念燧的功绩。
世宗即位，赠燧为礼部尚书，谥忠烈，与许逵一起在南昌建祠祭祀，各荫一子。燧子堪闻父被害，率两弟墀、升赶到南昌，这时宸濠已被擒，兄弟三人扶父亲灵柩归葬。