万国钦，字二愚，新建人。万历十一年(1583)进士，授职婺源知县。征召为御史。言事慷慨，不回避权贵。十八年弹劾吏部尚书杨巍，被责备。居住乡里的尚书董份是大学士申时行、王锡爵的座主，嘱咐浙江巡按御史上奏请求问候。万国钦说董份谄媚严嵩，又娶尚书吴鹏已嫁的女儿，居于乡里多有不法行为，不应当予以加礼，事情于是停止。
起初，吏部员外郎赵南星、户部主事姜士昌上疏责备执掌朝政之人。给事中李春开越权检举赵南星、姜士昌，他的党羽陈与郊帮助他。刑部主事吴正志上疏，说李春开、陈与郊谄媚当权，扰乱清议，而且还弹劾林祖述包庇大臣的过错。于是御史赫瀛集合各位御史在朝堂上，商议合疏纠劾吴正志。说他不顾惜台谏体统，万国钦与周孔教没有署名。赫瀛非常生气，盛气凌人地责备万国钦。万国钦说：“戴豸帽，穿豸服，于是以保留正直的大臣为己任，我不敢与你们苟同。”赫瀛泄了气，奏疏果然没呈上，可是吴正志竟然被贬为宜君典史。宦官袁进等打死平民，万国钦再次上疏弹劾。
万历十八年(1590)夏，火落赤各部频频进犯临洮、巩昌。七月，皇上在皇极门召见申时行等，咨询策略，说：“边境守备废弛，督抚缺乏调度，想大力进行整顿。”申时行说和议通贡足够了。皇上说：“和议通贡也不足以依靠。假若专门迎合敌人，使他更为骄傲自大，哪里有满足的时候呢？”申时行等听令退下。未有多久，警报不断传来，于是推选郑洛为经略尚书巡边，实际上是使用通好的主张。万国钦上疏弹劾申时行，说：“陛下以西边的事棘手，特地召见辅臣讨论战守问题，而辅臣在召见时粉饰事情蒙骗皇上。陛下对敌人的侵犯很愤怒，辅臣则认为攻打的是汉化番人居住之地，临洮、巩昌果然是番地吗？陛下责备督抚丧失时机，辅臣则以为过错在武臣。边疆的事，督抚难道不参与吗？陛下说和议通贡难以依靠，辅臣则说通贡二十年，使百万生灵得以存活。西宁的失败，肃州被抢掠，就不是生灵吗？陛下的意思是战，而申时行不想打仗；陛下的意思是断绝往来，申时行想与他们讲和。九边将帅，每岁送的金钱，已不计其数。敌人已毁坏了城堡，残杀官吏、百姓，还说计策已实现。三边总督梅友松专门谀媚敌人，前次上奏说顺义已谢恩西去，为什么又包围我临洮、巩昌呢？后又上疏极力夸耀战绩，为何景古城全军覆没呢？甘肃巡抚李廷议引贼入关，没有听说有奏疏报上，辅臣反代他求情请求宽恕罪过。统计马牛布帛不到三十金，而被杀被掠何止万计。还想让他们互市，臣不知国法究竟怎样了？这三个人都是申时行的死党，所以敢于祸国殃民。”因此列上申时行接受贿赂的几件事。皇上认为他混淆国事，诬陷大臣，将他贬为剑州判官。
起初，万国钦奏疏呈上，座师许国责备他说：“这个举动，是为名节，还是为国家？”万国钦说：“哪里敢为名节，只是为了国家。即使言语不当，生死利害听天由命。”许国无法难为他。
万历二十年(1592)，吏部尚书陆光祖拟将万国钦改为建宁推官，饶伸为刑部主事。皇上以二人都是特地贬职的，不应当提升，严厉责备陆光祖，将文选郎王教，员外郎叶隆光，主事唐世尧、陈遴玮等全部免了职。大学士赵志皋上疏申救，也遭到责备。万国钦后任南京刑部郎中，死于任上。