马永，字天锡，迁安人。人生得魁岸，骁勇有谋略。熟习兵法，爱好《左氏春秋》。继承世职为金吾左卫指挥使。正德年代时，马永随从陆完攻击敌贼有功，晋升为都指挥同知。江彬在西内练兵，马永当隶属于江彬，马永称自己有病来避开这件事。守备遵化，敌寇攻入马兰峪，参将陈乾遭弹劾，提升马永代替他。马永在柏崖、白羊峪作战，都有功。
十三年(1518)晋为都督佥事，充任总兵官，镇守蓟州。全部淘汰诸营中的老弱之兵，让他们从事农业和商业，赚取钱财给养强壮之兵，由此马永所镇守的地方在诸镇之中是一支独一无二的雄兵。武宗到喜峰口，想出塞去，马永叩马劝谏。皇帝注视他良久，笑而停止出塞。边塞中路擦崖正当敌人进入的要道，没有城堡，耕牧的人总是被抢掠。马永命令人们带一月粮食，扎营高崖上，筑城其内。城池官署按期建立，于是马永遣调军兵守卫这个地方。朝廷录马永的功劳，让他署理都督同知。
嘉靖元年(1522)，金山的矿盗作乱。遣派指挥康雄讨平他们，闭塞此矿。乃木颜把儿孙集结诸部邀赏没有得逞，于是抢劫边地。马永迎击于洪山口，并伏兵断掉他们的后路，斩获敌人较多，晋官右都督。此后，又击毙敌寇骁将，乃木颜把儿孙不敢再侵扰边关。大同发生兵变，杀害巡抚张文锦，任命桂勇为总兵前去大同镇压，而朝廷却对他们进行安抚。马永说“：逆贼冒犯军纪，朝廷如果赦宥他们的胁从罪，皇恩太优厚了，他们反而还会抗命。现在如果不剿灭他们，春天天气暖和后北寇到南边放牧，叛卒与他们勾连，那么祸害更大。应当亟调邻镇之兵，克期攻城，对他们晓谕利害，破格悬赏，好让敌贼为了争功而自相残杀，元凶就不难灭绝。”于是任命马永督率诸军和侍郎胡瓒前往。待变乱平定后，于是回任本镇。
马永上书为陆完请求朝廷的恤典，并且乞求皇上原宥因议礼而犯罪的诸臣。皇帝大怒，夺去马永官职，寄禄南京后府。巡按御史丘养浩说“：马永以仁恤军，以廉律己，巩固边防，退却强敌，军民安堵，认为他有长城之固。边民听说马永离去，遮道乞留，并且携带子女想逃亡流移。陆完久死炎瘴，不是有权势可以依靠的。马永只是感国士知心，想效区区之报。不负知己，宁负国家？希望曲赐优容，让他回到镇上去。”顺天巡抚刘泽与给事中、御史纷纷上奏章营救他，都被贬谪。马永竟被废不用。马永杜门读书，清约像寒士。很久之后，因人推荐用为南京前府佥书。大同军再次发生叛乱，廷臣交相举荐。马永被召至，已而叛军就抚，马永再回南京。
十四年(1535)，辽东发生兵变。罢去总兵官刘淮，用马永代替他。大清堡守将徐颢诱杀泰宁卫九人。部长把当孩大怒，侵犯边关，马永将他击毙。他的族属把孙借乃木颜的兵来报仇，又被马永击退。此后，他们又入犯我边境。中官王永被敌寇打败，马永也被坐罪。
辽东自从发生兵变之后，首恶虽然被诛，但漏网的人也很多。悍兵无所忌惮，结党呼叫，动怀不逞。广宁的士兵佟伏、张鉴等人利用旱灾饥荒，倡导士兵们作乱，诸营军士惮怕马永而没有响应作乱的人。佟伏等人登上谯楼，鸣鼓大噪，马永率领家众仰攻。千户张斌被杀，马永更加尽力作战，将作乱的人全部歼灭。事情奏闻朝廷，马永晋官左都督。
马永畜养壮士一百多人，都是西北健儿，他们骁勇敢战。辽东兵变刚刚平定，皇帝问李时当今将才为谁。李时推荐马永，并且说：“他的家众也足用。”皇帝说“：将必须兼有文武，怎能专门倚恃武勇呢？”李时说：“辽土新定，必须让有威力的人镇守。”至此，终得其力。都御史王廷相说“：马永善于用兵，并且廉洁，应当仍然将他用在蓟州镇，做京师藩屏。”没有等到调动，马永就死去了。辽人为他罢市哀悼。死后灵柩经过蓟州，蓟州人也为他哭泣流泪。两镇都为他立祠纪念。
马永在做边将期间，厚抚间谍，屡次获得敌人的内部情形，所以作战总是取胜。他素来知人，他所提拔的士卒小校，后来大多官至大帅。尚书郑晓称马永和梁震有古代良将的风范。