自刘、石十六国并入北魏，与南朝对立，为南北朝分立时代；而其时说经者亦有“南学”“北学”之分。此经学之又一变也。《北史儒林传》序曰：“江左，《周易》则王辅嗣，《尚书》则孔安国，《左传》则杜元凯；河、洛，《左传》则服子慎，《尚书》、《周易》则郑康成；《诗》则并主于毛公，《礼》则同遵于郑氏。”案南北学派，《北史》数言尽之。夫学出于一，则人知依归；道纷于歧，则反致眩惑。郑君生当汉末，未杂玄虚之习、伪撰之书，笺注流传，完全无缺；欲治“汉学”，舍郑莫由。北学，《易》、《书》、《诗》、《礼》皆宗郑氏，《左传》则服子慎。郑君注《左传》未成，以与子慎，见于《世说新语》。是郑、服之学本是一家；宗服即宗郑，学出于一也。南学则尚王辅嗣之玄虚，孔安国之伪撰，杜元凯之臆解，此数家与郑学枘凿，亦与汉儒背驰。乃使泾、渭混流，薰、莸同器，以致后世不得见郑学之完全，并不得存汉学之什一，岂非谈空空、覈玄玄者阶之厉乎！南方玄学不行于北魏，李业兴对梁武帝云：“少为书生，止习五典，……素不玄学，何敢仰酬！”此北重经学不杂玄学之明证。南学之可称者，惟晋、宋间诸儒善说礼服。宋初雷次宗最著，与郑君齐名，有雷、郑之称。当崇尚老、庄之时，而说礼谨严，引证详实，有汉石渠、虎观遗风，此则后世所不逮也。其说略见于杜佑《通典》。
《北史》又云；“汉世郑氏并为众经注解，服虔、何休各有所说。郑，《易》、《诗》、《书》、《礼》、《论语》、《孝经》；虔，《左氏春秋》；休，《公羊传》；大行于河北。”案汉儒经注，当时存者，止此三家；河北大行，可谓知所宗尚。而据《北史》，河、洛主服氏《左传》外，不闻更有何氏《公羊》；且云：“《公羊》、《榖梁》，多不措意。”《儒林传》载习《公羊春秋》者，止有梁祚一人；而刘兰且排毁《公羊》。则此所云《公羊》大行，似非实录。《公羊传何氏解诂疏》二十八卷，《唐志》不载；《崇文总目》始著录称，不著撰人名氏，或云徐彦；而徐彦亦不知何代人。近人王鸣盛谓即《北史》之徐遵明；以其文气似六朝人，不似唐人所为。洪颐煊引疏司空掾云“‘若今之三府掾。’三府掾，六朝时有之，至唐以后则无此称矣；此疏为梁、齐间旧帙无疑。”姚范云：“隋、唐间不闻有三府掾，亦无三府之称，意者在北齐、萧梁之间乎？”据此二说，则以为徐遵明，不为无见。惟据《北史》，遵明传郑《易》、《尚书》、《三礼》，服氏《春秋》，不闻传何氏《公羊》，其弟子亦无传《公羊》学者；则谓彦即遵明，尚在疑似之间。《公羊疏》设问答；梁有《公羊传问》九卷，荀爽问，魏安平太守徐钦答；又晋车骑将军庾翼问，王愆期答；其书在隋并亡，或即徐《疏》所引。王愆期注《公羊》，以为《春秋》制文王指孔子，见《书泰誓疏》引；两汉人无此说，亦未可据。
《北史》又云：“南人约简，得其英华；北学深芜，穷其枝叶。”盖唐初人重南轻北，故定从南学；而其实不然。说经贵约简，不贵深芜，自是定论；但所谓约简者，必如汉人之持大体，玩经文，口授微言，笃守师说，乃为至约而至精也。若唐人谓南人约简得其英华，不过名言霏屑，骋挥麈之清谈；属词尚腴，侈雕虫之馀技。如皇侃之《论语义疏》，名物制度，略而弗讲，多以老、庄之旨，发为骈俪之文，与汉人说经相去悬绝。此南朝经疏之仅存于今者，即此可见一时风尚。江藩以其得自日本，疑为足利赝鼎；不知此等文学，非六朝以后人所能为也。《礼记疏》本皇、熊二家；熊安生北学，皇侃南学。孔颖达以为熊违经多引外义，释经唯聚难义，此正所谓北学深芜者。又以皇虽章句详正，微稍繁广；以熊比皇，皇氏胜矣；此则皇氏比熊为胜，正所谓南人约简者。而《郊特牲》疏云：“皇氏于此经之首，广解天地百神用乐委曲，及诸杂礼制，繁而不要，非此经所须；又随事曲解，无所凭据；今皆略而不载。”此又孔颖达之所谓繁广者。说礼本宜详实，不嫌稍繁；皇氏之解《礼记》，视《论语义疏》为远胜矣。《南史皇侃传》，“所撰《论语义》、《礼记义》见重于世，学者传焉。”今《论语义》佚而复存，《礼记义》略见孔疏。
《南史儒林传》《序》“宋、齐国学，时或开置，而劝课未博，建之不能十年，盖取文具而已。是时乡里莫或开馆，公卿罕通经术。朝廷大儒，独学而弗肯养众；后生孤陋，拥经而无所讲习。……至梁武创业，深愍其弊。天监四年，乃诏开五馆，建立国学，总以五经教授，置五经博士各一人。于是以平原明山宾、吴郡陆琏、吴兴沈峻、建平严植之，会稽贺玚补博士，各主一馆。馆有数百生，给其饩廪。其射策通明经者，即除为吏。于是怀经负笈者雲会矣。又选学生遣就会稽雲门山，受业于庐江河胤。分遣博士祭酒到州郡立学。七年，又诏皇太子宗室王侯始就学受业。武帝亲屈舆驾，释奠于先师先圣，申之以宴语，劳之以束帛。济济焉！洋洋焉！大道之行也如是。及陈武创业，时经丧乱，……敦奖未遑，……稍置学官，成业盖寡。”案南朝以文学自矜，而不重经术；宋、齐及陈，皆无足观。惟梁武起自诸生，知崇经术；崔、严、何、伏之徒，前后并见升宠，四方学者靡然向风；斯盖崇儒之效。而晚惑释氏，寻遘乱亡，故南学仍未大昌。姚方兴得《舜典》篇首二十八字于大行头，梁武时为博士议駮，有汉宣、章二帝称制临决之风，而至今流传。伪中之伪，是又梁武所不料也。
《北史 儒林传序》“魏道武初定中原，……始建都邑，便以经术为先。立太学，置五经博士，生员千有余人。天兴二年春，增国子太学生员至三千人。……明元时，改国子为中书学，立教授博士。太武始光三年春，起太学于城东。后徵卢玄、高允等，而令州郡各举才学，于是人多砥尚儒术。……天安初，诏立乡学。……太和中，改中书学为国子学，建明堂辟雍，尊三老五更，又开皇子之学。及迁都洛邑，诏立国子太学、四门小学。……刘芳、李彪诸人以经术进。……宣武时，复诏营国学，树小学于四门，大选儒生，以为小学博士员四十人。虽黉宇未立，而经术弥显。时天下承平，学业大盛；故燕、齐、赵、魏之间，横经著录，不可胜数；大者千余人，小者犹数百。……周文受命，雅重经典；……明皇纂历，敦尚学艺。内有崇文之观，外重成均之职。……徵沈重于南荆，……待熊安生以殊礼。是以天下慕向，文教远覃。”案北朝诸君，惟魏孝文、周武帝能一变旧风，尊崇儒术。考其实效，亦未必优于萧梁。而北学反胜于南者，由于北人俗尚朴纯，未染清言之风、浮华之习，故能专宗郑、服，不为伪孔、王、杜所惑。此北学所以纯正胜南也。焦循曰：“正始以后，人尚清谈。迄晋南渡，经学盛于北方。大江以南，自宋及齐，遂不能为儒林立传。梁天监中，渐尚儒风，于是梁书有《儒林传》。《陈书》嗣之，仍梁所遗也。魏儒学最隆，历北齐、周、隋，以至唐武德、贞观，流风不绝，故《魏书儒林传》为盛。”
“北方戎马，不能屏视月之儒；南国浮屠，不能改经天之义。”此孔广森以为经学万古不废，历南北朝之大乱，异端虽炽，圣教不绝也。而南北诸儒抱残守缺，其功亦未可没焉。夫汉学重在明经，唐学重在疏注；当汉学已往，唐学未来，绝续之交，诸儒倡为义疏之学，有功于后世甚大。南如崔灵恩《三礼义宗》、《左氏经传义》，沈文阿《春秋》、《礼记》、《孝经》、《论语义疏》，皇侃《论语》、《礼记义》，戚衮《礼记义》，张讥《周易》、《尚书》、《毛诗》、《孝经》、《论语义》，顾越《丧服》、《毛诗》、《孝经》、《论语义》，王元规《春秋》、《孝经义记》；北如刘献之《三礼大义》，徐遵明《春秋义章》，李铉撰定《孝经》、《论语》、《毛诗》、《三礼义疏》，沈重《周礼》、《仪礼》、《礼记》、《毛诗》、《丧服经义》，熊安生《周礼》、《礼记义疏》、《孝经义》；皆见《南北史 儒林传》。今自皇、熊二家见采于《礼记疏》外，其余书皆亡佚。然渊源有自，唐人五经之疏未必无本于诸家者。论先河后海之义，亦岂可忘筚路蓝缕之功乎。
《北史》又云：“自魏末大儒徐遵明门下讲郑玄所注《周易》，遵明以传卢景裕，……景裕传权会、郭茂，……能言《易》者多出郭茂之门。河南及青、齐之间儒生多讲王辅嗣所注，师训盖寡。齐时儒士罕传《尚书》之业，徐遵明兼通之。遵明受业于屯留王聪，传授浮阳李周仁及勃海张文敬、李铉、河间权会，并郑康成所注，非古文也。下里诸生，略不见孔氏注解。武平末，刘光伯、刘士元始得费甝《义疏》，乃留意焉。其《诗》、《礼》、《春秋》，尤为当时所尚，诸生多兼通之。《三礼》并出遵明之门。徐传业于……熊安生，……其后生能通《礼》经者，多是安生门人。诸生尽通《小戴礼》，于《周》、《仪礼》兼通者，十二三焉。通《毛诗》者，多出于魏朝刘献之，……其后能言《诗》者多出二刘之门。河北诸儒能通《春秋》者，并服子慎所注，亦出徐生之门。……姚文安、秦道静初亦学服氏，后兼更讲杜元凯所注。其河外儒生，俱伏膺杜氏。”案史言北学极明晰；而北学之折入于南者，亦间见焉。青、齐之间，多讲王辅嗣《易》、杜元凯《左传》；盖青、齐居南北之中，故魏、晋经师之书，先自南传于北。北学以徐遵明为最优，择术最正；郑注《周易》、《尚书》、《三礼》，服注《春秋》，皆遵明所传；惟《毛诗》出刘献之耳。其后则刘焯、刘炫为优，而崇信伪书，择术不若遵明之正。得费甝《义疏》，传伪孔古文，实始于二刘。二刘皆北人，乃传南人费甝之学，此北学折入于南之一证。盖至隋，而经学分立时代变为统一时代矣。