九年正月庚辰，户部题称：“顷奉旨议裁革淮、凤营田佥事，一应钱粮文卷归并徐、淮、颍三道，各照所辖州、县，划地督率招垦，年终抚按核实具奏。其原给牛具，行道、府官每年春冬各查烙一次。限三年变价，陆续还官。实在粮银，收贮府库，遇有饥民、流民，酌量赈贷。闻开田之后，额粮飞洒者甚多，宜委官清丈，田分荒熟，粮分新旧，务使实额不失。”得旨：“给过牛只，每年免行查烙。余俱依拟行。”辛巳，诏裁革南京各衙门官吏：礼、兵、刑、工侍郎各一员，大理寺寺丞一员，太常寺少卿一员；户部湖广司员外郎一员，山西、云南司主事各一员；工部虞衡司主事一员，大理寺左、右评事各—员，太常寺山川坛署奉祀一员，鸿胪寺鸣赞一员，应天府管马通判一员，五城兵马副指挥各一员，留守五卫千户所吏目各一员。
二月丙午，汰苏州等府兵备所辖官兵七百七十九员名，岁省饷六千六百两有奇。
三月甲申，裁革应天福建仓大使等冗官四十六员。
四月乙巳，户部郎中梁承学奏称：“查勘过凤、淮、徐三府所属共垦田一万一千八百六十余顷，招复三千九百一十六户，男妇一万六千五百一十九名。买牛、建仓等项用银四万七千九百四十两有奇。但原报开田十分，今计止二分；招复人户十分，今查止四分。府、州、县治农等官，均应参究。”部复分别上请。上以各官捏报招垦虚数，罔上要功，降周守愚二级，余依拟行。先是，盗劫丹阳县乡官贺邦泰家，科臣王致祥疏其事。兵部言：”地方官不行奏报缉捕，乃蒙蔽延迟。如科臣所言，该道、府、县罪固不可逃，而抚按并应量加罚治。”上谓：“镇江失盗，是去年秋间事，其伙盗已于别处捕获。抚按官如何说是十月间事，上下蒙蔽，法度不行，职守何在？罚孙光祐、田乐俸三月，李熙半年，鍾庚阳等俱住俸缉捕。”仍命有怠玩偾事者，两京科道劾奏。甲寅，应天抚按孙光祐等题称：“应天、苏、松等十一府、州、县条编均徭、里甲、驿传，每岁原编银八十七万八千六百三十余两，今递减公费等银七万八千五百余两，又改入平米银一万一千七百四十余两，实编银七十七万八千三百八十余两。乞刊册颁布，以便遵守。”部复如拟。乙卯，户部复：南京给事中傅作舟奏南直灾伤。疏上。命南京户部发银七万两，江北四万两，江南三万两，即差官二员，分投赍付。各抚按官，查各在仓米谷及未解南粮，设法赈济务使贫民得沾实惠。余俱依拟。甲子，升太常寺少卿吕藿为南京右佥都御史，提督操江兼巡江事。
五月戊辰，兵部题复：“科臣、抚按等官七疏皆谓镇江丹阳、丹徒二县，自去年十月以来，失事六次，未获一人，各官俱务欺蔽，致黠恣纵横。知府鍾庚阳、知县管应凤、海防同知张廷榜、杨栋等当照例降调。兵备李颐、巡按田乐等，并乞再加罚治。”上曰：“地方屡次失事，各官通不申报，反威胁失主，不许告认。又不亟行缉捕，以致盗贼公行，良民被灾，本当都拿问，姑从轻。鍾庚阳、张廷榜着各降三级调用，管应凤、杨栋边方杂职；徐桓到任未久，与李颐、吴继臣等俱住俸，戴罪缉捕；田乐再罚俸半年。”丙子，户部题复：“凤阳抚按凌云翼等奏称，淮安府属安东县治，滨临河海。嘉靖间，河决草湾口，水势直趋该县，田土淹没。后虽筑塞，冷沙淤积，不长五谷。前巡抚吴桂芳有废县之议。今两河工完，草湾口渐复淤塞，而士民安土重迁，俱不愿废。况该县盐盗充斥，废县必须设兵，反滋多事。县治仍旧存留，惟一应差粮，须破格优处。乞严敕该县掌印、治农等官，用心抚绥，设法招复。勿滥准词状，以生骚扰，勿过索供费，以肆诛求。如三年之内，民安地垦，县官疏荐擢用；不职者，即行参处。”允行。
六月乙未，南京兵部尚书潘季驯言：“南京各衙门节次裁革官员直堂银，应减二千二十五两，宜行各省、直审极冲疲州县，免编其柴薪，银两照旧征解。”部复从之。丁未，户部复：“漕运尚书凌云翼所议五事：一议、减免滥造，以补缺船；一议、更番兑运，以苏困苦；一议、就近给饷，以恤运军；一议、扩充盐场，以革包揽；一议、申严责成，以保漕船。”上允行之。已未，升四川左布政使刘庠为应天府府尹。
七月壬戌，总督漕运凌云翼奏称：“仪真闸税，宜酌水势，不必拘泥取盈。其瓜、仪各闸坝，应归并南河郎中管事，不必添设主事。”部复如议。因言：“河道岁修钱粮，宜敕督臣照各边年饷事例，岁费若干，存留若干，悉解工部贮库，遇河工缺乏，通融请给。”从之。戊子，诏淮安、扬州等府属州、县，自八年以前积欠马价等银，都准豁免，以苏民困。从南太仆寺卿李辅等议各府连岁灾疲故也。
十月壬寅，裁操江军饷供费银三百三十余两，及应革军舍余丁岁减粮饷—千五百五十余石。戊申，稽查应天等府书院，先后共六十四处，或改公署，或给原主，或行毁废。其紫阳、崇正、金山、石门、天泉五书院，存留如故。庚戌，户部题称：“赃罚银两，追收罪犯为甚难，滥充私费为甚易；数官存积为甚难，一官支销为甚易。南直操江都御史，自元年起至八年，总计咨报二万一千五百余两。今都御史吕藿咨称各府、州、县在库仅银一千六百两。虽节年修船、操赏等费皆在取给，未见支销细数，不无私馈情弊，合行通查。”上命南科差给事中一员，同操江都御史查明具奏，不许隐护。工部复：“应天抚按疏言，苏郡四门官塘、嘉定海塘、武进、无锡二县芙蓉湖堤及各州、县渠岸桥闸修浚工完，用银一万六百九十余两。御史林应训区划四年，劳久功多，宜行纪录；及知府穆炜、朱文科，应分别开俸优奖。”从之。丁巳，以淮、徐所属荒田重多，诏各掌印、治农官，自十年为始，照依每年分数，设法开垦。年终抚按官分别参奏，其卫所屯田不许混入有司开垦数内，以滋烦扰。
十一月辛酉朔，以南京都察院右都御史刘斯洁为南京礼部尚书。壬午，起用致仕户部尚书殷正茂为南京刑部尚书。甲申，革南京五城有役弓兵先后八十四名，白役弓兵三百四十一名。除白役原无工食外，其有役弓兵工食尽行裁革，俱于苏、松等府疲惫县份酌量免编及嘉靖元年至隆庆六年，果系小民拖欠者，悉蠲之；万历元年至九年，每年带征三分解部。从南京兵部尚书潘季驯议也。
十二月乙未，以清丈田亩怠缓，松江知府阎邦宁住俸，戴罪管事。
十年正月辛未，通、泰、淮安三分司所属丰利等三十场风雨暴作，海水泛涨。一时淹死男妇二千六百七十余丁口，淹消盐课二十四万八千八百余引。巡盐御史任养心以闻，请将两淮库贮经纪、换帖、纳稻等银一万二百一十二两有奇，准令照数动支，分别赈济。其淹消银课，行令各该总灶，陆续完补，听候商人关支。部亦以为言。诏曰：可。壬午，户部复：“凤阳巡抚凌云翼题，淮安府属安东县，原额六十一里；徐州属萧县四十六里，沛县三十八里。迩因黄河变迁，地失人逃。议并安东县为四十里，萧县三十七里，沛县三十里。仍严督各县官查现存人户，照军、民、匠、灶原籍，归附里甲当差，添注赋役册，永为遵守。”报可。
二月丙申，诏：“朕闻各处带征未完钱粮，苦累小民。户部其查节年所欠几何？即今应否蠲免？止将现年正供之数勒限完纳。会同兵，工二部议处以闻。”户部因言：“查得江南苏、松等府，拖欠本折银七十一万一千三百五十余两；淮、扬等府二十三万九千六百三十余两，一体蠲免。”从之。丁巳，命南京吏科给事中吴琯巡视南京营务。
三月己未，升南京光禄寺卿郑钦为应天府府尹。是月丁卯以病免。辛巳，先是，河漕总督凌云翼言：“清江浦河堤夹邻黄河。迩来，水势南趋，淤沙日被冲刷，恐黄河决啮，运道可虑。欲于城南窑湾，自马家嘴历龙汪，至杨家涧出武家墩，另开新河，以通运道。在司道张誉等初议，则从武家墩合通济闸出口。于是，兵科给事中尹瑾议：“清浦之河，其来已久。河堤之外，一望平田，并无冈阜遮隔。虽杨家涧新开河渠，相距亦不过十余里。必清浦之堤无虞，而后淮安无虞；一河两岸无虞，而后杨家涧之新河无虞。设清浦已决，其害不止清浦而已。且运船经由淮城，则夹带违禁，易以稽查。若径由窑湾入马家嘴，则中有一河之隔，又有大湖之遥，脱有顽军梗悍，作奸犯科，失误粮运，咎将谁归？至武家墩出口，尤为可虞。盖本墩地势高亢，天将设之以屏障淮河者。墩内地高，难为挑挖；墩外湖阔，难以湾泊。冬春之交，运粮紧急，则苦浅涸；伏秋之后，淮水泛滥，又苦奔冲。且武家墩与高家堰共为一堤，相去甚近，开武家墩，是即开高家堰，则又害全河矣！无已则通济闸合流之议为可从耳。”已而，云翼请遣官往勘。给事中李廷仪，吴琯言：“今日治河之事，宜开新河以避流；守旧堤以固清浦。武家墩不可开，新坝不可筑，事势昭然。遣官复勘，徒滋道旁议耳。”部复：“给事中言皆是，上令云翼计永利以闻。”丙戌，兵部复：“应天巡抚孙光祐、蔡梦说题：苏、松、常、镇所属各将领部下汰各色把总等官三十九员、家丁百长等役七十八名，减银一千五百四两有奇；苏、松等卫、吴淞等所减公费银一千六百八十九两有奇。”从之。
四月丙申，升浙江左布政使游季勋为应天府府尹。戊戌，下巡漕御史提问苏州等卫管屯掌印指挥李天祐等，坐怠惰欺罔，催征不完，为巡抚所劾也。乙卯，升南京尚宝司卿李已为应天府府尹。
七月辛酉，应天巡抚孙光祐题：“清丈过江南十一府州，县田地、山塘四十五万一千五百八十顷五十余亩，补足失额者一万二千一十余顷，多余均摊者九千五百四十余顷。在各卫田地九千八百九十九顷九十余亩，补足失额者三百二十余顷，多余均摊者一千八百六十余顷。举节年加损、那移、紊乱旧科者，一归原额，使征派均平，小民无累。及将府丞等官曹大野等纪录，知府阎邦宁等分别罚治。”户部复如其议。上令纪录光祐等。丙寅，升吏部左侍郎杨巍为南京户部尚书。漕运总督凌云翼题：“清查过淮、扬、徐等五府、州未完万历七年以前各驿协济水夫站银，及南京兵部柴薪直堂银，中都留守司十七卫所未完春秋两班工价名粮等银，共五万六千九百五十七两，一体蠲免。”部复允之。丙子，大理寺少卿郭思极为右佥都御史，巡抚应天。
八月庚寅，凤阳抚按凌云翼、姚士观题：“江北境内淮、扬、徐二府一州，清丈出隐田一万二千二百四十余顷，除抵补外，尚有沙压、水滩并水深难量地四万九千四百八十余顷。凤阳、淮安等卫所，清丈出屯地七百一十三顷二十余亩，除抵补外，尚有水滩、沙压地二百六十八顷八十余亩。扬州等卫清丈出地五百七十六顷七十三亩，除抵补外，剩五百五十九顷九十余亩。遵例通融摊派。年来叠遭灾伤，有派无征，所欠民、屯粮，除系漕粮者全征外，其凤阳等府仓粮十万五千一百三十余石，将本地商税权抵，暂拟停征。各卫所抛荒滩压地欠粮二万七千四百一十余石，拨给卫所现在食粮军士，抵粮一月，听从佃种，渐次开垦，以宽民力。及将参政舒大猷等叙录，通判郭绍等分别罚治。”部复，上俱从之。
九月戊寅，先是歙人杨文学流落。素以烧丹诳人。至松江府，遇私自净身男郑喜，相结为欢。文学假称宁府散诞王子；喜从之，称石城王府内使。僭用官服，私造批牌，逼死平民。事发，浙江抚按问拟文学诈称官律。奏闻。上以其罪情深重，令法司改拟。于是刑部引诈传诏旨律及私自净身律以请。文学枭示，喜坐斩。
十月丙申，以水灾蠲赈苏、松等府有差。总计冲毁庐舍十万区，漂流田禾十万顷，淹死人口至二万。财赋奥区，遭此昏垫，故有此赈。
十一月戊午，维扬古称沃壤，而地形洼下，大海环其东，诸湖绕其西。所赖堤厚，支河通斯，田地可耕，民、灶俱利。自范堤坍坏，高宝堤亦冲决不守，其中大小支河，所在淤塞。于是以高、宝、兴、泰四州、县为壑，而泄水无路，民、灶罹于昏垫矣。河道尚书凌云翼言：“臣等躬亲勘视，度地形，探水势，其治之道者有二，惟疏上流使入江，泄下流使入海。沿漕堤一带之水为上流，沿范堤一带之水为下流。如西引邵伯湖之水，转南之新安湖，复东入运河，至芒稻河入江。有余则听其直泻，不足则引以济漕，则上流疏矣，如牛湾河、姜家堰、庙湾为三大海口，引各支河东会于串场河，北会于射阳湖，俱入海，则下流泄矣。而兴化之堂子镇、戴家窑、海沟口、白驹、三十团灶，则牛湾河之支河也；黄土沟、皂角树至冈门、登瀛桥河，则姜堰之支河也；安丰镇至清沟、灌舖，则庙湾之支河也。其河垛场至白驹场一带。阻浅尤甚。又河东一带，旧系粮盐大河，洪水冲决，河身与岸相平，故水不行轨道。而淤溪、秦潼、艾陵、葑子诸河之水，北淹民田亿千万顷，处处俱当挑浚，俱费经营。惟是工有后先，势有缓急，今将范堤数十里先行修筑，使外潮不得入串场；支河六七道尽行疏浚，使内水有所出。果蓄泄利便，积水可消，则海口不开亦可。如支河既通之后，水患如故，即并开海口，置闸以备蓄泄。其修筑范堤，该银四万二千四百余两，浚支河六道，该银二万一千四百四十余两，俱于盐价、门租、浚河存剩银等银支用。”部复：“河臣策是。定限今年十二月初兴工，明年十月报完，务须费省工坚。”诏从所请。
壬戌，改南京兵部尚书杨成为南京礼部尚书。乙丑，升兵部协理戎政左侍郎王遴为南京工部尚书。
十一年正月己未，升南京右都御史刘尧诲为南京户部尚书。庚午，浚韩家口引渠出徐州。以河防报竣，升砀山知县刘守谦俸一级。甲戌，工科给事中傅来鹏劾操江佥都御史吕藿。言藿前掌选，纳贿鬻官，又常倾害推官赵世卿、前巡抚张岳、胡嘉谟，宜加显斥。得旨，吕藿革任闲住。丁丑，改南京工部尚书王遘为南京兵部尚书，参赞机务。
二月戊子，以南京右军都督府掌印、崇信伯费甲金为南京提督操江兼管巡江。辛丑，起原任户部右侍郎傅希挚为户部右侍郎兼右佥都御史，总督漕运，巡抚凤阳等处。辛亥，诏苏、松二府关税银每年量留五千两，凑织解袍用。
闰二月甲寅，起原任户部尚书毕锵为南京工部尚书。
三月庚寅，南京兵部尚书潘季驯言：“南京寺观庵院，实避仇亡命之窟，盗所由生。宜令住持每月朔望，赴本部投递结状，以凭查考。如访捕有获，具结者连坐。”礼部复如议。甲午，升江西左布政使吴善为应天府府尹。丁酉，两淮巡盐御史任养心条陈四事：“一曰、革私税。淮商除扬州、清江钞关有船税，仪真、南京、淮安有割没，江西、湖广有引税，俱系国课正供。余各府、州、县科索搜求，有船税、过关钱等项，动称公费不报，循环不止。凡两淮行盐地方，悉宜禁止；二曰、革牙行。淮南、淮北二所，被积棍给帖充行，科敛商人，派取供应，每岁吞噬，不啻万两。应于各衙门首竖立木榜，通行严禁。操、抚衙门，不得听嘱批允，以紊职掌；三曰、禁荆属私贩。荆州府所属，原系两淮行盐地方，被豪猾买食川盐，沮坏国课。乞要禁止川贩，照旧于牛口等关添设兵快哨船巡缉；四曰、浚运盐河道。自吕四场至泰州以东运河一道，尚未挑浚，舟楫难行，商灶不便。乞动支河工银二万，募夫挑浚。”部复俱如议。己亥，工部复：“漕运尚书凌云翼题称，徐州戚家港溜急，运艘难行，议开新渠，建闸境山废闸曰梁境闸，新河中闸曰内华闸，新河口闸曰古洪闸。乞移咨吏部，于梁境闸专设闸官一员，内华、古洪二闸，共设闸官一员，并铸给条记。”从之。丁未，以高家堰河工成，参政舒大猷等纪功。
四月癸丑，南京河南道御史方万山条陈四事：一、清丈田地，增税殃民。南京后湖图册，按形编号，因地起赋。今并其字号、亩步，尽更易之，图籍几废；一、临清钞关旧额二三万，今加至八万。货入运河，临清抽六分，至河西务者抽补四分，至京者崇文门亦然。今崇文门仍取十分，虽有临清之票，勿问。宜如旧例；一、淮安牙行、脚夫等税，与穷民较纤毫之科，琐屑已甚，宜速蠲裁；一、省直私设税课，无处无之，宜严行查革。”下其章于户部。部复谓：“后湖册式照成、弘间旧稿，各府县未行清丈之先，字号亦未必相同。宜照各处实征为准，其有短缩弓步，虚增地亩者，查摘改正为便。淮安税行漕运衙门酌处。余如议。”
五月辛丑，南京兵部尚书王遴条议营务：“一、分布行伍。言今南京大、小教场，见操新旧官军二万三千有余。合比照北京各边之制，每三千一百二十人立为一支，以一千四十人为中哨，以一千四十人为左哨，以一千四十人为右哨，总计官军二万三千，共得兵七支。若有余剩，置之旗鼓下作为备兵，专听各营缺军取补；一、添设坐营。言南京设有都督官三员。焦泽分管大教场，合给兵三支，李超分管小教场，合给兵三支，侯继高分管神机营兼管巡捕事务，巡捕另有官军二千四百员名，提凋烦劳，不必议给。其大小教场各分兵三支，两都督自领一支，两坐营官分领一支，尚余一支各再设坐营官一员，责令分领；一、处给器械。言旧军一万九千五百余名，弓箭刀枪牌筅之类，颇足应用。惟神枪等火器，不敢私造，容臣等再行选委的当官员，动支本部收贮草场租银并缺官、柴薪、船料等银，鞭铳再造一千把，鸟铳再造兰千把，务要坚致如法，分发各营演放。新选补军人几四千余名，合用披执、宣帽、号衣、弓箭、枪刀，牌筅，每名给粮银五钱置办；一、议禁革差拨。言南都根本重地，近年以来，营伍废弛，做工抬扛，无日无之。自后南京工部搬运物料，应自雇觅。南京内府搬运钱粮，亦应着落内守备官经拨该监军匠、民匠应用。如有重大事务，必须用军搬运，亦要预题奉旨，臣等方敢遵照差拨；一、议设备兵。言北京三大营之外，各设备兵一营，专验发新军，暂收操练，以备各营队伍中有缺取补。今南京大、小教场、神机营亦是三大营。查得各营原有管鼓官，合就改名备兵把总，专司旗鼓，兼管备兵、班军操练。”兵部复：“大、小教场既各设三营，每营当设坐营一员。若都督自领一支，则此一支为都督亲兵，外二支为都督部兵，似属不便。合将两教场各分兵三支，坐营三员，每员分领一支，都督总领调度，庶节制不紊。余俱如议。”报可。
六月乙亥，总督漕运傅希挚言：“淮、扬、徐州榷税，原议留三年，以备河工。今十一年限满，若改解部，不免又费区处，乞准永留。”户部复：“河漕固所当急，边饷尤不容缓，合无再留三年，满日照例解部。”报可。
七月己丑，调太仆寺少卿杜友兰为应天府府丞。辛卯，以苏、松二府灾，免十年分应征禄米、盐、布等项钱粮四万四千五百有奇，停征九万二千六十两有奇。甲辰，改南京工部尚书毕锵为南京吏部尚书，改南京户部尚书刘尧诲为南京兵部尚书、参赞军务。苏、松巡抚郭思极、巡按邢侗题：“万历十一年各项钱粮，恩诏俱免十分之三。苏、松、常三府白粮，系罗供额数，势不可免。计数应免二万六百余石，乞将起运漕粮，照数免征，抵充应免白粮之数。”户部复如议。丁未，升刑部左侍郎刘一儒为南京工部尚书。兵部言：“南京官军原额一十二万，今见在三万四千二百有奇。南京内外守备每年奏报本内，惟开原额实在之数，未详营军消耗之由。合无行南京兵部调取后湖军籍老册，逐一查明，并一应勾补填实事宜，作速议处详妥，具奏。”上谕：“南京根本重地，营军既消耗数多，如何通不处补。着南京兵部备查明白具奏，仍将题准清勾替补事宜着实举行。”
八月辛未，巡视南京营务给事中阮子孝等条陈京营切要四事：“一、议处神机营火器。言该营军丁三千六百余名，止关领神枪五百把。宜增造鸟铳、鞭铳，随宜操演；一、议处新江营官军。言长江盗贼易发，宜选骁勇卫官领之，勿以软脆官军备数；一、议修浦口营城垣。言该城被水冲坏，宜令该部修砌；一、议补舍人哨军。言舍人哨丁多逃，故宜令各官舍余，挑选精壮，发营操练。”兵部复如议。甲戌，升南京都察院右都御史刘思问为南京户部尚书。
九月癸卯，复设淮安府管河同知一员。
十月己酉，漕河高堰工完。戊午，工部复：“总督漕运户部右侍郎傅希挚奏，清江浦至西桥一带堤岸，当黄淮扫湾之冲。近年黄流日刷，堤岸单薄，万一啮决，则运道、生民俱受其害。合将旧堤亟为修砌，限万历十二年秋黄水未发之先报完。完工日将工费核实奏缴。”从之。己未，升吏部左侍郎张士佩为南京户部尚书。甲子，设徐州永成库大使一员。己巳，兵部复：“南京兵部尚书王遴条陈计安留都十二事。内八事系干兵戎。一议、量增月粮，以恤精壮。言舍人舍余、旗军余丁，选系精壮者，月粮宜与正军相同；一议、遵例收操，以安运军。言运军因改折在卫者，宜准发操食粮；一议、量均船差，以救偏累。言马船、快船，宜停分拨差；一议、改派马匹，以蠲民累。言营操马匹，乞令太仆寺尽于解京备用马匹内改派，不必贻累大户承买；一议、设添标兵，以重事权。言南京三大营都督，俱有标兵，参赞大臣宜增置标兵，以听调遣；一议、酌处骁悍，以正人心。言自振武营之变以来，尚仍骄悍之习，自后鼓众群噪，即将为首者斩以徇；一议、量添举劾，以警旷官。言巡逻、把总，宜照三大营例，年终举劾。除增月粮、安运军二事，宜行南京户、兵二部计议。添置标兵，不必另立本部名色，止于三大营各添设标兵一百名操演调用。余俱依拟。”报可。刑部复：“南京兵部尚书王遴奏内，一议、申明职掌，以端政体。言南京内外守备衙门，止为守御而设，不宜滥受词讼，侵法司之权。各城兵马，主稽察巡警，非令干预刑名者也。缉获人犯，不宜问招拟罪。委当遵照敕书，各明职掌。”得旨：“守备、参赞衙门着遵前旨，各照职掌行事。一应琐细词讼，不必干预。兵马司亦不许受词拟罪。有违犯者，科道参奏处治。”
十一月己卯朔，升总督仓场、右都御史兼户部左侍郎魏学曾为南京户部尚书。辛丑，以灾分别苏、松二府十一年分起运工部钱粮应征、应停，应免有差。壬寅，升广东左布玫使王元敬为应天府府尹。癸卯，以灾命扬州八、九、十年分工部钱粮应免、应停有差，并准改派段运之期。
十二月癸丑，南京兵部尚书刘尧诲等题：“南京各营，国初额设官军一十二万六千五百一十名，见在祖军一万九千八百四十六名，事故一十万六千六百六十四名。节年召募军丁一万八千四百八十二名，今见在并续补共一万六千九百三十六名，事故一千五百四十六名。即今题奉钦依准照祖军事例收补，一时投充预补者四千一百三名，已经发各营操备外，其祖军节年逃故者，自宣德四年以后，在册清勾者，尚有六万一千三百三十六名。乞通行各省、直清军御史，将本部造到文册，严督司道、清军等官，厢名按查，勒限起解。每年终，有司解过军人数目，仍听清军御史照例分别举劾、奖戒。”兵部复如议。上曰：“近来勾补军士，有司官不行挨查起解。营操卫官，不行存恤。以致隐漏逃亡，卒伍虚耗。以后着该巡按御史，设法清查，有仍前慢令行私需索等弊，尽法处治。”乙丑，应天巡抚郭思极以人言疏辩乞罢，上命回籍听用。己巳，应天巡抚郭思极言：“沿江芦课新增数多，乞要除豁。”工部复：“芦洲日当巨流，有淤滩新出者，亦有冲坍汩没者，以此抵彼，势难顿增。宜豁免九年分新增课银，仍令以后五年一丈量，实在洲场，方行追征。”从之。辛未，南京兵部尚书刘尧诲以人言乞罢。准令致仕。新建丹徒大犊山、丹阳黄泥坝二闸。甲戌，升应天厨尹王元敬为右副都御史，巡抚应天。乙亥，命淮、扬等府，徐州等照旧属南直隶提学御史。
十二年正月庚辰，蠲淮、扬等处万历二年至八年拖欠牲口银两。从御史孙继有请也。乙酉，起原任应天府尹王世贞为应天府尹。辛丑，以巡抚郭思极言苏州等十府、上元等八县灾，诏免四司料价，及黄白麻、鱼课等十之三。
二月甲寅，南京工部题，修理孝陵殿庑门楼等工完。辛酉，从户部科给事中萧彦请，免扬州府并徐州万历二年起至六年止未完钱粮。乙丑，升顾章志为应天府府尹。
三月己卯，应天巡抚郭思极言：“应天、苏、松等府织造借用银两，既已作正支销，宜严行照数补还，以后解部。济边银两，不得挪借，”是之。
五月戊子，从应天巡按郭思极请，复勘太仓等十五州、县田粮。
六月己酉，漕运总督李世达言，河工告成，敷陈善后事宜。下工都。癸丑，升仓场总督、户部左侍郎王廷瞻为右都御史兼户部右侍郎，总督漕运。丙辰，漕运都御史李世达条陈漕务四款。上可其奏。
八月丁巳，吏科给事中陈大科言：“江南漕艘，历高宝抵淮。宝应泛光一湖，浩荡无际。槐角楼一带据湖之中，其形如兜，两翼向为运道梗。所司议开越河，而一主圈田，以防夹攻；一主靠堤，以省修筑。昔白侍郎昂康济一河圈田之制也。比吴尚书桂芳靠堤开越河，十余年来，未闻冲圮。臣以为靠堤便。”总督漕运李世达亦然其议。部复，报可。
九月丙子，南京右佥都御史赵焕奏：“高宝湖堤大坏，乞敕宪臣督理，”章下都察院。戊寅，漕运总督李世达题：“黄流日进，乞修砌郡城石堤，以图永赖。”章下工部。
十一月丙戌，礼部仪制司主事陈应芳奏：“顷见漕臣开越河一疏，其称论方取土，以丈计之，约用工银九万六千有奇，而木石之费十二万，其派夫必得五万人而后可。窃意夫以五万，每名日工食二分，则当一日千金矣。是所谓九万六千者，止可供五万人三月之费。借曰更番迭用，亦止足供六月之食。大约计之，则九万六千者，可足一年夫役之募乎？其不足者，抚按自有处乎？抑令民自为赔也。臣往见河工之举，抚按下之司道，司道下之州县，州县下之里甲，里甲不足，于是以家赀之上下，为出夫之等第，籍名在官而趋之役。牌票追呼之扰，遍于闾阎；呼号怨谤之声，盈于道路。其状有不可胜言者，此籍名之苦一也。及其不可脱而为之办夫，一夫远者，月有一两二钱之值；近者，月有九钱之值。有称是而计月以安家之值。以一家为率，办夫五名，则月几十金之费矣！往往倾赀以偿其费。不只鬻产，又卖子女，数月之间，闾阎一空。此雇夫之苦二也。及其以应雇之夫，而往即工所也，多方影射，百计索求，一不遂，则鞭挞之。夫往往多逃去，则以逃夫呈而移檄州、县逮之。原籍名之人，则又雇夫以补其额，而就逮之费，亦复如前，是重困也。至于官银，即使尽所议者给之，犹不足以偿十分之一，而况所给者，受值之人，非出值家也。以故不才佐贰通同省察，恣意侵克。以故官徒有募夫之名，而害归于籍名者之家，利入于管工者之手。此赴役之苦三也。请以三策筹之，与其使当事诸臣，阳为节省之虚名，而闾阎小民，阴受包赔之实害，则孰若照粮起科，明为加派。而以九年、十年拖欠存留钱粮，酌为蠲免其旧，而加派其新，人情未有不乐从者。至于东南孔道，各省协济之银，揆之事理，必不可无。昨抚臣议五万，臣犹以为少，奈何不允，而使独累淮、扬赤子也？夫钱粮足，则官操其值以募人，如各驿递等夫，则非以厉民，而且养民，此理之正，策之上也。瓜、仪巨商大贾，往往有建寺修桥者，向者倭夷之变，扬州外城，俱系盐商倡筑，不期月而集。或悬旌表之令，开事例之门，或授以冠带，或给以旌匾，必有应之者。而往来商船，除钞关外，量于湖口抽其税课以佐急，此事之权，策之次也。如其不责名实，而曰加派不可，协济不可，事例、抽税又不可，而忍听民自为赔焉，此则可谓无策矣！”工科右给事中冯露亦言：“总漕侍郎王廷瞻三议，欲将旧堤备用之石，加之新工。以石砌潭，原议者八，今减而六。反复陈旧之堤石不可移，八潭之砌不可已。”工部复：“给事、主事言，皆是。”报可。
十二月丙午，工部复：“应天巡抚王元敬议留苏州府织造银两，除十年、十一年、十二年共十一万五千七百二十四两零准留外，以后大工不得再留。”报可。
十三年正月壬辰，蠲海门县坍江粮一百九十一石。从凤阳抚臣王廷瞻之请也。
二月甲辰，议裁海门县，归并州治下。其事凤阳抚按复奏。丁未，淮安、扬州及应天上元、江宁、江浦、六合俱地震，江涛沸腾。戊申，两淮巡盐御史蔡时鼎条上盐政：一、酌议派支，以免消折；一、补足旧额，以省赔累；一、免解水乡，以宽商灶；一、禁革挨卖，以速贸易；一、禁绝起利，以厘蠹弊；一、增置总票，以核伪引；一、议抽私贩，以偿派引；一、听收折价，以便征纳。部复，得旨：“本色引盐折价，于成法将无有碍，其下御史议之。私贩仍前严禁，不必议抽，以滋奸弊。余并如议。”壬子，太仆寺卿袁三接为应天府尹。丙辰，升江西道御史曹一鹏为镇江府知府。
四月壬戌，升南京太仆寺卿萧崇业为右佥都御史，提督操江。
五月丙子，复杨舍守备，以原任崇明把总管懋光充之。杨舍外御倭寇，内防盐盗，故应天抚按为之请。丁亥，凤阳巡抚兼河道、右侍郎王廷瞻奏：“淮、扬等府并徐州，频年灾殄，河役烦兴。请自今年始，备用马价俱照万历九年事例派征。系本色改折色者，每匹征银二十四两，原系折色者，每匹征银一十八两，永为定例。”兵部言：“军国所急惟马。今本色改而为折色，三十两者改而为二十四两，二十四两者改而为十八两。暂改以三年为期者，改而为永例，于民得矣，于国事何？臣等职掌所在，谊当执奏。”上是部臣言，准暂改派一年后如故。
六月壬子，宝应越河工成。先是宝应有泛光湖，素称重险。国初，平江伯埴筑石堤于湖之东，蓄水以为运道。上有所受，而下无所宣，因决为八浅，汇为八潭，则兴、盐锗场皆没，而淮水又间从周家桥漫入，汹涌排空。万历十年，一日而毙者千人。十二年，粮艘溺者数十。总漕李世达、按臣马永登、盐臣蔡时鼎议于石堤之东开越河，以避其险。乃命工科给事中冯露往视之，河身长一千七百七十六丈，凡为石闸二，减水闸三，为堤九千二百四十丈，石堤三千三十六丈，子堤五千三百九十丈，费公帑二十余万，民不知役。总河王廷瞻以闻，赐名弘济。
闰九月戊戌朔，淮安府所属灾，诏留漕折银一十五万两赈之。漕折，例不准留，以淮安重地也。
十月甲申，南京操江、右佥都御史萧崇业以母老，应天府尹袁三接以年老并乞休，许之。
十一月戊戌，以原任都察院右副都御史孙丕扬为应天府府尹。
十二月辛巳，先是，湖广道御史王学曾言：“南京龙江关与芜湖密近，抽税烦重，当议裁并。”南京工部右侍郎张孟男言：“二关设于洪武六年，每岁计七万七千余两，皆供国需正额，与新设者不同，仍旧便。”上从部臣言。丁亥，总督漕运、户部尚书改南京刑部尚书王廷瞻，疏辞新命。优诏答之，不允所辞。壬辰，命湖广总兵、怀宁侯孙世忠提督漕运，镇守淮安。
十四年正月丁酉，夺苏、松巡按邓辣俸二月。以查看通判王应龙违限也。吏科亦有疏参，报闻。
四月乙丑，应天抚、按各题称：苏州府万历十三、十四两年，共该织段四千三百二十匹、套、副，应用料价等银共八万八百四十八两有奇，内除原留存银并本府放存盐钞等银共二万一千七十四两七钱有奇，其余无从措处。乞要留用本部工料事例银共五万三千四百一十二两三钱，并浒墅关税银六千三百六十一两，凑数支给。”部复谓：“关税系边需，难以准从，工料等银合依拟。”从之。庚午，升南京太仆卿石应嶽为应天府府尹。
七月癸卯，户部复：“总督南京粮储、南京户部右侍郎杨一魁条议，量改折以疏积陈，酌课程以宽凋疲，修仓廒以杜虚费，责监收以慎出纳，减罪赎以恤粮解。”俱从之，丙辰，户部复：“应天巡抚王元敬本，今岁寿官方兴，工部钱粮用费颇巨，而东南小民，连年灾困，加派又难。合行浒墅钞关，将万历十四年分现收船税银两动支六千三百六十一两，姑准凑给造以后年分织造工价，倘有不敷，合从工部措处，不许援此为例。”从之。戊午，户部题：“海门县治濒海，累年遗下坍江粮差，不胜赔累。今据勘议，将该县改兑米等银共一百五十九两有奇，派入通州代纳。城内民舍基地，及应办粮差，俱改属。县城外沿河民居，亦令归辖。其地粮仍属通州，且县治照旧，则外而倭寇，内而盐盗，亦或赖以弹压，相应依拟。”上是之。
八月甲戌，提督学政、巡按直隶御史房寰题：为有司玩令滋奸，法应参治；并自劾奉职无状，乞赐罢斥，以肃风纪，以重文衡。参常熟等县童生李时发等，被棍徒严范、蔡琼台等捏造关节，局骗枉法阅卷，察出长洲知县邓鹤失于缉访，所当罚治，并自乞罢斥。上命严提究革，仍行各处提学官尽法厘奸，毋得疏纵。乙酉，都察院题复：“长洲县知县邓鹤于学院考试，不能缉访发奸，合行罚治。”上命罚俸二月。
九月壬辰，户部复：“应天抚、按题，苏州府嘉定县，僻居海徼，原不产米。往年兑运，转于他方易买，苦于办纳。议将该县万历十四年分应征漕粮，照例尽行改折。且该县节年改折银两，并无逋负，要自万历十四年为始，再折三年，以后再议。题请相应依拟。”从之。
十月己巳，吏部题：推举浙江左布政使余立为总理粮储、提督军务兼巡抚应天等府地方。甲申，户部复：“南直隶巡按御史李栋题称，查勘过扬、淮等府各照被灾分数，于本年夏秋存留粮内蠲免有差。其高邮等六卫所，各照被灾轻重，例于本年屯粮内折征，抵放官军月粮，如有不敷，听抚、按通融处补。一议、兴化、山阳等处拖欠漕粮银八年、九年者，姑从宽免；一议、将被灾各州、县未完风阳等仓本折银、米、草、麦，俱尽数蠲免，合咨南京户部查议；一议、高邮、通州民壮银两，原系杂派，相应蠲免；一议、兴化县横罹水患，较之各州县不同，所议将临、德二仓原备听补灾伤粮内，量拨一半，候丰年追补。其起运京边供应正额，俱不准免。”上俱从之。
十一片己亥，兵部复：“直隶巡按李栋题称，淮、扬等处水旱迭见于一时，闾阎哀号啼泣之状不忍见闻。合将兴化等一十三州县，万历十三年以前马价，草料银两，已征在官者起解，花户拖欠者，尽行蠲免。至淮、扬、凤所属盐城等十四州县，万历十四年马价已经派征，难以再减。其万历十五年马价，每匹量减三两以苏民困。”从之。兵部复：“南京兵部尚书傅希挚等题称，留都根本重地，城外地广人稀，以马军二百名常川游巡，人马日无休息。乞于库贮草场银内动支五千二百五十两，赴江北产马地方，拣买三百五十匹，发各营骑巡。其分班禁约事宜，悉如所议施行。”上报可。戊午，户部复：“两淮巡盐御史陈遇文题称，两淮各场，霪雨为灾，要将运司库贮备赈，赃罚等银共一万七千七百四十一两有零，于内动支，将被灾灶丁及淹死男妇，各分别赈恤。其淹消廪盐，责令各灶完补，听商关支。相应依拟。”从之。
十二月甲戌，操江都御史滕伯轮奏江防三事：“一、议口粮。欲将附选锋一千名，照前选锋例每月各给银二钱；一、议赎锾。谓操江兵马钱粮自裁省之后，窘束太甚，要将南京屯田、巡仓御史每年各应解银八百两，除量免外，乞解贮镇江、安庆二府，以补裁革备饷之需；一、议改恤。欲将新江口额设官军，每月行粮四斗，折银二钱关领，无非怜恤贫军之意。”部复：“唯口粮依拟，赎锾另行议处，改恤行南京户部酌议。”从之。
十五年正月戊戌，刑科给事中李国士上言：“先年，河决桃源崔镇口与高家堰、黄铺浅诸处，徐、邳间俱成巨浸。赖旧总河臣潘季驯创建遥堤，修闸坝，筑堰口，导泛滥，东归云梯关入海，五六年来无水患。顷秋水横流，河决万家口，凡百余丈，诸臣用力茸塞，稍得缓流，可用决排之力。若春涨，波涛汹涌，新塞之口必决，值粮运未过之日，深为可忧。非严饬该衙门官员，乘时修治不可。”上曰：“河渠岁修，先年漕臣题有旧例，着该衙门严督所属用心，毋得怠弛。”
二月乙丑，户部复：“应天巡抚王元敬题称，酌加派、勘坍荒二事。议役马、役水夫、工食盐钞等银，嘉靖四年，会派苏州府八万七千三百有奇，松江府四万八千五百有奇，常州府三万一千九百有奇。至四十五年以后，苏州府增银十五万五千有奇，松江府增银八万五百有奇，常州府增银六万三千一百有奇。镇江府历年加派，虽不入会计内，其额亦非嘉靖四年之旧。巡按邓鍊题称，苏州府嘉靖十五年以前，各项杂派不过三万五千五百两，至四十年，通计原额外新增比旧加二十三万八千六百两，松江府比旧加一十一万四千六十两，常州府比旧加八万一千五百两；镇江府比旧加四万四千一百两。及称四府加减民壮、弓兵留充兵饷银一万三千一百四两。苏、松二府，急缺大红段价及借抵织造布银。乞行户、工二部查议，挪借者准作正支，无处者量留赃罚。然四府原派银一万三千一百四两，仍应每年派征，以充军饷。四府协济银，不须动支。营兵，不必议减。其赃罚银两，系供边正额，照旧解部济边。以后织造不敷，于工部项下钱粮议留。庶钱粮各有职司，不致挪借，免加派之扰。苏州一府荒粮三万四千七百余石，近议于平米上通融加派，士民未服。所报坍荒，多有以熟作荒，减重作轻之弊。合将前项坍荒田亩，即委各州、县正官，先令地户开报坐落地方、亩数及四邻立标，清出四至，掌印官同四邻逐自查勘。如果坍荒，即与除豁。新涨成熟，尽数起科。如再相抵不足，方于平米均派，务使民情允服。不得以现在成熟之田概作坍荒。”依议行之。乙亥，户部复：“漕运都御史杨一魁等题称，淮、扬地方旱涝相仍，米价腾贵。乞将淮、大二卫现运苏州府未经过淮兑运漕粮内，量留四万石，分派缺米地方平粜。每米一石，运耗轻赍折银七钱，共该二万八千两，借动赃罚等银，折价解部，以补漕额。”上可其奏。总督漕运巡抚杨一魁奏：“淮安自新河水清闸，越城历高堰，达清口，溯清江，出草湾，由赤晏庙以至安东，复由高岭、马家湖、蒯家洼、张家洼、柳浦湾、范家口、海神庙，礼字坝、遗惠庄、临淮庄以至西桥，往回四百余里。河势有曲折，地形有高下，堤防有缓急。数年以来，堤溃于冲激，地易于陵谷，昏垫之后，下民其鱼。待决一口，方修一口，不惟钱粮糜费无纪，而运道所关，皇陵所护，民生所系，匪细务也。今议清河上，黄河独行，堤制无虞；清河下，黄、淮合流，水涨堤微。计今查前项工程，虽用至七万余两，而淮、扬百万生灵可免胥溺之患。其召募人夫，择日兴工，估该实用工费银七万一千六百九两零，将淮安府库贮修砌归仁堤支剩银料八千两，工部事例银二万二千两，尽数动支。而施为之功，一曰修高家堰，以保上流；二曰砌范家口，以防旁决；一曰疏浚草湾，以杀河势；一曰修礼字坝，以保新城；一曰买办物料，以杜冒破；一曰分定委官，以便责成。”有旨：“堤堰修防事宜，依议举行。先年开浚草湾，不久淤塞，虚费钱粮，应否再加疏浚，还着漕运等官详议定当具奏。其余河道工程，俱要查照成规，用心保守，毋得疏虞。”己卯，户部上言：“陕西道御史徐元题称，苏、松、常等府钱粮颇重，历年负逋难完，将万厉十三年以前旧欠钱粮，已征在官者，截数起解；拖欠在民者，尽数蠲免。不知苏、松等俱系京、边及本地方正供，非奉恩诏及遇重大灾伤，不得议免。今查十二、十三两年，苏、松等府，原未报灾。无故将十二、十三两年带征钱粮，不分缓急，不论有灾、无灾，一概混免，是使畏法小民，岁岁竭输公之谊；而法令不加之巨猾，年年得遂迁延观望之私，将来逋负日甚矣。合将十三年以前起存带征钱粮，照旧督催，依期完报。其现征钱粮具要当年尽数完解，不得仍前拖欠，希望带征。”上曰：“各处正供钱粮，若有奸顽豪猾侵欺拖欠，希图蠲免者，抚按官还督率所属有司查核究比，毋使奸徒漏网，小民受累。”癸未，以苏、松孝子王敬臣为博士。敬臣割股庐墓，孝行有闻，故有是命。乙酉，以顺天府尹王用汲为南京右副都御史兼提督操江。戊子，免淮、扬等处灾伤地方旧逋粮四万二千四百九十四石，银一万九千五百一十二两一分。
三月壬辰，工科给事中郭显忠上言：“河工每当伏秋防守，水之暴涨也，不过旬日。其溃决多由堤顶漫流，其直射扫湾而决者绝少。今石砌范家口等堤，或难卒办，不可拘限，必先就卑薄要害处，尽行加帮。且清、桃而上，河道已成，使秋涨不决，则水流愈急。水流急则刷河愈深，刷河深则海口愈阔，高、宝等处自可无虞。至原设堤浅夫约二千名，趁此划地分工，及至伏秋，令各管河佐贰带领原设浅夫，使自防守，亦可保无事。然沿河疲民，困苦尤甚，其施为之时，只宜召募游民，不可佥派，以滋骚扰。”命下所司。庚戌，免南直隶兴化等州、县积逋各年分钱粮，并织造、运木、借支过银两，尽行蠲免。其盐城、高邮等十四州、县量征二分，三分。其淮安府十四年分起运工部钱粮，仍令抚按官严督起解，不得借口希免。丁巳，工部复请：“苏州水旱为灾，将织造未解段匹暂行停罢，俟后年丰再议。”不允。
四月丁亥，工都奏：“黄、淮二渎，逼近祖陵，关系甚重，是宝应以下盐城、兴化一带海口应浚、应通，合咨漕抚、巡按衙门、管河司道议之。淮、扬水患，西南有淮、泗，西北有黄河；高、宝、江都，有西山诸湖之水以冲动漕堤，湮没民田，已非一日。闻宝应至广洋、射阳与高邮、江都各路，皆有入海，惟支河淤塞而不通，故湖水泛滥而无归。为今之计，又当备查、疏通支河海口，不患其不深矣。”
五月癸巳，命应天抚、按存问原任礼部尚书陆树声。树声年逾八旬，齿德俱尊，故有是命。
六月甲申，命临清钞关应征船料、商税，自万历十五年七月初一日为始，逐年本折兼收。一半折色解银太仓，其一半本色查照现年事例，除七分扣二分外，将应解钱钞，责令经收库役照数买完，每年分为两次解送广惠库交纳。凡浒墅、淮安、扬州等各关，亦照此例。
七月壬寅，礼部题复：“南京礼科给事中朱维藩奏复药局，以救荒疫。”报可。乙巳。复除原任湖广副使李涞以原官整饬苏、松、常、镇兵备。丁巳，苏、松、常、镇所辖诸县，俱飓风骤雨，数月不息，洪水暴涨，漂民庐舍无算，诏各府钱粮蠲免、停折有差。戊申，凤、阳抚、按杨一魁等各题：淮、扬府属高邮等六州县、富安等十五场俱被湖堤积水，淹没田地。议建闸疏水，计估工费共用银五万四千七百七十两。议将两淮运司岁修盐河节年积贮在库银一万四千七百两、淮安府库原修归仁堤节省支存银七百七十两，及抚、按、盐三衙门会批不应起解赃罚、纸赎，及原准工部题留徐州采办花石料价等项银内，截留凑支。户、工二部如议复奏。报可。
八月庚辰，户部复：“南京户部尚书王友贤题，今岁江南米价腾踊，议将各卫武职官员本年八月折布俸粮，比照先年事例，改放本色。候丰熟之年，添折一月，以补前数。”报可。
九月辛卯，两淮巡盐御史沈权条陈盐法四事：“审消长，以便有司。分派年久，户口有生耗，河道有变迁，宜行查审，量为增减，务不失原额总数。仍行仪、淮二盐所，每年照数拨商往卖，以后年久迭为消长，不妨再为审派；一、儆虚搭，以便小灶。灶户全靠纳剩火盐易米度日，乃商人夤缘为奸，虚报搭单，复验影射，不行承买，遂致小灶无所聊生。要严禁巡司，不许虚搭，并行桥坝委官置验讫，私记于放过船只，逐包印记。仍令淮南自仪字六百三十七单，淮北自淮字三百三十八单为始，其的名、引名之盐，不许分堆别垣。每堆前立一小木牌，填写某单第几名、的名、引名，某人盐若干引。每堆后立一总牌辨验。巡盐御史每年选委廉能官员，查盘一次。以前上堆者亦如前式。临掣之日，下堆委官验放；一、革银匠，以便内商。议自万历十五年秋季余银为始，以原额炭、硝、工食银分退商，听其雇匠自倾，依期自纳，每锭务足五十两五钱。仍选殷实银匠二名，验看足色，解官即收，不许刁难；一、改单盐，以便铺商。议自十六年为始，量减引目，扬州府止派一千八百引，淮安府止派一千二百引。责之桥坝委官，淮南、淮北每单各抽盐三百引，一年共足三千引。注簿明白，令商上堆，运司移文二府，佥报殷实铺户，纳银给票，运回折卖。其每引原价二两六分三厘，铺户增银一钱买之。铺户每斤本银四厘，食户增银五毫买之。不敷仍以捉获私盐凑补，每斤三厘，不与单盐同价，庶商民俱便，而赔累夹带之弊可免矣。”户部议复，从之。己亥，户部复：“礼科给事中侯先春陈苏、松、常等府白粮四事，曰定囤房、给驳船、革杂用、责歇家。”从之。
十月丙子，都察院题：“巡视下江苏、松等处御史黄正色，祖籍嘉兴守御千户所，旧隶苏州卫，相应回避。因言南京御史总计一十三员，差不过四五，然巡江、仓、屯等差于南直隶备府官民俱有干涉。今后考选，比照浙江、苏、松人不选户部事例，凡南直人不选南道，以便差用。”上是之。甲申，以水灾诏免苏、松药材银及量免牲口料银，以苏民困。
十一月戊子，工部复：“总督漕运杨一魁题挑浚帮筑事宜：一、草湾口应量挑东岸长二百六十丈，西岸长四百丈，工料银共六千一百四十四两六钱零；一、崔镇、徐昇、黄家觜三坝止拆石从下另砌，量浚引水支河；一、祖陵东南护堤外，用荒石砌子堤一道，高四尺，根阔三尺，长与大堤等，工料银三百一十七两零；一、挑浚淮安府临城涧四千二百丈，计工料银四千四百四十八两四钱；一、帮筑范家口堤坝，除原估银四千余两外，续用过工料等银六千余两；一、包砌清河口惠济祠前里河堤，长五十七丈，砌石高一十二层。本祠后外河堤，长五十六丈五尺，砌石高一十三层，工料等银共二千五百九十九两六钱四分；一、天妃坝加筑平满排钉桩木，内外用石包砌坚固，以防冲洗，各项工料共该银一万九千五百九两零，俱于原题浚草湾未用银两动支。其拆改崔镇等坝，并筑砌天妃坝，计费不多，俱于河道岁修银内酌量支用。”得旨：“崔镇坝应否改拆，候差科臣到彼再议定夺，余依议行。”戊戌，户部复：“应天巡抚佘立、苏、松巡按荆州土题所属积过谷数，议将知县等官分别奖罚。”上是之，仍命升迁离任官应将任内积谷，截日稽察，不在三年总参之限，一概开豁。壬子，诏应天等府所属被灾州、县，漕、屯、钱、粮征免、改折有差。
十二月丙辰，升大理寺左少卿张槚为应天府府尹。庚申，直隶应天等府，自五月以来，霪雨连绵，江湖泛滥，平地水深丈余，田庐没为巨浸。七月终旬，飓风大作，涨侵滋甚，环数百里之地，一望成湖。诏被灾地方钱粮停免有差。乙亥，调漕运总督杨一魁南京别衙门，以御史祝大舟劾其怠缓迂漫也。己卯，以灾伤，诏蠲免徐州拖欠牲口银，及量免扬州拖欠药味银五分。
十六年正月丁亥，南京陕西道御史陈奇谋上留都营政切要四事。
二月壬戌，漕抚杨一魁奏辩御史祝大舟论劾。乞敕河臣查勘徐、邳遥堤是否如旧，缕堤高堰先经冲损者，即今曾否修葺，钱粮有无干没，成功是否毁坏一切，不敢规避。疏下该部。
三月辛卯，南京所属州、县上仓米豆准改折、停征，仍分别灾伤轻重为停、折之多寡。从直隶巡按御史王藩臣请也。又淮、扬巡按御史刘怀恕奏：“淮安灾甚，请各仓本折米麦、草料等岁运，在十二年以前积逋未输者，免；十三年、十四年者，暂停追呼，十五年运解如额。其米豆积多者，亦以灾伤轻重，分别改折之数。”报可。甲午，改山西副使许应逵为湖广副使，专管苏、松水利。特给敕书、关防。
四月甲寅朔，准截留漕粮二万石，发淮、扬等府州平粜赈饥。从漕臣舒应龙请也。直隶巡按御史乔璧星奏：“河道冲决为患，请率旧典，复设专官，以一事权。盖自古治河，止于除害。我国家仰给东南，岁输四百万石，自淮至徐，实藉河利。顾溃决浅涩之患，往往有之。永乐九年，分设部司督理，或命部院大臣往视，事已辄罢。正德四年，乃议专设宪臣，为总理河南之开封、归德，山东之曹、濮、临沂，北直之大名、天津，南直之淮、扬、徐、颍，咸属节制，建牙如督抚，重河防也。然理河者不复虑漕，而理漕者亦不复虑河，则亦专设河臣之衅矣。万历五年，偶因两臣意见相左，遂并河于漕，在河南、山东、北直者，以巡抚兼领之，责分而官无专督。故修浚之功，怠于无事，急于临渴，河患日深。顷者勘科常居敬亦有专设大臣之议，非直备官，要在得人。试按嘉靖以来，河渐北徙，济宁以下多淤，而刘天和之修复鲁桥，朱衡之开通南阳，潘季驯之浚刷崔镇，河道赖之。此专设得人之明验也。”疏下，部复如议。上命督河再设，以老成才望者任之。庚申，工部复：“科臣常居敬条上漕河事宜：一、严启闭以杜淤塞。请岁行申饬山阳、通济等闸，三月初运毕，即为封锁。瓜州二闸，俟苏、浙运毕封锁。官私船只照旧车盘，势豪干挠者法无赦；一、催粮运以谨河防。谓四月黄水生则河波，运先于波，则坝可筑，而白粮一运，每至愆期，不得不缓坝以待之。宜督所司填注限单，务令先后漕粮次第过淮，以便修筑；一、议钱粮以助河工。谓河工银岁额三万，而费至六七万，每以不敷停修，贻害不小。宜核所在逋负，立限追解，无为墨吏积胥所没，以致匮竭无措，一、稽工料以资实用，谓桩、草、绳、麻、灰、石之属，皆河工急需。而名实不相符，上下因循，恣为奸弊，宜慎加厘饬，及修筑未久旋报崩溃者，追还料价；一、重修守以谨河防。盖治河如治边，防水如防虏，边臣守边，有叙劳之效，而河臣奔走，风涛拮据之苦，视边臣尤甚。宜于岁终分别纪录，三年类题，果有成劳，予之优擢，则人心竞劝，而河防益饬。”上依议。癸女，勘理河道科臣常居敬，会同督臣舒应龙，再上河工一十四款：“一、开建闸座，以便防守。议于古洪闸外，加镇口闸一座，外御浊水，内蓄漕河；一、接筑缕堤，以防中溃。计自茶城以下，塔山支河西岸起，至河口止，长五百丈，阔四丈，又补筑旧河缺口一道，长六丈；一、议修坝埽，以防危急。王公堤累经冲决，与黄河只隔丈许，两河夹之势最危急。议于本堤设法增筑，实土石于雁翅之内，密钉桩木于卷埽之外，并设顺水坝一座，逼水北流；一、开创月河，以避冲决。谓既设顺水坝以逼黄水之北流，复于运河之南开月河，以引漕水南去，则二水相隔颇遥，时加培筑，可保无虞；一、筑宝应西堤，以束漕流。盖宝应湖口，运道所必经。近来浚挑徒劳，浅涩日甚，缘水势散缓，泥沙易停。议于山阳一带，培筑西堤，以束水势，令无壅淤，则粮艘不阻；一、砌邵伯湖堤，以免岁修。盖邵伯湖一浅、二浅等处，正当波涛冲激，而排桩厢板其何能御，应尽包石以捍其锐；一、浚理河身，以利长运。自淮安至仪真内河，旧三年一浚，后岁一浚之。久之且置勿浚矣。合于重运过毕，清坝工完之后，乘时挑浚，并查复浅船之制；一、酌议分地，以便责成。以梁境至首闸，属之夏镇主事，茶城至清口黄河，属之中河郎中。而夏镇及南旺两主事并给关防、敕书，视河道郎中例，以重事权；一、移官夫，以资策应。吕梁、徐州二拱，水势既平，洪夫稍暇，且属流寓，随地可安。议拨六百三十三名均派新旧五闸，余者留二洪拽运，而管河同知改住境山策应；一、设山阳长夫，以便河工。盖山阳河夫，向皆市侩雇觅，故增减之弊滋，而逃亡莫可禁。议令诸侩入银官雇，注名立册，按册拨夫，实为长便；一、寝开支河，以防善淤。盖闸河水泉不多，难分为二，宜寝其工；一、查议故道，以省繁费。盖闸河出口，无不与黄值。即改避而南，亦难远害。况弱汶之流，不足以湿淤沙，故道之议，固应并寝；一、停拆三坝，以保成功。崔镇、徐昇、季太三坝，原为泄水而设。议拆者为其高，而坝外堤岸更高于坝，是存之未碍宣泄之利，拆之反滋泛滥之虞也；一、停浚草湾，以节财用。草湾一河，阔二百余丈，先尝开之，以保淮城也。淮、黄之水藉以分流，而开塞靡常，无烦浚凿。”俱如议行。
六月癸亥，升太常寺卿周继为都察院右副都御史，巡抚应天。甲子，诏年来传派织造段匹未解者，苏州减半，以恤灾民。从工部尚书石星之请也。己卯，应天巡抚佘立奏：湖盗平。上报闻。先是湖中之盗，三吴戒严，以为萑苻之警，此其最巨颇廑当事之忧，乃马山官兵方集，一旦化为乌有，零星搜缉，仅获数魁，用作结案。故御史彭而珩遂有抽吴淞游兵入湖防守之议，亦善后之思也。
七月丁卯，兵部覆：“应天巡抚佘立题，湖盗已平，善后应议。一、设兵船。请于吴淞游兵、巡司弓手各量拨二三百名，赴湖协守；一、守险要。请于胥口、叶港、沙塘、下埠、独山门等处分拨兵船，相机策应；一、议设官。请改陆营把总移驻太湖，统领兵哨；一、编鱼舟。请将沿湖鱼船、大罟船，尽查编号，十船一甲，十甲一，各相觉察，互为声援；一、严保甲。请以沿河有山处所，申明逻缉，凡有潜踪密聚者即便擒治；一、禁越关。请于七里桥、戚墅堰、花渡桥等处，置立木栅，放农阻商，严行守把。”上依议。戊寅，工部尚书石星题：“淮扬一带河道，应修应筑，如总河潘季驯、勘科常居敬所议，添设镇河闸，接筑塔山缕堤、清河浦草坝，创筑宝应西堤，石砌邵伯湖堤，疏浚里河淤浅，增设柳浦湾料厂，此当在淮扬兴举者也。惟地里辽远，工程浩大，宜将郎中罗用敬等分地责成。御史不时稽察，而总河大臣仍亲自查阅。工坚可久者，从实奏报；推诿误事者，即时参处。”上是之。仍谕河工，着各照分定地方，用心管理，上紧完报，不许疏玩。
九月乙亥，升南京大理寺丞周希旦为应天府府丞。
十月甲申，工部复：“总督河道潘季驯条上河工八事：一、久任部臣。谓水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷。如某处迎溜，作何卷筑，以当其冲；某处扫湾，作何帮护，以防其泄。事在分司，宜委任南、中两河郎中，满三考，方与优擢，则练习久而河防自然；一、责成长令。谓理河如理家，然家务繁琐，不妨分任，而庀材鸠工则家督主之。今濒河州、县长犹家督也，调集夫役，备办物料，宜专属之。至于巡行督率，责之行河者，而郡守亦有总理之责焉，疏虞则并坐；一、禁调官夫。谓治河有补偏救弊之法，无一劳永逸之事。禹奏平成，不数百年而祖乙之都圮，则防守弛也。故曰防河无止工。宜申饬沿河官夫，专以河为事，不得别差擅调，致误河防；一、预定工料。谓黄河泛涨，每在伏秋，修筑不预，往往为河所乘。宜于十月中旬，即行踏勘，分工备物，务令正月兴筑，四月报竣，后时者罚；一、立法增筑。谓徐、淮之间，咫尺河流，倚遥堤一线为捍蔽，而风雨剥蚀，车马蹂躏，日就卑薄。宜令每岁修堤，高厚俱以五寸为限。遇低薄处，随宜加筑，遍植樟柳。不如法者听总河官参治；一、添设堤官。谓高堰、柳浦湾二堤，绵亘二百余里，一大使往来防守，未免疏虞。宜另增柳浦湾大使一员，夫役即于高堰、南河数内拨出五百余名属之，以密堤防；一、加帮真土。谓淮水发源桐柏，挟七十二溪之水，经凤、泗入海。而基运山横截河中，涌涨时作，仅恃石堤一带为捍御。而石内之土，多系浮沙，一遇霖雨，辄至坍损，土既圮矣，石将安附。宜觅取真土，帮筑完固，以捍汹涌；一、接筑旧堤。谓清口乃淮、黄交会，而淮、黄原自不敌。然清口不至壅淤者，以王家口之堤筑，全淮皆从此出，其势足与黄敌也。自商贩盗决前堤，挖渠利涉，淮势渐分，将来清口必致淤阻。宜接筑长堤，就近责清河令监守，稍有疏虞，即行参治。”命依拟行。
十七年二月壬辰，流贼刘汝国未平，责令应天巡抚周继、提督操江王用汲等督率所属，协力剿捕。丙午，吴淞领兵指挥使陈懋功等与流贼刘汝国战，胜之。夺其大将军印及济贫王招贤纛，斩获二百余人。巡检汪焕获余孟新，哨官郎子机获刘汝国，余党悉平。巡按直隶乔璧星以闻。论功行赏有差，诛汝国、孟新。
三月辛亥，以淮、扬等被灾府、州、县万历十六年分起运本色米，每石改折银六钱，麦每石改折银四钱。壬子，工部以江南数郡屡遭水旱，未完四司料银等项银两，系十四、十五年者，常、镇二府每年带征二分，苏、松二府尤宜缓征。从之。乙卯，户部酌议：“应天抚、按及南京兵部侍郎王世贞疏言，浚导方兴，水利道不能兼摄粮储，粮储道亦不必另设，暂令苏、松兵备押运过江，免其过淮。”报可。
四月辛丑，复除原任广东按察司副使薛梦雷于浙江，整饬通、泰海防。
六月乙酉，升江西布政司左布政使陈文烛为应天府府尹。升顺天府府尹石应岳为南京都察院右副都御史，提督操江兼管巡江。
七月庚戌，大学士申时行等言：“近日，南京等处俱遭大旱，群情汹汹。且南京军士骄习成风，近因放粮之时，米色稍恶，几至激变。故今日所当亟处者，南京仓粮是已。宜敕南京户部将现在食粮盘验，足几年放支，是否俱堪食用？如有不堪，作何区处预备？至各处灾伤，宜俟勘到之日，复请优恤。”是日，上谕户部：“朕闻南京地方荒旱，军士贫苦。现在仓粮足支几年？如有不敷，作何处补？着南京户部会同科道查验计议具奏。其各处灾伤，候巡按御史勘到，从优议恤，务称朝廷悯念军民之意。”壬子，应天巡抚周继以人言再疏求罢，不许。
八月丙子朔，户部言：“旧例金花银一百万两，坐派苏、松、浙等处，每季分进二十五万两，此祖宗定例。至万历六年，奉旨每季加银五万两作买办应用，计每年增进银二十万两，原无坐派。今巳一十二载，计银已二百余万。乞念边饷为急，锡予为缓，每季买办银五万两，暂准停止。”不允。己卯，漕运总督舒应龙等条议漕务五事：“一、渡江期限。下江、浙江原有挑河银一万两，今则什不及一，以致苏、松一带，里河浅涸。宜每岁秋尽筑坝之时，尽行疏导，使漕艘得以及期渡江；一、分任委官。原差监兑主事，难以周历浙江，坐委府官巡行水次，下江四府，亦宜遴选府佐；一、量复徐淮仓。国初，俱民运至淮、徐、临、德四仓，以军船接运入京、通二仓。宣德以后，始兑拨附近卫所，名为兑运。国家两都并建，徐、淮、临、德实南北咽喉。今临、德尚有岁积，而徐、淮二仓，竟无颗粒。请自今山东、河南全熟之时，漕粮、预备本色全征上仓，计临、德已足五十余万者，仍旧上纳二仓，亦以积至五十万为止；一、远船起剥。粮船赴北，向以张家湾为住泊起驳之地。至隆庆四年，议由通惠河至石、土二坝。请自今到湾，悉听船起泊；一、灾伤勘报。地方灾伤，例由巡抚报巡按勘，户部据灾以议蠲折，拘守成例，未免耽延。如抚臣缺，按臣即许代报，按臣缺，别差御史即为代勘。”部议言：“临、德二仓，因发赈一空，今查运暂住漕粮，候收足五十万石外，摘发徐、淮二仓上纳。起驳一事，固不可必欲抵坝，亦不可专待起驳，遇淤浅即驳，再驳之后，令母船随抵坝，余各如议。”从之。
十月癸卯，督理荒政右给事中杨文举言：“臣以九月二十八日抵淮安，据徐州道揭报灾数，遂议发淮安府属银一万六千五百两，扬州府属银一万六千两，徐州并属县银七千两。总计江北饥民约七十余万，已经委官责领前银，分投给散。江南诸郡，至日另行奏报。”
十八年正月戊午，兵部复：“应天巡抚周继等奏，苏州府城垣岁久颓坏，欲于常、镇二府积剩海防银内动支一万六千八十两，委官修理。又议巡抚标下设坐营中军官一员，统领标兵、巡兵并苏州一卫官军。俱如拟行。”
五月辛丑朔，升整饬苏、松、常、镇兵备副使李涞为右佥都御史，巡抚应天等处。
七月庚申，以南京河渠工完，叙录有功员役，侍郎张槚等升赏有差。仍诏以其余银，岁修河渠。
十九年二月乙酉，户部复：“应天抚、按官疏称，所属苏、松二府，逋粮年久难完，考成事件，备开款目，乞分别酌处。起运钱粮，有被奸顽侵费或包揽拖欠，将追完贮库者，作速起解。侵欺者严限追并完报。原立考成，先行注销，以后不许再蹈前弊。”有旨：“钱粮起解、追并等项，俱依拟改限注销。近来各处钱粮，多有挪移别用，捏报虚数，及滥委揽解、花费、侵欺等项好弊，着严行禁革。再有犯者，重治不饶。”甲午，户部题：“两淮巡盐御史徐图议称，开存积、增引价二事难行，佥宜停免。其所议加带割没盐斤，淮南每引带盐十斤，征银五分，共十六单；淮北海引带盐二十斤，征银一钱，共八单。暂行二年另议。”诏可。
三月已亥，应天府崔一麟惯雕假印，与税粮科书手张济男、张文炳、文炜，假印关文，盗领官银。又有杜一鲤伪造劄付，先后骗卖。其同伙王章，亦以诡劄付冒领衣冠。刑部审将崔一麟、杜一鲤依律论斩；王章拟戍；张文炜亦依监守自盗库钱论斩。着各依拟处决。丁巳，升应天府尹邵仲禄为操江都御史兼管巡江。己未，升南京太仆寺卿杨廷相为应天府尹。
闰三月癸未，苏、松、常、镇民值叠灾，去岁秋冬，复值霪雨为害，国计难充。应天抚、按官议：“先见征以足正赋，缓逋赋以足见征。自十四年至十七年，除金花银、漕折并内府厍寺钱粮及十八年见征钱粮，一并照旧征解外，余带征各项，乞俱准停征一年。”部复以松江府派剩米折等银，已经奉文蠲免，何以复请停征？查有无沉匿及侵欺等情弊，须查明造册缴奏。着如议行。
四月辛酉，工部复：“礼科给事中胡汝宁议，徐州水患，乘水消之时，亟宜修培。”依议行。
五月戊寅，命御史陈唯芝勘应天巡抚李涞所参苏州知府石昆玉擅动吴县库银，事完方许交代。
六月甲午朔，以工部左侍郎陈于陛总督漕运，巡抚凤阳。丙辰，工部尚书曾同亨复：“应天巡抚李涞议，协济织造之费，宽假袍段解用之限。”从之。
九月戊寅，应天巡抚李涞，准回籍调理，痊日起用。己丑，以协理都察院右佥都御史宋仕任巡抚应天都御史。
十月癸巳，以浙江左布政使蔡国珍为提督操江都御史。壬寅，时，扬州风雨连日，湖、淮涨溢。江都县北一浅邵伯淳家湾，旧堤冲决五十余丈，高邮州南北闸等处俱被冲决。总理河道潘季驯上其事。工部都给事中杨其休劾管河通判刘汝大，州判张九思等故违节制；海防道张允济查核疏虞；总理潘季驯俱宜同坐。部复：“海防、通判、州判等官，俱应议罚。潘季驯既屡次催督，宜速行道府上紧备筑，以励后效。”得旨：“刘汝大等各罚俸三个月，张允济姑免究。”丙辰，工部复：“应天巡抚李涞、御史张士价奏，各府属被灾地方，如胖袄等项银料及停征、免征、带征分数，着地方官出示晓谕。”从之。
十一月癸亥，工部题：“河道都御史潘季驯条议：一、放水淤平内地，以图坚久。谓缕、遥二堤俱为防河善法，但宿迁以南有遥无缕，独直河以西，地势卑洼，岁岁患水。宜将遥堤查阅坚固，却将缕堤相度地势，开缺放水，沙随水入，地随沙高，庶消患而费可省；一、接筑遥堤，以防夺河。谓黄河之势，分则河遂夺，缓则沙遂停。宜自永赖亭以下，接筑遥堤，计五百四十丈，至董家沟止。庶河无分流，而事可永赖；一、增支渠大堤，以杜淤浅。谓徐城积潦，悉由新开支河泄出，惟魁山以北王家林一段，约长十余丈，以南倪家林一段，约长三十余丈，宜仿支河新堤之法，筑大堤一道，自无塌损之患，积水势若建瓴矣；一、增砌石堤，以固保障。渭高家堰当湖之中段，原厢石堤，足挡风浪。其石堤南北，俱系土堤，岁修无已。议照中段，一概砌石。徐州道与河南分司各管砌石，以二十一年为始，应用钱粮，俱于岁修银内剖处，八年之内准可通完矣；一、浚河避湖，以利漕渠。谓自夏镇闸以南起，经李家口等处，挑开里河一道，计七十余里，从满家闸西筑拦一坝，使汶、泗上源之水尽归新挑河，不得泄入诸河，以致势分力弱。又李家口设减水闸，以泄沛县积水，仍将前议新砌湖边石堤，移建东岸，以挡风浪。则新河既可隔绝湖水，砌石又可捍御河堤，于运道民生，所利非浅。但工费浩大，合依所议，备行淮、扬抚、按官查勘，另行题请。”着依议行。乙丑，兵部题：“凤阳抚、按官陈于陛等条陈事宜：一、议添兵。原隶陆路长兵，俱分布洋港要害。每年春汛，又于军银内量动三千两，雇募短兵，俱守单弱隘口。出汛以七十五日为期；一、议将领。谓往年设参将、都司于扬州，以防倭夷突趋陈前等岛。后独守徐州，虽为漕运咽喉之路，卒有倭犯，安得迳达徐、泗。今议于海寇报警之时，暂移中军都司于扬州，移徐州参将于淮安，庶官非重设而事无推诿；一、议调发。谓淮、扬五道，边腹相连，往日倭夷入寇，尝调五道之兵赴淮、扬以卫陵、京，盖寇不得先淮、扬而犯五道故也。今宜咨凤阳、河南、山东巡抚申饬各兵道，早简练，以备调遣。”着依议行。戊寅，巡按直隶御史甘士价题：“本年五六月，苏、松二府霖雨，水灾异常，人口淹死数万。各属钱粮，准依改折，仍查勘被灾分数，蠲停其解礼部牲料银两。”行光禄寺查议，回称：“上供缺乏，难保停征。”诏依议行。
十二月辛丑，户部复：“巡抚应天都御史李涞奏处春汛切要事宜。一、提编兵饷。将苏、松、常、镇今岁冬月会计二十年分钱粮，查照现编款数，征银贮库。若无警报，留抵下年岁用；一、请留钱粮，提编银两，未能完全，要将浒墅钞关税银，准留一年，再发南京帑银八万两。如无警，仍旧起解；一、修葺城垣。常州修城之费，准留本部济边银及救荒事例银，凑足二千五十七两七钱，以修城垣。”着俱依议行。壬寅，以南京右军都督府掌印、新建伯王承勋任提督操江兼管巡江事。辛亥，工部复：“巡按御史高举奏，江北等府被灾伤重。将高邮等州、县自万历十三年起至十七年止，砖料、匠价等银，俱行蠲免；其胖袄、军器并十八年应解工部钱粮，除已征在官者，截数起解，未完者，分三年带征，织造借用银两，照原数征完。其仪真等州县，十七年以前各项钱粮，亦照例将已征完者，截数起解，未完者，分三年带征；其十八年各项银两，照常征解。”从之。
二十年正月戊子，总河尚书潘季驯疏称：“去秋霪雨连绵；淮水暴涨，邵伯湖堤冲塌，砖石筑砌不可久。区划故总河事，经理则各官司之。本道按察使张允济报升，宜俟工竣离任，毋贻后难。通判张文璧、刘汝大宜照工程督理。扬州知府吴秀、江都知县武之望，受事方新，鸠集宜预，毋使临期缺乏，庶可不误河防。”工部复请。得旨，如议行。
三月壬戌，御史王明奏：“臣巡盐两淮，兼有河漕、地方之责。目睹淮为泗患，漕抚陈于陛欲开周家桥以疏之。使遂开则六州县生灵为鱼，四百万漕粮俱梗，而三十六盐场亦沼矣。宜令河臣上寻旧支而杀其势，下瀹旧口而广其途，勿苟且目前，贻后日害。”户科给事中耿随龙亦言：“泗州苦水，议疏周家桥、施家沟，以高、宝二湖为壑，将运道民业立尽。臣曾令宝应，闻见颇真。夫黄河自徐、邳直下，东折入海。淮亦东北趋会之，无所壅遏，故不病泗也。自黄夺通济闸横于南，淮遂不得东，因潴泗为祖陵患。又黄之夺闸南也，宝湖受淤，淮无所泄，运道遂不可守。欲弭河患，非复通济闸不可。”工部复议上请。上曰：“河道众论纷持，张贞观着先勘泗州。其余河患，仍与地方官诣勘，务图永利，毋徒目前塞责。仍改给勘议河道关防。”庚辰，南京兵部尚书舒应龙疏辞总河新命。上以黄河为梗，淮水积塞，着即赴任，会科臣勘议。不允辞。
四月庚寅朔，以苏、松、常、镇四府灾，所属应解凤阳、淮安、滁州等仓粮，蠲免、带征有差。总督漕运、兵部侍郎陈于陛以御史王明论其浚河失策，具疏乞罢。工部言：“会勘河工，于陛与总河尚书舒应龙俱属首事大臣，以国事为急，岂可因言求退负任使。宜命与盐臣虚心共济，无拘小嫌。”从之。
八月丁酉，勘河给事中张贞观题：“会总河尚书舒应龙、总渭陈于陛、巡按御史高举、彭应参、王明勘得淮、黄同趋者惟海；而淮之由河达海者惟清口。自海沙开浚无期，因而河身日高；自河流倒灌无已，因而清口日塞。以致淮水停蓄于盱泗者，上浸祖陵，下垫民社。近且浸及高、宝、兴、泰，运堤亦苦冲决矣。今据司道等议：一、辟清口之沙，计费二万有奇；一、分黄河之流，计费三十四万有奇。清口有大挑之工，又议常设之役，使不复淤也。分黄于淮之上流，先杀其势也。上流必于清河上十里，去口不远，不致为运道梗，即少梗而力易图也。分于上，复合于下，冲海之力专也。合必于草湾之下，恐其复冲正河，为淮城患也。鲍家口、王家营必塞煮，二决横冲新河，恐散溢无归也。两岸俱堤，以地势东北下，恐溃决，则清、沭、海、安之民，不得即业也。是役也，费固烦而效亦广。若海口淤塞，欲求济治之策，即潮汐莫窥其涯，况可施畚锸哉！惟全淮合黄东下，或河身涤而渐深，海口刷而渐阔，亦事理所可必者。”工部复议：“勘臣筹划凿凿，其工费通计三十六万七千有奇。议支两淮余盐，兖州、东昌河道银，南京芦课等银，不足则抚、按设处。本月兴工，限明年六月报完。”命如议行。
九月丙子，应天巡抚刘应麒题：“所属四营选得沙船、唬船六十只，捕、柁等工九百五十名，长枪一万一千枝，委把总陈天泽等管押，计日至天津听用。”疏下兵部。南京户科给事中颜文选奏：“南京筑城浦口之议，人情汹汹。夫北京议筑四城为巩固皇图讨，且惜费暂停。乃浦口拂人情，糜国用，建一不足恃之空城，不知所解矣！”因力陈不可者八。章下所司。
万历二十一年正月丁卯，命大理寺左卿张养蒙为南京都察院右佥都御史，提督操江。己卯，礼部复：“南直隶巡按曹楷以淮扬等府灾，请蠲十八、十九年以前药材、猪羊银两，或难俯从，乞允停征，以昭优惠。”报可。
二月乙未，兵部题：“驿递冒滥，宜痛加责成。务择廉能委官，挂号长单，务查的数。交界处所，严加查核，以杜过客枉道及承舍欺诈之弊。其江、浙二省额派协济徐州所属东岸、桃山、利国、石山四驿马价银四千五百余两，行江、浙、淮、扬各抚按会议，将徐州起解钱粮查派四千五百余两于江、浙，而以江、浙原给徐州所属马价，更派徐州。与夫隔远地方，应否添站，一并会议具奏。”报可。工部复：“今日河道之患，皆起于河身高。故自鱼、沛至徐、邳一带，泛漫淹溺，大为可虞。甚且淮流梗塞，瀰及祖陵。致廑圣明隐忧，特差给事中张贞观会议查勘。今本官报命，内议开归、徐一带达小河口，以救徐、邳之溢；议导浊河入小浮桥故道，以纾镇口之患。事经阅历，闻见必真。又议引沁一节，其部利害，凿凿可据。合行河臣会集地方司道等官，逐一从长计议。要见镇口之壅，作何宣泄？徐、邳之溢，作何消导？小河、浊河两议利害，事体孰为缓急，钱粮孰为繁省，或应与前项腰铺工役一并举行，或应于支河三议之中求一长策。至其引沁之策，事出创议，更宜详慎，如利多害少，务在必行；或有患无功，毋得轻动。”
三月丙寅，升刑科都给事中曲迁乔为浙江右参政、淮扬海道。
四月甲辰，户部题复：“户科都给事中王德完题，金花、漕折皆属御用，军需最为吃紧。先是，应天巡抚刘应麒因见势豪逋负过多，肩任劳怨，请旨查理。遂致无端流谤，解组而归。今合行查乡官凌云翼，倚势蔑法，积拖正赋二千余两，有无补纳？其各处如凌云翼负欠者几人？俱要从实参奏。仍谕新任巡抚朱鸿谟，遵照前旨催征，毋得畏徇延缓。”上是之。
七月辛未，南京兵部尚书衷贞吉题：“京口当运道咽喉，顷倭报旁午，科臣、台臣建议复设总兵。先年，盐徒秦蕃、王艮之乱，添设镇江总兵，事平裁革。续因倭寇入犯，议设江南副总兵，驻扎吴淞，居中调度，金山、京口俱在所辖。若京口复添总兵，一柄两操不便。今巡抚都御史朱鸿谟、都御史操江张养蒙等酌议，省总兵，添兵道，每当春汛即调备倭都督统率水陆兵赴守镇江，似为得策。合无除平时将陆兵驻守留都江岸要区，水兵分防江关紧要外，每岁春汛，备倭都督统率陆兵三千，前往镇江京口防汛。一应官兵廪费行粮支给，既无本项公帑，加派必至扰民。应行该巡抚查议处给，或将解京银两量留支用，候汛毕，官兵即行撤回，庶京口、留都各保无虞矣。”下所司议。
八月乙未，大学士王锡爵等题：“昨该文书官口传催征苏、杭织造、钱粮之旨。臣等谨按，江南财赋甲于天下。相传国初太祖高皇帝，愤百姓为张士诚固守，抗拒天兵，贼平之日，遂将富民租簿定为粮额。累朝二百年来，头绪转多，如王府粮、练兵银之类，但有加增，并无宽减。连年虽因水旱频仍，每年蠲缓之令，而蠲租止于存留，已属虚名，缓征并于别年，反滋扰累。此小民之所以贫苦无聊而嗷嗷思乱也。然外乱不生，则内乱或可潜弭。江北稍熟，则江南尚可息肩。今狡倭窥境，剥肤将及，以至沿海地方，无地不增兵，无兵不增饷，其势不得不取足于民。而徐、扬间方数千里滔天大水，庐舍禾稼，荡然无遗，其势又不得不取偿于江南。如此一息之关性命，其危且急何如者。若不及今将养，有如外寇内盗乘间交发，其巨万供亿更将于何取之。大抵方今国患在于民穷，民穷由于财尽。其始也，有司犹可行箠楚之威于小民，巡抚犹可行参罚之令于有司。今民至困而箠楚无所加，则有司穷；有司穷而奉行不能前，则抚按穷。至于抚按穷而诏令有格而不行，则部院亦穷矣。然漕粮、金花之类，原系紧要上供，不可以穷为辞。至于苏、杭之织造，江西之磁器，云南之取金，在皇上省之。今春，臣锡爵之母北来，亲见道上累累卖男女之民，有索银五七分弃子去者。臣母为之痛苦，稍施钱周之。近京之民如此，则远京之民可知；赋轻之地如此，则赋重之地可知。”言甚切挚。不报。甲辰，户部复：“江北水患，截留备倭漕粮二十万石赈散灾黎。”上以要地重灾，依拟作速赈济。仍责有司、掌印官，各要亲自巡行阡陌，酌量给散。务使民被实惠，毋得委用非人，虚文塞责。事完分别功罪，具奏。乙巳，户部题：“苏、松等四府叠罹灾危，议将金花除现年征完及十一、十二、十三等年停征外，其十四、十五、十六、十七、十八、十九，六年未完，限每年带征一年；未完漕折，亦每年带征一年。”上曰：“应停征年份，该巡抚明白揭示，毋容吏书影射混征，有辜朝廷宽恤灾民之意。其余依拟。”
九月癸丑，户部复：“淮、扬水灾特甚，除京运钱粮照旧征纳，其余照各州、县被灾轻重，分别蠲赈。”从之。
十月丙戌，武进、江阴等县大冰雹，损五谷。
十一月癸酉，擢云南左布政使张孙绳为应天府府尹。