康熙初年之大势顺治十八年（一六六一年）正月，世祖章皇帝崩，春秋二十有四。皇三子嗣位，是为圣祖仁皇帝，以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣，改明年（一六六二年）为康熙元年。是时明宗室诸王偏安割据者已荡灭无遗，其遗臣之奔走号召以规复为志者，独台湾郑氏而已。海内郡县皆已统一，而开创诸将犹分镇封土，握兵马财政之权，隐如敌国。及康熙六年（一六六七年）七月，圣祖亲政，渐欲完成中央集权之制，知藩镇强大，非国家之利，阴为之备；而诸藩亦内不自安，诡请解兵纳土，以探廷旨。于是撤藩之论起，而吴三桂、尚之信、耿精忠之变作。
三藩之起源及其势力先是世祖定鼎，东南骚乱，故命大学士洪承畴经略五省，而以定南王孔有德循广西，平南王尚可喜、靖南王耿仲明循广东，平西王吴三桂循四川及云南。耿仲明以顺治六年七月道死于江西吉安府，而孔有德亦以九年李定国之乱自裁于桂林。有德无子，爵除，而仲明子继茂袭封。及南方略定，承畴偕宗室罗托、信郡王铎尼引禁旅还京师，而诸王各率所部绿旗兵留镇一方。于是三桂王云南，可喜、继茂王广东；寻徙继茂王福建，继茂卒，子精忠嗣：是为三藩并建之始。三藩中三桂功最高、兵最强，方其入滇之始，军书旁午，朝廷假以便宜，云、贵督抚咸受节制，用人不受吏、兵二部之掣肘，用财不受户部之稽核。其所除授，号曰西选，西选之官遍天下。据桂王五华山旧宫为藩府，置藩庄七百顷，通使达赖剌麻，广市西番蒙古名马，重敛土司金币，开矿榷盐，厚目封殖。乃择诸将子弟及四方宾客颖敏者，教以战术，水陆冲要，遍置私人。子应熊，尚公主，居京师，朝政巨细无所不悉。以是根蒂益固，异志益坚。而尚可喜老病，以兵事属其子之信。之信以酗虐横于粤，耿精忠以税敛暴于闽，皆挟边防为名，岁耗巨帑。统计三藩运饷，岁需二千余万，一切仰诸江南，几糜天下财赋之半。
撤藩之议康熙十二年（一六七三年）三月，尚可喜既受制于其子之信，虑不得自全，乃用其客金光计，疏请归老辽东，留子镇粤，冀见上得目陈。是时，圣祖亲政已数载，春秋日富，习知中外利害与前代方镇得失，数思有以变置，而审慎未发。至是，部议谓可喜归辽，而之信仍拥众留粤，父子分离不便，因请尽徙全藩。三桂及耿精忠闻之，亦于是年七月，疏请安插以相尝试。时廷臣议者或言三桂镇守云南以来，地方平定，未有乱萌，今若将王迁移，则不得不遣兵代戍，如是更调往复，重滋苦累，应请勿徙；而户部尚书米思翰独力主撤藩议，刑部尚书明珠和之。帝以三桂蓄谋已久，不早除之，且为巨患况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之。于是徙藩之议竟决。
吴三桂之发难三桂自以功高，朝廷终不夺其分土，当优诏慰留，既而移镇山海关外之命至，全藩震动，反谋益急。然以滇、蜀阻隘难进，非举兵之地，欲行至中原而后发。因谬为恭顺，阴事部勒；而抚臣朱国治驱之急，词色峻厉，三桂不能堪，遽于十一月二十一日袭杀抚臣，移檄远近，自称天下都招讨兵马大元帅，以明年为周王元年，蓄发、易衣冠，贵州巡抚曹申吉、提督李本深、云南提督张国桂皆起应之。云贵督臣甘文焜闻变，自贵阳趋镇远，战败自杀。变报达京师，举朝震动，大学士索额图请诛撤藩论者以谢之，帝不许。惟驰诏止闽、粤两藩勿撤，公布三桂罪状，削其官爵，下其子应熊及家属于狱。命前锋统领硕岱驰守荆州、常德，阻其东犯湖广之师；命西安将军瓦尔喀进屯四川，以绝自滇入蜀之通路；而续发大军继其后，以顺承郡王勒尔锦及都统赫业督之：皆十二年十二月及十三年正月事也。
湖南之陷落及其应援三桂既据有云、贵，乃遣部将王屏藩犯四川，遣马宝等自贵州出湖南，以十二年岁除陷沅州。明年正月，张国桂等引兵继进。湖南巡抚卢震弃长沙奔窜，官军之屯湖北者皆畏葸不敢前。于是常德、长沙、岳、澧、衡四府一州先后陷落。同时，四川巡抚罗森、广西将军孙延龄、襄阳总兵杨来嘉各以其守土叛，应之。耿精忠闻之，亦以三月举叛旗，陷全闽。数月之间，六省尽失，中原动摇，当官者无守志。惟尚可喜镇广东，按兵守臣节。三桂闻湖南已定，乃亲赴常、澧间督战，而使其将吴应麒严守岳州，扼洞庭峡口，以当江北官军；官军云集荆州，莫敢渡江。然三桂以子孙并质京师，冀免其诛，又年老持重，不欲轻去云、贵根据，故当发难之日，尝以疏付撤藩使者折尔肯还奏，有所陈请。及既得湖南，又下令诸将毋得北进，冀期廷裂土议和，画江为国。而圣祖深知三桂狙诈，不欲苟且息兵，遂以四月赐三桂子应熊及其长孙世霖死。旋命贝勒尚善为安远靖寇大将军，助顺承郡王进图岳州。三桂乃分兵，一由长沙出江西，一由四川窥陕西。其出江西者，分扰袁州、吉安境，与耿精忠之军合，陷三十余城。而陕西提督王辅臣又以是年十二月举兵宁羌，遥附三桂。于是东西响应，寇氛益张。
陕、甘骚动与长沙攻守先是朝廷以四川助乱、陕西摇动，当严为警备。乃使大学士莫洛率绿营步兵驰往经略，使贝子董额率满骑继进。而三桂将王屏藩骁勇善战，与西安将军瓦尔喀相持于川北，数出偏师，绝粮运、断栈道，官军饷缺有哗溃者。辅臣阴生异志，以索饷为名，鼓众攻杀莫洛于宁羌。董额逡巡不敢袭，尽留诸军困守西安。辅臣自据平凉，而使其党分陷各郡。三桂闻之，赂辅臣犒师银二十万，又令王屏藩等出汉中相援应，甘肃尽陷。董额与辅臣相持一年不下，至十五年，朝廷乃以大学士图海为定远大将军，任西征事，节制董额以下诸军。时三桂方欲乘辅臣之变，取道川、陕，入犯京师，乃留兵七万守岳、澧诸水口，以拒荆州之军；又留兵七万守长沙、醴陵、萍乡，以当安亲王岳乐江西之师；使杨来嘉等进掠郧阳，而自赴松滋调度，欲以通西北之寇。及图海至，督诸将一战，大败辅臣等于平凉城北，辅臣遂以是年六月乞降。王屏藩等遁还汉中，陕、甘略平；而岳乐复乘三桂西上，定江西边郡，由萍乡、醴陵进攻长沙，湖南震动。三桂既不得志于西北，又闻长沙急，乃由松滋回军，尽调诸将会援。荆州军乘之，稍稍南进，扼江湖之险，长沙垂克，而未几松滋舰队自上游来援，荆州军遽借口溽署引还。三桂又遣其将高大节东陷吉安，以断岳乐之后路，攻守之势复变。
耿精忠之叛服耿精忠之叛也，以都统马九玉、总兵曾养性、白显忠三人为其爪牙，分三路出寇。即养性出东路，据浙之温、台；显忠出西路，据江西之广信、建昌、饶州；九玉出中路，据浙之金、衢。又约台湾郑经，与潮州总兵刘进忠内外夹击广东，声援甚盛。十三年六月，以康亲王杰书为奉命大将军、贝子博喇塔为宁海将军，赴浙进讨，旷岁无功。朝廷数遣敕使招抚，悉见拒不受。会精忠与郑经有隙，经夺其漳、泉、汀、邵诸府，杰书等乘其内乱，遂以十五年九月进攻九玉于衢州，破其众数万。同时白显忠亦为安亲王岳乐所困，穷蹙乞降。精忠既覆两路之师，又内迫于郑氏，闽地几失其半
，恇惧不知所为；乃遣其子显祚诣大军献总统印，自请随官军剿「海寇」赎罪。曾养性闻之，亦以温州降。郑经遂以翌年为闽师所迫，弃漳、泉诸府，退守厦门。浙、闽告平。
尚之信之叛方十四年精忠与郑经同盟侵掠广东沿海，同时吴三桂亦遣故广西提督马雄进兵肇庆，夹攻可喜。可喜自三桂举兵以来，始终与之反对，尝执其使者，奏其诱降之书；又虑之信不可恃，疏请以次子之孝袭封，朝廷深倚赖之，进封亲王。至是可喜东西受敌，又内制于之信，力不支，因自陈衰病将不起，乞江西官军往援，诏以将军觉罗舒恕及副都统莽依图赴之。军至而之信已变，受三桂招讨大将军号，改帜易服，严兵守可喜府，移檄诸郡。是时尚之孝军惠州，两广总督金光祖及舒恕军高州，莽依图军肇庆，精锐不下二、三万，足以合力制之信。而光祖阴受三桂密札，牵制诸军，使不得进。之信势大振，江西援师引还，光祖遂与抚臣佟养巨并降于三桂，三桂封之信辅德亲王，趣之出师，恃为后劲，可喜竟以忧愤卒。
广西之战局孙延龄以十三年春据桂林附三桂；未几，提督马雄亦以柳州应之。三桂封延龄临江王，以雄为东路总督。延龄故与雄有怨，虽共事而畏其逼己，猜忌日深。延龄妻孔四贞，故定南王有德女也；日夜以朝廷恩德为言，劝之反正，延龄意动。马雄讦诸三桂，谓延龄有异志，当急图之。三桂乃使其从孙世琮，引兵赴广西。世琮遂以十五年十二月入桂林，擒杀延龄。先是庆阳知府傅宏烈当三桂未叛时，尝劾奏其不法状，坐妄言流徙苍梧。及三桂反，广西响应，宏烈阳受三桂职，而阴募义勇，图恢复；寻集兵五千人，移檄讨贼，自请任广西军事。诏授宏烈广西巡抚、抚蛮灭寇将军，增募义勇，便宜行事。会尚之信反正，官军集韶州，得分兵赴援，宏烈领所部兵万余，累克浔、梧诸郡。援军乘之，进围平乐，与世琮相持。
江西、广东之复定高大节既陷吉安，使其党韩大任守之，而自率所部乘间出战，以少击众，官军当之者辄挫。大节寻与大任不相能，屡为所谗，发愤竟死。大任不敢出战，吉安遂为官军所围。十六年（一六七七年）四月，大任溃围出，寻降。时耿精忠、郑经先后或降或走，闽地全定。而尚之信亦苦三桂征饷，颇萌悔志，阴通款于江西官军。诏以莽依图为镇南将军，自赣州入广东受之信降，而又令都统赖塔领漳、汀守兵赴潮州应之。于是江西、福建之师同时入粤，之信遂以十六年六月率军民迎降军前。
三桂之末路三桂既失陕西、福建、广东三大援，又失江西，其领地自云、贵而外，独有四川、湖南及广西之一部而已。又自军兴以来，东西调发，财用渐竭，川、湖赋税不足以供军需，情见势绌，恐诸将解体，欲伪示威，重维人心。乃以十七年（一六七八年）三月建号即位，以衡州当兵冲，自长沙徙都之，改为定天府，置百官，封诸将。是时，诸道官军专力湖南，安亲王岳乐复浏阳、平江，将军穆占以陕西、荆州精兵进拔永兴等县，简亲王喇布遂自南昌进屯茶陵。于是湖南东南边境诸州县，自平江至蓝山悉为官军所得。而永兴为衡州门户，相距仅百余里，三桂所必争，乃遣马宝等悉锐环攻，昼夜不息；至八月，城垂陷，而三桂暴卒。诸将解围赴衡州，聚谋迎其孙世璠于云南立之。初，十四年陕、甘之变，四方骚乱，圣祖欲亲征，驻跸荆州，就近调度；而廷臣以为京师根本重地，车驾远出，恐有讹言奸宄窃发，固请毋行。及三桂僭号，圣祖慨军旷日持久，复下亲征之令。廷臣又以贼势日蹙，无劳远出为请，帝未决，会三桂死，乃止。
三路入滇世璠既立，不敢留衡州，退居贵阳，恃川、湖、广西为屏蔽。然自三桂殁，部下失措，无能定战守之策者，官军势益振。于是湖南则安亲主，广西则传宏烈、莽依图、赖塔，四川则平凉提督王进宝、陕西提督赵良栋皆累战累捷。十八年（一六七九年）正月，吴应麒自岳州走常德，寻复弃城遁，长沙、衡州相继下。同时，宏烈等亦克桂林，走世琮。而王屏藩守汉中，以饷运不继，又为王进宝所迫，退守保宁；翌年（一六八○年）正月，遂自杀。良栋亦以是月克成都，三省略定。是年三月，诏安亲主率所部大军之半凯旋，而以贝子彰泰代之。三道之师合趋云、贵，即彰泰以平定湖南之师，自沅州出其东；赖塔以闽、粤之师，自南宁出其南；而良栋以川师出其北。十月，湖南官军由平越趋贵阳，世璠偕诸将走云南，官军乘胜西进。翌二十年（一六八一年）正月，与赖塔军会于曲靖。二月，抵云南；世璠据五华山宫城，誓死守御，累月不下。至九月，良栋已尽逐川南诸寇，进与湘、粤之军合国，攻益力，以十月克之。世璠自杀，马宝等为俘，寻磔于市，云、贵悉平，班师。于是，康熙十二、三年以来蔓延十省之大乱，全归镇定，而台湾郑氏之独立遂不旋踵而覆矣。
尚之信之伏诛尚之信既降，复怀两端，官军征湖南时，趣之出援不赴；比永兴危急，又坐视不救。三桂死，始听调遣，从征广西，驻军武宣。会其弟之孝谋袭藩位，令藩下人张士选赴京告之信心怀怨望，放言讪上。都统王国栋者，故之信私人；至是亦助之孝，发其罪状。十九年三月，诏侍郎宜昌阿等驰往按问。之信闻命，自武宣还广州，上疏抗辩，诏令至京对簿。而藩下总兵李天植怒国栋谗构，诱杀之。事闻，天植坐谋反伏诛。之信遂以是年八月赐死，之孝并坐褫职。
耿精忠之伏诛耿精忠之降也，以请剿海贼立功赎罪为词，康亲王杰书奏复其爵及所属官职如旧。朝廷乃以耿昭忠（精忠弟）为镇平将军，驻守福州，而使精忠率所部从征；旋收复兴化、泉州、漳州，遂郑锦入台湾，移师征潮州。会尚之信以广州反正，潮州之刘进忠亦降，精忠遂驻守其地。十六年四月，康亲王议令将军赖塔守潮，而撤精忠还福州。圣祖虑其疑惧生变，诏勿撤。十一月，藩下参领徐鸿弼等遣人赴部，首精忠归顺后尚蓄逆谋，列罪状五款。同时昭忠亦以鸿弼首词，具疏入告。圣祖留疏不发。十七年春，召昭忠还京，仍命精忠还驻福州，而密谕康亲王令之自请入觐。十九年八月，精忠入朝，以藩兵授所属都统马九玉辖之。圣祖乃以前此留中诸疏下法司勘问，部议黜爵磔死。然圣祖以九玉尚握兵柄，不欲遽发，命系精忠，待鸿弼等至京对簿。明年十月，大兵平云南，九玉亦解任归旗。于是台官交章言三桂宜戮尸，精忠及其党应按律议磔，而大学士明珠亦极言精忠罪在不赦；乃诏析三桂骸骨颁示海内，而磔死精忠于市。
封建潘镇之全废三藩既平，朝廷尽籍藩产入官，充军饷，撤藩兵回京师，而于福州、广州、荆州等处各设八旗兵驻防。自是不复以兵权土地世予臣下，凡亲贵功臣毕留京师，宗室自亲王以下至奉恩将军，爵凡九等，有俸、有庄田。功臣自一等公以下，至恩骑尉，爵凡二十六等。虽世袭有差，实际上无几微之权势。由是前代封建之弊绝。其任全国之守备者，则各省有提督、总兵等官，以统绿旗；各要地有将军、都统等官，以统驻防八旗，然皆掌兵柄而不擅财赋，且与文臣互牵制焉。由是前代藩镇之弊亦绝。中央集权之制，至是渐完密矣。