吴三桂之乞师世祖章皇帝，太宗第九子也。崇德八年八月，太宗崩，礼亲王代善会诸王贝勒以下，定议奉世祖缵承大统，而以郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮摄理国政。先是大军已拔锦州，得辽西大部，明总兵吴三桂率兵民五十万驻防于宁远。是年九月，郑亲王复发炮兵，越宁远，攻克中后所、前屯卫、中前所诸城，山海关守御益危。明年顺治改元，即崇祯十七年甲申也（一六四四年）。三月初，明以流寇内偪，廷议尽撤关外城守，而召三桂统边兵入卫。三桂悉众而西，行至丰润，闻李自成已陷京师、帝后殉国，乃犹豫不进，还次滦洲；自成执其父襄，令作书招之，三桂许降。已而闻其爱妾陈沅为寇军所掠，则大愤，遽易缟素，称先帝恩德，以复仇讨贼之旨公布军中；遂疾归山海关，部署军事。自成发兵追之，越滦州而东，三桂回军击破其众，自成乃亲将部众十余万东攻山海关，而遣别军出抚宁东北境长城，绕至关外夹击之。三桂大惧，奉书本朝乞降，请合军而西。
流寇之败走时摄政睿亲王方以大将军督师略地关外，比得三桂书，乃偕洪承畴等疾驰至沙河，距关仅十里，而通路已为寇军攻关外者所梗。三桂发大炮辟路，而自率轻骑突出，谒摄政王；即军中易服设誓，固请入关讨贼。承畴以为寇众东出，京师空虚，议请大军毋遽入关，而西北绕入居庸，袭据京师，俟其回援，可一战擒之；而三桂以关门祸急，坚持不可。时流寇当百战之后，剽悍无匹，摄政王虑不可轻敌，乃命三桂军为先驱尝贼，而自蓄精锐以待。自成悉众列阵关内，横及海岸。三桂引军先进，战酣，会风发尘起，两军不相辨，大军乘势突出，冲贼中坚，所向辟易。俄尘开，贼见甲而编发者，惊曰：『满洲兵也』，则皆溃走。自成奔永平。摄政王即下令使关内外兵民薙发，进三桂爵为平西王，而使率步骑二万前驱追贼。自成自永平遣使诣三桂军议和，以三桂不答，乃入京师屠其家，焚宫殿，载辎重西遁。摄政王以五月朔入都，改葬崇祯帝后，令臣民服丧三日。京师东北诸府皆降。
福王之立方流寇之北犯也，明福王由崧（思宗之从兄）、潞王常淓（思宗之从父）俱已避难至淮安。及思宗殉国、太子陷贼中，南京诸大臣议立君。福王于伦序当立，而以淫昏闻，潞王贤明可任大事，而世系较疏。于是立亲、立贤之问题起。兵部侍郎吕大器以下主立贤；凤阳总督马士英利福王庸闇，结党主立亲。两党互争，各取决于兵部尚书史可法。可法心善立贤议，而立亲党以握兵柄故，颇占优势；可法不得已，卒定议迎立福王。士英遂以拥戴功入阁，而出可法于江北督师。于是廷议分江北为四镇，以刘泽清辖淮海，驻淮北，经理山东一路；高杰辖徐泗，驻泗水，经理开归一路。刘良佐辖凤寿，驻临淮，经理陈杞一路。黄得功辖滁和，驻庐州，经理光固一路。而诸将争欲驻扬州，各纵兵相仇杀。可法务以公诚之意，调停其间，移杰镇瓜洲，而置得功于仪德；四镇虽稍稍受命，然卒不相协。而南京政府，党争亦日剧。自可法出，士英辈益无所惮，务进私人，图报复。凡崇祯朝阉党名挂逆案者，皆阴结士英希复出。士英乃排群议，奏起逆案巨魁阮大铖，于是正人如张慎言、吕大器、姜曰广、刘宗周等先后引去。一时政府无善类，贿赂公行，秕政交作；江左偏安之局，不俟识者而知其不能久矣。
李自成之窜死摄政王既定京师，奏捷盛京，颁示朝鲜、蒙古。时京东、京北诸府虽降，而保定、大名、真定间溃贼群起，自成自山西入陕；山东诸州县闻之，亦争杀其伪官，据城自保。乃以六月遣肃亲王豪格往定山东、河南，遣都统叶臣等往定山西，各分扼要地，俟秋高进军，徐图灭贼。至九月，世祖定迁都之议。车驾以十月朔至自盛京，祭告天地社稷，奉太祖、太宗主入太庙；用大学士范文程言，尽除明季弊政，令文臣衣冠，暂从明制。近畿略定，因议先剿陕贼、次规江南，乃以英亲王阿济格为靖远大将军，偕吴三挂、尚可喜等由大同边外会诸蒙古兵，赴榆林延安，出陕西之背；又以豫亲王多铎为定国大将军，率孔有德等由河南夹攻潼关，期于西安相会。是冬，畿南、山西、山东诸省先后平定。豫王以十二月渡孟津，收沿河堡寨，进至陕州，自成遣其将刘宗敏（夺三桂妾陈沅者）据潼关拒守。顺治二年（一六四五年）正月，大军抵关，自成逆战不利，而英王及三桂西北之师已自保德州编筏渡河，入绥德，连下延安、鄜州，逼西安之背。自成前后受敌，弃关还西安，焚宫室，东南自蓝田出武关，走湖广。比大军克潼关、入西安，则自成已走五日矣。朝廷以陕西底定，乃命豫王移师征江南，而以追剿流寇事专任英王及三桂。时寇众尚三十余万，扬言欲取南京，大军水陆迫蹑，凡七破其众于长江流域间。闰六月，自成南走延宁、蒲圻，至通城，率二十余骑掠食山中，为村民所困，自缢死。或言自成陷泥淖中，村民聚击之，锄碎其首，至糜烂不可辨云。自成既死，其残众二十万，悉降于明湖广总督何腾蛟。
史可法之尽瘁南朝危局既如上文所述，而史可法独提兵往来江淮间，身当南北之冲，联络诸镇，力图兴复。先是摄政王闻福王自立，即移书可法，责以大义，谓『春秋之法，有贼不讨，则新君不得书即位』。且讽以形势，谓『以中华全力，受制潢池，而欲以江左一隅，兼支大国，胜负之数，无待蓍龟』。可法报书，亦历引汉（光武、昭烈）、晋（元帝）、唐（肃宗）、宋（高宗）中兴故事，以解自立之嫌，且谓『贵国驱乱除逆，兵以义动，若规此幅员，为德不卒，则以义始而以利终，将为贼人所窃笑』（两书具载「通鉴辑览」）。既而大军已定山东，乃分兵取海州、宿迁，连下江北州县。会可法方进师清江浦，遣官屯田开封，为经略中原计。及大军至，可法驰疏告急，而马士英乃谈笑以为诳己，诸将亦拥兵观望，无敢任冲要者。当是时，明诸镇之师惟左良玉及高杰所部最强。良玉与何腾蛟等镇守湖广，而高杰为可法忠义所感动，颇奉约束，因进次徐州，沿河（当时黄河自开封东南流经徐州、淮安等境入海，与今河道不同）筑垣，专力备御，且遣使通好于睢州总兵许定国，联络河南。定国旋纳款本朝，送二子渡河为质。杰微闻其计，亲往觇之，为定国所杀，部兵大乱，屠睢旁近二百里殆尽。可法闻变流涕曰：『中原不可为矣』！遂驰至徐州，招抚其众十余万，移诸扬州。而豫王南征之师，以顺治二年三月，自陕西分道而东，会于归德，所过州县皆望风迎降，遂进薄泗州，乘夜渡淮。可法方将移军援泗，会左良玉以马士英裁其军饷故，传檄远近，以清君侧为名，列舟自汉口而下，南京戒严，诏趣可法入援。比可法渡江至燕子矶，则良玉已病死九江，其部众为黄得功勤王军所败，乃复奉命折回；而大兵已破盱眙，警报日至。可法檄各镇兵会援扬州，无一至者，独总兵刘肇基自桃源县西白洋镇趋赴。大兵越六合进攻，去扬州二十里而营。肇基请背城一战，可法谓野战不如凭城，乃分陴拒守，亘七昼夜。城卒破，可法被执，大呼曰：『吾史督师也』，遂见杀。肇基率所部巷战，力尽亦死，时四月二十五日也。大兵留十日，乃南行。可法为人廉信，与下均劳苦，其督师也，行不张盖、食不兼味、寝不解衣，日夜以报雠雪耻为念。每缮疏，循环讽诵，声泪俱下，闻者无不感泣；而权奸内哄，悍将外争，凡所经画，百不一就。卒至兵顿饷竭，志决身歼，时人比诸文天祥云。
江南之平定扬州已溃，明侍郎杨文骢、总兵郑鸿逵合兵守京口，与豫王军隔江相持；会夜雾，大军编巨筏，列灯火其上，放之中流为疑兵，而别以数百骑舣小舟潜渡，袭据北固山（镇江府城北）。守兵惊溃，文骢奔苏州，鸿逵拥众入闽。福王闻警，率宦官宫妾西幸芜湖，士英、大铖亦先后走杭州，其余文武勋戚相率迎降。豫王长驱入城，而分兵追袭福王。时黄得功屯守芜湖，誓死翼卫，竟中流矢阵殁，明总兵田雄拥福王出降。江南略定，乃分大军之半，属贝勒博洛进攻浙江，沿途徇所过州县。马士英自杭州迎战不利，渡钱塘江东遁，潞王常淓以杭州降。会英王追剿流寇之师亦所至有功，收左良玉部将金声桓众十余万于九江，于是长江流域西自湖北、东至海、南及浙西，大都降服。豫王奏改南京为江宁府，至七月，班师；乃以贝勒勒克德浑为平南大将军，以大学士洪承畴总督军务，镇抚南方，并驻江宁。
鲁、唐二藩之割据及江南民兵之骚动南京政府以五月颠覆，至六月，而鲁王以海（明太祖十四世孙）称监国于绍兴，据有浙东，以张国维、熊汝霖等督师钱塘江上，画江而守。至闰六月，而郑鸿逵复拥唐王聿键（太祖九世孙）称帝于福州，据有福建及其西南诸省；郑芝龙兄弟辅之，握兵食权。而黄道周为大学士，议战守，恃仙霞岭为国防。
于是浙、闽对立。而江西士大夫自杨廷麟以下，设忠诚社于赣州，号召才智，远近毁家入社者几三万人。同时江南列城民兵四起，嘉定则侯峒曾、黄淳耀，江阴则陈明遇、阎应元，松江则沈犹龙，徽州则温璜，绩溪则金声，各集众自保，效死不去。其余吴江、昆山、崇明、宜兴等响应者复十余城，或通表唐王，受其封拜，或近受监国鲁王节制，浙、闽恃以阻大军之南下。然民兵皆起仓猝，未更训练，饷械又不足，率旬日即败，诸王谋者皆先后死；独吴易之守吴江、阎应元之守江阴，稍稍持久。是时大军分两部，一屯江宁，洪承畴督之；一屯杭州，贝勒博洛督之。承畴遣张天禄等引军攻徽、宁，而博洛自杭州进薄吴江，尽断诸港通路，乘大雨歼吴易军（吴易得脱，至明年始见杀）。因移围江阴，列炮环攻，以八月二十一日破之；众犹巷战，士女自杀者池井皆满，明遇及应元殉焉。而金声尚扼守绩溪，布置甚密。至九月，明御史黄澍导大军出间道袭破之，执声至江宁，其门人江天一从。总督洪承畴谕降，天一朗诵思宗谕祭承畴文以愧之，与声俱死。于是江南民兵悉平。
唐藩之扩张及闽、浙之冲突唐王好学通典故，然以郑氏擅国，不能有所为。芝龙、鸿逵屡荐其私人为要官，唐王不从，以是怀怨望。及本朝遣使招抚福建，芝龙阴结使者通款；唐王数促之出师，辄以饷绌辞。道周知芝龙不足恃，乃踰岭征兵从广信出衢州，所至号召诸将，安抚遗黎，归附者颇众。时何腾蛟总督湖广，次长沙，收抚流寇余众数十万，分为十三镇，布列湖南、北，与大军之屯武昌、荆州者相持。而杨廷麟守赣，募民兵三万、峒蛮四万，又檄调广东、云南兵数千，与南昌大军战屡捷，兼取吉安守之，军颇振。两人并翼戴唐王，受爵命。于是唐藩领土自福建、两广、云、贵以外，兼有湖南及江西、湖北之一部。乃颁诏浙东，鲁王下令将返台州，而熊汝霖出檄严拒，张国维亦驰疏唐王，言『监国当大势溃散之日，鸠集为劳。一旦退就藩服，人无所依，闽中鞭长不及；猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可追』！既而鲁王遣使通聘福建，唐王亦手书报之曰：『吾无子，王为皇太侄，同心戮力，共拜孝陵。吾有天下，终致于王』。浙东所用职官，尽列朝籍，无分彼此；且发饷银十万两犒师。而马、阮复鼓鲁王部将方国安纵兵劫闽使，尽夺其饷，且檄数唐王罪。于是闽、浙冲突，而唇齿之势离矣。
川、陕之征自李自成败窜，中国本部西北境虽已隶本朝，而四川故为张献忠所据；会朝廷方以南征为急，未暇西顾，献忠乃以成都为根据地，遣诸将分屠附近州县，以杀人多寡论功，川中无人迹。及唐王之自立于东南也，明遗臣贺珍等复起兵兴安，汉中遥附之，遂占凤翔、窥西安，全陕响应。顺治三年（一六四六年）春，诏以川陕军务任肃亲王豪格及平西王吴三桂，而以浙、闽事属诸博洛，分道大举。肃王以三月至西安，与总督孟乔芳分定渭水以北诸城。五月，进军汉中，破贺珍等于鸡头关，陕西复平，乃进征四川。时献忠部将刘进忠方守保宁，闻大军至，即率众迎降，乞为响导；大军追至西充、盐亭间，与献忠遇，发矢殪之。其党孙可望、李定国、白文选等俱溃走川南，寻越重庆綦江等城，入贵州境；大军追之至遵义，以饷匮旋师，时三年十二月也。
鲁藩之平博洛南征之师，亦以三月进次杭州。先是张国维率诸军连战于钱塘江上，皆有功，因欲乘间复浙西。熊汝霖议募民兵，由海宁、海盐直趋芜湖，以梗运道；连络吴中水师之潜据太湖者为犄角，以困杭州。而浙东诸饷尽为方国安军所擅，民兵无食，议卒不行。至是，大兵压钱塘江，国维督诸将连营拒战。四月，大兵隔江炮坏方国安营灶，国安即拥兵数万入绍兴，挟鲁王走台州，而诸将尚严守江上。会夏旱，江水暴落，褰裳可涉。六月，大军士马数万由上流浮济，连营駴溃，张国维退守东阳。国安谋执鲁王以献，鲁王亟走得脱，航海至厦门。国维知事不可为，赴水死。金华、衢州相继下，浙东略定。
唐藩之平方何腾蛟、杨廷麟之振势于湖南、江西也，各疏请唐王移镇其地。唐王亦知芝龙有异志，欲弃闽由赣入湘，倚腾蛟。以顺治三年二月，进次延平。时廷麟守吉安，闻唐王北行，乃南入赣谋迎谒，而以吉安之守御属诸兵部侍郎万元吉。元吉驭下严，诸将不悦，皆内携。至三月，江西降将金声桓进围吉安，守兵不战溃，城遂破。元吉退入赣，声桓乘胜进围之，廷麟、元吉坚守不出。既而博洛定浙东，闽中大震；芝龙已阴受洪承畴约款，乃诡称海寇入犯，驰赴安平而尽撤关隘，水陆防兵随之，仙霞岭二百里间空无一人。大兵由衢州长驱越岭入，时赣州被围，不能援闽；何腾蛟遣部将迎跸，方抵韶州，而仙霞岭败报至，唐王仓卒自延平走汀州。大军既破延平，驰七昼夜追及之；遂执唐王至福州，王不食而死。漳、泉诸郡并下，芝龙自安平奉表来降。
赣州之攻守赣州自四月被围以来，至六月，明赣南巡抚李永茂遣广东兵五千至，战于李家山，围暂解；已而复合。元吉恃蛮兵自固，不加裁抑，而独严束云、广客军之助守者，客军解体。主事龚芬等自章水上流募水师，欲以会援，而久屯南安不下。至七月，云南、两广诸道援师毕集，诸将请战，而元吉必欲待水师。水师统领故海盗，观望不即前；会秋高水涸，舟行迟滞，大军夜袭诸川，纵火焚之，于是援军皆溃。会闻汀州破、唐王被难，合城气索。十月，遂为声桓所屠。诸将拥元吉出，元吉叹曰：『为我谢赣人，使合城涂炭者我也，我何可独存』！竟自杀。廷麟亦死之。于是福建、江西次第荡平。腾蛟闻唐王死，大恸，厉兵保境如平时；而广东督抚复拥桂王由榔监国，流离转徙者且十余载，别为专篇说之。