宣宗道光五年，冬十月，以大学士长龄署伊犁将军，筹办军务，当乾隆朝之平定天山南路也。回酋大和卓木波罗泥都之子萨木克及喀什噶尔地方人民亡入浩罕国，于葱岭以西。其汗为蒙古察合台汗之裔，既纳萨木克等，恐遭战事上之波及，因告中国，愿担负监守逃人之责。政府亦因势利用之，岁贿以银一万两，使加约东。及嘉庆末年，南路参赞大臣斌静荒淫无度，失回众心。萨木克次子张格尔者，其人有胆力，自入浩罕后以诵经、祈福、传食诸部，颇为回人所崇奉。张格尔乃因南路人心之不平，乘机投入布鲁特，假众数百，以是年八月袭喀什噶尔近边。布鲁特硕目苏兰奇入关告警，反为章京绥善所叱，遂愤走出塞，与回人合，领队大臣色普征额率兵往击，破之。张格尔仅馀三十人，舍骑徒步而走。色普征额追出塞外，不见敌踪，遂回军喀什噶尔，与斌静宴赏中秋节。所擒八十馀人，斌静悉令杀之灭口，而以苏兰奇交通逆裔，导众滋事入奏，帝心疑之，命伊犁将军庆祥往勘，具得斌静奴畜回民，渔猎回女诸罪状，逮入京治罪，以永芹代之。张格尔复集兵，屡骚掠近塞，永芹引军出击辄遁云。至九月，令队大臣巴彦巴图以兵二百出塞四百里，复无所遇，乃纵杀布鲁特游牧妇孺百馀而还。其酋汰劣克愤甚，率所部二千追袭之于山谷间，巴彦巴图全军陷没，于是四城之回人争起响应诏，以长龄代庆祥镇守伊犁，庆祥代永芹视师喀什噶尔。
六年，秋八月，张格尔陷喀什噶尔，庆祥死之。先是，张格尔率兵由开齐山路突入回城，拜其先和卓之墓。距喀什噶尔八十馀里，令协办大臣舒尔哈善等围之。张格尔突围出，帝闻，授长龄扬威将军，诏陕甘总督杨遇春、山东巡抚武隆阿为参赞，督师助勤。军未集而张格尔已乞得浩罕国安集延兵〈（安集延兵鸷悍善战，时有百回兵不如一安集延之语）〉三千，于是月攻陷喀什噶尔。庆祥迎战于浑河，败绩，自缢死焉。凌河阿穆克登先后殁于阵，于是英吉沙尔叶同羌和间三城同时陷落，群回悉凌。
七年，春三月，将军长龄、总督杨遇春克复喀什噶尔，张格尔遁。先是，长龄等于六年十月抵阿克苏，时提督达凌阿已败敌于托什罕河，张格尔复遣兵所柯尔坪，阻进兵之路。长龄督将，并分路进，悉腊其众，至是年二月，师次大阿拐，敌屯洋河已特。乘夜来犯营，击却之。越日，由中路进袭，歼万馀人，追杀二十馀里，擒三千馀人。张格尔复纠众十馀万抗拒于沙布都尔庄，诸将奋勇抄击，逼至浑水河，又破之，遂进军阿瓦己特。三路掩杀，俘斩二万有奇，复追至洋达玛河，搜杀罄尽，遂于是月移师浑河北岸。回众十馀万阻河为阵，亘二十里，穴垒轰䂭，鼓角震天，势张甚。是夜，大风扬沙，大雾晦，长龄欲待霁而进，遇春不可，曰：‘此天赞我也。’乃遣索伦千骑，绕趋下游，牵其势而亲督。