圣祖康熙二十九年，夏六月，以准噶尔部噶尔丹犯边，下诏亲征。噶尔丹，厄鲁特蒙古人。厄鲁特地在天山北，故元代牧场，称为四卫拉特，译言四大部也。元衰，其臣猛可帖木儿据为部落，明时极强盛，由卫拉特音转而讹为瓦剌，谓之瓦剌。自其汗也先死，其势中衰，其地分为四部，一曰和硕特，居乌鲁木齐附近；一曰准噶尔，居伊犁；一曰杜尔伯特，居厄尔齐斯河域；一曰土尔扈特，塔尔巴哈台附近，部谓之厄鲁特蒙古。噶尔丹为准噶尔部长僧格同母弟，僧格为其异母兄车臣及卓特巴巴图所弑。噶尔丹时在西藏为喇嘛，归而讨杀车臣、卓特巴巴图等，遂自立为准噶尔汗，兼有四部，复引兵平定南路喀什噶尔内乱，而有其领地，于是噶尔丹统一天山南北及科布多、青海等地。又欲东并喀尔喀，适喀尔喀汗土谢图、车臣、扎萨克图等因隙内讧，噶尔丹引兵入其地，悉击走之。三汗部众数十万，皆来奔。帝假科尔沁水草地，使游牧，至是噶尔丹以追逐喀尔喀为名，悉锐东犯，侵及索岳尔济山附近之乌珠穆沁部。时尚书阿喇尼驻军乌尔会山，合蒙古兵袭击之，战不利而退。 秋七月，准兵深入乌珠穆沁境，命裕亲王福全为抚远大将军，皇长子胤禔副之，出古北口，召阿尔尼帅所部会福全军，又调盛京、吉林及科尔沁兵助战，帝复亲往塞外誓师。长宁军遇敌乌珠穆沁境，战亦不利，噶尔丹遂乘胜渡西喇木伦河，至乌兰布通，去京师仅七百里。时福全军屯乌兰布通三十里外，诏常宁引兵会之。 八月，福全等与噶尔丹激战于乌兰布通，敌军死伤甚众，噶尔丹乘夜遁。翌日，达赖使者喇嘛济隆诣军前，代为乞和以缓追师，阅六日，福全悟，始发轻骑追之，已不及矣，乃班师。
三十四年，冬十一月，复议亲征准噶尔，令将军萨布素引满洲军会科尔沁所部出其东，大将军费扬古驰赴归化城，调陕甘兵出宁夏，自翁金河出其西。帝自将禁军出独石口为中路，克期夹攻。
三十五年，春三月，帝帅中路军出边，以沙碛不宜车，乃留大炮，驮子母炮而行。 夏五月，帝渡瀚海，近逼敌境。时东西两军以道阻未至，复传言俄罗斯有助战之说，大学士伊桑阿力请班师。帝怒不许，帅兵疾趋兑鲁伦河，遣使往谕噶尔丹。噶尔丹不虞帝至，以为大将军诳我，及登高，望见军容，大惊，拔营霄遁，比帝至河，北岸已无敌人踪迹矣。循河追之，三日，至托拉山，不及而返。噶尔丹遁至土拉河上流东岸之昭莫多，遇西路军。费扬古等列阵以待，遣前锋营佯败以诱敌至，两军激战，自日中至暮，不决。费扬古以奇兵出敌阵后，袭其辎重，敌始溃，其可敦阿弩毙于炮。可敦者，准噶尔部称其汗之妃也，颀晰敢战，至是亦毙于炮。噶尔丹以数十骑遁去。西路军捷奏至，帝命费扬古留防漠北，遣陕甘军凯旋，而亲撰铭察罕托拉山及昭莫多之山而还。时因粮尽，欲引还，恐为敌所袭。适噶尔丹使人格叠沽英在军人，帝遣之还，语之曰：‘归语而主，速来降，限七十日还报，逾期，朕即进兵！’语至此，包衣人违都虎进曰：‘军用米将尽矣！’帝怒曰：‘违都虎摇惑军心，可斩也！粮虽尽，朕必啮雪穷追，誓不回师！’诸军皆不喻。既遣格叠沽英，使人随之出二十里外，乃传令班师，众始大悦。
三十六年，春二月，亲征准噶尔，师次昌平州。时噶尔丹之伊犁根据地为其兄僧格子策妄阿喇布坦所并，回部青海亦相继叛去，所属部众不及千人，皆老羸，穷蹙日甚。 三月，帝次宁夏，时噶尔丹遣子塞卜腾巴尔珠尔征粮哈密，回人执以来献。 闰三月，噶尔丹饮药死，噶尔丹左右亲信相帅引去。有纳款军门请为向导者，噶尔丹欲返伊犁，虑策妄阿喇布坦贪功，擒献，投西藏，则西路留屯军，已绝其通路，穷无复之，遂自杀。
四十五年，冬十二月，西藏拉藏汗执送假达赖喇嘛入京。西藏，古三危地，其种人曰唐古特族，亦称土伯特，即唐时之吐蕃也。在贞观中，自印度迎僧侣入国都拉萨布教。僧侣称喇嘛，受王室保护，有特权。元世祖时，喇嘛八斯巴者有道术，世祖欲表示其信仰，尊为国师，封法王，使领藏地，居后藏扎伦布附近，明代尤敬礼有加。其法王衣冠皆赤，永乐初有宗喀巴喇嘛者出，以宗教改革自任，别创新派，自服黄衣黄冠，谓之黄教，而名旧教喇嘛曰红教。黄教盛行于前藏，其势力不亚于法王。宗喀巴圆寂后，其徒二，一曰达赖喇嘛，一曰班禅喇嘛，并居拉萨，为黄教宗主。其教禁娶妻，其嗣续法谓达赖、班禅两喇嘛不死，惟为呼毕尔罕，译言转世也。达赖一世曰敦根珠巴，二世曰敦根坚错，三世曰锁南坚错，四世曰云丹坚错，至五世罗卜藏坚错于顺治九年来朝，世祖封为西天自在大善佛，康熙二十一年脱缁〈（藏言死也）〉 ，其第巴〈（藏言政务官也）〉桑结秘不发丧，一切矫命行之。噶尔丹在藏时，颇受桑结优待，故君临准噶尔后，凡百听其驱策。桑结构使之与和硕特、喀什噶尔、喀尔喀诸汗相仇杀，及喀什喀三汗内附，帝命达赖遣使喻噶尔丹罢兵，桑结私嘱所遣喇嘛济隆，阴嗾噶尔丹南侵，及噶尔丹败于乌兰布通，身几不免，济隆又伪为讲款，以迟追师。三十三年复假达赖名，为己乞封，诏封为土伯特王，而桑结遂以为中国可欺，遂嗾令噶尔丹入犯。三十五年，策妄阿喇布坦奉诏协擒噶尔丹，桑结复使人要诸逮，阻其出师，又阴使青海诸部修战备。会噶尔丹穷蹙自杀，其气始沮。帝于乌兰布通之役，擒讯准噶尔溃兵，具得其状，手诏切责桑结，并令执济隆以献。而桑结遣使输诚密奏，谓：‘达赖五世殁已十六年，今转生又十五年矣，当以今年十月宣告内外，乞暂为秘之。’且言济隆得罪中国，已窜诸喀木，并籍没其家藏，当徐致之献京师。时帝欲利用其势力以结欢蒙藏，因其陈情而置之，至四十四年，桑结因和硕特部达延汗之孙拉藏汗嗣立于拉萨，恐其干涉藏事，谋暗杀之，不成，复欲以兵力逐之。拉藏汗乃集众讨诛之，因奏废桑结所立假达赖，而新立达赖伊西坚错为六世，并揭发桑结以前诈欺中国种种罪状。帝命护军统领席桂、学士舒兰为使，往拉萨，册封拉藏为翼法恭顺汗，使镇守藏地，令掬执假达赖送京，至是遣人解至。
五十四年，夏四月，准噶尔部策妄阿喇布坦侵掠哈密。命富宁安带兵前往，又征外蕃兵集归化城，以右卫将军费扬固〈（费扬古弟）〉总理军务。初，策妄阿喇布坦助剿噶尔丹有功，帝命尽阿尔泰山以西，至伊犁，指俾游收，复成西域一大部落。会拉藏汗新立之达赖六世，青海诸蒙古皆以为假，自奉里塘之噶尔藏坚错为真达赖，迎居青海，请赐册印。帝虑两部构