顺治元年，夏四月，流寇李自成自永平遁还京师，僭帝号于武英殿，遂奔山西。吴三桂破自成于山海关。自成走永平，三桂追至，自成遣使赴其军中议和。三桂曰：“归我太子、二王而复可。”自成出太子见三桂，三桂先令守备张成指挥范玉各率兵一千，用贼旗帜东西设伏，俟太子出，疾击贼营，又令都统耿士良率全军为应，以夺太子。自成果中伏大败，怒杀三桂之父襄及其家属，遂僭号称大顺永昌元年，追尊七代皆为帝后，立妻高氏为皇后，衮冕列仗，郊天受朝贺。是夕，纵火焚宫殿，诘旦狭二王西走。三桂望城火起，知自成已走，传谕京师，称护太子入城即大位。摄政王多尔衮不许，檄之西行，三桂乃送太子于高起潜所（旋逸于民间），起兵追自成。 秋七月，李自成遁归西安。自成既西走至定州，吴三桂追及之于清水河，自成迎战，复大败，其将谷可成阵殁，遂走屯真定。三桂与辽东巡抚黎玉田合兵追及之，自成勒精骑迎之，三桂张二翼以进，斩首万级，自成益兵博战，率诸将直逼营前，三桂分兵迭战，自晨至暮，自成中流矢坠马，掖而骑，拔营西遁，度故关入山西，三桂以兵逐之，及关而止，遂还京师。时多尔衮已定燕京，晋三桂爵平西王。自成至平阳，以谗杀其将李岩。岩故劝自成以不杀收人心。其在京师，诸贼日杀人，而岩于士大夫无所拷掠，又尝保护懿安皇后出险而俾之从容自死，军中多称之。定州之败，传言河南州县多反正，岩请率兵往。牛金星阴告自成曰：“岩，雄武有大略，非久居人下者，且河南，岩故乡，若以大兵与之，是假蛟龙以云雨，必不制矣。”因劝自成除之，遂收杀岩及其北车，于是军士解体，自成遂不能复战而复归西安。遣别将攻陷汉中，复分兵出潼关，掠河南及四川之保宁一路。张献忠出兵拒之，乃还。 八月，都统叶臣败贼于府谷。自成将李遏自新安纠众三万犯府谷，逼大同叶臣出兵击之，歼殪过车，过中创，窜归绥德。 冬十月，遣英亲王阿济格、豫亲王多铎分两路趋西安讨李自成。时帝至盛京，近畿诸统兵官先后奏捉，直隶巡抚卫周允等削平真定、大名、顺德、广平四府山寨，都统叶臣等进平三晋，所至迎降。巡抚马国柱进剿汾州、平阳诸寇，山西悉平。肃王豪格平定清州满家洞各路，山东诸郡皆定。于是议大举入陕，分两路出师，以阿济格为靖远大将军，率吴三桂、尚可喜等，由大同边外，会诸蒙古兵赴榆林、延安，出陕西之背。以多铎为定国大将军，率孔有德等由河南夹攻潼关，期与西安会师。 十二月，多铎败贼于洛阳，进攻陕州，破之。多铎军渡孟津，败寇将张有声于洛阳，收延河寨堡。进至陕州，张有曾据灵宝拒守，前锋参领索浑等击破之，尽收潼关外地。
二年，春正月，李自成率师援潼关，败绩，遁归西安。自成将刘宗敏盛兵潼关，为守御计。多铎军至，自成将刘芳亮迎拒，败之。自成亲率兵来援，令宗敏依山为阵以待。时多铎以大炮未至，遣前锋将索浑以兵三千，距关二十里立营。宗敏围之三日，夜，人马寂然，寇众莫测，所以不敢击。及师大集，自成出关迎战，不利，遣将马世耀以众伪降，多铎斩之。自成欲返据延安，而阿济格一军已自保德州，编筏渡河入绥德，连下延安、鄜州，逼西安之北，自成腹背受敌，弃关还西安。 二月，多铎入西安，李自成走襄阳。潼关之败自成将谷英、李过俱溃逃，惟李锦以榆林一军纵之。自成知西安不能守，令田见秀烧仓廪，焚宫室，出东门，由商州龙驹寨走武关以入襄阳。方自之命见秀焚积聚，并爇宫室市里也，会自成已去，见秀曰：秦人饥，留此米活百姓，止烧东城一楼。追及自成于商州曰：“已焚矣！”后刘宗敏等宗族坟墓在秦中者皆被诛毁，独见秀家获免。 夏五月，阿济格追李自成，大破之。自成走死，自成至武昌，左良玉已率众东下，城中无人。自成诸将田见秀、袁宗第、刘体干、刘芳亮、张鼎、吴从义、牛万才等皆从入。众尚五十万，分为四十八部，改江夏为瑞符县，铸永昌钱，谋夺舟东下取宣城曰：“西北虽不定，东南距再失之。”将发而阴霾四塞，暴雨烈风，旗枪尽折。又恐阿济格蹑其后，誓言往取南京。一夕拔营起，思据湖南，命其四十八部先发，而自以十二骑殿。忽军骑趋通山之九宫山，入玄帝庙。乡兵疑为劫盗，刃劈之死，其众悉投械于明湖广总督何胜蛟。隆武帝赐其名营曰“忠贞”。腾蛟参以旧军，分为十三镇，列湖西北，赐自成子锦名赤心。弟一功名必正，皆挂龙虎将军，封列侯。妻高氏，忠义夫人。自成乱中国二十年，陷帝都，覆庙社。及死，其众五十万，悉归腾蛟，一时称异事。而腾蛟口不言功，上疏但言元凶已除，稍泄神人之愤，宜告谢郊庙，人以此多之。 冬十二月，豪格入顺庆，获张献忠，磔之。献忠于元年八月据成都，僭号大西，改元大顺，名成都曰西京，遣孙可旺、艾能奇、白文选等分屠附近诸郡邑，全蜀数千里无人迹。川中民尽，乃谋窥西安，尽焚成都宫殿庐舍，夷其城。率众出川北，又欲尽杀川兵，其保宁守将刘进忠故统川兵，献忠将执之而坑其众。泄言于闻者，进忠闻之，率一军逃。会豪格军至汉中，进忠来奔，请为向导。至盐亭丁充间之凤凰坡，会大雾，潜勒军登山，贼谍驰告。献忠以进忠守朝天关，不虞兵至也，斩之，如是者三，豪格挥铁骑促之。时方辰时，献忠含饭命牙将数十人仓皇出视，进忠指善射者章京布兰射之，中其额。献忠逃逃伏积薪下，曵出，磔之，其将孙可旺等走遵义。
四年，春二月，孙可旺陷明遵义，寻走贵州。贼入遵义，奉献忠妻刘氏为主，驻桃花洞。已而，豪格师克重庆，可旺乃焚贼后，遁入贵州，流寇悉平。