徽宗宣和二年冬，睦州清溪民方腊作乱。方腊世居县堨村，托左道以惑众。初，唐永徽中，睦州女子陈硕真反，自称文佳皇帝，故其地相传有天子基，腊因得凭借以自信。县境梓桐、帮源诸洞，皆落山谷幽险处，民物繁伙，有漆楮杉材之饶，富商巨贾多往来。腊有漆园，造作局屡酷取之，腊怨而未敢发。时朱勔花石纲之扰，比屋致怨。腊因民不忍，阴聚贫乏游手之徒，以诛勔为名，遂作乱。自号圣公，建元永乐，置官吏、将帅，以巾饰为别，自红巾而上凡六等。无弓矢、甲胄，惟以鬼神诡秘事相扇訹。焚室庐，掠金帛、子女，诱胁良民为兵。人安于太平，不识金革，闻金鼓声，即敛手听命。不旬日，聚兵数万，两浙都监蔡遵、颜坦击之，皆败死于息坑。
十二月，腊攻陷青溪，遂陷睦、歙州，东南将郭师中战死。北掠桐庐、富阳诸县，进逼杭州。郡守赵霆弃城走，州即陷。杀制置使陈建、廉访使赵约，纵火六日，死者不可胜计。凡得官吏，必断脔支体，探其肺肠，或熬以膏油，丛镝乱射，备尽楚毒，以偿怨心。警奏至京师，时方聚兵以图北伐，王黼匿不以闻，于是凶焰日炽，附者益众，东南大震。淮南发运使陈遘上言：“腊众强，东南兵弱，乞调京畿兵及鼎、澧枪牌手兼程以来，使不至滋蔓。”帝得疏，始大惊。乃罢北伐之议，诏以童贯为江、淮、荆、浙宣抚使，谭稹为两浙制置使，率禁旅及秦、晋蕃、汉兵十五万讨之。
三年春正月，方腊陷婺州，又陷衢州。衢守彭汝方被执，骂贼而死。贼屠其城。
二月，方腊陷处州，又遣其将方七佛引众六万，寇秀州，统军王子武御之。会大军至，合击贼，斩首九千，贼还据杭州。
夏四月，童贯合兵击方腊，破之，执腊以归。童贯、谭稹前锋至青河堰，水陆并进，屡击破方腊。腊焚官舍、府库、民居，宵遁，还清溪帮源洞。诸将刘延庆、王禀、王涣、杨惟忠、辛兴宗、王渊等相继至，尽复所陷城。贯等合兵击腊于帮源洞。腊众尚二十万，与官军力战，深据岩屋为三窟，诸将莫知所入。王渊裨将韩世忠潜行溪谷，问野妇，得径，即挺身直前，渡险数里，捣其穴，格杀数十人，擒腊以出。辛兴宗领兵截洞口，掠为己功，并取腊妻子及伪相方肥等，其众遂溃。腊之乱，凡破六州、五十二县，戕平民二百万。所掠妇女，自贼洞逃出，裸而缢于林中者，相望百馀里。
五月，安置御史中丞陈过庭于黄州。过庭以睦寇窃发，上言：“致寇者蔡京，养寇者王黼，窜二人则寇自平。”又言：“朱勔父子本刑馀小人，交结权幸，窃取名器，罪恶盈积，宜正典刑，以谢天下。”三人闻而憾之，故贬。
八月，加童贯太师，封楚国公，赏平方腊功也。方腊伏诛，改睦州为严州，歙州为徽州。
宣和三年二月，淮南盗宋江寇京东州郡，至海州，张叔夜败之，江乃降。宋江起为盗，以三十六人横行河朔，转掠十郡，官军莫敢撄其锋。知亳州侯蒙上书言：“江才必有过人者，不若赦之，使讨方腊以自赎。”帝命蒙知东平府，未赴而卒。又命张叔夜知海州。江将至海州，叔夜使间者觇所向，江径趋海滨，劫巨舟十馀，载卤获。叔夜募死士得千人，设伏近城，而出轻兵距海，诱之战。先匿壮卒海旁，伺兵合，举火焚其舟。贼闻之，皆无斗志。伏兵乘之，擒其副贼，江乃降。