哲宗元祐七年夏四月己未，立皇后孟氏。后，洛州人，马军都虞候元之孙。帝年益壮，太皇太后历选世家女百馀人入宫。后年十六，太皇太后、皇太后皆爱之，教以女仪。至是，太皇太后谕执政曰：“孟氏女能执妇道，宜正位中宫。”命学士草制。又以近世礼仪简略，诏翰林、台谏、给舍与礼官议册后六礼仪制以进，遂命吕大防兼六礼使，韩忠彦充奉迎使，苏颂、王岩叟充发册使，苏辙、皇叔祖宗景充告期使，皇伯祖宗晟、范百禄充纳征使，王存、刘奉世充纳吉使，梁焘、郑雍充纳采问名使。帝御文德殿，册为皇后。太皇太后语帝曰：“得贤内助，非细事也。”既而叹曰：“斯人贤淑，惜福薄耳。异日国有事变，必此人当之。”
绍圣三年八月，窜范祖禹于贺州，刘安世于英州。时刘婕妤专宠内庭。前祖禹元祐中闻禁中觅乳媪，以帝年十四，非近女色之时，与安世上疏，劝进德爱身。又说太皇太后保护圣躬，言甚切至。太后谓曰：“乳媪之说，外间虚传也。”祖禹对曰：“外议虽虚，亦足为先事之戒。”太后深嘉之。至是，章惇、蔡卞摭谏乳媪事乃指婕妤也，于是坐二人构造诬谤之罪。
九月乙卯，废皇后孟氏。初，刘婕妤尝同后朝景灵宫，讫事，就坐，嫔御皆立侍，婕妤独背立帘下。后阁中陈迎儿诃之。婕妤不顾，阁中皆忿。会冬至，朝太后于隆祐宫，后坐朱髹金饰，婕妤亦欲得之，从者知其意，易座与后等，众弗能平，因传唱曰：“皇太后出。”后起立，婕妤亦起，寻复坐，或已撤婕妤座，遂仆于地，怼不复朝，泣诉于帝。内侍郝随谓婕妤曰：“毋以此戚戚。愿为大家早生子，此座正当婕妤有也。”会后女福庆公主疾，后有姊颇知医，尝已后危疾，以故出入宫掖。公主药弗效，持道家治病符水入治，后惊曰：“姊宁知宫中禁严，与外间异耶？”令左右藏之。俟帝至，具言其故，帝曰：“此人之常情耳。”后即爇符于帝前。宫中相传厌魅之端作矣。未几，后养母听宣夫人燕氏、尼法端为后祷祠。事闻，诏入内押班梁从政等即皇城司鞫之。捕逮宦者、宫妾三十人，榜掠备至，肢体毁折，至有断舌者。狱成，命御史董敦逸覆录，罪人过庭下，气息仅属，无一人能出声者。敦逸秉笔，疑未下。郝随等以言胁之，敦逸畏祸，乃以奏牍上。诏废后为华阳教主、玉清妙静仙师，法名冲真，出居瑶华宫。时，章惇欲诬宣仁后有废立计，以后逮事宣仁，又阴附刘婕妤欲请建为后，遂与郝随构成是狱，天下冤之。逾两旬，敦逸奏：“中宫之废，事有所因，情有可察。臣常阅录其狱，恐得罪天下。”帝欲贬之，曾布曰：“陛下以狱出于近习推治，故命敦逸录问，今乃贬之，何以取信中外。”乃止。
元符二年九月丁未，立贤妃刘氏为皇后。后多材艺，被专宠。既构孟后，章惇与内侍郝随、刘友端相结，请妃正位中宫。时帝未有储嗣，会妃生子茂，帝大喜，遂立焉。时，邹浩方劾章惇不忠慢上之罪，未报而刘后立，浩上疏言：“立后以配天子，安得不审。今为天下择母，而所立乃贤妃，一时公议莫不疑惑，诚以国家自有仁祖故事，不可不遵用之耳。盖郭后与尚美人争宠，仁祖既废后，并斥美人，所以示公也。及立后，则不选于妃嫔而卜其贵族，所以远嫌，所以为天下万世法也。陛下之废孟氏与郭后无以异，果与贤妃争宠而致罪乎？抑或不然也，二者必居一于此矣。孟氏罪废之初，天下孰不疑立贤妃为后。及读诏书有“别选贤族”之语。又陛下临朝，既叹以为国家不幸，至于宗景立妾，怒而罪之，于是天下始释然不疑。今竟立之，岂不上累圣德。臣观白麻所言，不过称其有子，及引永平、祥符事以为证。臣请论其所以然。若曰有子可以为后，则永平贵人未尝有子，所以立者以德冠后宫故也。祥符德妃亦未尝有子，所以立者以锺英甲族故也。又况贵人实马援之女，德妃无废后之嫌，迥与今日事体不同。顷年冬，妃从享景灵宫，是日雷变甚异。今宣制之后，霖雨飞雹，自奏告天地、宗庙以来，阴霪不止，上天之意，岂不昭然。考之人事既如彼，求之天意又如此，望不以一时改命为难，而以万世公议为可畏，追停册礼，如初诏行之。”帝谓浩曰：“此亦祖宗故事，岂独朕耶？”盖指真宗立刘德妃也。对曰：“祖宗大德可法者多矣，陛下不之取而效其小疵，臣恐后世之责人无已者纷纷也。”帝变色，犹不怒，持其章踌躇四顾，凝然若有所思，因付于外。明日，章惇诋浩狂妄，除名勒停，羁管新州。尚书右丞黄履进曰：“浩以亲被拔擢之故，敢犯颜纳忠，陛下遽出之死地，人臣将视以为戒，谁复为陛下论得失乎。幸与善地。”不听。
初，阳翟田昼，议论慷慨，与浩以气节相激厉。刘后立，昼谓人曰：“志完不言，可以绝交矣。”浩既得罪，昼迎诸途。浩出涕，昼正色责之曰：“使志完隐默京师，遇寒疾不汗，五日死矣，岂独岭海之外能死人哉。愿君毋以此举自满，士所当为者，未止此。”浩茫然自失，谢曰：“君赠我厚矣。”
浩之将论事也，以告其友宗正寺簿王回，回曰：“事有大于此者乎。子虽有亲，然移孝为忠，亦太夫人素志也。”及浩南迁，人莫敢顾，回敛交游钱与浩治装，往来经理，且慰安其母。逻者以闻，逮诣诏狱，众为之惧，回居之晏如。御史诘之，回曰：“实尝预谋，不敢欺也。”因诵浩所上章几二千言。狱上，除名停废，回即徒步出都门。行数十里，其子追及，问以家事，不答。
又有曾诞者，尝三以书劝浩论孟后事，浩不报。及浩废，诞作《玉山主人对客问》以讥浩不能力谏孟后之废，而俟朝廷过举乃言为不知几云。闰月，子茂卒。
三年春正月己卯，帝崩，无子，弟端王佶即位。辛巳，尊皇后刘氏为元符皇后。
五月丙子，诏复哲宗废后孟氏为元祐皇后。初，哲宗尝悔废后事，叹曰：“章惇坏我名节。”至是，太后将复后位，会布衣何大正上书言之，遂降是诏，自瑶华宫还居禁中。
陈邦瞻曰：按陈瓘论废后事有曰：“当时致此之因，盖生于元祐之说也。以继述神考为说，以仇毁宣仁为心者，其于元祐，譬如刈草，欲除其根。瑶华乃宣仁所厚，万一有预政之时，则元祐未必不复，是以任事之臣怀刈草之虑，则瑶华恶得而不废乎。知经术者独谋于心，宰政柄者独断于手，方其造意，自谓密矣，而已难逃于见微之士。”呜呼。小人之愚其君一至是哉。其可畏也。人情莫亲于父子，莫昵于夫妇，李林甫用而明皇不能有其子，蔡卞、章惇之计行而哲宗不能有其妻。哀哉。
徽宗崇宁元年冬十月甲戌，复废元祐皇后孟氏。时，元符皇后阁宦者郝随讽蔡京再废元祐皇后，京未得间。既而昌州判官冯澥上书，论复后为非。于是御史中丞钱遹、殿中侍御史石豫、左肤连章论“韩忠彦等乘一布衣何文正狂言，复瑶华之废后，掠流俗之虚美。当时物议固已汹汹，乃至疏逖小臣诣阙上书，忠义激切，则天下公议从可知矣。望询考大臣，断以大义，无牵于流俗非正之论，以累圣朝。”京与许将、温益、赵挺之、张商英皆主台臣之说，请如绍圣三年九月诏书。帝不得已，从之。诏罢元祐皇后之号，复出后于瑶华宫，且治元符末议复后号者，降宰臣韩忠彦、曾布官，追贬李清臣雷州司户参军，黄履祁州团练副使安置，翰林学士曾肇、御史中丞丰稷、谏臣陈瓘、龚刔十七人于远州。
十二月，追谥哲宗子茂为献愍太子。初，邹浩召自新州入对，帝首及谏立后事，奖叹再三，询谏草安在，对曰：“已焚之矣。”退告陈瓘，瓘曰：“祸其在此乎！异时奸人妄出一缄，则不可辨矣。”蔡京用事，乃使其党伪为浩疏，有“刘后杀卓氏而夺其子以为已出，欺人可也，讵可以欺天乎？”之语。帝诏暴其事，遂追册茂为太子，而窜浩于昭州。
二年二月，尊元符皇后刘氏为皇太后，宫名崇恩。
政和三年二月，太后刘氏自杀。帝以哲宗故，曲加恩礼于后，而后颇干预外事，且以不谨闻。帝与辅臣议将废之，而后为左右所逼，即帘钩自缢死。谥曰“昭怀”。
高宗建炎元年春五月，尊哲宗废后孟氏为元祐太后。七月，元祐太后避金兵，如扬州。
八月，更号元祐太后曰隆祐太后。尚书省言：“元。”字犯后祖讳，易以所居宫名，从之。二年冬十月，隆祐太后如杭州。三年秋七月，隆祐太后如洪州。冬十一月，复如虔州。
四年三月，遣使迎隆祐太后于虔州。帝谓辅臣曰：“朕初不识太后，自迎至南京，爱朕不啻已出。今在数千里外，兵马惊扰，当亟奉迎，以惬朕朝夕慕念之意。”遂遣卢益、辛企宗等奉迎于虔州。八月，太后至越州。
绍兴元年夏四月，隆祐太后孟氏崩，谥曰“昭慈献烈”。诏权攒于会稽县之上皇村，俟事宁，归葬哲宗山陵。