（一）合校本以明正統道藏太平經為主，太平經鈔及他書所載經文為輔。
（二）太平經合校因諸書文字參差不齊，分四例編訂之：
一曰并 凡經及鈔文字出入少者，以經文為主，鈔之異文則作為校勘記，並隨文起訖，加〈起〉〈止〉以記之。
二曰附 凡經及鈔文字出入多者，以經文為母，以鈔文為子，低三格寫附於經文之後。並於相對之經文起訖處，加﹝起﹞﹝止﹞以標明之。
三曰補 凡經所無而鈔有者，則補入相當之地位。
四曰存 按太平經聖君祕旨及他書中往往引有太平經之佚文，凡知其在經卷之地位者，則分別依上三例校訂之。其地位失考而知其卷數者，則附存卷末。僅知其帙數者（每部十七卷為一帙），則附存帙末。若卷帙均不知者，則附存全書之末。
（三）合校本隨文於書眉上標明經及鈔上海商務印書館涵芬樓影印本葉數行數，並依校例，分別標出「并」「附」「補」「存」四字。
（四）凡經文有脫誤，而鈔或他書所載經文，確可補正者，合校本用鈔或他書引文，而以經之異文列入校勘記中。但經中文字，雖知有錯落而無文證者，悉依其舊，不加改竄；間或於校勘記中指明錯文。
（五）原書間有分段，以及文字脫落空白處而無他書引文可補者，悉仍其舊。
（六）為編校上便利起見，於書中所加標之字，均加括弧以區別之。
（七）合校時，凡遇正俗或古今通用之字無關於文義者，校勘記中不予註明。例如：
氣炁 乃迺 珍珎 總摠 災灾 憐怜 殺〈杀攴〉 矦侯 污汙
無〈爽毛〉 蓋盖 裹褁 效効 冢塚 筭算 廢癈 歡懽 并併
（八）合校本所用書名之簡稱，舉例如下：
「經」……太平經（正統道藏受、傅、訓、入四字號）
「鈔」……太平經鈔（道藏外字號）
「祕」……太平經聖君祕旨（道藏入字號）
「囊」……三洞珠囊（道藏懷字號）
「雲」……雲笈七籤（道藏學、優、登、仕、攝、職、從、政、存、以、甘、棠十二字號）
「列紀」……上清後聖道君列紀（道藏有字號）
「仙鑑」……歷世真仙體道通鑑（道藏鹹、河、淡、鱗、潛五字號）
「紫文」……皇天上清金闕帝君靈書紫文上經（道藏傷字號）
「襄傳注」……後漢書襄楷傳章懷太子賢注（據百衲本校）
（九）讀合校本時，如欲知經之原狀，只需依書眉所標經文卷、葉、行、字數，順次尋之即得。如欲知鈔之原狀，只需依書眉所標鈔文（并、附、補、存等）卷、葉、行、字數，順次讀之即得。在相當於書眉所標經文或補存的鈔文之卷數葉數行數字數的合校本上的位置處，特於其字旁加「」符號，以便稽對。惟因經鈔錯簡、或為編訂便利而略加改動諸處，則讀時須於校勘記中尋得之。
（十）合校本書眉上所標的卷、葉、行、字數目，悉據上海商務印書館涵芬樓影印道藏本。每葉分上下二面。凡列舉卷葉幾行幾字時，依序用點號間隔，卷葉等字從略。如經三五.一上.二.四即謂太平經卷三十五第一葉之第一面第二行第四字。又鈔每部只一卷，故不標明卷數。如鈔丙一上.二.一即謂太平經鈔丙部第一葉之第一面第二行第一字。