侯瑱，字伯玉，是巴西充国人。父亲侯弘远，几世都是西蜀的豪强。西蜀的贼徒张文萼占据白崖山，有部众万人，梁益州刺史鄱陽王萧范命令弘远征讨，侯弘远战死于战场。侯瑱坚决要求替父亲报仇，每次作战都当先锋，终于斩了文萼，从此远近知名。他便侍奉萧范，萧范委任他为将帅。山中的夷族、獠族不肯归附的，都派侯瑱征讨。他因多次立功而被任命为轻车府中兵参军、晋康太守。萧范任雍州刺史时，侯瑱被任命为冯翊太守。萧范改为镇守合肥时，侯瑱又跟随他。
侯景包围台城后，萧范便派侯瑱辅佐他的世子萧嗣入京都救援。当台城陷没后，侯瑱和萧嗣一起退回合肥，并随着萧范转去镇守盆城。不久，萧范和萧嗣都死去，侯瑱就率领了他的部众，去依靠豫章太守庄铁。庄铁对侯瑱有疑心，侯瑱惊恐不安，假装请庄铁商量事情，用刀杀了他，占了豫章。
后来侯瑱投降了侯景的部将于庆。于庆把侯瑱送到侯景那里，侯景因为侯瑱和自己同姓，就认为同宗族人，对待他很好。侯景将侯瑱的妻子和弟弟留下当人质，派侯瑱跟随于庆去讨平蠡南各郡。当侯景在巴陵失败时，侯景的将领宋子仙、任约等都被西军俘虏，侯瑱便杀了侯景的同党以接应义军，侯景也杀了侯瑱的妻子和弟弟。梁元帝任命侯瑱为南兖州刺史、郫县侯。并随都督王僧辩讨伐侯景，每次都充当先锋。收复了台城以后，侯景逃往吴郡，王僧辩派侯瑱追赶侯景，在吴松江将他打得大败。因功侯瑱被任命为南豫州刺史，镇守姑孰。
当齐国派郭元建从濡须出兵时，王僧辩派侯瑱去抵御，大败郭元建。魏进攻荆州时，王僧辩派侯瑱为前军前去救援，但还未到达而魏已攻克荆州。侯瑱镇守九江，并护卫晋安王回京都。晋安王承制，任命侯瑱为侍中、江州刺史，加都督，改封为康乐县公。当司徒陆法和占据郢州，领齐兵来侵犯时，又派侯瑱西征，还未到达而陆法和已经到齐国了。齐派慕容恃德镇守夏首，侯瑱进攻他，慕容恃德粮尽而请和，侯瑱回来镇守豫章。王僧辩派他的弟弟王僧忄音和侯瑱共同讨伐萧勃，当陈武帝杀了王僧辩后，王僧忄音陰谋杀死侯瑱以夺取他的部队。侯瑱知道了，抓了王僧忄音的全部党徒，王僧忄音逃到齐国。
当时侯瑱占据中游地区，实力强盛，又因他原先侍奉王僧辩，所以虽然对朝廷仍以臣子礼节自称，却不肯进朝去。以前，余孝顷当豫章太守，当侯瑱镇守豫章时，余孝顷便在新吴县另外设立了防城的栅栏，和侯瑱对抗。侯瑱将军人的妻子留在豫章，让他的堂弟侯大渊在豫章处理留下的事务，带领全部人马攻打余孝顷，从夏天打到冬天还不能攻下。侯大渊和他的部下侯方儿不和，侯方儿进攻侯大渊，收了侯瑱军府中的妓妾和金玉财宝前去归附陈武帝。侯瑱既已失去根本，轻骑回归豫章，豫章人拒绝让他入城，他便前往盆城，投到他的部将焦僧度那里。焦僧度劝侯瑱投奔齐国，侯瑱认为陈武帝有大器量，必定能够容纳自己，便到朝廷请罪，陈武帝恢复了他的爵位。永定二年(558)，晋位为司空。文帝即位，又进任太尉。王琳到栅口时，朝廷又任命侯瑱为都督，侯安都等都隶属于他。
天嘉元年(560)二月，王琳率领他在合肥、巢湖的部众，乘船依次而下。侯瑱领军队进至兽槛洲。第二天两军交战，王琳军队略略后退。晚上，东北风将王琳的船只全都刮坏了。夜里有流星坠入敌人营垒中。当天亮后风停了，王琳进到江边，用鹿角围在岸上，不敢再出战。当时西魏的将领史宁占据上游地区，侯瑱得知后，知道王琳难以维持很久，便把军队收回据守湖边，等待对方自败。史宁到后，包围了郢州。王琳害怕众人溃散，便带领船只东下，在离芜湖十里的地方停泊。第二天，齐人派兵援救王琳。侯瑱让军中烧早饭并在寝席上吃饭，船停在芜湖的洲尾等待王琳。准备交战时，有微风从东南而来，众军施放火种，定州刺史章昭达乘坐平虏大舰从江中进击，王琳军队大败，逃走而幸免死亡的只有十分之二三，王琳因此跑到齐国去了。
当年，诏令侯瑱为都督五州诸军事，镇守盆城。周将贺若敦、独孤盛等来攻巴、湘时，又任命侯瑱为西讨都督，大败独孤盛的军队。他因功被任命为湘州刺史，改封零陵郡公。天嘉二年去世，追赠为大司马，谥为“壮肃”，配享于陈武帝的庙中。他的儿子侯净藏继嗣，娶了陈文帝的女儿富陽公主。